Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 111 of 139 
3d analysis 
This plug-in runs 3d analysis of the ROI part of the loaded dataset. 
The configuration dialog for this plug-in is the similar to that for 3d analysis at the 4
th
processed images page in the main body of CTAn. As for 2d analysis, results can be 
output as a single line for each dataset analysed into a comma-delineated text file 
containing a text table of data from multiple datasets. Selecting “both” results in two 
data outputs, one to the standard CTAN or BATMAN results text listing, and the other 
to the line-by-line file to which the results of many analysed datasets can be added. 
When thickness and / separation are selected, additional options appear at the 
bottom of the 3d analysis dialog, for saving color-coded images of structure (or 
bone) thickness and separation. The resultant images are saved in a new directory in 
the same format as new datasets created by the “save bitmaps” plug-in. To view the 
color-coded thickness, open the dataset in Bruker-microCT Dataviewer. Under the 
color drop menu, choose color 1 or 2. Then the bar under “Color / data range” will 
become colored. At first the image will usually look very dark with little visible. You 
need to move the upper color slider and move it down from its default value of 100. In 
the example below it is reduced to 14. Adjust the color slider to obtain a good range 
of colors corresponding to thickness. 
Change pdf to powerpoint - C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
pdf picture to powerpoint; convert pdf to powerpoint using
Change pdf to powerpoint - VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
changing pdf to powerpoint; convert pdf pages into powerpoint slides
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 112 of 139 
Filtering 
The filtering applies several smoothing and sharpening operations to the loaded 
images. 
This plug-in is normally applied to grey-level (non-binarised) images, although you 
can apply it to binary images also. (If you do, the resultant images will no longer be 
binary but will have several grey levels. Simply repeating the threshold plug-in easily 
returns the images to binary. This way you can smooth binary images if required.) 
Online Convert PowerPoint to PDF file. Best free online export
Online Powerpoint to PDF Converter. Download Free Trial. Then just wait until the conversion from Powerpoint to PDF is complete and download the file.
convert pdf to editable ppt; export pdf into powerpoint
RasterEdge XDoc.PowerPoint for .NET - SDK for PowerPoint Document
Able to view and edit PowerPoint rapidly. Convert. Convert PowerPoint to PDF. Convert PowerPoint to HTML5. Convert PowerPoint to Tiff. Convert PowerPoint to Jpeg
convert pdf to powerpoint slides; convert pdf to powerpoint online
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 113 of 139 
There are three things to choose in the configuration dialog for the filtering plugin: 
 The filter type (Gaussian blur, Median, Uniform, Kuwahara, Unsharp mask) 
 2d or 3d smoothing (3d smoothing averages image pixel data vertically in the 
z axis as well as x and y) 
 The radius of smoothing (applied either in 2d or 3d) in pixels/voxels. 
The Unsharp mask 
The unsharp mask is a means of sharpening images (despite the confusing name 
suggesting the reverse). The method works by (a) making a blurred version of the 
image, (b) finding the difference between the original and the blurred images, and (c) 
adding this “difference” image to the original, resulting in an enhancement of the 
edge details that are removed in the blurring. 
The unsharp mask has the following adjustable parameters: 
 2D/3D space: the operation can be carried out in 2D or 3D 
 Radius: the radius of operation of the unsharp mask 
 Amount: this is listed as a percentage, and controls the magnitude of each 
overshoot (how much darker and how much lighter the edge borders become). 
This can also be thought of as how much contrast is added at the edges. It 
does not affect the width of the edge rims. 
 Threshold: controls the minimum brightness change that will be sharpened or 
how far apart adjacent tonal values have to be before the filter does anything. 
Unsharp masking is described on wikipedia: 
http://en.wikipedia.org/wiki/Unsharp_masking  
C# WinForms Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit
to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image to PDF; Convert Jpeg to PDF; Merge PDF Files; Split PDF Document; Remove Password from PDF; Change PDF Permission
embed pdf into powerpoint; convert pdf to powerpoint with
How to C#: Overview of Using XDoc.PowerPoint
How to C#: Overview of Using XDoc.PowerPoint. Overview for How to Use XDoc.PowerPoint in C# .NET Programming Project. PowerPoint Conversion.
convert pdf slides to powerpoint online; how to convert pdf into powerpoint on
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 114 of 139 
Here are the descriptions of “radius”, “amount” and “threshold” from this wikipedia 
article: 
Radius affects the size of the edges to be enhanced or how wide the edge rims 
become, so a smaller radius enhances smaller-scale detail. Higher Radius values 
can cause halos at the edges, a detectable faint light rim around objects. Fine detail 
needs a smaller Radius. Radius and Amount interact; reducing one allows more of 
the other.  
Amount is listed as a percentage, and controls the magnitude of each overshoot 
(how much darker and how much lighter the edge borders become). This can also be 
thought of as how much contrast is added at the edges. It does not affect the width of 
the edge rims. 
Threshold, the restriction of the function to larger intensity intervals, can be used to 
prevent smooth areas from becoming speckled. The threshold setting can be used to 
sharpen more-pronounced edges, while leaving subtler edges untouched. Low 
values should sharpen more because fewer areas are excluded. Higher threshold 
values exclude areas of lower contrast. 
(a)   
(b)    
(c)  
Images of a mouse (B6) femur scan, SkyScan 1174, processed to improve detail 
resolution. (a) Original reconstructed image; (b) after running unsharp mask, two 
times, with 2 pixel radius in 3D, threshold 0; (c) the sharpened image slightly 
smoothed to de-noise with Gaussian blur, 3D, 0.5 pixel radius (after each unsharp 
iteration). 
C# HTML5 Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit PowerPoint
Such as load and view PowerPoint without Microsoft Office software installed, convert PowerPoint to PDF file, Tiff image and HTML file, as well as add
pdf page to powerpoint; convert pdf back to powerpoint
VB.NET PowerPoint: Read, Edit and Process PPTX File
create image on desired PowerPoint slide, merge/split PowerPoint file, change the order of How to convert PowerPoint to PDF, render PowerPoint to SVG
pdf to ppt converter online for large; how to convert pdf to powerpoint on
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 115 of 139 
Morphological operations 
Morphological operations involve adding or removing pixels/voxels to or from the 
surface of all selected binarised objects (called erosion and dilation respectively). 
Open means erosion followed by dilation. Close means dilation followed by erosion.  
The open procedure has the effect of separating objects that are connected at a 
narrow junction. Close is the opposite, connecting objects that are in close proximity 
but initially distinct. 
In the configuration dialog, under “type” choose between erode, dilate, open and 
close. You can choose to apply the procedure in 2d or 3d. You can set the 
morphological operation kernel to square or round. The radius of the kernel is 
specified in the “radius” box. 
As with all the plug-ins which perform a modifying procedure to the image, 
morphological operations can be applied to either the current image or the ROI. In 
the case of ROI, it will treat the ROI as a binarised solid object or objects. After “apply 
to” please specify either image or ROI. 
VB.NET PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password
Add password to PDF. Change PDF original password. Remove password from PDF. Set PDF security level. VB: Change and Update PDF Document Password.
pdf to powerpoint conversion; how to convert pdf to ppt using
C# powerpoint - Convert PowerPoint to PDF in C#.NET
C# PowerPoint - Convert PowerPoint to PDF in C#.NET. Online C# Tutorial for Converting PowerPoint to PDF (.pdf) Document. PowerPoint to PDF Conversion Overview.
conversion of pdf to ppt online; conversion of pdf into ppt
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 116 of 139 
Despeckle 
The despeckle plug-in offers a wide range of image processing options for selecting 
and rejecting binarised objects on the basis of their size. All these variations of 
despeckle are selectable under “type”. This can be defined again either in 2d or 3d.  
In configuring the despeckle plug-in, you set the 
box which is labeled “area” (2d) or “volume” (3d) to 
eliminate binarised objects either less than or more 
than a specified number of pixels (2d) or voxels 
(3d). This number is entered in the box marked 
“pixels” or “voxels”. 
Again the procedure can be applied to either the 
image or to the ROI. Specify which after “apply to”. 
Here is a brief description of the available variations of despeckle: 
Remove black speckles  
removes objects that are black (i.e. thresholded to 
represent space or background) below (or above) a 
specified number of voxels. 
Remove white speckles  
removes objects that are white (i.e. thresholded to 
represent solid objects) below (or above) a 
specified number of voxels. 
Remove pores  
removes all black (space) regions that are fully 
enclosed by white (solid) voxels. Enclosure is 
defined either in 2d or in 3d. 
