Method of Euthanasia 
Euthanasia will be performed by CO
inhalation, in accordance with institutional and 
AMVA guidelines. The professional veterinary staff will assist the investigators in the 
performance of euthanasia. 
Vertebrate Animals                                                                                            Page 44
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
Add page numbers to a pdf in preview - insert pages into PDF file in, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Guide C# Users to Insert (Empty) PDF Page or Pages from a Supported File Format
add pages to pdf online; add pages to pdf reader
Add page numbers to a pdf in preview - VB.NET PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Easy to Use VB.NET APIs to Add a New Blank Page to PDF Document
add pages to pdf document; adding page numbers pdf
Select agents are not involved in this research.  
G. vaginalis and E. coli are BSL-2 organisms. Our laboratory is equipped for BSL-
research and certified by Columbia University Environmental Health and Safety. All 
laboratory members have received specific training in laboratory safety and the proper 
use and disposal of infectious agents. 
Select Agent Research                                                                                         Page 45
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
them the ability to count the page numbers of generated PDF document in C#.NET using this PDF document creating toolkit, if you need to add some text
add page numbers pdf files; adding page numbers to a pdf file
C# Word - Word Create or Build in C#.NET
also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Word document adding control, you can add some additional Create Word From PDF.
add page number to pdf print; adding page numbers in pdf
1. Nugent RP, Krohn MA, Hillier SL (1991) Reliability of diagnosing bacterial vaginosis is improved by a 
standardized method of gram stain interpretation. J Clin Microbiol 29: 297-301. 
2. Koumans EH, Sternberg M, Bruce C, McQuillan G, Kendrick J, et al. (2007) The prevalence of bacterial 
vaginosis in the United States, 2001-2004; associations with symptoms, sexual behaviors, and 
reproductive health. Sex Transm Dis 34: 864-869. 
3. Koumans EH, Kendrick JS (2001) Preventing adverse sequelae of bacterial vaginosis: a public health 
program and research agenda. Sex Transm Dis 28: 292-297. 
4. Schmid G, Markowitz L, Joesoef R, Koumans E (2000) Bacterial vaginosis and HIV infection. Sex Transm 
Infect 76: 3-4. 
5. Atashili J, Poole C, Ndumbe PM, Adimora AA, Smith JS (2008) Bacterial vaginosis and HIV acquisition: a 
meta-analysis of published studies. AIDS 22: 1493-1501. 
6. Sewankambo N, Gray RH, Wawer MJ, Paxton L, McNaim D, et al. (1997) HIV-1 infection associated with 
abnormal vaginal flora morphology and bacterial vaginosis. Lancet 350: 546-550. 
7. Al-Harthi L, Roebuck KA, Olinger GG, Landay A, Sha BE, et al. (1999) Bacterial vaginosis-associated 
microflora isolated from the female genital tract activates HIV-1 expression. J Acquir Immune Defic 
Syndr 21: 194-202. 
8. Hashemi FB, Ghassemi M, Roebuck KA, Spear GT (1999) Activation of human immunodeficiency virus type 
1 expression by Gardnerella vaginalis. J Infect Dis 179: 924-930. 
9. Zariffard MR, Sha BE, Wang QJ, Chen HY, Bremer J, et al. (2005) Relationship of U1 cell HIV-stimulatory 
activity to bacterial vaginosis and HIV genital tract virus load. AIDS Res Hum Retroviruses 21: 945-948. 
10. Allsworth JE, Lewis VA, Peipert JF (2008) Viral sexually transmitted infections and bacterial vaginosis: 
2001-2004 National Health and Nutrition Examination Survey data. Sex Transm Dis 35: 791-796. 
11. Peipert JF, Lapane KL, Allsworth JE, Redding CA, Blume JD, et al. (2008) Bacterial vaginosis, race, and 
sexually transmitted infections: does race modify the association? Sex Transm Dis 35: 363-367. 
12. Witkin SS, Linhares IM, Giraldo P, Ledger WJ (2007) An altered immunity hypothesis for the development 
of symptomatic bacterial vaginosis. Clin Infect Dis 44: 554-557. 
13. Fredricks DN, Fiedler TL, Marrazzo JM (2005) Molecular identification of bacteria associated with bacterial 
vaginosis. N Engl J Med 353: 1899-1911. 
14. Larsson PG, Stray-Pedersen B, Ryttig KR, Larsen S (2008) Human lactobacilli as supplementation of 
clindamycin to patients with bacterial vaginosis reduce the recurrence rate; a 6-month, double-blind, 
randomized, placebo-controlled study. BMC Womens Health 8: 3. 
