Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 51 of 139 
7.2. The ruler and protractor tool 
Free-hand drawing a line with 
left mouse button on the 
crossection image will activate a 
ruler tool which measures 
straight line distance, as shown 
in the image to the right. 
If the drag-and-drop is 
accompanied by pressing CTRL 
on the keyboard, then a 
protractor tool is activated, as 
shown in the image below. To 
use the protractor, hold down 
the keyboard control key and 
draw a line with the left mouse 
button pressed. Alongside the 
line drawn by the mouse 
movement a second horizontal line will appear, and the angular segment between 
the drawn line (hypotenuse) and the horizontal line (adjacent) will be shown. To 
switch control to the other (adjacent) line, keep the left mouse button pressed and 
release the control key. You can switch back to the first line by pressing the control 
key again. The ruler and protractor are only displayed while the left mouse button is 
pressed. 
Export pdf to powerpoint - C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
pdf to powerpoint conversion; how to convert pdf file to powerpoint presentation
Export pdf to powerpoint - VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
convert pdf to ppt online without email; how to change pdf file to powerpoint
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 52 of 139 
7.3. The hand measurement tool 
CT-Analyser provides a tool for manual measurement of angles, straight line 
distances and distances along a free-hand drawn non-straight line. The 
measurements are made on both the projection and  crossection images. The tool 
dialog is opened with the yellow protractor icon in the CTAn top button row: 
The “measure” dialog has four tabs, angle, line, path and coordinate. Selecting one 
of these enables on-screen measurement using left mouse click or drag-and-drop.  
Angle measurement with the manual “measure” tool: 
Left button drag and drop enacts a protractor angle measurement relative to the 
horizontal plane. Note however that pressing control, after delineation of an angle, 
then resuming mouse cursor movement, will make the angle plane first drawn 
become the new reference plane, in place of the default horizontal plane. 
Online Convert PowerPoint to PDF file. Best free online export
Online Powerpoint to PDF Converter. Download Free Trial. Then just wait until the conversion from Powerpoint to PDF is complete and download the file.
change pdf to powerpoint; change pdf to powerpoint online
C# WPF PDF Viewer SDK to convert and export PDF document to other
Viewer & Editor. WPF: View PDF. WPF: Annotate PDF. WPF: Export PDF. WPF: Print PDF. PDF Create. Create PDF from Word. Create PDF from Excel. Create PDF from PowerPoint
how to convert pdf slides to powerpoint presentation; convert pdf to powerpoint online no email
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 53 of 139 
Line measurement with the manual “measure” tool: 
With this tab selected, left mouse button drag and drop measures the length of the 
drawn straight line in the selected unit.
Path measurement with the manual “measure” tool: 
With this tab selected, left mouse button drag and drop measures the length of a 
freehand path, in the chosen unit.
VB.NET PDF - Convert PDF with VB.NET WPF PDF Viewer
PDF in WPF. Annotate PDF in WPF. Export PDF in WPF. Print PDF in WPF. PDF Create. Create PDF from Word. Create PDF from Excel. Create PDF from PowerPoint. Create
converting pdf to ppt; how to convert pdf to ppt online
VB.NET PDF Converter Library SDK to convert PDF to other file
PDF Export. |. Home ›› XDoc.PDF ›› VB.NET PDF: PDF Export. for converting MicroSoft Office Word, Excel and PowerPoint document to PDF file in VB
online pdf converter to powerpoint; convert pdf pages to powerpoint slides
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 54 of 139 
Coordinate measurement with the manual “measure” tool: 
With this fourth tab selected, left mouse clicks record the XYZ coordinates of the 
clicked point. 
Measure tool function buttons 
Autofill  
On completion of each mouse operation, the measurement of the 
marked item will be automatically added to the displayed data list. 
Clear   
The displayed list of measurements will be cleared. 
Save  
By clicking on the save button, all currently displayed measurements 
can be saved to a text file, whose filename will default to “scan-
prefix_msr.txt”. Note that the unit of measurement will be taken from the 
unit correctly selected in preferences, general tab, under ‘unit”. 
Close   
Closes the measure tool. 
