Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 71 of 139 
the model building is complete. 
Note: The type of 3D model surface rendering is chosen in File / Preferences at the 
Advanced tab (see below). Models created by each rendering algorithm can be 
saved in any of the three model file types. 
The three 3d model file types are STL, P3G, CTM and PLY. 
STL: Stereolithography, an industry standard surface rendered model useful for 
inputting into other software; 
P3G: A flexible format allowing smoothing of the surface in the CT-volume viewing 
software 
CTM: A general purpose model format with good stability at very large model sizes. 
PLY: A computer file format known as the Polygon File Format or the Stanford 
Triangle Format ( http://en.wikipedia.org/wiki/PLY_(file_format) ) 
 
After CTAn installation it is necessary to select the application which will be 
used for displaying three-dimensional models (usually it is CTvol.exe). To 
do this, open the dialog File / Preferences and select the tab Tools. 
Convert pdf to powerpoint online - C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
converting pdf to powerpoint slides; pdf picture to powerpoint
Convert pdf to powerpoint online - VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
adding pdf to powerpoint slide; change pdf to powerpoint
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 72 of 139 
To indicate the application path press the button  ...  and in the opened 
dialog select the visualization program, then press the button  OK . 
The construction of a 3d model uses one of three algorithms: Marching 
Cubes 33, Double-Time Cubes or Adaptive RenderingMarching Cubes 
is a surface building algorithm based on an explicit hexahedral voxel model 
developed by Lorensen and Cline (1987). Double Time Cubes is a 
Marching Cubes type method but with approximately half the number of 
facet triangles, with more smoothed surface detail (Bouvier 2000).  
Adaptive Rendering is a sub-voxel smooth rendering method also 
employed in the Bruker-microCT 3D-creator (“Ant”) software. Note that 
Marching Cubes is the algorithm used by morphometric 3d analysis in 
CTAnYou can choose the algorithm in the dialog File / Preferences on 
the tab Advanced and the field 3D surface construction algorithm. If 
you choose Adaptive Rendering, configuration boxes will appear in which 
you should specify the “locality” and “tolerance” variable parameters. 
Online Convert PowerPoint to PDF file. Best free online export
Online Powerpoint to PDF Converter. Download Free Trial. Convert a PPTX/PPT File to PDF. Just upload your file by clicking on the blue
convert pdf into powerpoint online; converting pdf to powerpoint online
VB.NET PDF - Convert PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
pdf into powerpoint; convert pdf to editable ppt
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 73 of 139 
The Locality and tolerance parameters for adaptive rendered 3D models 
 Locality:  this parameter defines the distance in pixels to the neighboring 
point used for finding the object border. Increasing this value allows “jumping” 
through noise on the object border, but small objects (often created by 
binarisation of noise) with size less than this parameter will be lost. 
 Tolerance: this parameter defines the sub pixel accuracy with which the 
object border is delineated. Reducing this number makes the model more 
smooth and accurate, but increases the model file size. 
It is possible to display or hide the Histogram bar from the menu 
View / Histogram 
C# HTML5 PDF Viewer SDK to convert and export PDF document to
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
pdf conversion to powerpoint; convert pdf into ppt online
XDoc.HTML5 Viewer for .NET, Zero Footprint AJAX Document Image
View, Convert, Edit, Sign Documents and Images. Online Demo See the HTML5 Viewer SDK for .NET in powerful & profession imaging controls, PDF document, image to
conversion of pdf into ppt; pdf to powerpoint conversion
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 74 of 139 
10. Page 4: Morphometry 
The morphometry calculation page (the 4
th
page) is where 3d and 2d measurements 
are made, and it becomes accessible only after the dataset grey scale images are 
transformed to binary at the binary (3
rd
) page. The areas painted white in the binary 
page are identified as solid objects and all that is painted black is considered ambient 
background. On moving to the morphometry page, a menu and bar with the title 
Analysis will appear to the right of the crossection image window, in which you have 
access to morphometric analysis commands. 
10.1. Analysis bar 
The Analysis bar is divided into two parts. At the top is the histogram of the 
distribution of a 2d image quantitative parameter (note the geometrical x axis scale). 
The parameter is indicated on the tab above the histogram – there are six to choose 
between (object size, perimeter etc.). The data shown here and in the table just 
below the histogram relate only to the currently open single crossection image. 
Each histogram bar relates to a parameter value range and has its own color. In the 
image window objects are correspondingly colored according to their value of the 
currently selected 2d parameter. You can customise the color pallet using the slider 
bars. 
At the bottom of the analysis bar is a table with the 2D analysis results of the 
selected image. You can use the buttons and tabs of the Analysis bar to access 
commands located in the Analysis menu. You can also open this menu by right 
mouse-click anywhere in the analysis window. 
10.2. Commands of the 
Analysis menu: 
The commands shown to the right are listed 
by right click in the analysis histogram pane: 
C# PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in C#.net
NET library to batch convert PDF files to jpg image files. Turn multiple pages PDF into single jpg files respectively online.
changing pdf to powerpoint file; changing pdf to powerpoint
VB.NET PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in vb.
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
how to convert pdf slides to powerpoint; image from pdf to ppt
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 75 of 139 
Measures and outputs the 2d morphometric 
parameters of all discreet binary objects on the current crossection image. 
Measures and outputs the 3d morphometric 
parameters individually for all discreet binary objects in the volume of interest for the 
current dataset. The data report lists parameters for every discreet 3d object. 
Measures and outputs the integrated 3d morphometric 
parameters for all binarised objects within the volume of interest. The data report lists a 
single summed or integrated value for every parameter, for all the binarised contents of 
the volume of interest. 
Measures and outputs the integrated 2d morphometric 
parameters for all binarised objects, on all image slices within the VOI. A text file table 
reports the parameter values for each line. 
Saves a text file with the values displayed in the 
histogram, of the currently selected 2d parameter for all discreet binarised objects on 
the current image level. The saved text file takes the filname “datasetname_dst.txt (or 
.csv), short for “distribution”. When this save distribution operation is selected, a 
window opens as shown below: 
Note that there are tick-boxes at the bottom of the window for (a) appending the text 
results to a summary file with results of multiple analyses, and (b) the option “save 
color-coded image”. This latter option saves the displayed binarised image with 
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view PDF document online in C#.NET
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
convert pdf into ppt; how to convert pdf to powerpoint on
VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
Convert PDF to HTML. |. Home ›› XDoc.PDF ›› VB.NET PDF: PDF to HTML. Convert PDF to HTML in VB.NET Demo Code. Add necessary references:
images from pdf to powerpoint; convert pdf to powerpoint
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 76 of 139 
separate binary items displayed with a grey scale linked to their size (or other selected 
display parameter) according to the currently displayed histogram. This image is saved 
as a bmp image file in a subfolder given the name “size distribution (1, 2…), as shown 
in the image above. 
In the case that either size or length are selected as the 
parameter for the displayed histogram, the “area histogram” button alternates between 
total number (N) and total surface or area (S) of objects in each category, as the y axis 
unit. 
This button displays the numerical value associated with 
each histogram bar. 
In the 
case that length (diameter of area-equivalent 
circle) is chosen as the histogram option, this 
button opens a dialog box allowing you to 
specify the intervals of the histogram of length 
values. This customised set of intervals can be 
saved. 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
object size (diameter of area-equivalent circle). 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
object length (maximum distance between two object pixels). 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
object perimeter. 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
form factor. 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 77 of 139 
orientation. 
Sets the unit on the y axis of the displayed histogram, to 
porosity (percent area of fully enclosed space in 2d). 
These above functions correspond to the rows of buttons and tabs above the 
histogram, in the analysis window, shown below: 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 78 of 139 
10.3. Individual object analysis in 2d: 
You can select any item in the single image 2d data report by left mouse 
click, and a small flashing cross inside a circle will appear on the 
crossection image, indicating the centroid of the selected item (see figure 
to the right). Furthermore, within the same image field, if you right-click on 
any discreet binarised object, a drop menu will appear, with the top item being “object 
properties” (figure below, lower). Selecting “object properties” will open a 2d results 
box with a single line of data corresponding to the selected binarised object. 
You can select one or more lines as follows. Place the cursor on a line and press the 
left mouse button. To select a range of lines, left-click on the first image and then left-
click with   Shift  held down on the last line of the required range. To add one line to 
an already chosen range, or to exclude one line, left-click on that image 
with  Ctrl  held down. However the cross indicator will only light up for singly chosen 
objects. 
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 79 of 139 
Note that while the results window is open for individual object 2d analysis, the 
highlighted object is shown with a small target mark on the image, as indicated by 
arrows on the image above.  
Manual for Bruker-microCT CT-Analyser v. 1.13
2013
Page 80 of 139 
You can save the results of individual analysis of image objects as a text file by 
pressing the button Save results. You have the option to select which 2d 
parameters are included as columns by clicking on the Choose details button. A 
dialog will open as shown below. Then you can print them by pressing the button 
Print resultsPressing the button Close window will close the dialog window. 
10.4. Individual object analysis in 3d: 
This analysis calculates and reports the 3d parameters of each and every discreet 3d 
binarised object within the VOI. Note that unlike with the integrated 3d objet analysis, 
on clicking the button to start individual 3d analysis, no window will open to prompt 
for output filenames, etc. – instead the calculation will begin immediately. File saving 
will be possible after analysis is complete. 
When the calculation is complete, the following results window will appear: 
Documents you may be interested
Documents you may be interested