15. Leopold S (1953) Heretofore undescribed organism isolated from the genitourinary system. U S Armed 
Forces Med J 4: 263-266. 
16. Gardner HL, Dukes CD (1954) New etiologic agent in nonspecific bacterial vaginitis. Science 120: 853. 
17. Criswell BS, Ladwig CL, Gardner HL, Dukes CD (1969) Haemophilus vaginalis: vaginitis by inoculation 
from culture. Obstet Gynecol 33: 195-199. 
18. Sadhu K, Domingue PA, Chow AW, Nelligan J, Cheng N, et al. (1989) Gardnerella vaginalis has a gram-
positive cell-wall ultrastructure and lacks classical cell-wall lipopolysaccharide. J Med Microbiol 29: 229-
19. Catlin BW (1992) Gardnerella vaginalis: characteristics, clinical considerations, and controversies. Clin 
Microbiol Rev 5: 213-237. 
20. Ratnam S, Fitzgerald BL (1983) Semiquantitative culture of Gardnerella vaginalis in laboratory 
determination of nonspecific vaginitis. J Clin Microbiol 18: 344-347. 
21. Josey WE, Schwebke JR (2008) The polymicrobial hypothesis of bacterial vaginosis causation: a 
reassessment. Int J STD AIDS 19: 152-154. 
22. Menard JP, Fenollar F, Henry M, Bretelle F, Raoult D (2008) Molecular quantification of Gardnerella 
vaginalis and Atopobium vaginae loads to predict bacterial vaginosis. Clin Infect Dis 47: 33-43. 
23. Tweten RK (2005) Cholesterol-dependent cytolysins, a family of versatile pore-forming toxins. Infect Immun 
73: 6199-6209. 
24. Farrand AJ, Lachapelle S, Hotze EM, Johnson AE, Tweten RK (2010) Only two amino acids are essential 
for cytolytic toxin recognition of cholesterol at the membrane surface. Proc Natl Acad Sci U S A. 
25. Soltani CE, Hotze EM, Johnson AE, Tweten RK (2007) Structural elements of the cholesterol-dependent 
cytolysins that are responsible for their cholesterol-sensitive membrane interactions. Proc Natl Acad Sci 
U S A 104: 20226-20231. 
References Cited                                                                                              Page 46
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
C# PowerPoint - PowerPoint Creating in C#.NET
file but also offer them the ability to count the page numbers of generated NET using this PowerPoint document creating toolkit, if you need to add some text
adding pages to a pdf document; add page numbers to pdf preview
C# Word - Word Creating in C#.NET
document file but also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Word document creating toolkit, if you need to add some text
add a page to a pdf document; add page numbers to pdf using preview
26. Czajkowsky DM, Hotze EM, Shao Z, Tweten RK (2004) Vertical collapse of a cytolysin prepore moves its 
transmembrane beta-hairpins to the membrane. EMBO J 23: 3206-3215. 
27. Dang TX, Hotze EM, Rouiller I, Tweten RK, Wilson-Kubalek EM (2005) Prepore to pore transition of a 
cholesterol-dependent cytolysin visualized by electron microscopy. J Struct Biol 150: 100-108. 
28. Ramachandran R, Tweten RK, Johnson AE (2004) Membrane-dependent conformational changes initiate 
cholesterol-dependent cytolysin oligomerization and intersubunit beta-strand alignment. Nat Struct Mol 
Biol 11: 697-705. 
29. Ramachandran R, Tweten RK, Johnson AE (2005) The domains of a cholesterol-dependent cytolysin 
undergo a major FRET-detected rearrangement during pore formation. Proc Natl Acad Sci U S A 102: 
30. Singh R, Jamieson A, Cresswell P (2008) GILT is a critical host factor for Listeria monocytogenes infection. 
31. Madden JC, Ruiz N, Caparon M (2001) Cytolysin-mediated translocation (CMT): a functional equivalent of 
type III secretion in gram-positive bacteria. Cell 104: 143-152. 
32. Berry AM, Yother J, Briles DE, Hansman D, Paton JC (1989) Reduced virulence of a defined pneumolysin-
negative mutant of Streptococcus pneumoniae. Infect Immun 57: 2037-2042. 
33. Marriott HM, Mitchell TJ, Dockrell DH (2008) Pneumolysin: a double-edged sword during the host-
pathogen interaction. Curr Mol Med 8: 497-509. 