Remove broken pores  
a “broken pore” is a pore intersecting the boundary 
of the volume of interest (VOI). 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 117 of 139 
Remove broken objects  
a “broken object” is an object intersecting the 
boundary of the volume of interest (VOI). 
Remove inner objects  
An “inner object” is defined as an object fully 
enclosed by space, for which the surrounding 
space is itself fully surrounded by an uninterrupted 
solid bounding wall. 
Remove outer objects  
This option removes all binarised objects except 
those defined as inner objects above. 
Sweep  
This is the extreme despeckle option First, the 
single the single largest object is identified – again 
either in 2d or 3d. Then there are two alternatives: 
(a) to keep the largest object and remove all other 
objects, or (b) to delete the largest object and keep 
the rest. 
As with all the plug-ins which perform a modifying procedure to the image, the 
despeckle functions can be applied to either the current image or the ROI. In the 
case of ROI, it will treat the ROI as a binarised solid object or objects. After “apply to” 
please specify either image or ROI. 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 118 of 139 
The RANGE despeckle option 
In the despeckle plugin it is possible to select a range of object sizes – both white 
and black voxel objects / pores. You can either delete objects / pores within a 
specified range, or delete all objects / pores outside the range. 
3D model 
This plug-in will build a 3D surface-rendered model of the current binarised objects 
inside the current VOI (volume of interest). 
Algorithm options for surface-rendered 3D models: 
Double time cubes  
a smoother version of Marching Cubes. Refer to Bouvier 
2000. 
Marching Cubes 33  
A recent improvement on the original Marching Cubes 
algorithm, an explicit model showing detail down to 
individual voxels, good for finely detailed objects. 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 119 of 139 
Adaptive rendering  
An algorithm developed by Bruker-microCT in which a 
smooth faceted surface is fitted by sub-voxel contouring. 
This model type gives the most smooth, realistic surfaces 
but it is not as ideal as the Marching cubes / Double time 
cubes methods for very fine detail. 
Type of file 3D model file formats: 
STL  
Stereo lithography model format, a standard type accepted by much 
commercial software such as finite element analysis software (e.g. 
ABAQUS, ANSYS, Materialize) 
P3G  
A Bruker-microCT model format. Where model size is small to medium 
this format is useful – the file size is relatively small and an additional 
smoothing option is available in CT-volume for p3g models. 
CTM  
A Bruker-microCT model format. Model building in the ctm format is 
faster than in p3g, which can be useful for large models – such as from 
high resolution scans. However ctm models do not have the option for 
smoothing in CT-volume which is available for p3g models. 
PLY   
A non-Bruker-microCT format used in other 3D visualisation software. 
Please note that the model algorithm (Marching Cubes, Adaptive rendering etc.) and 
model format (P3G, CTM etc.) are not the same thing – this means that models made 
by any of the three algorithms can be saved in any of the three available formats. 
However models made by adaptive rendering should be saved in p3g format in order 
to visualise a smooth surface.  
Note also that the “unit” drop menu box is only applicable to the STL model format 
which is the only format which encodes absolute spatial distance information. For 
STL files, choose between voxel, µm, mm and inch. The P3G and CTM formats 
always use voxel. Selecting different distance units for STL models can have an 
effect on visual the size of the model on opening in CT-volume. If necessary adjust 
the cube size in stage properties in CT-volume, to obtain an appropriate viewing size 
for the model. 
In the case of selecting the adaptive rendering 3d model algorithm, three further 
parameters need to set:  
Locality  
this parameter defines the distance in pixels to the neighboring 
point used for finding the object border. Increasing this value 
allows “jumping” through noise on the object border, but small 
objects (often created by binarisation of noise) with size less 
than this parameter will be lost. 
Tolerance  
this parameter defines the sub pixel accuracy with which the 
object border is delineated. Reducing this number makes the 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 120 of 139 
model more smooth and accurate, but increases the model file 
size. 
Smoothing   
on or off 
Shrink-wrap ROI 
The “Shrink wrap” plug-in provides you with a way to make an ROI boundary exactly 
following the boundary of a solid binarised object. This allows you to then use the 
object’s perimeter as the reference region of interest – for example in the study of the 
internal porosity of an object. 
Shrink-wrap works in the following way: 
Set an ROI around the outside of a study object – in the given example a hollow ring 
of cortical bone. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested