asp net mvc 5 pdf viewer : Adding pdf pages together control software system web page windows azure console manual_online4-part967

T
HE 
HKL 
M
ANUAL
ice (non-protein lattice) peaks. You can tell if this worked by inspecting the image after 
autoindexing and then again after running the 
@refine
macro. If the preds line up on real 
spots, then autoindexing worked despite the ice ring. 
If the ice ring does interfere with autoindexing, here is a simple remedy: adjust your 
resolution limits to exclude the ice ring. This means you would edit the 
auto.dat
macro 
to include the resolution limits. In the example provided above, the resolution limits were 
commented out. You could exclude the ice ring from autoindexing by setting the high 
resolution limit to about 4.1 Å. Once the initial orientation is found, all of the data can be 
included in the subsequent refinement. 
Ice rings in your data 
There are two ways in Denzo to reject reflections corrupted by ice rings.  
The elegant way exploits the fact that the distinguishing feature of spots corrupted by ice 
rings is a very high and irregular backgroundDenzo assesses the quality of the 
background of each spot against criteria for slope and uniformity, and if a certain fraction of 
the pixels in the background fail this test, then the whole spot is rejected. This is controlled 
by the keyword 
REJECT
fraction
. The default value for this rejection is 0.75 (i.e. 75% of 
the background pixels must be acceptable). If you have an ice ring, you can increase 
REJECT
fraction
until most of the spots in the ice ring are no longer picked up. Useful increments 
are 1-2% at a time. Do this while you are looking at the display, just as you did for spot 
shape and mosaicity. As you increase the reject fraction, the number of good preds in the ice 
ring should decrease, while leaving most of the others alone. 
The second way to avoid ice rings in your data is to simply process your frames twice, 
once at a resolution cutoff below the ice ring, and then again for the data beyond the ice ring. 
The two data sets are then merged in Scalepack along the lines of Scenario 10 in The 
Scalepack Manual. This is more of a brute-force approach and is likely to result in the loss 
of more good data than the approach outlined above. 
Refinement Statistics
After each 
GO
command, Denzo not only updates the pred display, it also prints out the 
numerical summary of the refinement cycle: 
1.  The first part lists the refined parameters, their final values, and how much they changed in 
the last refinement cycle.  
2.  The last part lists the number of spots used in the refinement, the χ
2
values for the x and y 
positions of the preds, and the predicted decrease in the χ
2
values from the previous 
refinement cycle. If things refined well, the number of spots used in the refinement should be 
a significant fraction of the total number of spots on the image. This number reflects the 
number of preds that line up with observed spots. The χ
2
values represent the average ratio, 
squared, of the error in the fitting, divided by the expected error.  
A good refinement will have χ
2
values near 1.0. In the early stages of refinement these values 
will be high, but towards the end they should be below 2 or so. The predicted decrease is a 
measure of the convergence of the refinement. When the predicted decrease is near zero, 
further 
GO
commands will have no added effect. In other words, the current parameters have 
been refined as far as possible.  
The magnitude of the χ
2
values is not a critical test for the success of Denzo, since they 
represent only the comparison of the spatial differences between the observed and predicted 
reflections to an error model  that is typically quite strict in the prediction of small errors. 
Assuming default values of the error estimates, χ
2
values of 2 or even 3 are acceptable, 
because the position of the predicted reflection, and hence the intensity, is still very accurate. 
Thus, the χ
2
values may not reflect errors in the integration of the reflections.  
40 
Adding pdf pages together - Merge, append PDF files in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Provide C# Demo Codes for Merging and Appending PDF Document
reader merge pdf; acrobat reader merge pdf files
Adding pdf pages together - VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
VB.NET Guide and Sample Codes to Merge PDF Documents in .NET Project
pdf merge; pdf combine files online
R
EFINEMENT
It is a good idea to keep your error model roughly the same from crystal to crystal so that you 
can use the χ
2
s to pick up any other variations in your data collection. For example, if you are 
wrong with the indexing, refinement, or the detector. This will be 
or. On the other hand, 
getting χ
2
s in the range of 2 to 5 consistently and your crystal is good, consider problems with 
the detector alignment.  
If the χ
2
values are very high, (> 10 or so for default values of the error parameters) 
something is seriously 
apparent from visual inspection of the displayed image, in any case.  
Since the goal of Denzo is to produce a list of hkls and unscaled intensities, it does not matter 
that the errors in the positions differ a bit from the standard expected err
2
χ values substantially different from 1 in Scalepack should be investigated, because this 
directly affects a critical result of the scaling procedure, namely the σ value assigned to each 
scaled intensity. So that's where you should pay attention to finer deviations of χ
2
values from 
1, not in Denzo. 
Finishing Up
Once your first frame is indexed and you've adjusted the mosaicity, spot, and box sizes, it's 
time to process the rest of your frames This can be done as a batch job or as a hands-off 
refine.dat 
FIX
a
good to do just in case 
interactive session. Wladek and Zbyszek recommend that you take half an hour and watch 
your frames refine and integrate interactively, because this is the best way to spot any 
problems. For example, if you have misindexed the first frame by one (due to an incorrect 
beam position), you are likely to see it very quickly this way. 
Since you still have your DenzoWindow and ImageWindow open, just continue on from there 
using the following refinement macro: 
ll 
START REFINEMENT
beginning of refinement loop 
shifts no profiles 
(
see below
)] 
l orientations 
PRINT
no 
limits output 
[insert beam search routine here if necessary 
est res. yet 
RESOLUTION LIMITS
100 2.8 
don't use high
fine crysta
FIT
crystal rotx roty rotz 
re
GO GO GO
RESOLUTION LIMITS
100 2.2 
highest resolution  
other parameters 
FIT
ALL
fit
GO GO GO GO GO
PRINT
profiles 1 1 
print average profile in single frame
d of refinement loop
CALCULATE GO 
en
This macro will refine all of the subsequent frames s
t.dat
(p. 26). You can just sit back and w
the screen. The 
denzo.
pecified by the 
SECTOR
in the macro 
myexperimen
atch them zip along on
result will be a series of .x files called 
xtal0##.x
. 
Alternatively, you can process everything in batch mode using the following command file: 
com
setenv cnverr yes 
this line is only for IBM RS/6000
cd /people/mydir/D
ENZO
machine specific calls 
O
<< STOPINPUT >> xtal.log 
/usr/local/bin/D
ENZ
start the program, name log file 
@site.dat 
@myexperiment1.dat 
note modified expt. macro here 
@refine.dat
41
C# TIFF: TIFF Editor SDK to Read & Manipulate TIFF File Using C#.
7. How to extract Tiff pages. Tiff Compression in C#. 1. Support embedding, removing, adding and updating ICCProfile. 2. Render text to text, PDF, or Word file.
batch merge pdf; reader combine pdf
C# Image: How to Draw Text on Images within Rasteredge .NET Image
txt" to the new project folder, together with .NET to make this image text adding application work powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
add multiple pdf files into one online; split pdf into multiple files
T
HE 
HKL 
M
ANUAL
END OF PACK
end marker, increment sector 
END OF JOB
STOPINPUT 
unix stop signal 
Note that the file 
myexperiment1.dat
has been modified
riment.dat
to 
include the final refined values of everything determined in the in
ement of the first 
ROTATION
. The defaults in the formats are only for 
(The 
##
wild cards have been replaced by the 
findbeam.dat
BOX
5.
from 
myexpe
teractive refin
frame, done above. The easiest way to do this is to examine the 
xtal001.x
file produced by 
the 
CALCULATE GO
statement. At the end of this file are all the final parameters determined from 
refinement. Cut these out and just paste them into the end of 
myexperiment.dat
and rename 
as 
myexperiment1.dat
. Since you are not running autoindexing in the batch mode, you have 
to take the results and paste them in by hand. 
Warning: for unusual instruments (e.g. R-Axis with non-vertical spindle, synchrotrons) make 
sure that you have the correct value of 
FILM 
the standard configuration of each instrument.  
All that remains is to submit the job and examine the log file for the results. The processed 
frames in this case have the name 
xtal0##.x
.
SECTOR
argument.) These ".x" files are ready to be scaled in Scalepack
5 5.5 
big box
SPOT
elliptical 2.0 10.0 0.0 
large spot shape; can be symmetric also 
dius 1.5 
arting values 
eam 
us 1.0 
aller spot too 
dius 1.0 
f beam position 
7 0.0 
ormal spot size now 
elliptical 0.7 0.8 0.0 
d, it is best not to refine.
USE BEAM
TS
BACKGROUND
ra
USE BEAM 
only 
ignores all spots except the beam spot 
X BEAM
100.0 
Y BEAM
102.
st
FIT
x beam y b
begin fitting the beam 
GO GO GO
BOX
2.5 2.5 
narrow down box now 
SPOT
radi
sm
BACKGROUND
ra
GO GO GO
more refinement o
SPOT
elliptical 0.6 0.
n
BACKGROUND
USE NO BEAM
Once the beam is foun
The reflections, which were ignored with 
only
, will be  refined once the
RESOLUTION LIMI
are given
in refine.dat.
Another problem sometimes encount
ves not the scanner, but 
rather the carousel on which the ima
ounted during data collection. 
ered with off-line scanners
ging plate cassettes are m
invol
Sometimes these old war-horses, carrying their heavy load of IP cassettes, do not stop 
precisely at the zero position such that the imaging plate is perpendicular to the beam axis. In 
this case, care should be taken to refine the
CASSETTE
roty 
value. 
Understanding the D
ENZO
o see if the data processing went well. It is very long, since it 
nement cycle. The interesting part comes after the 
CALCULATE
1.  These numbers
Log File
The log file can be examined t
contains a record of every refi
statement at the end of the refinement. After printing out the final refined parameters, the 
following output is given. Notes are in green: 
below are the maximum h, k, l expected for a given resolution range, the number of pixels 
needed to save t
ements. 
he spot profile, and two computer memory stat
42 
VB.NET PDF: How to Create Watermark on PDF Document within
example code to create graphics watermark on multiple PDF pages within the users with the most flexible and mature PDF watermark adding API solutions
batch combine pdf; c# merge pdf files into one
VB.NET Image: VB.NET Codes to Add Antique Effect to Image with .
When the two libraries are combined together, you can Basic .NET example codings for adding vintage effect & profession imaging controls, PDF document, image
merge pdf files; pdf merger
R
EFINEMENT
hklmax=  99  99  99 
93 pixels needed to save spot profile 
maximal usage of the common /sfprof/ :283044
ow is a complete list of the 
2. Bel
ections. The columns contain, in order: index, x 
suspect, but not rejected, refl
and
which maximum diffraction occurs (within 
h
-2
.3 1 position 
into 20 zones, 
y coordinate of the reflection centroid, the oscillation angle at
oscillation range), the measured intensity of the reflection, th
the 
e normalized intensity of the reflection, the 
error on I, and then some flags which describe the problem with the reflection. There are only two types of 
problems flagged: negative intensity, and positional error. This list is useful because you can go back to the 
image and see what the problem is for each reflection. 
 l      x        y  oscang intens scalI errI   xdel  errx   ydel  erry 
7 -84 -5 p  60.25  31.81  0.02 -797.9 -0.29 129.6  0.24  1  negative 
15   2 -1 p 109.66 126.93  0.47 5601.3  0.03 122.1 -0.019 0.031 -0.129 0.031 0
s are sorted
3. Below is the mosaicity histogram for the reflections of the frame. The reflection
which range from minus the input mosaicity/2 to plus the input mosaicity/2. Each zone represents the shortest 
** 
*** 
4.
ypes of reflections measured from the image. The first column is the 
angular distance of the center of the reflection from the surface of the Ewald sphere at the end of the 
oscillation range. Only reflections that are single partials are included in the analysis. A reflection in a 
negative zones means that the center of the reflection has already passed through the Bragg condition. The 
fourth column lists the average observed partiality of the reflections in each zone, and the histogram is just a 
plot of the average observed partiality. In all cases, no matter what mosaicity you have input to Denzo, the 
histogram should pass through 50% in the zero zone. If the mosaicity you guessed/input was too small, then 
the histogram will not descend to zero at +mos/2. If the mosaicity you guessed/input was too large, then you 
will see a histogram which looks like a step function, falling to zero just past the zero zone. In the example 
below, the mosaicity was chosen correctly (2 x 0.06°  = 0.12°), or slightly overestimated (which is the 
preferred side to err on) but there is some diffuse scattering which accounts for the small tail on the 
histogram. Note also that this is a particularly nice example because there are many contributing reflections to 
each zone. If there are only a few reflections, the histogram may be quite choppy. If the histogram does not 
resemble any of the shapes mentioned here, it may be indicative of motor, spindle, or shutter problems.  
