c# itextsharp pdfreader not opened with owner password : Add page to pdf acrobat Library application class asp.net html wpf ajax ReferenceManual6_1_00-part939

Imaris V 6.1.0
Reference Manual
Add page to pdf acrobat - insert pages into PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Guide C# Users to Insert (Empty) PDF Page or Pages from a Supported File Format
add page pdf reader; adding page numbers to pdf
Add page to pdf acrobat - VB.NET PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Easy to Use VB.NET APIs to Add a New Blank Page to PDF Document
add page number to pdf file; add page number to pdf hyperlink
© Bitplane 2008
1
Preface
This Reference Manual provides a description of all menu entries, display modes, functions and parameters.
Information in this book is subject to change without notice and does not represent a commitment on the part
of Bitplane AG. Bitplane AG is not liable for errors contained in this book or for incidental or consequential
damages in connection with the use of this software.
This document contains proprietary information protected by copyright. No part of this document may be
reproduced, translated, or transmitted without the express written permission of Bitplane AG, Zurich,
Switzerland.
For further questions or suggestions please visit our web site at: 
www.bitplane.com
or contact support@bitplane.com
.
Bitplane AG
Badenerstrasse 682
8048 Zurich
Switzerland
© Spring 2008, Bitplane AG, Zurich.
All rights reserved. Printed in Switzerland.
Imaris Reference Manual V 6.1.0
1.1
Getting Familiar
Today, all optical microscopes commercially available can record several channels simultaneously  to
produce multi-channel images. Imaris is an application designed to visualize such microscopic data. Imaris
uses a special file format to store images with parameters and can incorporate image files for all major
microscopes and image acquisition systems. The images can be viewed in several different ways and
processed to provide the optimum amount of information from 2D or 3D still images, time series, and
animations.
Once a data set has been loaded into Imaris, individual parameters such as channel colors, geometrical
settings or voxel sizes can be adjusted. Imaris has a variety of tools available, such as cropping, threshold
cutting and filters for processing the images to bring out the required details.
It provides 8 different viewing functions for the visualization and production of high quality images for
presentation and storage:
 A Slice
viewer.
Section
viewer for simultaneous viewing along three coordinate axes.
 A Gallery
viewer for slice image overview and selection.
 The Easy
3D
viewer provides a quick image view.
 The Surpass
viewer, which offers numerous tools for data preparation, presentation and manipulation of
different types of data display as well as any combination of them and the ability to define, combine and
group an arbitrary number of objects out of a set of viewing objects.
Animations
can be created from the Slice and 3D modes, or with the key frame animator in Surpass.
 InMotion
is a 3D viewing and precise interaction mode. Imaris produces a real 3D impression by a smooth
animation of the view. 
 A viewer for Colocalization
computation.
It is easy to navigate within the Imaris modules because the frequently used toolbars, menus, and interactive
controls remain the same, and can all be operated with the mouse buttons.
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
Annotate & Comment. Add, insert PDF native annotations to PDF file. Print. Support for all the print modes in Acrobat PDF. Print only specified page ranges.
add page to pdf online; add page number pdf file
C# PDF Converter Library SDK to convert PDF to other file formats
using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. to image or document, or from PDF document to other file formats, like multi-page TIFF file
add page pdf; adding a page to a pdf file
Imaris Reference Manual
1.2
Getting Started
The software is delivered on a standard CD or downloaded from www.bitplane.com. The CD includes a
folder containing the necessary manuals, or the manuals can be downloaded.
Minimum hardware/software requirements are:
 Windows NT 4.0, or a more recent version, Windows 2000 or XP
 CD-ROM
 Graphics card with 3D accelerator
 Network facilities for image import from the microscope
 512 MB RAM (> 1 GB recommended)
Bitplane also recommends:
A database for storing images (e.g., Image Access) 
Installation
To install the software, please proceed as follows:
 Insert your Imaris CD-Rom in the computer.
Follow the instructions on the screen.
 The installation is completed automatically.
Licensing
To run the Imaris system, the appropriate licenses for the required modules, such as the Imaris base
(including Surpass), ImarisTime, ImarisColoc, ImarisMeasurementPro, or Topography. Without licenses, the
Imaris can only be run in a restricted mode. In case of any license problems, please refer to the support
information on our website www.bitplane.com for detailed instructions.
Starting
Imaris
Imaris can be started by one of the following methods:
 Double-click on the Imaris icon (we recommend copying the icon to the desktop).
Drag the icon of an image or a file to the Imaris program icon.
 Imaris can be started directly from the Image Access database.
The software opens with the main screen.
Supported
File
Formats
Imaris (as of version 6.0.0) can read the following file formats, i.e. it can read the image and the parameters.
 Andor: Multi-TIFF series (*.tif, *.tiff)
 Applied Precision, Inc: DeltaVision (*.i3d, *.dv)
 Biorad: MRC-600, MRC-1024 (*.pic)
 BioVision: IPLab Mac (*.ipm)
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
 Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
 Bitplane: Imaris 2.7 Classic/Old (*.ims)
 Bitplane: Imaris Scene File (*.imx)
 Carl Zeiss: LSM 510 (*.lsm)
 Carl Zeiss: LSM 410, LSM 310 (*.tif, *.tiff)
Carl Zeiss: Axiovision (*.zvi)
 Image Cytometry Standard: ICS - used by Nikon, Huygens, and others (*.ics, *.ids)
 Leica: TCS-NT (*.tif, *.tiff)
C# powerpoint - PowerPoint Conversion & Rendering in C#.NET
without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. PowerPoint to PDF Conversion. This page will tell you how to use XDoc.PowerPoint SDK
add page to a pdf; adding pages to a pdf
C# Word - Word Conversion in C#.NET
independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Word to PDF Conversion. This page will tell you how to use XDoc.Word
add pages to an existing pdf; adding a page to a pdf in reader
© Bitplane 2008
 Leica: LCS (*.lei, *.raw, *.tif, *.tiff)
 Leica: series (*.inf, *.info, *.tif, *.tiff)
Leica: Image File Format (*.lif)
 Molecular Devices: Metamorph STK (series) (*.stk)
 MRC - primarily electron density volumes as in cryo-EM (*.mrc, *.st, *.rec)
 Olympus: FluoView TIFF (*.tif, *.tiff)
 Olympus: FluoView 1000 OIF (*.oif)
 Olympus: FluoView 1000 OIB (*.oib)
 Olympus: Cell^R 1.1/standard (*.tif, *.tiff)
Open Microscopy Environment XML (*.ome)
 Open Microscopy Environment TIF (*.tif, *.tiff)
 Perkin Elmer: UltraView (*.tim, *.zpo)
 Scanalytics: IPLab (*.ipl)
 TILL Photonics: TILLvisION (*.rbinf)
Plus it can read general TIFF series (or BMP series) of the format aaaNNN.tif (where a is a character and N
is a number).
2
Menu File
Open...
Ctrl + O
Revert
to
File
Ctrl + R
Save
as...
Ctrl + S
Batch
Convert...
Load
Scene...
Ctrl + L
Export
Scene
as...
Ctrl + E
Snapshot...
Ctrl + T
Exit
Ctrl + Q
See also:
Addendum - Mouse
&
Keyboard
Mac
2.1
Open
Data sets can be loaded from various file formats.
Image
File
Series
If the data set consists of a whole series of images, each stored as individual file, select only one file to open
and the system will automatically load the rest of the images that belong to the data set.
 In the menu select File – Open.
 Select file type from the Files of Type pull-down menu.
 Select a file name from the list and click Open or double-click on the requested file entry. 
The file is loaded. 
See also:
Menu File - Batch
Convert
...
C# Windows Viewer - Image and Document Conversion & Rendering in
standard image and document in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Convert to PDF.
add a blank page to a pdf; add page number to pdf preview
VB.NET PDF: How to Create Watermark on PDF Document within
Using this VB.NET Imaging PDF Watermark Add-on, you image (such as business's logo) on any desired PDF page. And with our PDF Watermark Creator, users need no
add and delete pages in pdf; adding page numbers to pdf in
Imaris Reference Manual
2.1.1
Reader Configuration
Read
only
one
Time
Point
Loads a single time point of a time series.
Resampling
Open...
The Resampling Open dialog box can be used as preview before loading a data set and allows you to
change the resolution of the data (subsampling) and to select only a part of the data set (cropping) by
specifying parameters in the Resampling Open dialog box. Both options reduce the size of the data set,
decreasing the time needed to read the file and speeding up any operations on the data. This can be
particularly important when reading large data sets over a network. 
The revision applies to all views in Imaris and in Surpass. 
 Select menu File - Open or click on the  button Open in the Main toolbar.
 Click on a file to highlight it and click on the button Resampling File Open ... .
Image Preview
The view on the right side displays as image preview a single time point of the data set. Right-click in the
view and move the mouse pointer to the right to increase brightness. Move the pointer upwards to increase
contrast. 