C# PDF Converter Library SDK to convert PDF to other file formats
PDF Export. |. Home ›› XDoc.PDF ›› C# PDF: PDF Export. Able to export PDF document to HTML file. Able to create convert PDF to SVG file.
add pdf to powerpoint presentation; convert pdf back to powerpoint
C# HTML5 PDF Viewer SDK to convert and export PDF document to
Export PDF in WPF. Print PDF in WPF. PDF Create. Create PDF from Word. Create PDF from Excel. Create PDF from PowerPoint. Create PDF from Tiff. Create PDF from
how to convert pdf to powerpoint; add pdf to powerpoint slide
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 55 of 139 
8. Page 2: Region of interest 
Moving to the second, region of interest (ROI) step or page, allows you to delineate 
regions of interest on dataset images. 
At this page, the image has a red highlighting (or blue if the image is inverted) – the 
highlighted region is the selected region, or “region of interest” (ROI) for that 
crossection. By default, the whole crossection is included in the ROI. 
A note on terminology:  
The region of interest (ROI) refers to the selected region, either fixed shape of free-
hand drawn, on a single crossection image.  
The volume of interest (VOI) refers to the integration of all the ROIs across all the 
selected image levels, and defines the sub-volume of the dataset within which 
procedures will be performed such as model construction and morphometric 
calculation. 
This is the row of function buttons at the ROI page: 
Their functions are described below: 
Load ROI 
Loads an ROI from a .roi file or from a stack of 1-bit binary 
images 
Load external 
image as ROI 
An external image, if in the 1-bit binary format, can be 
loaded to the current crossection as the ROI for that 
crossection 
Save ROI 
Saves to file the sizes, types and positions of all edited 
regions of interest, and also the current vertical boundaries 
of the volume of interest, and the current grey level 
thresholds in the binary page (subject to preference 
selection). 
Save ROI 
dataset 
Save a new dataset with images cropped to within the ROI 
only, restricted to the range of slices set in the ROI. 
Cut edited 
ROI level 
Cut the edited ROI level (for pasting elsewhere) 
C# WPF PDF Viewer SDK to view, annotate, convert and print PDF in
Export PDF in WPF. Print PDF in WPF. PDF Create. Create PDF from Word. Create PDF from Excel. Create PDF from PowerPoint. Create PDF from Tiff. Create PDF from
convert pdf into powerpoint; how to add pdf to powerpoint slide
VB.NET PDF- HTML5 PDF Viewer for VB.NET Project
PDF in WPF. Annotate PDF in WPF. Export PDF in WPF. Print PDF in WPF. PDF Create. Create PDF from Word. Create PDF from Excel. Create PDF from PowerPoint. Create
pdf to ppt converter online; how to convert pdf to ppt
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 56 of 139 
Copy edited 
ROI level 
Copy the edited ROI level (for pasting elsewhere) 
Paste edited 
ROI level 
Paste the (cut or copied) edited ROI level 
Switch to 
nodes outline 
Toggles the edited ROI boundary between displaying 
connected nodes (“join the dots”) and a smooth outline with 
corner nodes only 
ROI shape 
drop-menu 
Opens the drop-menu for ROI shapes 
Expand ROI 
Stretches the active fixed region of interest up to the size of 
the crossection image 
Copy edited 
ROI to all 
levels 
Copies the edited ROI shape to all images of the open 
dataset 
Reset / delete 
ROI 
Deletes all edited ROI shapes, resets the default (ROI = 
whole image) 
Invert edited 
ROI 
Inverts the edited ROI shape. What was outside the ROI 
becomes inside, and vice versa. 
Toggle ROI 
interpolation 
algorithm 
Alternates between three interpolation algorithms for edited 
ROI shapes: static, dynamic and adaptive (adaptive is a mix 
of static and dynamic). 
If you select the ROI shape drop menu 
there is a choice of seven ROI types:  
Rectangle 
(Can be rotated if reset to “image” 
Square 
(Can be rotated if reset to “image” 
Ellipse 
An ellipse 
Round 
A circle 
Polygonal 
A multi-nodal editable polygon 
Empty / 
deleted 
Indicates no ROI is selected for this level 
Interpolated 
Sets the current ROI as the interpolation of the closest 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 57 of 139 
neighboring edited ROIs above and below 
Image format Sets the ROI to image format, allowing additional editing 
options such as rotation of the image. An externally loaded 
image set to ROI will take this format 
In the ROI page, each image in the Dataset bar has an icon indicating its type with 
respect to ROI. After loading a dataset, all images are initially shown by default as 
interpolated regions of interest. 
