StatisticalTablesandPlotsusingSandL
A
T
E
X
FEHarrell
DivisionofBiostatisticsandEpidemiology
DepartmentofHealthEvaluationSciences
UniversityofVirginiaSchoolofMedicine
fharrell@virginia.edu
hesweb1.med.virginia.edu/biostat
February4,2003
Contents
1 IntroductiontoLAT
E
X
3
1.1 TwoLAT
E
XOutputModes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4
1.2 BasicTableMakinginLAT
E
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6
2 UsingStoFillinCellsinL
A
T
E
XTables
8
3 UsingStoCreate e GraphicsforL
A
T
E
X
11
3.1 InsertingGraphicsFilesintoLAT
E
XDocuments . . . . . . . . . . . . . 11
4 MakingSComposeLAT
E
XTables
12
DocumentAddress: hesweb1.med.virginia.edu/biostat/s/doc/summary.pdf. This
document was produced using g TeT
E
Xon RedHat 8.0Linux using g Rversion n 1.6.1 1 and
version1.5-0(31Jan03)ofthe
Hmisc
library. Allcommandsand d outputwillbethesame
forS-PlusexceptthatGreekletters,superscripts,andsubscriptswillnotappearinplots.
1
Pdf split and merge - Merge, append PDF files in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Provide C# Demo Codes for Merging and Appending PDF Document
batch merge pdf; how to combine pdf files
Pdf split and merge - VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
VB.NET Guide and Sample Codes to Merge PDF Documents in .NET Project
pdf mail merge; add pdf files together reader
LISTOFTABLES
LISTOFTABLES
4.1 ReportsFormattedtoDescribeResponses . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4.2 BaselineCharacteristicTables. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
4.3 DataDisplaysfromCross–ClassifyingVariables . . . . . . . . . . . . . 38
5 HandlingSpecialVariables
38
5.1 MultipleChoiceVariables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
5.2 ConditionallyDefinedVariables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6 AlternateApproaches
44
6.1 LiterateProgramming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.2 L
A
T
E
XServer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
7 DataPreparation
45
8 InsertingLAT
E
XOutputintonon–LAT
E
X Applications
48
9 SDocumention
50
10LAT
E
XCodeforThisDocument
50
ListofTables
1
OverallResults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
2
OverallResults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
3
StatisticalResults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
4
Survival
N=418 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5
Sbydrug
N=418 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2
C# PDF File Split Library: Split, seperate PDF into multiple files
PDF ›› C# PDF: Split PDF. C# PDF - Split PDF Document in C#.NET. Explain How to Split PDF Document in Visual C#.NET Application. C# DLLs: Split PDF Document.
break pdf file into multiple files; pdf split and merge
VB.NET PDF File Split Library: Split, seperate PDF into multiple
File: Split PDF Document. |. Home ›› XDoc.PDF ›› VB.NET PDF: Split PDF. VB.NET PDF - Split PDF Document Using VB.NET. VB.NET
add pdf files together; add multiple pdf files into one online
1 INTRODUCTIONTOLAT
E
X
LISTOFFIGURES
6
CholesterolandSerumBilirubin
N=284,134Missing. . . . . 24
7
SerumBilirubin(D-penicillamine)
N=154 . . . . . . . . . . . . . . . 25
8
SerumBilirubin(placebo)
N=158 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
9
DescriptiveStatisticsbydrug . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
10
DescriptiveStatisticsbystage. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
11
Fractionofap>1bysz,bone . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
ListofFigures
1
Kaplan–Meierestimates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2
Estimatedlifelength . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3
Estimatedlifelengthstratifiedbytreatment. . . . . . . . . . . . . . . . 21
4
Distributionofcholesterolandbilirubin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
5
Meanandmedianbilirubinfortreatedpatients . . . . . . . . . . . . . 26
6
Categoricalvariablesstratifiedbydrug. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
7
Continuousvariablesstratifiedbydrug. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
8
Categoricalvariablesinprostatetrial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
9
Continuousvariablesinprostatetrial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
10
ProportionofpatientswithAP>1.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
1 IntroductiontoL
A
T
E
X
LAT
E
Xisapublicdomaindocument processingsystemdevelopedby Lam-
port(whichusesT
E
XbyKnuth)thatisusedheavilyinthesciencesandby
3
C# PDF: C#.NET PDF Document Merging & Splitting Control SDK
C# PDF - Merge or Split PDF File in C#.NET. C#.NET Code Demos to Combine or Divide Source PDF Document File. Visual C#. VB.NET. Home
acrobat split pdf into multiple files; asp.net merge pdf files
VB.NET PDF: Use VB.NET Code to Merge and Split PDF Documents
VB.NET PDF - How to Merge and Split PDF. How to Merge and Split PDF Documents by Using VB.NET Code. Visual C#. VB.NET. Home > .NET Imaging
add two pdf files together; best pdf merger
1 INTRODUCTIONTOLAT
E
X
journalandbookpublishers
1
.LAT
E
Xisamarkuplanguagethatiscompiled
similar to programminglanguages suchas C.LAT
E
Xisparticularlystrong
inlayouts,cross–referencing,typesettingequations, makingtables, biblio-
graphiccitations,indexesandtablesofcontents,andallowingforinsertion
of graphics in documents. . This s makes LAT
E
Xvery suitable for r compiling
long statisticalreportssuch as those used to support druglicensing. . For
this purpose, , major r advantages of LAT
E
X include e the ability to automati-
callycreatecross–referencesandtoautomaticallyupdateareportifanyof
itscomponentgraphicsfiguresortableschanges. Toaccomplishthelatter
capability,theanalystmerelyre–runsthestatisticalprogramthatproduced
the graphicsor tablecomponents. . These e graphicsandtablesare readre-
spectivelybyL
A
T
E
Xbyan\includegraphics{}or\input{}command,so
runningthe
latex
commandtorecompiletoreportwillmake anyneeded
updates. Thisis s indistinctiontoMicrosoftWord,whichdoesnothave a
batchinclusioncapability.
EverythinginaLAT
E
Xsourcedocumentisplaintext,soyoucaneditthese
documents using any text editor
2
andE–mailthemto anyone. . L
A
T
E
Xis
basedonthephilosophythatthewritershouldhaveaneasytimecomposing
andeditingtext
3
butsheshouldnothavetospendtimemakingtextlook
goodonthescreen. Insteadthewriterneedstoconcentrateonthelogical
elementsofcomposition;L
A
T
E
X’sjobistomakethefinaloutputlookgood.
1.1 TwoL
A
T
E
XOutputModes
Whenthe
latex
commandisruntocompileyourLAT
E
Xsourcecode,LAT
E
X
producesadvi(“deviceindependent”)filecontainingthetypesetdocument
inaverycompactform.Graphicsarenotincludedinthedvifile,butpoint-
erstothegraphicsfilesareincluded. Thedvifile e canbeprinteddirectly,
oritcanbeconvertedintoaself–containedpostscriptorpdffile. Hereare
someexampleL
A
T
E
X-relatedsystemcommands.
1
LAT
E
X is s available e on n many y platforms. . Excellent t free versions for r Microsoft t Win-
dowsareFPT
E
XbyFabricePopineauandMikT
E
X,bothavailableatwww.ctan.org. An
excellent freebook k on LAT
E
Xis available at ctan.tug.org/tex-archive/info/lshort/
english/lshort.pdf
2
The
Emacs
editorhasaspecialmodeforeditingL
A
T
E
Xtextthatmakescomposingtext
mucheasier.
3
Forexample,withone
Emacs
commandyoucanchangethefirstwordofeveryfigure
captiontobeinanotherfont,orchangethesizeofallincludedfigures.
4
VB.NET TIFF: Merge and Split TIFF Documents with RasterEdge .NET
Merge certain pages from different TIFF documents and create a &ltsummary> ''' Split a TIFF provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
apple merge pdf; merge pdf online
VB.NET PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file
Tell VB.NET users how to: create a new PDF file and load PDF from other file formats; merge, append, and split PDF files; insert, delete, move, rotate, copy
break pdf into multiple files; pdf merge comments
1 INTRODUCTIONTOLAT
E
X
latex myfile
% create e myfile.dvi from myfile.tex
dvips myfile
% send myfile e to a a postscript printer
dvips -o o myfile.ps myfile
% convert myfile.dvi to myfile.ps, with
% graphics
dvips -Pwww w -o myfile.ps s myfile
% use Type 1 fonts
dvipdfm myfile
% convert myfile.dvi to myfile.pdf
pdflatex myfile
% creates myfile.pdf directly if no
% postscript graphics are referenced
CreationofastaticdocumentinoneofthesewaysistheusualmodeofLAT
E
X
usage. ThereisalsoawayofusingLAT
E
Xtocreate“live”documentsthat
areviewedonamonitor(eitherlocallyorovertheweb)orprinted. These
pdfdocumentsmaycontainbookmarks,hyperlinkstoexternalURLs,links
to E–mailaddresses,etc. . If f you use the
hyperref
package in LAT
E
X, the
system willautomatically y make all l pertinent t elements s of your document
cross–indexedandhyperlinked,andyoucanalsoinsert specialcommands
tolinktoareasoutsidethedocumentsuchasURLsandE–mail.
WhenviewingthedocumentusingAdobeAcrobatReader,bookmarkscan
appearintheleftmargin,allowingtheusertoclicktojumptoanymajor
sectionofthedocument. Sectionshavingsub–sectionscanhavetheirbook-
marksexpandedsothatyoucanjumptothesub–sections.Youcanjumpto
anyfigurewhileviewingthe
List of Figures
andtoanytablewhileviewing
the
List of Tables
,inadditiontojumpingtoany areawhileviewingthe
Table of f Contents
. Ifyourdocumentisindexed,youcanjumptoanypage
forwhichanindexedphraseisdiscussed. Youcanoptionallyjumptopages
inwhichagivenarticleiscitedwhileviewingthe
Bibliography
,inaddition
tothemorestandardjumpfromacitationtothebibliographic reference.
Ifthe
colorlinks
optionisselected(seecodebelow),symbolsthatarehy-
perlinkedappearincolor;clickingonthemwillcausethejump. Allofthis
isset upautomaticallyby
hyperref
,unlikethe largenumber offlagsthat
mustbeputinadocumentmanuallyifusingMicrosoftWord.
Insteadofcompilingthedocumentusingthe
latex
systemcommand,you
usethe
pdflatex
commandtocreatethepdffiledirectly,withallbookmarks
andhyperlinks.
Thisdocumentwascreatedinthefashionjustdescribed.
PDF
graphicsfiles
werecreateddirectlyusinganS
pdf
devicedriver. Belowyouwillfindthe
codeinthe preambleofthedocumentthatset upthe
pdf
document with
5
C# PDF File & Page Process Library SDK for C#.net, ASP.NET, MVC
functions. Able to create, load, merge, and split PDF document using C#.NET code, without depending on any product from Adobe. Compatible
reader combine pdf; combine pdf online
C# PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in C#.net
for each of those page processing functions, such as how to merge PDF document files NET, how to reorganize PDF document pages and how to split PDF document in
c# merge pdf pages; c# merge pdf files
1 INTRODUCTIONTOLAT
E
X
hyper–referencing.
\usepackage[pdftex,bookmarks,pagebackref,colorlinks,pdfpagemode=UseOutlines,
pdfauthor={Frank E Harrell Jr},
pdftitle={Statistical Tables s and d Plots using S and d LaTeX}]{hyperref}
1.2 BasicTableMakinginL
A
T
E
X
LAT
E
Xhasexcellentfacilitiesforcomposingandtypesettingtables. Table1
isanexampleofauser–specifiedtableusingthreemacros—
btable
(begin
table),
etable
(endtable),and
mc
(headingsthat spanmultiplecolumns).
Thesemacrossaverepetitiveoperations. Macrosareusuallydefinedatthe
topofthedocument.
%Usage: \btable{table e specs}{caption}{reference e label}
\newcommand{\btable}[3]{
\begin{table}[htbp]
\begin{center}
\caption{#2\label{#3}}
\begin{tabular}{#1}}
\newcommand{\etable}{\end{tabular}
\end{center}
\end{table}}
%Usage: \mc{number of f columns s spanned}{major column heading}
\newcommand{\mc}[2]{\multicolumn{#1}{c}{#2}}
\btable{l|ccccc}{Overall Results}{results} } \hline\hline
%6 fields, justified d left, center x x 5
%double horizontal line at top, 1 vertical bar
& \mc{2}{Females} } & & \mc{2}{Males} \\
% column n 4 blank, for spacing
\cline{2-3} \cline{5-6}
% horizontal lines connecting cols. 2-3, 5-6
Treatment
& Mortality & & Mean Pressure e & & & & Mortality & & Mean n Pressure e \\ \ \hline
Placebo
& 0.21 & 163 & & 0.22 2 & & 164 \\
ACE Inhibitor r & & 0.13 & 142 & & 0.15 5 & & 144 \\
Hydralazine
& 0.17 & 143 & & 0.16 6 & & 140 \\ \hline
\etable
6
1 INTRODUCTIONTOLAT
E
X
Table1:OverallResults
Females
Males
Treatment
Mortality MeanPressure
Mortality MeanPressure
Placebo
0.21
163
0.22
164
ACEInhibitor
0.13
142
0.15
144
Hydralazine
0.17
143
0.16
140
TheresultisTable1. However,thectablestyle,availablefromwww.ctan.
orgcanproduceprettiertablesmoreflexibly:
\ctable[caption={Overall Results},label=resultsb,pos=hbp!]{lccccc}{}{
\FL
& \mc{2}{Females} & & & \mc{2}{Males} \NN
\cmidrule{2-3}\cmidrule{5-6} % % Important: no space before \cmidrule
Treatment
& Mortality & & Mean Pressure e & & & & Mortality & & Mean n Pressure e \ML
Placebo
& 0.21 & 163 & & 0.22 2 & & 164 \NN
ACE Inhibitor r & & 0.13 & 142 & & 0.15 5 & & 144 \NN
Hydralazine
& 0.17 & 143 & & 0.16 6 & & 140 \LL
}
TheresultisshowninTable2.
Table2: OverallResults
Females
Males
Treatment
Mortality MeanPressure
Mortality MeanPressure
Placebo
0.21
163
0.22
164
ACEInhibitor
0.13
142
0.15
144
Hydralazine
0.17
143
0.16
140
7
2 USINGSTOFILLINCELLSINLAT
E
XTABLES
2 UsingStoFillinCellsinL
A
T
E
XTables
Formoststatisticaltablesabetterideaistoavoidtranscriptionofcalculated
values by havingthevaluesinsertedintotablesautomatically. . TheHmisc
library(seehesweb1.med.virginia.edu/biostat/s/Hmisc.html)contains
severalSfunctionsbyRHeibergerandFHarrellthatautomaticallymake
LAT
E
XtablesfromSobjects
4
.SfunctionsthatautomaticallyproduceLAT
E
X
codefromSobjects (matrices, , fitted models,datasummaries,etc.) ) have
namesthatstartwith
latex
. Tablesproducedbythe
latex.*
functionsin
Hmisc
meetthestylisticrequirementsofmostjournals,i.e.,bydefaultthey
donotuseverticallinesandtheyusehorizontallinesonlywhenneeded. In
thiswaythelinesdonotdistractfromdeliveringthestatisticalinformation.
SupposethatsomecalculationshavealreadybeenmadeusingS,andthese
calculationswerenotstored. Forexample,youmayhaveestimatedvarious
effectsandstandarderrorsbutforgottostoretheSregressionfitobjectsso
thatyoucanpullthesevalues intotablesautomatically. . Youcanuse e the
latex.default
functionthatispartof
Hmisc
forautomaticconversionofthe
calculationsintoLAT
E
X,afterenteringbasicstatisticsmanually. Letushave
Scalculate odds ratiosandP–values toavoidtranscribingthem afterwe
print
ˆ
βandstandarderrors. HereistheSprogramforcreatingthetable
thatisinsertedintothisdocumentasTable3.
lor ← c(.2362, .1131, , .4621, , .3351)
se ← ← c(.1234, , .0989, , .1812, .1612)
chisq ← ← (lor/se)
2
summary.stats ← ← cbind(
’Log Odds s Ratio’=lor,
’Standard Error’=se,
’Odds Ratio’
=exp(lor),
’$\\chi
2$’
=chisq,
’$P$--value’
=1-pchisq(chisq,1) )
#$..$ :puts..inmathnotation (
=superscript)
4
Moreadvancedapplicationsofthisarefoundinthe
Design
library,suchasautomatic
L
A
T
E
Xtypesettingoffittedregressionmodelswithsimplificationofinteractionandspline
terms, and typesettingof f χ
2
tables showingallregression n effects. . These e examples s are
beyond the e scope of this s document. . See hesweb1.med.virginia.edu/biostat/s/doc/
splus.pdf,Chapter9.
8
2 USINGSTOFILLINCELLSINLAT
E
XTABLES
Table3:StatisticalResults
LogOddsRatio StandardError r OddsRatio
χ
2
P–value
FatalEvents
Death(allcause)
0.236
0.123
1.27
3.66
0.0556
CancerDeath
0.113
0.099
1.12
1.31
0.2528
Non–fatalEvents
Relapse
0.462
0.181
1.59
6.50
0.0108
Hospitalization
0.335
0.161
1.40
4.32
0.0376
#-- :LaTeX X mediumlengthdash
summary.stats
#ordinaryprint
library(Hmisc)
#getaccess tolibrary
w ← latex(summary.stats, , cdec=c(3, , 3, 2, , 2, 4), , col.just=rep(’c’,5),
rowname=c(’Death (all cause)’,’Cancer r Death’,
’Relapse’,’Hospitalization’),
rgroup=c(’Fatal Events’,’Non--fatal l Events’),
rowlabel=’’, caption=’Statistical Results’,
ctable=TRUE)
#Table3
#Assignthelatextoanobject(w)sothatitdoesn’ttrytoprintnow
#cdec :Numberofdecimalplacesforthedifferentcolumns
#col.just:justificationofcolumnsintable(allcenteredhere)
Therearemanyotheroptionstothebasic
latex
function. Type
?latex
to
accesstheonlinehelp.Youmaybeparticularlyinterestedinthe
longtable
option,whichcanbeusedtoeasilybreakalongtableintomultiplepages
(withrepetitionsofkeyheaderinformation).
YoucanhaveyourSprogramprint hardcopy LAT
E
Xoutputdirectly using
the
prlatex
function. Moretypicallythoughyouwillwanttheprogramto
createLAT
E
Xfiles(withsuffix
.tex
)thatwillbeputtogetherlater. Inthis
wayyoucanaddtitlepages,runningheadersorfooters,andothertext,and
9
2 USINGSTOFILLINCELLSINLAT
E
XTABLES
refertotablesbysymbolicnames. Thisdocumentservesasanexampleof
howthisisdone,withitsLAT
E
XcodelistedinSection10.
Ifyouliketospecify tablelayoutsinsidetheL
A
T
E
Xsourcefileratherthan
insideS,youcanhaveyourSprogramoutputsymbolicvaluestoafilethat
is \input{}’din n L
A
T
E
Xas shown n inthefollowingexample. . Arestriction
isthatvariablenamesdefinedtoLAT
E
Xmaycontainonlylettersandthey
shouldnotcoincidewithnamesofLAT
E
Xcommands.
chisq <- - (beta/se)^2
pval <- - 1 1 - - pchisq(chisq, 1)
cat(’\\def\\chisq{’,round(chisq,2),’}\\n’,
# \\ -> > \ \ in parms.tex
’\\def\\pval{’,round(pval,4),’}\n’, sep=’’, file=’parms.tex’)
IfLAT
E
XvariablesarenamedthesameasSvariables,andthenamescontain
onlyletters,codecanbesimplifiedusingalittlefunction.Thisfunctioncan
alsoconvert
NA
stoblanks.
lvar <- function(x, digits=2)
paste(’\\def\\’,substitute(x),’{’,
ifelse(is.na(x),’’,round(x,digits)),’}’, sep=’’)
cat(lvar(chisq), lvar(pval,4), , sep=’\n’, file=’parms.tex’)
Thecontentsoffile
parms.tex
willlooklikethefollowing:
\def\chisq{3.84}
\def\pval{0.05}
InsidethemainLAT
E
Xsourcefileuseforexample
\input{parms}
\ctable[caption={Main Results},label=resultsc]{lcc}{}{
Test
& $\chi^2$
& $P$--value \ML
Age effect t & & \chisq
& \pval
\LL
}
10
Documents you may be interested
Documents you may be interested