169 -0.060 - -0.054  0.927  .************************************ 
155 -0.048 - -0.042  0.929  .************************************* 
161 -0.042 - -0.036  0.897  .************************************ 
164 -0.036 - -0.030  1.005  .**************************************
165 -0.030 - -0.024  1.039  .****************************************** 
176 -0.024 - -0.018  1.040  .***************************************
175 -0.018 - -0.012  0.898  .************************************ 
176 -0.012 - -0.006  0.700  .**************************** 
160 -0.006 -  0.000  0.607  .************************ 
195  0.000 -  0.006  0.409  .**************** 
192  0.006 -  0.012  0.217  .********* 
188  0.012 -  0.018  0.142  .****** 
163  0.018 -  0.024  0.091  .**** 
188  0.024 -  0.030  0.072  .*** 
162  0.030 -  0.036  0.055  .** 
193  0.036 -  0.042  0.056  .** 
186  0.042 -  0.048  0.042  .** 
167  0.048 -  0.054  0.041  .** 
181  0.054 -  0.060  0.041  .** 
The table below gives a summary of the t
type of reflection. The next three columns sort the reflections by strength: above the weak level, saturated 
ote that weak reflections are NOT ignored or omitted; they are just 
not used in the calculation of the average profile. Overlap tabulates the number of reflections that are flagged 
as overlapping (depending on whether you specified overlap spot, guard, or box), background overflow is the 
number of reflections with unmeasurable backgrounds due to saturation or excessive background editing, and 
others represent reflections which sit on the edge of the image and are lost but not outside the detector. 
Outside is a calculation of how many reflections are missing because they landed outside of the scanned 
image area (i.e. off the IP), for the specified resolution range. Remeasured is the same as total on the last 
cycle. 
(overflows), and below the weak level. N
43
VB.NET Image: How to Deploy & Configure .NET Image SDK
dlls into your ASP.NET web project by adding reference directly; Copy your evaluation license key at the same folder of your web project, together with above
acrobat split pdf into multiple files; merge pdf online
C# Image: C# Code to Encode & Decode JBIG2 Images in RasterEdge .
codec into PDF documents for a better PDF compression; jbig2.dll to the C# project by adding project reference text to the new project folder, together with .NET
all jpg to one pdf converter; best pdf combiner
T
HE 
HKL 
M
ANUAL
ty
fidu
part
whol
tota
5. T
pe      good intns  ovfl  weak overlap backgr ovfl others total outside remeasured 
cials    0           0     0       0           1      0     1       0         1 
ials  2004          60  1556       0           1      4  3625     850      3625 
    2739          52   740       0           0      0  3531     273      3531 
    4743         112  2296       0           2      4  7157    1123      7157 
hese are the final statistics for the positional refinement. 
spot
part
s refined: 4855 chi**2/#refl: x 0.70 y  0.78 pred. decrease: 0.000 * 4855 = 0.0 
iality refinement: 3620 chi**2/#refl:   0.80 pred. decrease: 0.000 * 3620 = 0.0 
Un
ajit alpha toxin                            
title of the frame
derstanding the D
ENZO
.x file
The product of Denzo is a file called the .x file, named for the suffix it is usually given. Eac
file represents the distillation of a single image. The .x file is organized into three consecutiv
parts: header, listing of reflections, and refined parameters.  
Here is an annotated example: 
a
matrix representation of orientation
u matrix orientation
-0.00265575   0.00167628  -0.00863879 -0.069715 -0.985799 -0.152772 
0.00877937  -0.00028329  -0.00281712 -0.289696  0.166551 -0.942517 
-0.00067600  -0.00903865  -0.00142214  0.954577 -0.021450 -0.297193 
osc. start    osc. end   dist. in pixel units   wavelength    cryst rotz       roty            rotx        mosaicity 
0.00000  1.50000 1332.82227    1.54180  72.1579 178.6024 170.2019 0.2500 
these are the actual reflections now.... 
