asp net mvc 5 pdf viewer : Acrobat reader merge pdf files SDK control API .net azure wpf sharepoint manual_online10-part959

The 
HKL
Manual 
Scenario 4: Scale Multiple Native Data SetsTogether. Data from Denzo
There are two ways to scale multiple native data sets together. The first and preferred way is 
to scale all of the .x files together. If you do it this way, you get to do postrefinement over all 
of the raw data, and the scaling is applied at the level of the individual frames, rather than 
over the whole data set. This is probably a little more accurate. Also it saves you from having 
to run Scalepack twice: once for the second native data set and then to scale the two .sca files 
together. 
scaletwo.com 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell  
ERROR SCALE FACTOR
1.3 
Multiplicative factor applied to input σs  
REJECTION PROBABILITY
0.0001 
expected fraction of outliers in the data.  
WRITE REJECTION FILE
0.9 
reflections with ≥ 90% probability as outlier are 
written to the rejection file  
SPACE GROUP
P21 
REFERENCE BATCH
may use the first frame as reference for scaling or can 
omit this and use eigenvalue filter 
[
@
reject]
[reject outliers from previous rounds] 
POSTREFINE
10 
10 cycles of postrefinement 
FIT
crystal a* 1 to 327 
FIT
crystal b* 1 to 327 
FIT
crystal c* 1 to 327 
FIT
crystal beta* 1 to 327 
there are missing batch numbers created by the file 
statement below, but we do not need to mention this 
for postrefinement 
FIT
batch rotx 1 to 327 
FIT
batch roty 1 to 327 
FIT
batch mosaicity 1 to 327 
∗ note which parameters are fit over the two data sets 
and which are for each frame  
ADD PARTIALS
0 to 103 201 to 327 
the consecutive sequences must be declared here, 
otherwise program will try to 
ADD PARTIALS
from 
non-consecutive frames 
FORMAT
denzo_ip 
[****Data Set #1*******] 
SECTOR
1 to 103 
first data set has 103 frames  
FILE
1 'my_crystal1###.x' 
[****Data Set #2*******] 
SECTOR
1 to 127 
second data set sectors in batches starting with 201 
FILE
201 'my_crystal2###.x' 
OUTPUT FILE
'my_crystal12.sca' 
100 
Acrobat reader merge pdf files - Merge, append PDF files in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Provide C# Demo Codes for Merging and Appending PDF Document
adding pdf pages together; add pdf files together online
Acrobat reader merge pdf files - VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
VB.NET Guide and Sample Codes to Merge PDF Documents in .NET Project
pdf split and merge; add pdf files together
S
CENARIOS
Alternatively, if you have already processed the two data sets and have two .
sca
files you 
want to scale and merge them, you can use the following command file.  
Note that you cannot 
POSTREFINE
or 
ADD PARTIALS
between the two data sets. You are 
basically scaling and merging one set of processed and outlier-rejected native data to another. 
scaletwosca.com 
NUMBER OF ZONES
10
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.0 0.0 0.0 0.0 
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell. Set to zero 
because native has already been scaled 
ERROR SCALE FACTOR
1.0
Multiplicative factor applied to input σ’s expected 
fraction of outliers in the data. 
FORMAT
Scalepack
[****Data Set #1*******]
FILE
1 'my_crystal1.sca'
[****Data Set #2*******]
FILE
2 'my_crystal2.sca'
OUTPUT FILE
'my_crystal12.sca'
101 
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
Merge, split PDF files. Insert, delete PDF pages. Edit, update, delete PDF annotations from PDF file. Print. Support for all the print modes in Acrobat PDF.
append pdf files reader; break pdf into multiple files
C# Windows Viewer - Image and Document Conversion & Rendering in
without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. By using the Windows Viewer, you can convert word files as follows: Convert to PDF.
pdf merge; pdf combine pages
The 
HKL
Manual 
Scenario 5: Reindexing 
Reindexing involves reassigning indices from one unit cell axis to another. This becomes an 
important issue when comparing two or more data set which were collected and processed 
independently. This is because Denzo, when confronted with a choice of more than one 
possible indexing convention, makes a random choice. This is no problem, except that if it 
makes a different choice for a second data set, the two will not be comparable without 
reindexing one or the other. One cannot distinguish non-equivalent alternatives without 
scaling the data, which is why this is not done in Denzo. You can tell if you need to reindex a 
data set if the χvalues upon merging the two are very high (e.g. 50). This makes sense when 
you consider that scaling two or more data sets involves comparing reflections with the same 
hkl or index. If the two indexing schemes are equivalent but not identical, chaos will result. 
