pdf js asp net mvc : Convert pdf to web Library control component asp.net web page html mvc LCN-50-08157-RDA-II-Operators-Manual3-part621

Chapter 8: Gating 
19
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Elliptical Gate 
Allows the user to draw an elliptical gate over a region of 
interest.  Similar to the Rectangular Gate, the user performs 
a mouse-down action at one end of the ellipse, and a 
mouse-up action at the other end of the ellipse. 
Quad Gate 
Draws four rectangle gates that share a common center 
point.  The user clicks on the graph where this center point 
is to be located.  This gate divides the graph into 4 sections.  
Only one Quad Gate (or Dynamic Quad Gate) is allowed per 
graph. 
Dynamic Quad 
Draws abutting polygons that share a common center point.  
The user clicks on the graph where this center point is to be 
located.  Only one Dynamic Quad Gate (or Quad Gate) is 
allowed per graph. 
Range Gate 
Allows the user to draw a one-dimensional gate on the 
Histogram or CDF graphs.  This is accomplished by way of a 
mouse-down action at one end of the range, followed by 
dragging the pointer to the other end of the range, and then 
releasing the mouse button. 
Manual Rectangular Gate 
Allows the user to specify a rectangular gate by entering the 
upper and lower limits for two graph parameters (e.g. PMT1 
Width and PMT2 Width). 
When a gate is created, it appears in the Analysis View as an entry underneath the data 
population to which the gate applies.  The icon that is shown next to the gate name in the 
Analysis View provides an indicator for the type of graph (rectangular, elliptical, quad, etc.) and 
whether the population that the gate creates is inside the gate boundary ( ) or outside ( ) 
the gate boundary.   
Moving/Resizing Gates 
Once a gate has been created, the gate can be moved and/or resized freely on the graph using 
the Pointer button.  To select a gate to modify, use the Pointer Tool to click inside the gated 
region (polygonal, rectangular and elliptical gates).  This action causes the control points for the 
Convert pdf to web - SDK application service:C# PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF application
How to Convert PDF to HTML Webpage with C# PDF Conversion SDK
www.rasteredge.com
Convert pdf to web - SDK application service:VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF application
PDF to HTML Webpage Converter SDK for VB.NET PDF to HTML Conversion
www.rasteredge.com
Chapter 8: Gating 
20
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
gate to be displayed and changes the mouse cursor to display a move icon ( ) on a Windows 
computer.  Note: On a Mac computer, the cursor does not change, but the move is still enabled.  
Once the move icon is showing, the gate can be moved by clicking and then dragging the mouse 
to the desired location.   
To adjust the size and/or shape of a gate, move the cursor (while the gate is selected) over one 
of the visible control points.  The cursor will switch to a crosshair ( ).  At this point, the user 
can click and drag the control point to a new location.  This action results in changing the size 
and/or shape of the gate. 
If there is sample-to-sample variability or a shift in cluster position across samples, expand or 
move the gate to include the clusters across all positive control samples.  
For Range, Quad and Dynamic Quad gates, the select/move/change behavior is slightly 
different.  To select a Range gate, the user needs to click on the horizontal line segment that 
defines the Range Gate.   Once selected, the gate can be moved or resized freely.  To select a 
Dynamic Quad Gate, the user needs to click on the center vertex.  This highlights the control 
points for the gate.  A Dynamic Quad Gate can only be modified by moving the control points 
located on the center and sides of the graph.  For Quad Gates, however, the individual line 
segments can be moved when the pointer is visible on the gate boundaries, whereas a crosshair 
will be visible near the center junction, allowing the center point of all four sections to be 
moved. 
Editing Gate Properties 
Once a gate has been selected, the user has the option to change the color, line type, and 
thickness of the gate boundary, as well as change the gate annotation font, font color, and 
opacity.  These functions are available using the ͚Gate Properties͛ button ( ), displayed in the 
Toolbar Ribbon.   licking on the ͚Gate Properties͛ button will open a dialog window where the 
gate properties can be changed for the selected gate.  This function is useful in situations where 
the user needs a means to have different gates on the same graph appear visually distinct from 
one another. 
For the case where the user wants to change the properties for all gates, the same properties 
can be set as preferences for the application by selecting the ͚Preferences͛ option ( ) under the 
Workspace menu item.  Changes to gate properties in preferences affect all subsequent gates 
that are created in the application.   
An additional gate configuration that can be set in Preferences is where the gate annotation is 
displayed relative to the gate.  This option can be set to display the annotation to the right, left, 
top, bottom or center of the gate. 