1  2   3 
8   9       10     11   12      13 
0.208 1119.9 
.261 1412.3 
.9 
.3 
4    5     6     7     
-27  7   4 1   68.2   50.5  1.69   19.6 0.920   37.6  702.4 
-23  5  15 1  125.2  208.5  1.73   25.5 0.922   49.9  462.7 0
-22  5  17 1  306.9  301.4  1.65   35.9 0.919   53.8  414.9 0.354 1029
-23  5  14 1 1413.6 1409.2  3.28   68.4 0.924   56.7  481.6 0.224 1397
(… some lines skipped …) 
Τ
1,2,3
4 
h,k,l not reduced flag 0 full, 1 partial 
5 
I by profile fitting
6
I by profile summation
7
χ
2
of profile 
fitting
8
σ of I 
9
cosine of incidence angle at detector
10
x coordinate of predicted centroid, in pixel units
11
coordinate of predicted centroid, in pixel units 
12 
Lorentz, polarization, obliquity factor 
13
strength of 
averaged profile, arbitrary units 
In columns
5,6,
and 
8 
the intensity of very strong reflections (i.e. overflows) will be written as an integer, 
rather than as a floating point number - see example on line Τ above. Scalepack  understands this Denzo 
convention. 
999 17 17           999 
→ flag for end of reflection list
, 17, 17 
→ size of the integration box (left)
 
11111111111111111  
11111111111111111 
11111111111111111 
11111111111111111   
this is a saved spot profile for use in the display program if you want to overlay
11111100200111111   
the final predictions on the original diffraction image. The "rectangle" is the 
11111022222011111   box,
1's represent the background area 0's the guard area, and 2's the spot area
2221111. 
11110222222201111 
11110222222201111                  
11110222222201111, 
1111222222
44 
VB.NET Image: VB.NET ISSN Barcode Reader & Scanner; Decode Barcode
into any VB.NET developing applications by adding reference from source PDF file, RasterEdge.Imaging.PDF.dll will and used in VB.NET class application together.
combine pdf files; add pdf pages together
VB.NET TIFF: .NET TIFF Printer Control; Print TIFF Using VB.NET
Therefore, by adding above mentioned two libraries into VB function to print multiple TIFF pages by defining & profession imaging controls, PDF document, image
break pdf into multiple files; asp.net merge pdf files
R
EFINEMENT
11110222222201111 
11111022222011111 
11111100200111111 
11111111111111111 
11111111111111111 
11111111111111111 
11111111111111111 
error density 0.750                       
these are the final Denzo parameters  
error positional 0.030                    
as refined from this image
sector  1  
raw data file'alpha2_###.image'           
useful for restarting data processing
.. 
us  40.00 
.00 end  1.50 
if clipping out, may start from here
08.740 108.740 108.740  89.433  89.433  89.433 
rotz  0.00 
89.582
angular offset -0.144   
profile fitting radi
overlap spot 
monochromator  0.111
oscillation start  0
wavelength 1.54180 
mosaicity  0.250    
resolution limits 100.0  3.8 
spindle axis  0  0  1 vertical axis  1  0  0 
space group h32 
unit cell 1
crystal rotx 170.202 roty 178.602 rotz  72.158 
cassette rotx  -0.16 roty  0.00
distance 199.9
x beam  89.194 y beam 
film rotation  0.000 
radial offset -0.202
crossfire y 0.138 x 0.132 xy 0.000 
45
VB.NET Word: .NET Project for Merging Two or More Microsoft Word
Enable VB.NET developers to split pages of a Word Studio using VB language and adding references to powerful & profession imaging controls, PDF document, image
batch pdf merger online; c# merge pdf files
C# Image: C# Tutorial to Scale Images in C# by Using Rasteredge .
txt" to the new project folder, together with C# Imaging SDK DLLs; Integrate imaging processing assemblies to the project by adding reference; RasterEdge
build pdf from multiple files; how to combine pdf files
T
HE 
HKL 
M
ANUAL
Input Formats and Conventions 
The input to Denzo consists of: 
ɸ the digitized diffraction image - a disk file of optical density readings from a detector. Data 
are organized as unformatted files. Headers, if any, are ignored. One record corresponds to a 
vertical or horizontal stripe (depending on the detector) one pixel wide, with one or two bytes 
per pixel. Pixel values are interpreted as integers which have no sign to them. The orientation 
conventions used by various detectors and the Denzo convention are discussed below. 
ɸ the control data - a series of keywords followed by modifying words and/or some numbers 
and a few command words. These are usually written in a command file (macro file), 
although they can be typed from the keyboard. 
All data are read in free format. Capital letters are converted to lower case unless in single 
quotation marks, so one should be aware when inputting case-sensitive UNIX file names. 
Some keywords contain a space in their name, for example 
Y SCALE
. This space must be 
maintained and cannot break the line. Where a word or a number modifies a keyword, a 
space, comma, left or right parenthesis, carriage return or equal sign must separate the two. 
These characters are recognized as separators in Denzo. Comments can be put in square 
brackets 
[as in this example]
. If you wish to include a separator character in a datum, 
for example in a title or in the name of a file, the whole datum must be put within single 
quotes - the title 
'my crystal'
must be enclosed in single quotes due to the space between 
the words “my” and “crystal”. Similar problems crop up with file names. When in doubt or if 
the program says it can't read the data file, put the file names in single quotes. 
A different type of parser pitfall is discussed for the keywords 
END FIT
and 
END FIX
. See the 
documentation under the keyword 
FIT
Most of the 
KEYWORDS
in Denzo require that a 
modifier
and/or a
value
follow. For 
example, in 
CRYSTAL
rotx -6.012
the keyword 
CRYSTAL
is followed by the modifier 
rotx
which is in turn followed by the value 
-6.012
. Floating point and integer data should follow 
the FORTRAN convention. Text strings are limited to 80 characters. When an uninterpretable 
input is encountered, the program produces an error message and continues. Omitting a 
necessary input causes the program to write a warning to the output file and although the 
program may continue it is likely to stop with an error message or maybe crash. 
Although there are a lot of keywords in Denzo, the program provides defaults for most of the 
critical ones that are not specific to the crystal itself. These are listed in the documentation for 
each keyword in this Chapter and a more concise tabulation is presented in List of default 
parameters appendix, just after the keywords list. Keep in mind that just because Denzo 
provides a default doesn't mean that it is best to use that default. The sample command 
files in Chapter Denzo Session and the listing in List of default parameters appendix give a 
listing of the keywords you should ordinarily state in your command files. 
46 
R
EFINEMENT
Denzo Orientation Conventions 
The standard display and processing convention for Denzo is to show the diffraction pattern 
such that as you view the image from the crystal side of the detector, the spindle axis is 
horizontal and coming in from the right hand side. What follows is an explanation of how this 
corresponds to the detector data storage convention. 
Detector Conventions 
A detector writes data to a file as a series of lines. The X coordinate is defined as the line 
number times the pixel (
RASTER
) size and the y coordinate is defined as the pixel position 
within the line times the pixel size in the direction. The outer corner of the first pixel in the 
data file begins at x = 0, y = 0. Unfortunately, the data file convention doesn’t correspond to 
the laboratory frame of reference because it is not standardized among detector 
manufacturers. Thus, there is a total of 8 possible combinations of x and y conventions. They 
are shown below: 
x
y
slow
x
y
fast
slow
x
y
slow
x
y
slow
x
y
slow
x
y
x
y
x
y
fast
fast
fast
slow
fast
fast
slow
fast
slow
fast
1
2
3
4
5
6
7
8
Figure 5: The eight possible data file conventions. 
As one might guess, detector manufacturers have managed to use 7 of these 8 conventions. 
Only 1 left, guys! The table below gives some examples of the conventions used by the 
major detectors supported by Denzo (for a detailed list see the Detector Specifications 
appendix). 
Detector 
Convention
y scale 
RaxisIIc 
upside down Kodak 
Kodak, DIP100 
Fuji_8 
DIP 3000 
Mar 
DIP320 
What really counts is not the scanning direction, but rather how the detector writes the data 
stream into the data file, which thus makes the computer record of the exposed image. Closer 
inspection of Figure 5 above should convince you that there are two possible "hands" to 
47
T
HE 
HKL 
M
ANUAL
the conventions. These are grouped as {1, 4, 5, and 8} and {2, 3, 6, and 7}. To use an X-ray 
film analogy, this is equivalent to looking at the film either from the back side ( i.e. towards 
the X-ray source) or from the crystal side. Denzo handles this aberration by changing the sign 
of the 
Y SCALE 
keyword from positive to negative. If this is not done, then the assignment of 
the Friedel mates (Bijvoet differences) will be inverted, and thus the hand of the structure 
will be similarly inverted. 