No
dexing, no new autoindexing, and nothing except changing the sign of 
Y SCALE
in 
Denzo
can change the sign of the anomalous signal. 
rein
Below are nine reindexing scenarios which should cover all of the possibilities encountered 
in protein crystallography. 
Switch a and c in P2
1
or P2 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ 
REJECTION PROBABILITY
0.0001 
WRITE REJECTION FILE
0.9 
@
reject 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
p21 
REFERENCE BATCH
batch 1 
ADD PARTIALS
partials 1 to 180 
POSTREFINE
10 
POSTREFINE
will affect partials 
FIT
crystal a* 1 to 18 
FIT
crystal b* 1 to 180 
FIT
crystal c* 1 to 180 
FIT
crystal beta* 1 to 180 
FIT
batch rotx 1 to 180 
FIT
batch roty 1 to 180 
FIT
batch mosaicity 1 to 180 
FORMAT
denzo_ip 
HKL
MATRIX
 0  1
reindexing matrix: h ∏ l 
0 -1  0 
this is -1 to keep determinant = 1 
1  0  0 
l ∏ h 
SECTOR
1 to 180
FILE
1 '/frames/myxtal###.x'
OUTPUT FILE
'myxtal.sca'
OUTPUT FILE
contains reindexed reflections 
102 
C# powerpoint - PowerPoint Conversion & Rendering in C#.NET
documents in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. PowerPoint to PDF Conversion.
apple merge pdf; c# merge pdf files into one
JPEG to PDF Converter | Convert JPEG to PDF, Convert PDF to JPEG
Features and Benefits. Powerful image converter to convert images of JPG, JPEG formats to PDF files; No need for Adobe Acrobat Reader; Seamlessly integrated into
c# combine pdf; reader create pdf multiple files
S
CENARIOS
Change order of abc to bca in orthorhombic 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ 
REJECTION PROBABILITY
0.0001 
WRITE REJECTION FILE
0.9 
@reject 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
P21212 
can also use for P2221 
REFERENCE BATCH
ADD PARTIALS
1 to 180 
POSTREFINE
10 
good idea to postrefine independent of reindexing 
FIT
crystal a* 1 to 180 
FIT
crystal b* 1 to 180 
FIT
crystal c* 1 to 180 
FIT
batch rotx 1 to 180 
FIT
batch roty 1 to 180 
FIT
batch mosaicity 1 to 180 
FORMAT
denzo_ip 
HKL
MATRIX
0  1  0 
reindexing matrix:  h ∏ k 
0  0  1 
k ∏ l 
1  0  0 
l ∏ h 
SECTOR
1 to 180 
FILE
1 '/frames/myxtal###.x' 
OUTPUT FILE
'myxtal.sca' 
OUTPUT FILE
contains reindexed reflections 
103 
C# PDF Converter Library SDK to convert PDF to other file formats
manipulate & convert standard PDF documents in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat.
acrobat merge pdf files; pdf combine two pages into one
C# Excel - Excel Conversion & Rendering in C#.NET
Excel documents in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Excel to PDF Conversion.
acrobat combine pdf files; pdf combine
The 
HKL
Manual 
Convert abc to cab in orthorhombic 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
Multiplicative factor applied to input σ
REJECTION PROBABILITY
0.0001 
WRITE REJECTION FILE
0.9 
@reject 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
P21212 
REFERENCE BATCH
ADD PARTIALS
1 to 180 
POSTREFINE
10 
FIT
crystal a* 1 to 180 
FIT
crystal b* 1 to 180 
FIT
crystal c* 1 to 180 
FIT
batch rotx 1 to 180 
FIT
batch roty 1 to 180 
FIT
batch mosaicity 1 to 180 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
 0  1 
reindexing matrix:  
l 
 0  0 
h 
 1  0 
k 
SECTOR
1 to 180 
FILE
1'/frames/Denzo/myxtal###.x' 
OUTPUT FILE
'myxtal.sca' 
OUTPUT FILE
contains reindexed reflections 
104 
GIF to PDF Converter | Convert GIF to PDF, Convert PDF to GIF
PDF files to GIF images with high quality. It can be functioned as an integrated component without the use of external applications & Adobe Acrobat Reader.
all jpg to one pdf converter; scan multiple pages into one pdf
BMP to PDF Converter | Convert Bitmap to PDF, Convert PDF to BMP
interface; Powerful image converter for Bitmap and PDF files; No need for Adobe Acrobat Reader & print driver during conversion; Support
pdf merge comments; build pdf from multiple files
S
CENARIOS
Reindex P23, switch a, b 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ
[
REJECTION PROBABILITY
1.0e-4
[
WRITE REJECTION FILE
0.9
]
commented out to spare log file in case this reindexing is 
incorrect 
[@reject] 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
P23 
REFERENCE BATCH
1001 
ADD PARTIALS
1 to 180 1001 to 
1180 
POSTREFINE
10 
FIT
crystal a* 1 to 180 
FIT
batch rotx 1 to 180 
FIT
batch roty 1 to 180 
FIT
batch mosaicity 1 to 180 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
0  1  0 
reindexing matrix: h ∏ k 
-1  0  0 
k ∏ -h 
0  0  1 
also works for I23 and F23 
SECTOR
1 to 180 
FILE
1 '/frames/myxtal2###.x' 
this data will be reindexed by the matrix above 
[*** Unit Matrix ***]
HKL MATRIX
1  0  0 
data set #1 to be scaled with reindexed data 
0  1  0 
0  0  1 
SECTOR
1 to 180 
FILE
1001 '/frames/myxtal1###.x' 
this data will not be reindexed 
OUTPUT FILE
'myxtal.sca' 
output combines 2 data sets with consistent indexes 
105 
C# Word - Word Conversion in C#.NET
Word documents in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Word to PDF Conversion.
pdf merger online; add pdf together one file
VB.NET PDF: How to Create Watermark on PDF Document within
Watermark Creator, users need no external application plugin, like Adobe Acrobat. profession imaging controls, PDF document, image to pdf files and components
add pdf pages together; batch pdf merger
The 
HKL
Manual 
P321 or P312. Reindex data and combine with another data set 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04  0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ  
[
REJECTION PROBABILITY
0.0001] 
commented out to spare log file in case 
[
WRITE REJECTION FILE
0.9] 
reindexing is incorrect. 
[@reject] 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
P321 
REFERENCE BATCH
101 
ADD PARTIALS
1 to 60 101 to 160 
POSTREFINE
10 
good idea to 
POSTREFINE
FIT
crystal a* 1 to 160 
FIT
crystal c* 1 to 160 
FIT
batch rotx 1 to 160 
FIT
batch roty 1 to 160 
FIT
batch mosaicity 1 to 160 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
-1  0  0 
reindexing matrix: h ∏ - h  
0 -1  0 
k ∏ - k 
0  0  1 
also works for P312, P3121, P3221, P3112 and P3212 
SECTOR
1 to 60 
FILE
1 '/frames/myxtal2###.x' 
this data will be reindexed by matrix above 
[***
Unit Matrix
***] 
HKL MATRIX
1  0  0 
data set #1 to be scaled with reindexed data 
 1  0 
 0  1 
SECTOR
1 to 60 
FILE
101 '/frames/myxtal1###.x' 
this data will not be reindexed 
OUTPUT FILE
'myxtals12.sca' 
output combines 2 data sets with consistent indexes 
106 
S
CENARIOS
P6, P4 or H3: Reindex data and combine with another data set 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ 
[
REJECTION PROBABILITY
1.0e-4] 
[
WRITE REJECTION FILE
0.9] 
[
@
reject] 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
P6 
REFERENCE BATCH
ADD PARTIALS
1 to 60 101 to 160 
POSTREFINE
10 
good idea to 
POSTREFINE
because this will affect 
partials 
FIT
crystal a* 1 to 160 
FIT
crystal c* 1 to 160 
FIT
batch rotx 1 to 160 
FIT
batch roty 1 to 160 
FIT
batch mosaicity 1 to 160 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
0  1  0 
reindexing matrix: h ∏  k  
1  0  0 
k ∏  h 
0  0 -1 
l ∏ - l,  also works for p4 and h3 
SECTOR
1 to 60 
FILE
1 '/frames/myxtal2###.x' 
this data will be reindexed by matrix above 
[*** 
Unit Matrix
***] 
HKL MATRIX
1  0  0 
data set #1 to be scaled with reindexed data 
0  1  0 
0  0  1 
SECTOR
1 to 60 
FILE
101 '/frames/myxtal1###.x' 
this data will not be reindexed 
OUTPUT FILE
'myxtals12.sca' 
output combines 2 data sets with consistent indexes 
107 
The 
HKL
Manual 
Reindex from H32 to R32 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED 
ERROR
0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ 
REJECTION PROBABILITY
1.0e-4 
WRITE REJECTION FILE
0.9 
@reject 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
R32 
after reindexing this will be the space group 
REFERENCE BATCH
ADD PARTIALS
1 to 90 
POSTREFINE
10 
good idea to 
POSTREFINE
because this will affect partials 
FIT
crystal a* 1 to 90 
FIT
crystal c* 1 to 90 
FIT
batch rotx 1 to 90 
FIT
batch roty 1 to 90 
FIT
batch mosaicity 1 to 90 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
-1  0  1 
1 -1  0 
 1  1 
SECTOR
1 to 90 
FILE
1 '/frames/myxtal###.x' 
this data will be reindexed by matrix above 
OUTPUT FILE
'myxtals12.sca' 
output combines 2 data sets w/ same index 
108 
S
CENARIOS
Reindex two H3 data sets, each with inconsistent index, and combine 
This scenario shows how to reindex two H3 data sets into R3 and combine them. This is 
slightly more complicated than the scenarios above, since the second data set must also be 
reindexed into R3 from H3. It is entirely possible that both of the two data sets would use the 
same reindexing matrix to arrive at a consistent R3 index, but the example below assumes 
that you have already determined or are just testing that the two H3 data sets have indices 
which are inconsistent with each other. 
NUMBER OF ZONES
10 
number of resolution shells for statistics 
ESTIMATED ERROR
0.04 0.04 0.04 
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 
0.04 
ESTIMATED ERROR
for each resolution shell 
ERROR SCALE FACTOR
1.4 
multiplicative factor applied to input σ 
[
REJECTION PROBABILITY
1.0e-4] 
don't reject until you know reindexing makes the two data set  
[
WRITE REJECTION FILE
0.9] 
consistent 
[@reject] 
RESOLUTION
40 3.3 
SPACE GROUP
R3 
H3 in Denzo, converted to R3 in Scalepack by reindexing 
matrix 
REFERENCE BATCH
ADD PARTIALS
1 to 90 101 to 190 
POSTREFINE
10 
good idea to 
POSTREFINE
because this will affect partials 
FIT
crystal a* 1 to 190 
FIT
crystal c* 1 to 190 
FIT
batch rotx 1 to 190 
FIT
batch roty 1 to 190 
FIT
batch mosaicity 1 to 190 
FORMAT
denzo_ip 
HKL MATRIX
-1  0  1 
reindexing first matrix  
1 -1  0 
1  1  1 
SECTOR
1 to 90 
FILE
1 '/frames/myxtal1###.x' 
this will be reindexed by matrix 1 above 
HKL MATRIX
1 -1  0 
data set #2 to be scaled with reindexed data 
-1  0  1 
-1 -1 -1 
SECTOR
1 to 90 
FILE
101 '/frames/myxtal2###.x' this data will be reindexed by matrix 2 above 
OUTPUT FILE
'myxtals12.sca' 
output combines 2 data sets with consistent indexing 
109 
Documents you may be interested
Documents you may be interested