CHAPTER14. CONDITIONINGANDPLOTTINGTHREEORMOREVARIABLES
133
xyplot(y ∼ x,
panel=function(...) {
panel.xyplot(...)
panel.loess(...) })
·
You can more easily get raw data + trend line by using
xyplot(y ∼ x, panel=panel.smooth)
# or:
xyplot(y ∼ x, panel=panel.plsmo)
# panel.plsmo in Hmisc
Hmisc
panel.bpplot
·
Extends
bwplot
to do box-percentile plots
·
By default plots mean using solid circle, and shows 0.25, 0.5, 0.75, and 0.9
coverage intervals, and does not show any raw data
·
Has many options
·
Examples:
?panel.bpplot
:
set.seed(13)
x ← rnorm(1000)
g ← sample(1:6, 1000, replace=T)
x[g==1][1:20] ← rnorm(20)+3
# contaminate 20 x’s for group 1
# default trellis box plot
bwplot(g ∼ x)
# box-percentile plot with data density (rug plot)
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=seq(.01,.49,by=.01), datadensity=T)
# add ,scat1d.opts=list(tfrac=1) to make all tick marks the same size
# when a group has > 125 observations
# small dot for means, show only .05,.125,.25,.375,.625,.75,.875,.95 quantiles
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, cex=.3)
# suppress means and reference lines for lower and upper quartiles
Add pdf to powerpoint presentation - Library SDK component:C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
www.rasteredge.com
Add pdf to powerpoint presentation - Library SDK component:VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
www.rasteredge.com
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
134
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=c(.025,.1,.25), means=F, qref=F)
# continuous plot up until quartiles ("Tootsie Roll plot")
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=seq(.01,.25,by=.01))
# start at quartiles then make it continuous ("coffin plot")
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=seq(.25,.49,by=.01))
# same as previous but add a spike to give 0.95 interval
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=c(.025,seq(.25,.49,by=.01)))
# decile plot with reference lines at outer quintiles and median
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, probs=c(.1,.2,.3,.4), qref=c(.5,.2,.8))
# default plot with tick marks showing all observations outside the outer
# box (.05 and .95 quantiles), with very small ticks
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, nout=.05, scat1d.opts=list(frac=.01))
# show 5 smallest and 5 largest observations
bwplot(g ∼ x, panel=panel.bpplot, nout=5)
# Use a scat1d option (preserve=T) to ensure that the right peak extends
# to the same position as the extreme scat1d
bwplot(∼ x , panel=panel.bpplot, probs=seq(.00,.5,by=.001),
datadensity=T, scat1d.opt=list(preserve=T))
Hmisc
panel.plsmo
Lowess nonparametric trend lines (to be discussed later) with enhancements
xyplot(y ∼ x | year, panel=panel.plsmo, groups=country)
Does automatic labeling of curves
14.7.4 Layout and Style Specification
KO6.4
Verticalvs.HorizontalPaneling,PanelOrder
·
Example: Trellis graph with 2 panels
Library SDK component:VB.NET PowerPoint: Use PowerPoint SDK to Create, Load and Save PPT
an empty PowerPoint file with our reliable .NET PPT document add-on; a fully customized blank PowerPoint file by using the smart PowerPoint presentation control
www.rasteredge.com
Library SDK component:VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
index = 1 End If correctOrder.Add(index) Next clip art or screenshot to PowerPoint document slide powerful & profession imaging controls, PDF document, image
www.rasteredge.com
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
135
·
Default layout is 2 columns, 1 row
·
To use 2 rows, 1 column specify
trellisfunction(..., layout=c(1,2))
·
Can also use
layout
just to specify the number of panels:
trellisfunction(..., layout=c(3,3)) # 9 panels reserved
·
Default order is lower left to upper right
·
Add
as.table=T
to use LR Top-Bottom ordering
Multiple Trellis Plots in One Figure
KO6.4.7
·
Store results of multiple Trellis calls in multiple objects
·
Use the Trellis print method to compose the page
p1 ← trellisfunction1(...)
p2 ← trellisfunction2(...)
p3 ← ...
print(p1, split=c(column,row,maxcolumn,maxrow), more=T)
print(p2, split=c(...), more=T)
print(p3, split=c(...), more=F) # last one
·
See KO for how to allow different graphs to have different space allocations
14.7.5 Creating Postscript Graphics Files
The Hmisc
setps
function uses decent defaults for B&W graphics
Library SDK component:VB.NET PowerPoint: VB Codes to Create Linear and 2D Barcodes on
Here is a market-leading PowerPoint barcode add-on within VB.NET class, which means it as well as 2d barcodes QR Code, Data Matrix, PDF-417, etc.
www.rasteredge.com
Library SDK component:VB.NET PowerPoint: Merge and Split PowerPoint Document(s) with PPT
For Each doc As [String] In dirs docList.Add(doc) Next code in VB.NET to finish PowerPoint document splitting If you want to see more PDF processing functions
www.rasteredge.com
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
136
setps(plotname, trellis=T, h=...)
trellisfunction( )
dev.off()
14.7.6 Controlling Trellis Graphical Parameters
KO6.4
·
setps
with
trellis=T
specifies that strip label panels have a blank back-
ground for easy reading on black and white graphs
·
When making graphs interactively, you can achieve the same effect easily
by specifying
trellis.strip.blank()
before creating the graphic. Alterna-
tively, specify an argument like to following to the Trellis function:
strip=function(...) strip.default(..., style=1)
.
AH11.4,KO6.1,6.4.6
If you have already created a Trellis graph you may have to issue
dev.off()
or close the graph sheet window for this to take effect.
·
To see a list of arguments that can be specified to the high-level Trellis func-
tions type
?trellis.args
. You will see arguments for specifying nonlinear
axis scales, panel label strip format, layout, customized keys, axis limits,
aspect ratio and banking to
45
,etc.
·
To use a
scale, you can specify
scales
as in the following
x ← 1:10
y ← x^2
ys ← seq(0,100,by=10)
xyplot(sqrt(y) ∼ x, type=’l’, ylab=’y’, ylim=sqrt(c(0,100)),
scales=list(y=list(at=sqrt(ys), labels=format(ys))))
·
To see many of the current Trellis/Lattice settings, type
show.settings()
·
Type
?trellis.par.get
to learn how to retrieve the current value of any
Trellis graphical parameter (e.g., line styles, point symbols, dot symbols, strip
background, etc.)
Library SDK component:VB.NET PowerPoint: Add Image to PowerPoint Document Slide/Page
of "AddPage", "InsertPage" and "DeletePage" to add, insert or delete any certain PowerPoint slide without & profession imaging controls, PDF document, tiff
www.rasteredge.com
Library SDK component:C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
text content from source PDF document file for word processing, presentation and desktop How to C#: Extract Text Content from PDF File. Add necessary references
www.rasteredge.com
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
137
·
To change a parameter, use
trellis.par.set
KO6.4.1
dev.off()
# Trellis needs to have the device inactive to do this
tpl ← trellis.par.get(’plot.line’)
tpl$lwd ← 3
# change line width to 3
trellis.par.set(’plot.line’, tpl)
This will affect all subsequent Trellis graphs. These three commands will for
example cause the line thickness of error bars drawn by the
Dotplot
function
to be 3 instead of the default of 1.
14.7.7 Summarizing Data for Input to Trellis Functions
AH11.4.3-4
·
Most frequently, summarizations for Trellis use simultaneous cross-classification,
unlike
summary(..., method=’response’)
·
Hmisc
summarize
function is made for this
·
Produces a ready-to-use data frame that will appear to a Trellis function to
be raw data
set.seed(111)
dfr ← expand.grid(month=1:12, year=c(1997,1998), reps=1:100)
attach(dfr)
y ← abs(month-6.5) + 2*runif(length(month)) + year - 1997
s ← summarize(y, llist(month,year), mean, na.rm=T)
s
xYplot(y ∼ month, groups=year, data=s)
·
To compute proportions, take means of binary variables
s ← summarize(y > 6, llist(month,year), mean,
stat.name=’ygt6’, na.rm=T)
s
xYplot(ygt6 ∼ month | year, data=s)
Library SDK component:C# Create PDF from OpenOffice to convert odt, odp files to PDF in
In order to run the sample codes, the following steps would be necessary. Add necessary references: RasterEdge.XDoc.PDF.dll. RasterEdge.XDoc.PowerPoint.dll.
www.rasteredge.com
Library SDK component:VB.NET Create PDF from OpenOffice to convert odt, odp files to PDF
In order to run the sample codes, the following steps would be necessary. Add necessary references: RasterEdge.XDoc.PDF.dll. RasterEdge.XDoc.PowerPoint.dll.
www.rasteredge.com
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
138
·
FUN
(
3
rd
)argument to
summarize
may specify a function that computes mul-
tiple statistics
·
This is used to make error bars and bands
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
139
14.7.8 Error Bars and Bands
AH11.4.1-2
·
Used for
– Measuresofprecision:
±
S.E.,
±2×
S.E., (possibly asymmetric confi-
dence limits for a population mean)
– Measuresofvariabilityofrawdata:
±2×
S.D., quantiles
·
Think of upper and lower values as
2
nd
and
3
rd
response variables
·
Trellis allows only a univariate response variable
·
Hmisc tricks Trellis by using the Hmisc
Cbind
function to “hide”the upper and
lower values (and possibly more) in an attribute
’other’
to a single response
variable
·
Hmisc
xYplot
and
Dotplot
functions allow for such multiple response vari-
ables
·
Functions such as
smean.cl.normal
,
smedian.hilow
,
smean.sdl
are set up
to create the central value (e.g., mean) and variables named
Lower
and
Upper
·
FUN
argument of
summarize
can use these functions nicely with
xYplot
and
Dotplot
xYplot
·
If you have already computed the lower and upper values (or the S.E.) you
can give these directly to
xYplot
:
xYplot(Cbind(y,lower,upper) ∼ month)
xYplot(Cbind(y,2*se) ∼ month)
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
140
In the latter example,
y-2*se
and
y+2*se
are automatically computed (be-
cause there are only 2 arguments to
Cbind
).
·
More often we compute summaries to plot, e.g.:
# The following example uses the summarize function in Hmisc to
# compute the median and outer quartiles. The outer quartiles are
# displayed using "error bars"
set.seed(111)
dfr ← expand.grid(month=1:12, year=c(1997,1998), reps=1:100)
attach(dfr)
y ← abs(month-6.5) + 2*runif(length(month)) + year-1997
s ← summarize(y, llist(month,year), smedian.hilow, conf.int=.5)
xYplot(Cbind(y,Lower,Upper) ~ month, groups=year, data=s,
keys=’lines’, method=’alt’)
# Figure 14.1
# Can also do:
s ← summarize(y, llist(month,year), quantile, probs=c(.5,.25,.75),
stat.name=c(’y’,’Q1’,’Q3’))
xYplot(Cbind(y, Q1, Q3) ∼ month, groups=year, data=s, keys=’lines’)
·
To display means and bootstrapped nonparametric confidence intervals:
s ← summarize(y, llist(month,year), smean.cl.boot)
s
month year
y Lower Upper
1 1997 6.55 6.44 6.67
1 1998 7.51 7.40 7.62
2 1997 5.58 5.47 5.69
2 1998 6.44 6.33 6.55
. . . . . .
12 1998 7.47 7.37 7.58
xYplot(Cbind(y, Lower, Upper) ∼ month | factor(year), type=’l’, data=s)
# Figure 14.2
# factor(year) causes year to be written in panel labels
# Can also use Y ← cbind(y, Lower, Upper); xYplot(Cbind(Y) ∼ ...)
# Or:
xYplot(y ∼ month | year, nx=F, method=smean.cl.boot) # see later
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
141
2
4
6
8
2 4 6 8 10
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
month
y
Figure 14.1:
Alternating error bars showing quartiles of raw data.
CHAPTER 14. CONDITIONING AND PLOTTING THREE OR MORE VARIABLES
142
2
3
4
5
6
7
2
4
6
8
10
12
1997
2
4
6
8
10
12
1998
month
y
Figure 14.2:
Mean and nonparametric bootstrap 0.95 confidence intervals
Documents you may be interested
Documents you may be interested