34. Ratner AJ, Lysenko ES, Paul MN, Weiser JN (2005) Synergistic proinflammatory responses induced by 
polymicrobial colonization of epithelial surfaces. Proc Natl Acad Sci U S A 102: 3429-3434. 
35. Johnson MK, Geoffroy C, Alouf JE (1980) Binding of cholesterol by sulfhydryl-activated cytolysins. Infect 
Immun 27: 97-101. 
36. Nagamune H, Ohnishi C, Katsuura A, Taoka Y, Fushitani K, et al. (1997) Intermedilysin. A cytolytic toxin 
specific for human cells of a Streptococcus intermedius isolated from human liver abscess. Adv Exp 
Med Biol 418: 773-775. 
37. Giddings KS, Zhao J, Sims PJ, Tweten RK (2004) Human CD59 is a receptor for the cholesterol-
dependent cytolysin intermedilysin. Nat Struct Mol Biol 11: 1173-1178. 
38. Gelber SE, Aguilar JL, Lewis KL, Ratner AJ (2008) Functional and phylogenetic characterization of 
Vaginolysin, the human-specific cytolysin from Gardnerella vaginalis. J Bacteriol 190: 3896-3903. 
39. Goepfert AR, Varner M, Ward K, Macpherson C, Klebanoff M, et al. (2005) Differences in inflammatory 
cytokine and Toll-like receptor genes and bacterial vaginosis in pregnancy. Am J Obstet Gynecol 193: 
40. Cauci S, Di Santolo M, Casabellata G, Ryckman K, Williams SM, et al. (2007) Association of interleukin-
1beta and interleukin-1 receptor antagonist polymorphisms with bacterial vaginosis in non-pregnant 
Italian women. Mol Hum Reprod 13: 243-250. 
41. Planet PJ, Ratner AJ (2008) Phylogenetic analysis of the cholesterol-dependent cytolysins: lateral transfer 
and purifying selection within a widespread family of bacterial pore-forming toxins. Keystone 
Symposium on Molecular Evolution as a Driving Force in Infectious Diseases. Breckenridge, CO. 
42. Cauci S, Guaschino S, De Aloysio D, Driussi S, De Santo D, et al. (2003) Interrelationships of interleukin-8 
with interleukin-1beta and neutrophils in vaginal fluid of healthy and bacterial vaginosis positive women. 
Mol Hum Reprod 9: 53-58. 
43. Genc MR, Witkin SS, Delaney ML, Paraskevas LR, Tuomala RE, et al. (2004) A disproportionate increase 
in IL-1beta over IL-1ra in the cervicovaginal secretions of pregnant women with altered vaginal 
microflora correlates with preterm birth. Am J Obstet Gynecol 190: 1191-1197. 
44. Mattsby-Baltzer I, Platz-Christensen JJ, Hosseini N, Rosen P (1998) IL-1beta, IL-6, TNFalpha, fetal 
fibronectin, and endotoxin in the lower genital tract of pregnant women with bacterial vaginosis. Acta 
Obstet Gynecol Scand 77: 701-706. 
45. Davies A, Simmons DL, Hale G, Harrison RA, Tighe H, et al. (1989) CD59, an LY-6-like protein expressed 
in human lymphoid cells, regulates the action of the complement membrane attack complex on 
homologous cells. J Exp Med 170: 637-654. 
46. Ninomiya H, Sims PJ (1992) The human complement regulatory protein CD59 binds to the alpha-chain of 
C8 and to the "b"domain of C9. J Biol Chem 267: 13675-13680. 
47. Motoyama N, Okada N, Yamashina M, Okada H (1992) Paroxysmal nocturnal hemoglobinuria due to 
hereditary nucleotide deletion in the HRF20 (CD59) gene. Eur J Immunol 22: 2669-2673. 
References Cited                                                                                              Page 47
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
C# Excel - Excel Creating in C#.NET
document file but also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Excel document creating toolkit, if you need to add some text
adding page numbers to pdf in reader; adding page to pdf
48. Yamashina M, Ueda E, Kinoshita T, Takami T, Ojima A, et al. (1990) Inherited complete deficiency of 20-
kilodalton homologous restriction factor (CD59) as a cause of paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. N 
Engl J Med 323: 1184-1189. 
49. Zalman LS, Wood LM, Frank MM, Muller-Eberhard HJ (1987) Deficiency of the homologous restriction 
factor in paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. J Exp Med 165: 572-577. 
50. Zhao XJ, Zhao J, Zhou Q, Sims PJ (1998) Identity of the residues responsible for the species-restricted 
complement inhibitory function of human CD59. J Biol Chem 273: 10665-10671. 
51. Rosado CJ, Buckle AM, Law RH, Butcher RE, Kan WT, et al. (2007) A common fold mediates vertebrate 
defense and bacterial attack. Science 317: 1548-1551. 
52. Rosado CJ, Kondos S, Bull TE, Kuiper MJ, Law RH, et al. (2008) The MACPF/CDC family of pore-forming 
toxins. Cell Microbiol 10: 1765-1774. 
53. Kimberley FC, Sivasankar B, Paul Morgan B (2007) Alternative roles for CD59. Mol Immunol 44: 73-81. 
54. Murray EW, Robbins SM (1998) Antibody cross-linking of the glycosylphosphatidylinositol-linked protein 
CD59 on hematopoietic cells induces signaling pathways resembling activation by complement. J Biol 
Chem 273: 25279-25284. 
55. Stefanova I, Horejsi V, Ansotegui IJ, Knapp W, Stockinger H (1991) GPI-anchored cell-surface molecules 
complexed to protein tyrosine kinases. Science 254: 1016-1019. 
56. Suzuki KG, Fujiwara TK, Sanematsu F, Iino R, Edidin M, et al. (2007) GPI-anchored receptor clusters 
transiently recruit Lyn and G alpha for temporary cluster immobilization and Lyn activation: single-
molecule tracking study 1. J Cell Biol 177: 717-730. 
57. Randis TM, Kulkarni R, Aguilar JL, Ratner AJ (2009) Antibody-based detection and inhibition of 
vaginolysin, the Gardnerella vaginalis cytolysin. PLoS One 4: e5207. 
58. Qin X, Hu W, Song W, Grubissich L, Hu X, et al. (2009) Generation and phenotyping of mCd59a and 
mCd59b double-knockout mice. Am J Hematol 84: 65-70. 
59. Hu W, Ferris SP, Tweten RK, Wu G, Radaeva S, et al. (2008) Rapid conditional targeted ablation of cells 
expressing human CD59 in transgenic mice by intermedilysin. Nat Med 14: 98-103. 
60. Diamond LE, Oldham ER, Platt JL, Waldmann H, Tone M, et al. (1994) Cell- and tissue-specific expression 
of a human CD59 minigene in transgenic mice. Transplant Proc 26: 1239. 
61. Ratner AJ, Hippe KR, Aguilar JL, Bender MH, Nelson AL, et al. (2006) Epithelial cells are sensitive 
detectors of bacterial pore-forming toxins. J Biol Chem 281: 12994-12998. 
62. Sood R, Zehnder JL, Druzin ML, Brown PO (2006) Gene expression patterns in human placenta. Proc Natl 
Acad Sci U S A 103: 5478-5483. 
63. Swidsinski A, Mendling W, Loening-Baucke V, Ladhoff A, Swidsinski S, et al. (2005) Adherent biofilms in 
bacterial vaginosis. Obstet Gynecol 106: 1013-1023. 
64. Swidsinski A, Mendling W, Loening-Baucke V, Swidsinski S, Dorffel Y, et al. (2008) An adherent 
Gardnerella vaginalis biofilm persists on the vaginal epithelium after standard therapy with oral 
metronidazole. Am J Obstet Gynecol 198: 97 e91-96. 
65. Thomson VJ, Bhattacharjee MK, Fine DH, Derbyshire KM, Figurski DH (1999) Direct selection of IS903 
transposon insertions by use of a broad-host-range vector: isolation of catalase-deficient mutants of 
Actinobacillus actinomycetemcomitans. J Bacteriol 181: 7298-7307. 
66. Sukeno A, Nagamune H, Whiley RA, Jafar SI, Aduse-Opoku J, et al. (2005) Intermedilysin is essential for 
the invasion of hepatoma HepG2 cells by Streptococcus intermedius. Microbiol Immunol 49: 681-694. 
67. Ratner AJ, Aguilar JL, Shchepetov M, Lysenko ES, Weiser JN (2007) Nod1 mediates cytoplasmic sensing 
of combinations of extracellular bacteria. Cell Microbiol 9: 1343-1351. 
68. Sung CK, Li H, Claverys JP, Morrison DA (2001) An rpsL cassette, janus, for gene replacement through 
negative selection in Streptococcus pneumoniae. Appl Environ Microbiol 67: 5190-5196. 
69. Malley R, Henneke P, Morse SC, Cieslewicz MJ, Lipsitch M, et al. (2003) Recognition of pneumolysin by 
Toll-like receptor 4 confers resistance to pneumococcal infection. Proc Natl Acad Sci U S A 100: 1966-
70. Park JM, Ng VH, Maeda S, Rest RF, Karin M (2004) Anthrolysin O and other gram-positive cytolysins are 
toll-like receptor 4 agonists. J Exp Med 200: 1647-1655. 
71. Kristich CJ, Manias DA, Dunny GM (2005) Development of a method for markerless genetic exchange in 
Enterococcus faecalis and its use in construction of a srtA mutant. Appl Environ Microbiol 71: 5837-
72. Wu SS, Kaiser D (1996) Markerless deletions of pil genes in Myxococcus xanthus generated by 
counterselection with the Bacillus subtilis sacB gene. J Bacteriol 178: 5817-5821. 
References Cited                                                                                              Page 48
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
73. Patterson JL, Girerd PH, Karjane NW, Jefferson KK (2007) Effect of biofilm phenotype on resistance of 
Gardnerella vaginalis to hydrogen peroxide and lactic acid. Am J Obstet Gynecol 197: 170 e171-177. 
74. Kenny B, DeVinney R, Stein M, Reinscheid DJ, Frey EA, et al. (1997) Enteropathogenic E. coli (EPEC) 
transfers its receptor for intimate adherence into mammalian cells. Cell 91: 511-520. 
75. Pentecost M, Otto G, Theriot JA, Amieva MR (2006) Listeria monocytogenes invades the epithelial 
junctions at sites of cell extrusion. PLoS Pathog 2: e3. 
76. Iliev AI, Djannatian JR, Nau R, Mitchell TJ, Wouters FS (2007) Cholesterol-dependent actin remodeling via 
RhoA and Rac1 activation by the Streptococcus pneumoniae toxin pneumolysin. Proc Natl Acad Sci U 
S A 104: 2897-2902. 
77. Fichorova RN, Rheinwald JG, Anderson DJ (1997) Generation of papillomavirus-immortalized cell lines 
from normal human ectocervical, endocervical, and vaginal epithelium that maintain expression of 
tissue-specific differentiation proteins. Biol Reprod 57: 847-855. 
78. Antunes MB, Woodworth BA, Bhargave G, Xiong G, Aguilar JL, et al. (2007) Murine nasal septa for 
respiratory epithelial air-liquid interface cultures. Biotechniques 43: 195-196, 198, 200 passim. 
79. Fernandez S, Gillgrass A, Kaushic C (2007) Differential responses of murine vaginal and uterine epithelial 
cells prior to and following herpes simplex virus type 2 (HSV-2) infection. Am J Reprod Immunol 57: 
80. Yao XD, Fernandez S, Kelly MM, Kaushic C, Rosenthal KL (2007) Expression of Toll-like receptors in 
murine vaginal epithelium is affected by the estrous cycle and stromal cells. J Reprod Immunol 75: 106-
81. Ratner AJ, Bryan R, Weber A, Nguyen S, Barnes D, et al. (2001) Cystic fibrosis pathogens activate Ca2+-
dependent mitogen-activated protein kinase signaling pathways in airway epithelial cells. J Biol Chem 
276: 19267-19275. 
References Cited                                                                                              Page 49
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
Letters of Support                                                                                            Page 50
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
Resources developed within the scope of this application will be made available to the 
scientific community. This includes publications (through PubMed Central and/or 
publication in open-access journals), raw data, and reagents. 
Resource Sharing Plan                                                                                         Page 52
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
PHS 398 Checklist
OMB Number: 0925-0001 
1. Application Type:
the questions that are specific to the PHS398.
* Type of Application:
Federal Identifier: 
2. Change of Investigator / Change of Institution Questions
Change of principal investigator / program director
Name of former principal investigator / program director:  
Change of Grantee Institution
* Name of former institution:
3. Inventions and Patents    (For renewal applications only)
* Inventions and Patents:
If the answer is "Yes" then please answer the following:
* Previously Reported:  
* First Name:
Middle Name:
* Last Name:
Checklist                                                                                                     Page 53
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
4. * Program Income
source(s).  Otherwise, leave this section blank.
*Budget Period    *Anticipated Amount ($)
5. * Disclosure Permission Statement
Checklist                                                                                                     Page 54
Principal Investigator/Program Director (Last, first, middle): Ratner, Adam, Jonathan
Documents you may be interested
Documents you may be interested