 
The default ROI is the rectangular region which has the same size as a 
dataset image. For square images it is possible to set as default a round 
region of interest (entered in quadrate with same sizes as the crossection 
image). Open the dialog File / Preferences and the tab Region of Interest 
set the radio button to Round or Square. 
The size of the first four fixed shape regions of interest can be changed. To do this, 
drag-and-drop with the left mouse button one of the small squares at the corners of 
the bounding rectangle of the region of interest.  
The Status bar (at the bottom of the 
program window) will display the current size 
of the bounding rectangle of the ROI. Double 
clicking on the displayed ROI size in the 
status bar will open a window allowing you to 
adjust the ROI’s size and position: 
“Left” and “bottom” allow XY movement of 
the ROI. “Width” and “height” adjust the ROI 
size. 
Refer to this ROI size if you wish to apply 
repeatedly VOI volumes of identical size and 
shape.  
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 58 of 139 
Elliptic ROI  
Polygonal (freehand drawn) ROI 
The whole ROI on a crossection image can also be shifted by drag-and-drop with the 
left mouse button. In the Status bar at the right the relative displacement (“ROI 
offset”) of the ROI shape will be displayed. 
If you start drawing a freehand shape with the left mouse button held down in the 
field of a crossection image, on the ROI page, the polygonal ROI type is 
automatically set. A line bounding the new ROI will appear. At release of the button, 
the figure will be closed. The drawn line has small square markers at the polygonal 
corners as shown in the image above. These corner markers can be moved by left 
mouse button drag-and-drop, allowing editing of the drawn shape (see below). Nodes 
can also be individually inserted, moved and removed. 
If you begin such drawing on an image with an interpolated region of interest, the 
ROI type will change to polygonal. Where interpolated image levels exist, any 
modification of the size, position or shape of the ROI of any image will call a re-
computation of all interpolated images between the image with the modified ROI and 
the next images with an edited ROI above or below this image. Note that interpolated 
images are shown as yellow icons, and polygonal edited images as red. 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 59 of 139 
ROI-related keyboard shortcuts: 
Region of interest / Edited above:  switches to the next edited 
region of interest located above the current image; 
Ctrl. +  
Region of interest / Edited below:  switches to the next fixed region 
of interest located above the current image; 
Ctrl. +  
Region of interest / Last Modified:  switches to the image containing 
region of interest last subject to modifications; 
Backspace  
Additional ROI functions in the Region of Interest menu: 
Region of interest / Build Cube:  creates a cubic volume of interest (VOI) based on 
a square region of interest with the current image taken as the equatorial level of this 
cube. The regions of interest for images outside of this cube will be set to empty 
regions of interest. The equatorial level is indicated as a square ROI, while all other 
levels are shown as rectangular ROIs. 
Region of interest / Build Sphere:  creates a sphere volume of interest based on a 
round region of interest with the current image taken as the equatorial level of this 
sphere. The regions of interest for images outside of this sphere will be set to empty 
regions of interest. The equatorial level is indicated as a round ROI, while all other 
levels are shown as elliptic ROIs. 
The information about the selected grey level thresholds in the binary page, and also 
the vertical boundaries of the dataset volume of interest (VOI) is stored in the region 
of interest file (.roi). 
The “edit polygonal ROI” button 
alternates between a mode in which the whole 
shape can be edited by moving corner markers (by mouse drag-and-drop, left image) 
as for other fixed ROI shapes, and a mode in which all polygon boundary corners can 
be moved, added or removed (right image). 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 60 of 139 
8.1. The “save new dataset from ROI” function 
Special emphasis should be given to the “save new dataset from ROI” function since 
using this function confers several important advantages and can make analysis 
quicker and easier. Once ROIs are set over a selected range of slices, giving the 
volume of interest (VOI), the new dataset thus created contains only the part of each 
image within the ROI, over the selected VOI range only (see the two images below). 
Note in the preferences / ROI page, under the 
heading “Save images” the option “to accumulated 
ROI bounds” should be checked in order for the 
created ROI dataset to be cropped to the minimum 
size.  
NOTE ON CUSTOM PROCESSING: 
When analysing datasets in custom processing or BatMan always use ROI 
datasets with reduced size. Custom processing has a higher memory demand than 
the main body of CTAn and thus minimizing dataset size will facilitate operations in 
custom processing and BatMan. 
Saving a new “ROI dataset” creates a much smaller dataset which results in faster 
calculation and image processing of the same VOI, especially in custom processing 
or BatMan. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested