CHAPTER6. TURNINGSOUTPUTINTOAL
A
T
E
X
PDF
REPORT
63
\date{\today}
% or \date{2Jan01} for example
\maketitle
\thanks{I neither gave nor received help on this project --- J.Q.P.}
\begin{enumerate}
\item
% first problem
My approach to this problem involved ...
\begin{Example}
x \Gets rnorm(1000)
\end{Example}
You can see a Gaussian shape in the histogram.
More conclusions.
\item
% skip second problem
\item
% third problem
One can see that ...
\end{enumerate}
\end{document}
6.2 Common Errors
·
Not putting things like
R^2, x<y
in math mode (butonly inside S comment
lines that become open L
A
T
E
Xcode)
·
Not escaping
% $ & #
by typing
\% \$ \& \#
when used in S comment lines
to represent percent or dollars
·
Not correcting S-P
LUS
’s reformatting of some comment lines. Often S-P
LUS
will move a comment line to the end of the previous S command. This will run
things together. Edit such lines by hitting
Enter
to move the
# ... comment
...
back to the next line where it belongs (this is not a problem if using the
sqpe
batch file method).
·
Using blank lines or other devices for forcing text to appear on a new line,
instead of putting
\\
at the end of a
#
line
Convert pdf into ppt online - software SDK dll:C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
www.rasteredge.com
Convert pdf into ppt online - software SDK dll:VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
www.rasteredge.com
CHAPTER 6. TURNING S OUTPUT INTO A L
A
T
E
X
PDF
REPORT
64
6.3 Saving and Printing the
PDF
Report
·
Sometimes you can left click on the web page to view and print the
.pdf
file
created by the server if Acrobat Reader is installed as a Mozilla, Netscape,
or IE plug-in
·
Usually better to right click and save to a temporary file such as
my.pdf
·
This file can be E-mailed as an attachment or you can open
Acrobat Reader
and read and/or print the file
·
Alternatively, click on
Save Link Location
in your browser and paste the
URL for the
.pdf
file into an E-mail who needs to read the report; they can
load it on demand (this only works if they will view the
.pdf
file before user
files are periodically purged from the server)
software SDK dll:Online Convert PowerPoint to PDF file. Best free online export
Convert a PPTX/PPT File to PDF. Just upload your file by clicking on the blue button or drag-and-drop your pptx or ppt file into the drop area.
www.rasteredge.com
software SDK dll:How to C#: Convert PDF, Excel, PPT to Word
How to C#: Convert PDF, Excel, PPT to Word. PDF, MS-Excel, MS-PPT to Word Conversion Overview. By integrating XDoc.Word SDK into your C#.NET project, PDF, MS
www.rasteredge.com
Chapter 7
Data in S
AH 3
7.1 Importing Datasets
AH 3.1,KO2.3.1,2.9,11.2.2
7.1.1 Functions
·
Many functions for importing rectangular ASCII files, e.g.,
read.table
(usu-
ally preferred),
scan
·
ASCII data commonly formatted so that fields are separated with commas
or tabs
·
read.table
will create a data frame
·
In R, the
read.csv
function calls
read.table
with the correct options to easily
read a comma separated file
·
sas.get
function in Hmisc reads a SAS dataset to create a data frame
– Slowerthanothermethodscoveredlater,because
sas.get
actually runs
aSAS job to dump SAS data in ASCII format so S can read it
65
software SDK dll:How to C#: Convert Word, Excel and PPT to PDF
How to C#: Convert Word, Excel and PPT to PDF. MS Office to PDF Conversion Overview. By integrating XDoc.PDF SDK into your C#.NET project, Microsoft Office
www.rasteredge.com
software SDK dll:VB.NET PowerPoint: Convert & Render PPT into PDF Document
directly encode converted image source into PDF document file converted image source to PDF format, RasterEdge VB other encoding APIs to convert rendered image
www.rasteredge.com
CHAPTER 7. DATA IN S
66
sas.get
has these advantages over using the builtin S-P
LUS
file import
facility
transports SAS variable labels into S-P
LUS
’label’
attributes on in-
dividual variables
reads SAS
PROC FORMAT
catalog files to associate value labels with S
variables by turning them into
factor
variables
preserves SAS special missing values
·
You can also directly call the import functions that are called by the
Import
menu
7.1.2
File ... Import
·
Converts a large number of types of ASCII files as well as special binary
files created by database software and other statistical packages; output is
adata frame whose name you choose on the dialog
·
If the data file does not contain field names, S-P
LUS
will assign default
names
·
Better to use the
Options
tab on the import dialog to fill in variable names
before importing the data
– Caneasily pastethesenamesin fromanothersourcesuchas adata
codebook file
·
R does not have a file import menu. Use R’s
foreign
package to read
SAS transport-format files and SPSS, EpiInfo, Minitab, and S-P
LUS
trans-
port (
.sdd
)files (the latter using
foreign
’s
data.restore
function).
·
Rcannot directly read Excel files. To read these, run Excel (Gnumeric or
software SDK dll:C# TIFF: Learn to Convert MS Word, Excel, and PPT to TIFF Image
C# TIFF - Conversion from Word, Excel, PPT to TIFF. In order to convert Microsoft Word, Excel, and PowerPoint to quiet easy to integrate this SDK into your C#
www.rasteredge.com
software SDK dll:VB.NET PowerPoint: Process & Manipulate PPT (.pptx) Slide(s)
to split one PPT (.pptx) document file into smaller sub control add-on can do PPT creating, loading powerful & profession imaging controls, PDF document, image
www.rasteredge.com
CHAPTER 7. DATA IN S
67
OpenOffice under Linux/Unix) and create a comma separated file, and read
this in R using
read.csv
.
·
Except when using
sas.get
,you should almost always run an imported data
frame through the Hmisc
cleanup.import
function to
– convertdoubleprecisionvariables(thedefault)tosingleprecision
a
or to
integer (if there are no fractional values in the data); this often results in
halving the RAM and disk storage requirements for the data frame
– solve a few problemscaused bystrange characters in Excellspread-
sheets
– addvariablelabelstovariables whentheseareimportedintoanother
data frame whose structure is that of a
SAS PROC CONTENTS CNTLOUT=
dataset
7.2 Listing Data Characteristics
AH 3.3
·
Hmisc
contents
functions displays data about a data frame
– variablelabels(ifany)
– units(ifany)
– storagemodes
– numberof
NA
s
– thenumberoflevelsfor
factor
s
> contents(pbc)
a
Ronlyhandlesdouble precisionor integer.
software SDK dll:VB.NET PowerPoint: Read & Scan Barcode Image from PPT Slide
VB.NET PPT PDF-417 barcode scanning SDK to detect PDF-417 barcode Allow VB.NET developers to output PPT ISSN barcode scanning result into data string.
www.rasteredge.com
software SDK dll:C# PDF Convert: How to Convert MS PPT to Adobe PDF Document
VB.NET Read: PDF Text Extract; VB.NET Read: PDF Image Extract; VB.NET Write: Insert text into PDF; C# PDF Convert: How to Convert MS PPT to Adobe PDF Document.
www.rasteredge.com
CHAPTER 7. DATA IN S
68
418 observations and 19 variables
Maximum # NAs:136
Labels Levels Storage NAs
bili
Serum Bilirubin (mg/dl)
single
0
albumin
Albumin (gm/dl)
single
0
stage
Histologic Stage, Ludwig Criteria
single
6
protime
Prothrombin Time (sec.)
single
2
sex
Sex
2 integer
0
fu.days Time to Death or Liver Transplantation
single
0
age
Age
single
0
spiders
Spiders
2 integer 106
hepatom
Hepatomagaly
2 integer 106
ascites
Ascites
2 integer 106
alk.phos
Alkaline Phosphatase (U/liter)
single 106
sgot
SGOT (U/ml)
single 106
chol
Cholesterol (mg/dl)
single 134
trig
Triglycerides (mg/dl)
single 136
platelet
Platelets (per cm^3/1000)
single 110
drug
Treatment
3 integer
0
status
Follow-up Status
single
0
edema
Edema
3 integer
0
copper
Urine Copper (ug/day)
single 108
+--------+------------------------------------------------------------------+
|Variable|Levels
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| sex
|male,female
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| spiders|absent,present
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| hepatom|absent,present
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| ascites|absent,present
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| drug
|D-penicillamine,placebo,not randomized
|
+--------+------------------------------------------------------------------+
| edema |no edema,edema, no diuretic therapy,edema despite diuretic therapy|
+--------+------------------------------------------------------------------+
> con <- contents(pbc)
> print(con, sort=’names’) # or sort=’labels’,’NAs’
418 observations and 19 variables
Maximum # NAs:136
Labels Levels Storage NAs
age
Age
single
0
CHAPTER 7. DATA IN S
69
albumin
Albumin (gm/dl)
single
0
alk.phos
Alkaline Phosphatase (U/liter)
single 106
ascites
Ascites
2 integer 106
. . . .
# Put contents output in a separate window that can be minimized
# This is helpful for guiding later analysis
> page(con, multi=T)
The
page
function tells S-P
LUS
to put the output of the command in its own
window.
multi=T
tells the system that multiple windows may be opened
without locking up the system until the window is dismissed.
New versions of the Hmisc library have an
html
function that will convert the
output of
contents
to an
.html
file suitable for linking from a web page. This
.html
file has hyperlinks embedded in it. To jump to the actual list of
levels
for
factor
variables you click on the number of levels in the top part of the
output.
7.3 Adjustment to Variables after Import
AH 3.2.3, 4.1.5,KO11.6
·
Often need to change variable names, attributes of variables such as
label
s
(long names), create properly annotated
factor
labels, and other things af-
ter dataset imported
·
Can change variable names during import or using the
Object Browser
·
Other things best done with Hmisc
upData
function to be covered later
7.4 Writing Data
AH 3.4.1-4
·
cat
function used to write out results with customized formatting (e.g., anal-
ysis results);
print
also used
CHAPTER 7. DATA IN S
70
·
write.table
function can be used to write out a data frame into an ASCII
file
·
Can also call the export functions that are called by
File ... Export
·
To copy Sobjects to another computer (even on a different operating system)
use the
data.dump
function:
data.dump(’x’,
’/temp/x.sdd’)
# output one object named x
data.dump(c(’x’,’y’), ’/temp/data.sdd’)
# output 2 objects, 1 file
data.dump(objects(), ’a:/mydata.sdd’)
# output all objects in
# _Data, 1 file on floppy
data.dump
converts the object to an ASCII form that can be read by all ver-
sions of S and R
b
·
To import all the exported S objects into another project area use
data.restore(’a:/mydata.sdd’)
or
data.restore(’whatever file name’)
7.5 Inspecting Data after Import and Cleanup
·
As soon as possible it is a good idea to inspect the data for accuracy and
holes caused by
NA
s
·
Accuracy best ensured by checking raw data
·
Secondary statistical checks can also help
– ranges of continuousnumericvariables—lookforoutliers thatmay be
typos
b
To read these in R youneed toinstallthe
Rstreams
package. Tooutput
.sdd
filesthat are readable byRor byolderversionsof S-P
LUS
add
the argument
oldStyle=T
to
data.dump( )
.
CHAPTER 7. DATA IN S
71
– impossiblevalues
– largegapswithnodata
– toomanyvaluestiedatsomevalue
– frequencydistributionofcategorical/charactervariables
·
First run Hmisc
describe
function on data frame
– frequenciesand%forcategoricalvariables
– prevalenceforbinaryvariables
– quartiles,mean,5highestandlowestvaluesforcontinuousnumerics
– alsoprintsvariablelabel(ifdefined),numberof
NA
s, number of imputed
values, units of measurement (if definied)
– InWindowsS-P
LUS
it is easy to put the results of
describe
in its own
window:
page(describe(mydataframe), multi=T)
– Youcanminimizethiswindowandbringitbackanytime,evenafterthe
S-P
LUS
session is over; very useful for driving analyses—reminds you
of variable names and which levels of categorical variables are too infre-
quent to use
– You canalsosave theresults of
describe
in a permanent object and
replay it in later sessions, or replay the output for only one variable:
desc.mydata ← describe(mydata)
desc.mydata
# print all results again
page(desc.mydata, multi=T)
# put in window
CHAPTER 7. DATA IN S
72
desc.mydata$age
# show stats for age
·
Run the
datadensity
function to make a “strip chart”of all variables on one
plot; frequency bar charts for categorical vars; also shows #
NA
s
datadensity(mydataframe)
·
Another graphics function for inspecting data in a data frame is
hist.data.frame
;
this ignores binary or categorical variables
·
To see holes (location and extent of
NA
s) do the following (
naclus
and
naplot
are in Hmisc)
nac ← naclus(mydata)
plot(nac)
# tree showing clustering of missingness
# across variables
naplot(nac)
# gives many plots describing NAs
na.pattern(mydata)
# tabular frequency table of NA patterns
Documents you may be interested
Documents you may be interested