Spiral scanners Obviously, spiral scanners like the Mar scanner or some of the Mac Science scanners do not 
scan the IP in an orthogonal pattern. However, the controllers for these detectors convert the 
spiral data into Cartesian coordinates by using an interpolation algorithm. The conventions 
listed in the table above for these detectors are based on how the data is written in the file. 
Camera Conventions 
It is inconvenient and non-intuitive to work with images in the data conventions, because we 
are used to thinking about diffraction geometry in terms of the x-ray beam, the spindle axis, 
and the laboratory frame of reference (horizontal, vertical). There are two possible 
conventions within this "intuitive" set: 
Gravity/beam system 
In this system, the X-ray beam is defined as being perpendicular to the direction of the force 
vector due to gravity ("down"). The beam is the z axis, gravity is parallel to the y axis, and the 
x axis is perpendicular to both of these. In terms of crystal orientation rotations 
ɸ 
rotz
would denote rotations or the crystal around the beam axis,  
ɸ 
roty
would denote rotations of the crystal about the vertical axis and  
ɸ 
rotx
would denote rotations of the crystal about the horizontal axis. 
This convention has the advantage that it does not change with different camera spindle 
geometry. In addition, it corresponds directly to the common orthogonal detector directions, 
in that the detector directions x and y on the film or IP are perpendicular to the x-ray beam. A 
disadvantage of this system is that the x axis may or may not correspond to the spindle axis, 
depending upon the χ (chi) and Ω (omega) setting angles of the 3-axis goniostat. For the 
purposes of aligning your crystal, this makes life more complicated, as we are used to 
thinking about aligning crystals by moving the arcs on a goniometer head. For χ equal 90 or 
270 degrees and Ω equal to zero, however, the spindle axis is parallel to the x axis and thus 
rotx
corresponds to rotations about the spindle axis. 
Although this system will not (formally) work in Outer Space (where the gravity vector is 
essentially zero), nor in the event that the x-ray beam is vertical, the fact remains that (so far) 
all macromolecular crystallography is done with horizontal x-ray beams on the surface of 
good old planet Earth, and thus it is a viable option. While Denzo does not use this 
convention, XdisplayF does. Hey, life is messy... 
Spindle/beam system 
The spindle/beam system is the Denzo crystal and cassette orientation convention.  
In this system, 
 the z axis is again parallel to the beam,  
 the x axis is parallel to the spindle axis and  
 the y axis, also termed the "vertical" axis (for want of a better word), is perpendicular 
to the spindle and beam axes.  
In terms of crystal orientation rotations:  
ɸ 
rotz
would again denote rotations of the crystal around the beam axis,  
ɸ 
rotx
would denote rotations of the crystal about the spindle axis and  
ɸ 
roty
would denote rotations about the axis perpendicular to the beam and the spindle. 
48 
R
EFINEMENT
The advantage of this system is that it is very intuitive to the crystallographer. In addition, 
with Eulerian χ values of 0, 90, 180 or 270 degrees the spindle and vertical axes are parallel 
to the x or y axes of the detector. The main disadvantage of this system is that it is dependent 
on knowing the geometry of the camera. 
While the crystal and cassette orientations follow the spindle/beam convention for Denzo, the 
beam, box, box printout, spot, margin, film width and length in the Denzo log file follow the 
data convention. 
Determining the values of FILM ROTATION and Y SCALE  
As discussed above, the sign of 
Y SCALE
depends upon the data storage convention of the 
instrument. As was shown in the table under the Figure 5 in Detector Conventions 
analysis, to date about 50% of the detectors have a negative values for 
Y SCALE
. The default 
values in Denzo are good for all automatic detectors (MacScience DIP2000 series, R-axis, 
Mar) in their standard configurations. 
FILM
rotation
depends on the spindle orientation. The standard Denzo convention is to 
display the image such that looking along the x-ray beam, the spindle axis is horizontal and 
comes in from the right hand side (Eulerian χ=90). In such situation 
FILM
rotation
= 0. If 
the spindle is at any other χ value 
FILM
rotation
= χ - 90
On the Raxis, the data is pre-rotated by 90 degrees when written to the data file. This is a 
convention specific to this machine. Thus, for Raxis images, 
FILM
rotation
= χ - 180 
(Raxis only) 
If the film or IP is rotated about the beam axis prior to scanning, then the value of film 
rotation will have to be determined by noting the angle of rotation
.
49
Documents you may be interested
Documents you may be interested