Chapter 39. Gretl and Stata
340
gretl are upper-case, or of mixed case, it’s necessary to use all lower-case in Stata. Also note that
when opening a data file within Stata via the use command it will be necessary to provide the full
path to the file.
Convert pdf to powerpoint online for - software control project:C# Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
Online C# Tutorial for Creating PDF from Microsoft PowerPoint Presentation
www.rasteredge.com
Convert pdf to powerpoint online for - software control project:VB.NET Create PDF from PowerPoint Library to convert pptx, ppt to PDF in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF
VB.NET Tutorial for Export PDF file from Microsoft Office PowerPoint
www.rasteredge.com
Chapter 40
Gretl and Python
40.1 Introduction
According towww.python.org, Python is “an easy to learn, powerful programming language. It has
efficient high-level data structures and a simple but effective approach to object-oriented program-
ming. Python’s elegant syntax anddynamic typing, together with its interpreted nature, make it an
ideal language for scripting andrapid application development in many areas on most platforms.”
Indeed, Python is widely used in a great variety of contexts. Numerous add-on modules are avail-
able; the ones likely to be of greatest interest to econometricians include NumPy (“the fundamen-
tal package for scientific computing with Python”—seewww.numpy.org); SciPy (which builds on
NumPy—seewww.scipy.org); and Statsmodels (http://statsmodels.sourceforge.net/).
40.2 Python support in gretl
The support offered for Python in gretl is similar to that offered for Octave (chapter38). You can
open and edit Python scripts in the gretl GUI. Clicking the “execute” icon in the editor window will
send your code to Python for execution. In addition you can embed Python code within a gretl
script using a foreign block, as describedin connection with R.
When you launch Python from within gretl one variable and two convenience functions are pre-
defined, as follows.
gretl_dotdir
gretl_loadmat(filename, autodot=1)
gretl_export(M, filename, autodot=1)
The variable gretl_dotdir holds the path to the user’s “dot directory.” The first function loads a
matrix of the given filename as written by gretl’s mwrite function, and the second writes matrix
M, under the given filename, in the format wanted by gretl.
By default the traffic in matrices goes via the dot directory on the Python side; that is, the name of
this directory is prepended to filename for both reading and writing. (This is complementary to
use of the export and import parameters with gretl’s mwrite and mread functions, respectively.)
However, if you wish to take control over the reading and writing locations you can supply a zero
value for autodot when calling gretl_loadmat and gretl_export: in that case the filename
argument is used as is.
Note that gretl_loadmat and gretl_export depend on NumPy; they make use of the functions
loadtxt and savetxt respectively. Nonetheless, the presence of NumPy isnot an absolute require-
ment if you don’t need to use these two functions.
40.3 Illustration: linear regression with multicollinearity
Example 40.1 compares the numerical accuracy of gretl’s ols command with that of NumPy’s
linalg.lstsq, using the notorious Longley test data which exhibit extreme multicollinearity. Un-
like some econometrics packages, NumPy does a good job on these data. The script computes and
341
software control project:Online Convert PowerPoint to PDF file. Best free online export
Online Powerpoint to PDF Converter. Download Free Trial. Convert a PPTX/PPT File to PDF. Just upload your file by clicking on the blue
www.rasteredge.com
software control project:VB.NET PDF - Convert PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
www.rasteredge.com
Chapter 40. Gretl and Python
342
prints the log-relative error in estimation of the regression coefficients, using the NIST-certified val-
ues as a benchmark;
1
the error values correspond to the number ofcorrect digits (with a maximum
of 15). The results will differ somewhat by computer architecture; the output shown was obtained
on a 32-bit Linux Intel i5 system.
1
Seehttp://www.itl.nist.gov/div898/strd/lls/data/Longley.shtml.
software control project:C# HTML5 PDF Viewer SDK to convert and export PDF document to
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
www.rasteredge.com
software control project:XDoc.HTML5 Viewer for .NET, Zero Footprint AJAX Document Image
View, Convert, Edit, Sign Documents and Images. Online Demo See the HTML5 Viewer SDK for .NET in powerful & profession imaging controls, PDF document, image to
www.rasteredge.com
Chapter 40. Gretl and Python
343
Example 40.1: Comparing regression results withPython
set echo off
set messages off
function matrix logrel_error (matrix est, matrix true)
return -log10(abs(est - true) ./ abs(true))
end function
open longley.gdt -q
list LX = prdefl .. year
# gretl’s regular OLS
ols employ 0 LX -q
matrix b = $coeff
mwrite({employ}, "y.mat", 1)
mwrite({const} ~ {LX}, "X.mat", 1)
foreign language=python
import numpy as np
y = gretl_loadmat(’y.mat’, 1)
X = gretl_loadmat(’X.mat’, 1)
# NumPy’s OLS
b = np.linalg.lstsq(X, y)[0]
gretl_export(np.transpose(np.matrix(b)), ’py_b.mat’, 1)
end foreign
# NIST’s certified coefficient values
matrix nist_b = {-3482258.63459582, 15.0618722713733,
-0.358191792925910E-01, -2.02022980381683,
-1.03322686717359, -0.511041056535807E-01,
1829.15146461355}’
matrix py_b = mread("py_b.mat", 1)
matrix errs = logrel_error(b, nist_b) ~ logrel_error(py_b, nist_b)
colnames(errs, "gretl python")
printf "Log-relative errors, Longley coefficients:\n\n%12.5g\n", errs
printf "Column means\n%12.5g\n", meanc(errs)
Output:
Log-relative errors, Longley coefficients:
gretl
python
12.844
12.85
11.528
11.414
12.393
12.401
13.135
13.121
13.738
13.318
12.587
12.363
12.848
12.852
Column means
12.725
12.617
software control project:C# PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in C#.net
NET library to batch convert PDF files to jpg image files. Turn multiple pages PDF into single jpg files respectively online.
www.rasteredge.com
software control project:VB.NET PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in vb.
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
www.rasteredge.com
Chapter 41
Gretl and Julia
41.1 Introduction
According tojulialang.org, Julia is “a high-level, high-performance dynamic programming lan-
guage for technical computing, with syntax that is familiar to users of other technical computing
environments. It provides a sophisticatedcompiler, distributed parallel execution, numerical accu-
racy, and an extensive mathematical function library.” Julia is well known for being very fast.
41.2 Julia support in gretl
The support offered for Julia in gretl is similar to that offered for Octave (chapter 38). You can
open and edit Julia scripts in the gretl GUI. Clicking the “execute” icon in the editor window will
send your code to Julia for execution. In addition you can embed Julia code within a gretl script
using a foreign block, as described in connection with R.
When you launchJuliafrom within gretlone variable andtwoconvenience functions are pre-defined,
as follows.
gretl_dotdir
gretl_loadmat(filename, autodot=true)
gretl_export(M, filename, autodot=true)
The variable gretl_dotdir holds the path to the user’s “dot directory.” The first function loads a
matrix of the given filename as written by gretl’s mwrite function, and the second writes matrix
M, under the given filename, in the format wanted by gretl.
By default the traffic in matrices goes via the dot directory on the Julia side; that is, the name of
this directory is prepended to filename for both reading and writing. (This is complementary to
use of the export and import parameters with gretl’s mwrite and mread functions, respectively.)
However, if you wish to take control over the reading and writing locations you can supply a zero
value for autodot when calling gretl_loadmat and gretl_export: in that case the filename
argument is used as is.
41.3 Illustration
TO BE WRITTEN!
344
software control project:C# HTML5 PDF Viewer SDK to view PDF document online in C#.NET
RasterEdge. PRODUCTS: ONLINE DEMOS: Online HTML5 Document Viewer; Online XDoc.PDF Word to PDF; Convert Excel to PDF; Convert PowerPoint to PDF; Convert Image
www.rasteredge.com
software control project:VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
Convert PDF to HTML. |. Home ›› XDoc.PDF ›› VB.NET PDF: PDF to HTML. Convert PDF to HTML in VB.NET Demo Code. Add necessary references:
www.rasteredge.com
Chapter 42
Troubleshooting gretl
42.1 Bug reports
Bug reports are welcome—well, if not exactly welcome then useful and appreciated. Hopefully, you
are unlikely to find bugs in the actual calculations done by gretl (although this statement does not
constitute any sort of warranty). You may, however, come across bugs or oddities in the behavior
of the graphical interface. Please remember that the usefulness of bug reports is greatly enhanced
if you can be as specific as possible: what exactly went wrong, under what conditions, and on what
operating system? If you saw an error message, what precisely did it say?
One way of making a bug report more useful is to run the program in such a way that you can see
(and copy) any additional information that gets printed to the stderr output stream. On Linuxand
Mac OS X that’s just a matter of launching gretl from the command prompt in a terminal window.
On MS Windows it’s a bit more complicatedsince stderr is by default “invisble.” However, you can
quite easily set up a special gretl shortcut that does the job. On the Windows desktop, right-click
and select “New shortcut.” In the dialog box that appears, browse to find gretl.exe and append
the --debug flag, as shown in Figure42.1. Note that there are two dashes before “debug”.
Figure 42.1: Creating a debugging shortcut
345
Chapter 42. Troubleshooting gretl
346
When you start gretl in this mode, a “console window” appears as well as the gretl window, and
stderr output goes to the console. To copy this output, click at the top left of the console window
for a menu (Figure42.2): first do “Select all”, then “Copy.” You can paste the results into Notepad
or similar.
Figure 42.2: The program withconsolewindow
42.2 Auxiliary programs
As mentioned above, gretl calls some other programs to accomplish certain tasks (gnuplot for
graphing, LAT
E
Xfor high-quality typesetting of regression output, GNU R). If something goes wrong
with such external links, it is not always easy for gretl to produce an informative error message.
If such a link fails when accessed from the gretl graphical interface, you may be able to get more
information by starting gretl from the command prompt rather than via a desktop menu entry or
icon. On the X windowsystem, start gretl from the shell prompt in an xterm; on MS Windows, start
the program gretl.exe from a console windowor “DOS box” using the -g or --debug option flag.
Additional error messages may be displayed on the terminal window.
Also please note that for most external calls, gretl assumes that the programs in question are
available in your “path”—that is, that they can be invoked simply via the name of the program,
without supplying the program’s full location.
1
Thus if a given program fails, try the experiment of
typing the program name at the command prompt, as shown below.
Graphing
Typesetting
GNU R
Xwindow system
gnuplot
pdflatex
R
MS Windows
wgnuplot.exe pdflatex
RGui.exe
If the program fails to start from the prompt, it’s not a gretl issue but rather that the program’s
home directory is not in your path, or the program is not installed (properly). For details on
modifying your path please see the documentation or online help for your operating system or
shell.
1
Theexception tothisrule istheinvocation ofgnuplotunder MSWindows,where afullpathtotheprogram isgiven.
Chapter 43
The command line interface
The gretl package includes the command-line program gretlcli. On Linux it can be run from a
terminal window (xterm, rxvt,or similar), or at the text console. Under MS Windowsit can be run in
aconsole window (sometimes inaccurately called a “DOS box”). gretlcli has its own help file, which
may be accessed by typing “help” at the prompt. It can be run in batch mode, sending output
directly to a file (see also the Gretl Command Reference).
If gretlcli is linkedto the readline library (this is automatically the case in the MS Windows version;
also see AppendixC), the command line is recallable andeditable, andoffers commandcompletion.
You can use the Up and Down arrow keys to cycle through previously typed commands. On a given
command line, you can use the arrow keys to move around, in conjunction with Emacs editing
keystrokes.
1
The most common of these are:
Keystroke
Effect
Ctrl-a
go to start of line
Ctrl-e
go to end of line
Ctrl-d
delete character to right
where “Ctrl-a” means press the “a” key while the “Ctrl” key is also depressed. Thus if you want
to change something at the beginning of a command, you don’t have to backspace over the whole
line, erasing as you go. Just hop to the start and add or delete characters. If you type the first
letters ofa command name then press the Tab key, readline will attempt to complete the command
name for you. If there’s a unique completion it will be put in place automatically. If there’s more
than one completion, pressing Tab a second time brings up a list.
Probably the most useful mode for heavy-duty work with gretlcli is batch (non-interactive) mode,
in which the program reads and processes a script, and sends the output to file. For example
gretlcli -b scriptfile > outputfile
Note that scriptfile is treated as a program argument; only the output file requires redirection (>).
Don’t forget the -b (batch) switch, otherwise the program will wait for user input after executing
the script (and if output is redirected, the program will appear to “hang”).
1
Actually, the key bindings shownbeloware only the defaults; they can be customized. Seethereadlinemanual.
347
Part IV
Appendices
348
Appendix A
Data file details
A.1 Basic native format
In gretl’s basic native data format–for which we use the suffix gdt—a data set is stored in XML
(extensible mark-up language). Data files correspond to the simple DTD (document type defini-
tion) given in gretldata.dtd, which is supplied with the gretl distribution and is installed in the
system data directory (e.g./usr/share/gretl/data on Linux.) Such files may be plain text (un-
compressed) or gzipped. They contain the actual data values plus additional information such as
the names and descriptions of variables, the frequency of the data, and so on.
In a gdt file the actual data values are written to 17 significant figures (for generated data such as
logs or pseudo-random numbers) or to a maximum of 15 figures for primary data. The C printf
format “%.*g” is used (for * = 17 or 15) so that trailing zeros are not printed.
Most users will probably not have need to read or write such files other than via gretl itself, but
if you want to manipulate them using other software tools you should examine the DTD and also
take a look at a few of the supplied practice data files: data4-1.gdt gives a simple example;
data4-10.gdt is an example where observation labels are included.
A.2 Binary data file format
As of gretl 1.9.15, an alternative, binary format is available for data storage. Files of this sort have
suffix gdtb, andthey take theform of a PKZIP archive containing twofiles,data.xml anddata.bin,
with the following characteristics.
 data.xml is an XML file conforming to the gretldata DTD mentioned above, holding all the
metadata.
 data.bin starts with a header composed of one of the strings
gretl-bin:little-endian or
gretl-bin:big-endian
padded to 24 bytes with nul characters. This is followed by a binary dump of the data series,
by variable, as double-precision floating-point values.
Binary values are saved in the endianness of the machine on which they’re written; the header
information enables gretl to convert to the endianness of the host on which the data are read if
need be.
The rationale for introducing the binary gdtb format is that for very large datasets it is a lot faster
to write and read data in this form rather than as text. For small to moderately sized datasets
(say, up to 10 megabytes or so) there is no appreciable advantage in the binary format and we
recommend use of plain gdt.
Some illustrative timingsareshown in TableA.1;these were obtainedon a Lenovo ThinkPadX1 Car-
bon running gretl 1.9.15. The datasets contained a mixture of random normal series and random
binary (dummy) series. The largest comprised 50000 observations on 1000 series and the smallest
5000 observations on 250 series. As can be seen, there is a big time saving from the binary for-
mat when writing (and to a lesser extent, when reading) a dataset in the hundreds of megabytes
349
Documents you may be interested
Documents you may be interested