GeneNotes Extension to Firefox 
Version 1.0 
A powerful tool for biologists to collect and manage a variety of biological 
information as notes from Internet
Changing file from pdf to jpg - Convert PDF to JPEG images in C#.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF project
How to convert PDF to JPEG using C#.NET PDF to JPEG conversion / converter library control SDK
change format from pdf to jpg; reader pdf to jpeg
Changing file from pdf to jpg - VB.NET PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in vb.net, ASP.NET MVC, WinForms, WPF project
Online Tutorial for PDF to JPEG (JPG) Conversion in VB.NET Image Application
best program to convert pdf to jpg; .pdf to .jpg online
Contents 
1. Overview....................................................................................................................3
2. How to Install and Uninstall......................................................................................3
2.1. How to install..................................................................................................3
2.2. How to uninstall..............................................................................................3
3. Interfaces....................................................................................................................4
3.1. GeneNotes Toolbar.........................................................................................4
3.2. GeneNotes Sidebar..........................................................................................4
4. Workspace..................................................................................................................6
4.1. Create Workspace...........................................................................................6
4.2. Load Workspace..............................................................................................7
4.3. Edit Workspace...............................................................................................8
4.4. Gene List.........................................................................................................7
4.5. Create Gene Lists............................................................................................9
4.6. Import Gene List.............................................................................................9
4.7. Edit Gene List.................................................................................................9
5. Take Notes...............................................................................................................11
5.1. Capture Notes................................................................................................11
5.2. Show Notes of a Gene...................................................................................11
5.3. Show Project Notes.......................................................................................12
5.4. Edit Notes......................................................................................................12
5.5. Delete Notes..................................................................................................13
6. Quick Links..............................................................................................................15
VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net
the second PDF file to the target one, this PDF file merge function put the two target PDF together and save as new PDF, without changing the previous
convert pdf into jpg online; changing file from pdf to jpg
XDoc.HTML5 Viewer for .NET, All Mature Features Introductions
PowerPoint: PPT, PPTX, PPS, PPSX; PDF: Portable Document to open specified file in server file system or or zoom out functions, and changing file rotation angle
convert pdf file to jpg; convert pdf file to jpg format
1. Overview 
GeneNotes extension to Firefox (http://combio.cs.brandeis.edu/genenotesextension/) 
is a gene-oriented tool developed to help biologists collect and manage a variety of 
biological information as notes from the Internet. It greatly helps biologists during the 
decision making processes in large-scale functional genomics projects. Users can 
organize hits (genes) identified in their experiments into lists, which can be loaded 
into GeneNotes. GeneNotes can automatically retrieve the up-to-date annotation 
information of genes from our server. Users can freely surf the Internet in a 
gene-centric mode. Web content can be captured as notes linking to either genes or 
projects. Notes are editable and are stored locally on users’ computers so that they can 
be accessed off-line. 
2. How to Install and Uninstall 
2.1. How to install 
(a) Download genenotes-firefox-extension-1.0.0.zip from 
http://combio.cs.brandeis.edu/GenenotesExtension/download.html
(b) Uncompress the ZIP file to get genenotes-firefox-extension-1.0.0.xpi 
(c) In Firefox menu, use “File”  “Open File …” to open the extension installation 
file genenotes-firefox-extension-1.0.0.xpi, and then a dialog will show up (see 
Figure 1). Follow the installation instruction provided in the dialog to install 
GeneNotes extension. 
Figure 1. Install GeneNotes extension to Firefox. 
2.2. How to uninstall 
(a) In Firefox menu, use “Tools”  “Add-ons” to bring up the Add-ons window 
(Figure 2). 
(b) Choose “GeneNotes Firefox Extension” and click “Uninstall”. 
C# PDF Convert to Tiff SDK: Convert PDF to tiff images in C#.net
Supports for changing image size. this .NET PDF to TIFF conversion control, C# developers can render and convert PDF document to TIFF image file with no loss
c# convert pdf to jpg; change file from pdf to jpg
VB.NET Image: PDF to Image Converter, Convert Batch PDF Pages to
image format in VB programming code, like changing "tif" to and then you can get any wanted target image file. users are also allowed to convert PDF to other
convert multi page pdf to jpg; pdf to jpg
(c) Restart Firefox. 
Figure 2. Uninstall GeneNotes 
3. Interfaces 
The interfaces of GeneNotes Extension consist of a toolbar and a sidebar. 
3.1. GeneNotes Toolbar 
The toolbar (Figure 3) has three items: a drop-down menu Q-links, a Search box, and 
Workspace button.  
 Q-links provides a set of useful biological website links allowing users to quickly 
jump to those databases.  
 The Search Box is a portal to several useful searching engines such as NCBI, 
Flybase, MGI, RGD, SGD, Wormbase, and so on. 
 The Workspace Button is used to toggle the GeneNotes sidebar on or off, which 
will be explained in the next section. 
Figure 3. GeneNotes toolbar. 
3.2. GeneNotes Sidebar 
The GeneNotes sidebar (Figure 4) can be toggled on or off by the Workspace button 
in the GeneNotes toolbar (see Figure 3). It has three sub windows: Workspace View, 
Gene List View, and Gene Information View. The Workspace View shows all gene lists 
in the current workspace. If a gene list is selected, the Gene List View will show all the 
Quick-Links 
Search Box 
Workspace
C# Tiff Convert: How to Convert Raster Images (Jpeg/Png/Bmp/Gif)
Give You Sample Codes for Changing and Converting Jpeg, Png, Bmp, and RasterEdge. XDoc.PDF.dll. an example of converting raster image Jpeg to Tiff image file.
convert pdf to jpg 100 dpi; changing pdf to jpg file
genes in it. Users can select a gene in the Gene List View to view its annotation 
information in the Gene Information View
Figure 4. GeneNotes sidebar. 
Workspace View 
Gene Information View
Gene List View 
4. Workspace 
Workspace contains a set of gene lists. Each gene list consists of genes, which can be 
differentially expressed genes in a microarray experiment, hits in a high content 
screening, and so on. Once loaded, a workspace is shown in the GeneNotes sidebar 
(Figure 4). The menu to manage a workspace is located at the top of the sidebar 
(Figure 5). 
Figure 5. The “Manage Workspace” menu. 
A workspace is stored as an XML file. An example is given below. 
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> 
<GeneNotes_Workspace> 
<GeneList>AffyProbeSet.txt</GeneList> 
<GeneList>EntrezGeneID.txt</GeneList> 
<GeneList>EnsemblID.txt</GeneList> 
<GeneList>OrganismDBID.txt</GeneList> 
<GeneList>SwissProtID.txt</GeneList> 
</GeneNotes_Workspace> 
4.1. Create Workspace 
Click the “Create workspace menu (see Figure 5) to create a new workspace. In the 
prompt window (Figure 6), input the name of the new workspace and specify where 
the workspace should be stored. The newly created workspace is an empty one as 
below: 
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> 
<GeneNotes_Workspace> 
</GeneNotes_Workspace> 
The browser will open the editor (Figure 8) for the user to edit the new workspace. 
Figure 6. Create a new workspace. 
4.2. Gene List 
A gene list contains a list of gene IDs of the same ID type. GeneNotes use those IDs 
to retrieve gene annotation information. GeneNotes currently supports six ID types: 
“Entrez Gene ID”, “Ensembl ID”, “Organism Database ID”, “SwissProt ID”, 
“UniGene ID”, and “Affymetrix Probe Set”. A gene list file is a text file that starts 
with a line specifying the ID type, which is followed by gene IDs. Each line contains 
only one ID. An “Organism Database ID” gene list example is given below. 
Organism Database ID 
WBGene00001609 
FBgn0000137 
HGNC.17 
MGI.107704 
S000000580 
RGD.2004 
4.3. Load a Workspace 
Click the “Load workspace” menu item (Figure 5) to load an exiting workspace. In 
the prompt window (Figure 7), choose the workspace file and click the “Open 
button. 
Figure 7. Load an existing workspace. 
4.4. Edit Workspace 
Click the “Edit workspace menu item (Figure 5) to edit the current workspace. The 
browser will load a webpage for the user to edit the workspace (Figure 8). 
Figure 8. The interface for editing a workspace. There are three panels in the edit 
workspace interface. (a) “Gene List” panel. Toggle the checkboxes to select of 
deselect gene lists. The genes in the selected list are shown in the middle panel (the 
Gene List Panel
Gene Panel
Add Gene Panel
“Gene” panel). The buttons at the bottom of the “Gene List” panel allow the user to 
import a gene list, create a new gene list, or delete the selected gene list. (b) The 
“Gene” panel shows the genes in the selected gene list. Genes can be selected by 
toggle the corresponding checkboxes. Use the “delete” button at the bottom of the 
panel to delete the selected genes. (c) The third panel is the “Add Gene” panel. The 
user can input a list of gene IDs and add them to the selected gene list by clicking the 
“Add” button. The gene IDs to be added must be of the same ID type to those in the 
selected gene list. See the next section for the explanation of gene ID types. 
4.5. Create Gene Lists 
Use the “Create” button in the “Gene List Panel” (Figure) 8 to bring up a dialog 
(Figure 9) for creating a new gene list. In the pop-up dialog (Figure 9), input the gene 
list name and choose the primary ID type. The new gene list will be created under the 
same directory with the workspace.  
Figure 9. The interface for creating a new gene list. The user needs to input the 
filename name of the new gene list and specify the primary ID type. 
4.6. Import Gene List 
Use the interface shown in Figure 8 to bring up a dialog (Figure 10) for importing a 
new gene list.  
Figure 10. The dialog for importing a gene list. 
4.7. Edit Gene List 
Use the interface shown in Figure 8 to edit gene lists. The user can also use the 
10 
context menu of the “Gene List View” in the sidebar to quickly add or delete a gene 
ID. To evoke the context menu, right-click the “Gene List View” (see Figure 11). 
Figure 11. Gene list view context menu. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested