asp.net c# view pdf : Split pdf by bookmark control software utility azure windows wpf visual studio OpenBabel0-part841

OpenBabelDocumentation
Release2.3.1
GeoffreyRHutchison
ChrisMorley
CraigJames
ChrisSwain
HansDeWinter
TimVandermeersch
NoelMO’Boyle(Ed.)
February28,2012
Split pdf by bookmark - Split, seperate PDF into multiple files in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Explain How to Split PDF Document in Visual C#.NET Application
break pdf; cannot print pdf file no pages selected
Split pdf by bookmark - VB.NET PDF File Split Library: Split, seperate PDF into multiple files in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
VB.NET PDF Document Splitter Control to Disassemble PDF Document
break pdf file into multiple files; break pdf password
C# PDF bookmark Library: add, remove, update PDF bookmarks in C#.
Ability to remove and delete bookmark and outline from PDF document. Merge and split PDF file with bookmark. Save PDF file with bookmark open.
break apart a pdf; split pdf
VB.NET PDF bookmark library: add, remove, update PDF bookmarks in
to PDF bookmark. Merge and split PDF file with bookmark in VB.NET. Save PDF file with bookmark open in VB.NET project. PDF control
break apart pdf pages; pdf specification
Contents
1 Introduction
3
1.1
GoalsoftheOpenBabelproject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3
1.2
FrequentlyAskedQuestions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4
1.3
Thanks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
2 InstallOpenBabel
9
2.1
Installabinarypackage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
2.2
CompilingOpenBabel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
3 obabelandbabel-Convert,FilterandManipulateChemicalData
17
3.1
Synopsis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.2
Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.3
Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.4
Differencesbetweenbabelandobabel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.5
FormatOptions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.6
Appendpropertyvaluestothetitle. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.7
Generatingconformersforstructures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.8
Filteringmoleculesfromamultimoleculefile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.9
Substructureandsimilaritysearching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.10 Sortingmolecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.11 Removeduplicatemolecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.12 Aliasesforchemicalgroups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
4 TheOpenBabelGUI
29
4.1
Basicoperation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.2
Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.3
Multipleinputfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.4
Wildcardsinfilenames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.5
Localinput . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.6
Outputfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.7
Graphicaldisplay. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.8
Usingarestrictedsetofformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.9
Otherfeatures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.10 Examplefiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
5 Molecularfingerprintsandsimilaritysearching
33
5.1
Fingerprintformat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.2
Spectrophores™ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
6 obabelvsChemistryToolkitRosetta
43
i
VB.NET Create PDF from Excel Library to convert xlsx, xls to PDF
Process. File: Merge, Append PDF Files. File: Split PDF Document. PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata:
break apart a pdf in reader; break a pdf password
C# PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file for C#
load PDF from other file formats; merge, append, and split PDF files; insert for editing PDF document hyperlink (url) and quick navigation link in PDF bookmark.
combine pages of pdf documents into one; break password pdf
6.1
HeavyatomcountsfromanSDfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.2
ConvertaSMILESstringtocanonicalSMILES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3
ReporthowmanySDfilerecordsarewithinacertainmolecularweightrange . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.4
ConvertSMILESfiletoSDfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.5
Reportthesimilaritybetweentwostructures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.6
Findthe10nearestneighborsinadataset. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.7
Depictacompoundasanimage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
6.8
Highlightasubstructureinthedepiction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
6.9
Alignthedepictionusingafixedsubstructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
6.10 PerformasubstructuresearchonanSDFfileandreportthenumberoffalsepositives. . . . . . . . . . 46
6.11 CalculateTPSA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
6.12 WorkingwithSDtagdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
6.13 Unattemptedtasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
7 WritesoftwareusingtheOpenBabellibrary
49
7.1
TheOpenBabelAPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
7.2
C++. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
7.3
Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
7.4
Java. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
7.5
Perl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
7.6
CSharpandOBDotNet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
7.7
Ruby . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
8 Cheminformatics101
79
8.1
CheminformaticsBasics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
8.2
RepresentingMolecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
8.3
SubstructureSearchingwithIndexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
8.4
MolecularSimilarity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
8.5
ChemicalRegistrationSystems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
9 RadicalsandSMILESextensions
89
9.1
Theneedforradicalsandimplicithydrogentocoexist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
9.2
HowOpenBabeldoesit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
9.3
Inradicalseitherthehydrogenorthespinmultiplicitycanbeimplicit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
9.4
SMILESextensionsforradicals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
10 ContributingtoOpenBabel
93
10.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
10.2 DevelopingOpenBabel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
10.3 Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
10.4 TestingtheCode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
10.5 SoftwareArchaeology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
11 Addingplugins
103
11.1 Howtoaddanewfileformat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
11.2 Addingnewoperationsandoptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
12 SupportedFileFormatsandOptions
107
12.1 Commoncheminformaticsformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
12.2 Utilityformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
12.3 Othercheminformaticsformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
12.4 Computationalchemistryformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
12.5 Crystallographyformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
12.6 Reactionformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
12.7 Imageformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
ii
C# PDF Convert to Word SDK: Convert PDF to Word library in C#.net
key. Quick to remove watermark and save PDF text, image, table, hyperlink and bookmark to Word without losing format. Powerful components
acrobat separate pdf pages; pdf splitter
VB.NET PDF - WPF PDF Viewer for VB.NET Program
Process. File: Merge, Append PDF Files. File: Split PDF Document. PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata:
pdf print error no pages selected; acrobat split pdf into multiple files
12.8 2Ddrawingformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
12.9 3Dviewerformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
12.10KineticsandThermodynamicsformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
12.11Moleculardynamicsanddockingformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
12.12Volumedataformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
12.13Miscellaneousformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
12.14Biologicaldataformats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
12.15Obscureformats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Bibliography
145
iii
How to C#: Basic SDK Concept of XDoc.PDF for .NET
may easily create, load, combine, and split PDF file(s hyperlink of PDF document, including editing PDF url links and quick navigation link in bookmark/outline.
break pdf documents; break password on pdf
VB.NET Create PDF from Word Library to convert docx, doc to PDF in
Process. File: Merge, Append PDF Files. File: Split PDF Document. PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata:
pdf no pages selected; pdf split pages in half
iv
OpenBabelDocumentation,Release2.3.1
Thelatestversionofthisdocumentationisavailableinseveralformatsfromhttp://openbabel.org/docs/dev/.
Contents
1
OpenBabelDocumentation,Release2.3.1
2
Contents
Chapter
1
Introduction
OpenBabelisachemicaltoolboxdesignedtospeakthemanylanguagesofchemicaldata.It’sanopen,collaborative
projectallowinganyonetosearch, convert,analyze,orstoredatafrommolecularmodeling,chemistry,solid-state
materials,biochemistry,orrelatedareas.
1.1 GoalsoftheOpenBabelproject
OpenBabelisaprojecttofacilitatetheinterconversionofchemicaldatafromoneformattoanother–includingfile
formatsofvarioustypes.Thisisimportantforthefollowingreasons:
• Multipleprogramsareoftenrequiredinrealisticworkflows.Thesemayincludedatabases,modelingorcompu-
tationalprograms,visualizationprograms,etc.
• Manyprogramshaveindividualdataformats,and/orsupportonlyasmallsubsetofotherfiletypes.
• Chemicalrepresentationsoftenvaryconsiderably:
– Someprogramsare2D.Someare3D.Someusefractionalk-spacecoordinates.
– Someprogramsusebondsandatomsofdiscretetypes.Othersuseonlyatomsandelectrons.
– Someprogramsusesymmetricrepresentations.Othersdonot.
– Someprogramsspecifyallatoms.Othersuse“residues”oromithydrogenatoms.
• Individualimplementationsofevenstandardizedfileformatsareoftenbuggy,incompleteordonotcompletely
matchpublishedstandards.
Asafree,andopensourceproject,OpenBabelimprovesbywayofhelpingothers. Itgainsbywayofitsusers,
contributors,developers,relatedprojects,andthegeneralchemicalcommunity.Wemustcontinuallystrivetosupport
theseconstituencies.
Wegratefullyacceptcontributionsinmanyforms–frombugreports,complaints,andcritiques,whichhelpusimprove
whatwedopoorly,tofeaturesuggestions,codecontributions,andotherefforts,whichdirectourfuturedevelopment.
• Forendusers,weseektoprovidearangeofutility,fromsimple(orcomplex)fileinterconversion,toindexing,
databasing,andtransformingchemicalandmoleculardata.
• Fordevelopers,weseektoprovideaneasy-to-usefreeandopensourcechemicallibrary.Thisassistsavarietyof
chemicalsoftware,frommolecularviewersandvisualizationtoolsandeditorstodatabases,propertyprediction
tools,andin-housedevelopment.
Tothisend,wehopethatourtoolsreflectseveralkeypoints:
• AsmuchchemicalinformationandfilesshouldbereadandunderstoodbyOpenBabel. Thismeansthatwe
shouldalwaysstrivetosupportasmanyconceptsaspossibleinagivenfileformat,andsupportforadditional
fileformatsisbeneficialtothecommunityasawhole.
• Releasesshouldbemadetobe“asgoodaswecanmakeit”eachandeverytime.
3
OpenBabelDocumentation,Release2.3.1
• Improvingourcodeandourcommunitytobringinadditionalcontributionsinmanyformshelpsbothdevelopers
andend-usersalike.Makingdevelopmenteasyfornewcontributorswillresultinbettertoolsforusersaswell.
1.2 FrequentlyAskedQuestions
1.2.1 General
WhatisOpenBabel?
Putsimply,OpenBabelisafree,open-sourceversionoftheBabelchemistryfiletranslationprogram.OpenBabelis
aprojectdesignedtopickupwhereBabelleftoff,asacross-platformprogramandlibrarydesignedtointerconvert
betweenmanyfileformatsusedinmolecularmodeling,computationalchemistry,andmanyrelatedareas.
OpenBabelincludestwocomponents,acommand-lineutilityandaC++library.Thecommand-lineutilityisintended
tobeusedasareplacementfortheoriginalbabelprogram,totranslatebetweenvariouschemicalfileformats. The
C++libraryincludesallofthefile-translationcodeaswellasawidevarietyofutilitiestofosterdevelopmentofother
opensourcescientificsoftware.
HowdoesthisrelatetoBabelChat,BabelFish,BabelIM,etc....?
Itdoesn’t.Notsurprisingly,“babel”isusedfrequentlyinalotofsoftwarenames.
IsitOpenBabelorOpenBabel?
Yourchoice.It’sprobablyeasiertocallitOpenBabelsincethat’swhatitis–anopenversionofBabel.Butifyoulike
one-word,mixed-caseprojectnames,thengoforOpenBabel.Inthatcase,thespaceisjusttoosmalltobeprinted.
HowdoesthisrelatetotheoriginalBabelandOELib,the“next”Babel?
TheoriginalBabelwaswrittenbyPatWaltersandMattStahl,basedonthe“convert”programbyAjayShah,and
isstillaremarkableapplication. BothPatandMatthavemovedontootherwork. TheoriginalBabelishosted
bySmog.comonaBabelhomepage,bytheComputationalChemistryList(CCL)andofcoursebyOpenBabelat
SourceForge.net.
Alongtheway,thetwooriginalauthorsstartedarewriteofBabelintoC++theycalledOBabel,whichwasnever
reallypubliclyreleased.ButMattusedsomeoftheseideasinOELib,whichwasgenerouslyreleasedundertheGNU
GPLbyhisemployer,OpenEyeSoftware, andthelastknownversionofthisOELibisstillavailablefromourfile
repository. OpenEyedecidedthatfortheirpurposesOELibneededarewrite(nowcalledOEChem),butthiswould
beclosed-sourcetoincludesomeadvancedalgorithms. SotheGPL’edversionofOELibwouldnotbemaintained.
Instead,thefreeversionofOELibwasrenamedandhasbecome“OpenBabel”withtheblessingofMattandother
contributors.
OpenBabelhasevolvedquitealotsinceitsbirthin2001.
What’sthelatestversion?
Asofthiswriting,thelatestversionisOpenBabel2.3.1. Thisisastableversionsuitableforwidespreaduseand
development.
4
Chapter1. Introduction
Documents you may be interested
Documents you may be interested