SDK application service:C# PDF: How to Create PDF Document Viewer in C#.NET with
Support rendering web viewer PDF document to images or svg file; Free to convert viewing PDF document to TIFF file for document management;
www.rasteredge.com
SDK application service:XDoc.HTML5 Viewer for .NET, Zero Footprint AJAX Document Image
View, Convert, Edit, Sign Documents and Images. Wide range of web browsers support including IE9+ powerful & profession imaging controls, PDF document, image to
www.rasteredge.com
Chapter 8: Gating 
21
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Finally, certain gate properties can be set from the Analysis View.  A right-mouse click on a gated 
population in the Analysis View will bring up a list of functions for that population.  If the ͚Edit͛ 
item is selected, a dialog window will appear that allows the user to change the gate name.  If 
the gate type is Rectangular, Elliptical or Polygonal, the user is also able to change whether the 
selected population is inside the gate boundary or outside the boundary.  For Rectangular gates, 
the user is further able to change the upper and lower boundaries of the gate and its 
parameters (axes). 
Displaying Gated Populations 
The Analysis View provides a convenient means to display the populations that are defined for a 
sample data file.  A single-click on any gated population in the Analysis View will cause the 
Graph View to update its display to show the selected population.  This applies to both the 
Graph Details View and the Multiple Samples View.  
Duplicate Graph View 
The ͚Duplicate Graph͛ button ( ) is located on the Toolbar Ribbon. For a population that is 
selected within the Analysis View, and visible within the Graph Details view, the ͚Duplicate 
Graph͛ button will create a new window showing the current graph. This view provides the user 
with the same viewing features as those offered within the Graph Details View, such as 
configuring axes, axis scales, and zooming; however, the changes that are made within this view 
do not impact the view in the Workspace. For example, if the user wants to zoom in on a 
particular part of the plot for enhanced resolution, the Duplicate Graph view will show the 
zoomed image, while the Graph Details View within the Workspace will retain its original 
setting. Moreover, several samples can be viewed, individually in separate windows, using the 
Duplicate Graph function. This allows the user the ability to perform side-by-side evaluations of 
different samples without altering the content within Graph Details.  
Three-dimensional View (3D View) 
The 3D View generates a 3D representation of the current graph in a new window. The ͚3D 
View͛ button ( ) is located on the Toolbar Ribbon. Clicking on this button will generate a 3D 
image for the population that is selected within the Analysis View. The X-axis and Y-axis scales 
will be presented as defined in the Graph Details View. Gates are not displayed in the 3D image. 
The Z-axis indicates the droplet count on a logarithmic scale. The 3D view can be rotated by 
clicking on the graph and dragging the mouse in the desired direction of rotation. The 3D view 
can be exported in 5 different formats, including JPG, GIF, BMP, PDF, and TIFF. 
The plots below present a 2D and a 3D plot of the same sample respectively.  
SDK application service:C# PDF Convert to SVG SDK: Convert PDF to SVG files in C#.net, ASP
In some situations, it is quite necessary to convert PDF document into SVG image format. indexed, scripted, and supported by most of the up to date web browsers
www.rasteredge.com
SDK application service:Online Convert PDF to Jpeg images. Best free online PDF JPEG
make it as easy as possible to convert your PDF files to JPG. You don't need to adjust any settings and the conversion only takes a few seconds. Web Security.
www.rasteredge.com
Chapter 8: Gating 
22
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
SDK application service:C#: How to Determine the Display Format for Web Doucment Viewing
RasterEdge web document viewer for .NET can convert PDF, Word, Excel and PowerPoint format files into Bitmap, as well as SVG files at the same time, and then
www.rasteredge.com
SDK application service:C# HTML5 Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit PDF
such as convert PDF to Microsoft Office Word (.docx) online, convert PDF to multi PDF Annotation. HTML5 Viewer for C# .NET is an advanced web viewer of rich
www.rasteredge.com
Chapter 9: Spectral Compensation 
23
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
9.  Spectral Compensation 
Overview
The RainDrop Sense records fluorescence data using two photomultiplier tubes (PMTs) enabling 
the detection of up to two different fluorescent probes at once.  Inside the Sense unit, a single 
laser illuminates the droplets, and fluorescence signal is collected, filtered and directed to two 
PMTs.  Each PMT receives a different wavelength range of the total fluorescence signal collected 
from the droplets.  Specifically, PMT1 mainly receives fluorescence from dyes emitting blue-
green light (e.g. FAM), and PMT2 mainly receives fluorescence from dyes emitting green-yellow 
light (e.g. VIC).  Because the fluorescence emitted from dyes has a broad range of wavelengths, 
most fluorophores will have overlapping emissions and thus be detected by more than one 
PMT.  This spectral overlap results in having the signal from one dye appear in both PMT 
channels.  This is sometimes termed ͞spillover͟.  To correct for this, a spectral compensation 
matrix can be generated which specifies how to correct for the overlapping signals.  For two 
dyes and two PMTs, this matrix comprises four values.  These values are typically fixed for a 
specific pairing of dyes on a given instrument and set of conditions.  The values may also be 
calculated by creating a Spillover Matrix that records the observed signals of the dyes from raw 
PMT data.  Once the Spillover Matrix is determined, the spectral compensation matrix can be 
calculated and used to remove the observed overlap. 
Creating/Using a Spillover Matrix 
Selecting the Spectral Compensation icon from the Toolbar Ribbon ( ) opens the Spectral 
Compensation control panel. Spectral compensation is completed by specifying a Spillover 
Matrix, either by utilizing gated populations defined on the PMT1 and PMT2 axes, or by using 
predefined matrix values.  
Creating a Calculated Matrix 
In the Spectral  ompensation control panel, the first option, ͚Use  alculated Matrix͛, 
guides the user through creating a calculated matrix. Three gates need to be defined on 
a PMT1 vs PMT2 Scatter (or Contour) Plot in order to calculate a spectral compensation 
matrix. In the plot below, three gates have been added as ͞negative͟ (spectral 
compensation negative), ͞dye 1 x axis͟ (spectral compensation Dye1), and ͞dye 2 y axis͟ 
(spectral compensation Dye2). Once these gates have been drawn, these populations 
can be selected from the drop-down menus for each of the populations. The gate names 
that appear in the drop-down menus are auto-populated from the Workspace.  
SDK application service:DocImage SDK for .NET: Web Document Image Viewer Online Demo
Document Viewer Demo to View, Annotate, Convert and Print upload a file to display in web viewer Suppported files are Word, Excel, PowerPoint, PDF, Tiff, Dicom
www.rasteredge.com
SDK application service:C# PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in C#.net
and quickly convert a large-size multi-page PDF document to a group of high-quality separate JPEG image files within .NET projects, including ASP.NET web and
www.rasteredge.com
Chapter 9: Spectral Compensation 
24
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Using a Saved Matrix 
If a Spillover Matrix has been previously saved to the Spectral Compensation Library, it 
can be loaded directly from the library.  This is done by clicking the ͚Load…͛ button 
under the ͚Use this Matrix͛ option on the Spectral  ompensation control panel.  This 
action opens the Spectral Compensation Library and allows the user to select a 
previously saved Spillover Matrix to use. 
Editing/Creating a Manual Matrix 
Spillover Matrix values can be entered directly into the two-by-two matrix shown 
under the ͚Use this Matrix͛ option on the Spectral  ompensation control panel.  
Values ranging from -0.2 to +2.0 are allowed.   
Customizing Axis Names 
y default, RainDrop Analyst II will rename the compensated axes to ͚ omp-PMT1͛ and 
͚ omp-PMT2͛.  The compensated axes can be re-named by the user either during the 
spectral compensation process or by editing the text boxes at the bottom of the Spectral 
SDK application service:C# Image: Guide for Customizaing Options in Web Viewer
RasterEdge .NET Web Viewer Library for C# provides Visual C# programmers with two modes to display PDF, Office Word, Excel, and PowerPoint files.
www.rasteredge.com
Chapter 9: Spectral Compensation 
25
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Compensation control panel after compensation has been performed.  The example 
below shows that the axes will be re-named to FAM and TET.  
Applying Spectral Compensation 
Once the spectral compensation has been calculated, by any of the three approaches, spectral 
compensation can be applied to the current sample by simply clicking the ͚Apply͛ button.  If 
multiple samples are selected in the Sample View, spectral compensation can be applied to all 
selected samples by clicking the ͚Apply Spectral  ompensation to Selected Samples͛ checkbox at 
the bottom of the control panel.  
After clicking the ͚Apply͛ button, spectral compensation will be calculated and applied to the 
data, and the axes will automatically switch to show the compensated data.  The plots below 
show data before and after the application of a calculated spectral compensation.  Note that the 
three clusters used to calculate spectral compensation do not appear in the compensated graph.  
This is due to the fact that the gates in the uncompensated plot are defined by PMT1 and PMT2 
values, while the compensated plot is rendering different data (FAM and TET values). 
Chapter 9: Spectral Compensation 
26
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Spectral Compensation for Multiplex Reactions 
To spectrally compensate a multiplex reaction with more than 2 positive clusters follow the 
steps above.  When selecting the positive clusters for calculating a matrix, RainDance 
recommends the user select the clusters that require the smallest amount of compensation.  
Refer to the images below.  The best clusters to use for spectral compensation have the smallest 
angle between the positive cluster, the negative cluster, and the adjacent axis.  
Before compensation 
After compensation 
Chapter 9: Spectral Compensation 
27
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
Spectral Compensation Library 
RainDrop Analyst II manages a library of Spectral Compensation Matrices.  These are the user-
defined matrices.  The library provides the following features:  
Importing a Spectral Compensation Matrix file 
Adding a Spectral Compensation Matrix 
Exporting a Spectral Compensation Matrix to file 
Deleting a Spectral Compensation Matrix 
Adding & Importing a Matrix 
The Spectral Compensation Library allows the user to add new Spillover Matrices to RainDrop 
Analyst II.  This is done by opening the Spectral Compensation Library by selecting it under the 
Library menu item.  Next, click on the ͚Add…͛ button.  This opens a window where the user can 
enter matrix values.   licking the ͚Save͛ button opens a dialog window allowing the user to save 
the matrix to file.   
To import a matrix file into the Spectral Compensation Library, click the ͚Import…͛ button at the 
top right of the window.  This opens a browser that allows the user to select a matrix file (*.mtx) 
to be imported into the library. 
Exporting a Matrix 
A spectral compensation matrix can be exported from an active Workspace using the ͚Export͛ 
button in the Spectral Compensation control panel.  Clicking this button brings up a dialog 
window allowing the user to save the current Spillover Matrix to file (*.mtx).  Once saved, a 
matrix can be imported into the Spectral Compensation Library and used in other analyses.   
To export a spectral compensation matrix that is already present in the Spectral Compensation 
Library, first open the Spectral Compensation Library by selecting it under the Library menu 
item.  This opens the Spectral Compensation Library which lists all Spillover Matrices that are 
known to the application.  Next, select the matrix to export and then click the ͚Export…͛ button.  
This action opens a dialog window allowing the user to save the selected Spillover Matrix to file. 
Deleting a Matrix 
The Spectral Compensation Library also allows a user to delete Spillover Matrices.  This is done 
by selecting the Spillover Matrix to delete from the library and then clicking the ͚Delete͛ button.  
A dialog window appears to confirm the action. 
Chapter 10: Statistical Analysis 
28
LCN 50-08157, Rev. A  
Ra i n D r o p   A n a l y s t   I I   O p e r a t o r ͛ s   M a n u a l 
10.  Statistical Analysis 
Overview
Statistical calculations are applied to data populations using the Add Statistic control panel 
which is accessible from the Graph Details view in two locations.  The first location is from the 
Toolbar Ribbon, located at the top of the Graph Details view.   licking on the ͚Add Statistics͛ 
toolbar button ( ) will open the Add Statistic control panel in a separate window.  Alternatively, 
the ͚Add Statistics͛ button is also located in the Statistics Panel which is located at the bottom of 
the Graph Details view.  If the Statistics Panel is not shown, simply click on the Expand/Collapse 
button ( ).   
Adding Statistics 
Statistical calculations are defined by first selecting the population of interest.  This is done by 
selecting a gated population from the Analysis View.  The population is then displayed in the 
Graph Details View and the name of the population is also shown at the top of the Statistics 
Panel (if it is visible) and above the graph.  If the Statistics Panel is visible, the droplet count 
(current population/total population) and the percentage statistics are displayed. Clicking on the 
͚Add Statistics͛ button ( ), either in the Statistics Panel or in the Toolbar Ribbon will open the 
Add Statistic control panel where statistical calculations can be selected for the current 
population.  
These statistics are as follows:  
Mean 
Median 
Mode 
Coefficient of Variation (CV) 
Standard Deviation (SD) 
Poisson Correction  
Ratio 
For each of these statistics, it is important to identify the parameter for which the statistic is 
acting upon.  The parameter specifies which data set from the selected population of droplets 
will be used for the calculation.  Typically, this will be the compensated PMT data.  The user is 
able to select multiple statistics to add (by Ctrl + Mouse_click in Windows, or Shift + Mouse_click 
on a Mac), and the user can have each statistic operate on multiple parameters.   
Additionally, Ratios and Poisson Corrections (PC) can be calculated for populations that have at 
least two sub-populations defined.  
Documents you may be interested
Documents you may be interested