Original Size
Display of the original file size.
Subsampling
Factor
X,Y,Z, Ch, T
You have the option to specify the Subsampling Factor, i.e., the fraction of data points to be retained. The
subsampling factor can be specified for the x-, y-, z-directions, the channels (Ch), and the time points (T). 
Crop
Limits
(Min/Max)
X, Y, Z, Ch, T, From, To
The Crop Limits (Min/Max) for the x-, y-, z-directions, the channels (Ch), and the time points (T) can also be
specified.
Resampled Size
Display of the resampled file size.
 Click on Open and the data set is cropped and resampled while loading.
See also:
Menu Edit - Image Properties... - Geometry
Menu Edit - Crop
Time...
Menu Edit - Resample
Time...
Menu Edit - Crop
3D...
Menu Edit - Resample
3D...
2.1.2
Settings
In the Settings you specify options for reading certain file formats.
Leica
LCS
Settings
A LeicaVista data set consists of a number of image stacks (or experiments). A dialog box can be opened to
select a specific image stack.
VB.NET PowerPoint: VB Code to Draw and Create Annotation on PPT
limitations (other documents are compatible, including PDF, TIFF, MS VB.NET PPT: VB Code to Add Embedded Image Object to PPT Page. '''&ltsummary> ''' Draw
adding page numbers to pdf in preview; add remove pages from pdf
C# Excel - Excel Conversion & Rendering in C#.NET
independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Excel to PDF Conversion. This page will tell you how to use XDoc.Excel
add page numbers to pdf document; add pages to pdf acrobat
© Bitplane 2008
 Select File - Open or click Open in the Main toolbar. 
Select Files of Type: Leica LCS.
 Click on the *.lei file to highlight it and click Settings.
Select the required image stack on the left side of the dialog box. The individual images that belong to that
stack will display on the right side.
 Click 
OK
to open the image.
Leica
LIF
Settings
A LeicaLIF data set consists of a number of image stacks (or experiments). A dialog box can be opened to
select a specific image stack.
 Select File - Open or click Open in the Main toolbar. 
 Select Files of Type: Leica LIF.
 Click on the *.lif file to highlight it and click Settings.
Select the required image stack on the left side of the dialog box. The individual images that belong to that
stack will display on the right side.
 Click 
OK
to open the image.
Adjustable
Tiff
Series
Reader
Settings
If the data set consists of a series of images, individual images can be sorted according to various
dimensions (i.e., slices, channels, time points, dimension sequence). The selected sequence is shown in the
File Arrangement panel. The reader can handle tiff series with single and multiple running numbers.
 Select the menu File - Open or click Open in the Main toolbar. 
Select Files of Type: Tiff (adjustable file series) and not Tiff (series) from the drop-down list.
 Open the folder containing the series.
 Click Settings, which is grayed out if the file type selector is on automatic or if the current directory does not
contain a series.
 Use Apply Automatic File Filter, Apply, Dimensions, Dimension Sequence, described as follows, to define
the series.
Apply Automatic File Filter
This is activated automatically when the dialog is opened. It has the same logics as the classic TIFF series
reader of Imaris and will pre-select the first series detected in the directory. Be aware that you may not see all
files in the directory.
Button 
Apply
Press this button to use the regular expression to the left and select all files in the current directory that
match the criterion, i.e.
 *.tif selects all files with the ending *.tif.
 myfile*.tif selects all files that start with “myfile” and are followed by any letter or digit and by the extension
*.tif.
 myfile??.tif selects all files that start with “myfile” and are followed by two letters or digits and by the
extension *.tif.
Please
note:
Depending
on
the
filter,
not
all
files
in
the
directory
may
be
visible.
Selecting
the
required
file
may
take
some
time
because
every
file
is
opened
but
only
files
with
identical
xy-dimension
are
chosen.
Dimensions
 Define the dimensions of the image starting with Slices (Z), Channels (Ch), and Time Points (T).
Please
note:
The
total
number
of
files
in
the
series,
as
defined
by
your
selection
criteria,
displays
below
the
Time
Points
input
box.
Selecting
the
required
file
may
take
some
time
because
every
file
is
opened
but
only
BMP to PDF Converter | Convert Bitmap to PDF, Convert PDF to BMP
Also designed to be used add-on for .NET Image SDK, RasterEdge Bitmap Powerful image converter for Bitmap and PDF files; No need for Adobe Acrobat Reader &
add page break to pdf; add multi page pdf to word document
JPEG to PDF Converter | Convert JPEG to PDF, Convert PDF to JPEG
It can be used standalone. JPEG to PDF Converter is able to convert image files to PDF directly without the software Adobe Acrobat Reader for conversion.
adding a page to a pdf; adding page to pdf
Imaris Reference Manual
files
with
identical
xy-dimension
are
chosen.
Dimension Sequence
Defines how the individual images, which are sorted alphabetically, are to be assigned to Slices (Z),
Channels (Ch), and Time Points (T).
Click 
OK
to return to the Open dialog window.
 Click 
Resampling Open
to open the Resampling dialog box or click 
Open
to open the image.
2.2
Revert to File
Re-opens the actual data set.
2.3
Save as ...
Saving in Imaris format is recommended whenever the data set is cropped or the parameters changed.
Saving a data set in Imaris file format provides the advantage of a faster loading process and the possibility
of using thumbnails. In addition, most parameters are saved with the images.
 In the menu bar select File – Save as... . The Save As window displayeds.
 Select the directory and enter the name for the file to be saved or confirm the suggestion.
 Select the requested file format and click OK.
The data set is saved.
Available
File
Formats
in
Imaris
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
Bitplane: Imaris 2.7 (Classic)(*.ims)
Tiff (series)(*.tif *.tiff)
RGBA-Tiff (series)(*.tif *.tiff)
ICS file (*.ics *.ids)
Olympus: cell^R 1.1/standard (*.tif *.tiff)
Open Microscopy Environment Xml (*.ome)
Open Microscopy Environment Tiff (*.tif *.tiff)
BMP (series)(*.bmp)
Save
and
Load
Scene
File
The actual Imaris configuration (including Surpass Tree and all existing Items) in the Surpass view is called
Surpass Scene and can be stored in a Scene file with the extension *.imx. The Surpass Scene can be
loaded again to the same data set or to another data set. For details please refer to chapter Surpass View -
Overview - Scene
File
Concept
.
Tip:
Saving
a
Scene
File
is
the
ideal
way
to
save
intermediate
data
in
Imaris.
See also:
Menu File - Batch
Convert...
2.3.1
Advanced Save Options
Button 
Format Settings...
A click on the button Format Settings... opens the Imaris Save Options window.
Window: Save Options
© Bitplane 2008
Time Series
Save as Single File
The time series are saved in a single file.
Save as Multiple Files
For each time point a new file is generated.
Compression
LZW Compression
Check the box to use an LZW compression.
Add
to
ImageAccess
Database
Check the box to add the file to the ImageAccess database.
2.4
Batch Convert ...
With the Imaris File Converter you can convert various image file formats to the Imaris file format *.ims.
Select the menu entry Batch Convert... and the Imaris File Converter window displays. From the Windows
Start menu select "ImarisFileConverter".
Input
Drag & Drop Files, or click the Button below to add Files.
Button 
Add Files ...
The window Select Files for Conversion displays. Choose the respective file and click on Open
Thumbnail
Here you can select the appearance of the thumbnail in Imaris.
Middle Slice
Thumbnail is the middle slice.
MIP
Thumbnail in the display mode Maximum Intensity Projection. A Maximum Intensity Projection is a computer
visualization method for 3D data that projects in the visualization plane the voxels with maximum intensity
that fall in the way of parallel rays traced from the viewpoint to the plane of projection.
Blend 
Thumbnail in blend projection. Blends all values along the viewing direction and includes their transparency.
Output
Same Folder as Input
You find the converted image(s) in the same folder.
Special Folder
Here you can select another folder for the converted image(s). Either type in the respective path or use the
button Browse.
Button 
Browse
Click on this button to browse for the special folder.
Format
The standard formats are:
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
Imaris Reference Manual
Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
Bitplane: Imaris 2.7 (Classic)(*.ims)
To add additional formats please refer to chapter Menu File - Batch Convert ... - Preferences
.
Input
Here you find the selected input file path(s).
Click on the input path to open the window Series Reading Sequences to adjust additional parameters for the
conversion. Please refer to chapter Menu File - Open - Settings
for details.
Output
Here you find the selected output file path(s). 
Click on the output path to open the window Imaris Save Options to adjust additional parameters for the
conversion. Please refer to chapter Menu File - Save as ... - Advanced
Save
Options
for details.
Clear
Row
To clear a row click on the red cross at the end of the row. 
Button 
Clear
Click on this button to clear all rows in the table.
Button 
Start
Click on this button to start the conversion.
See also:
Menu File - Open - Reader
Configuration
Menu File - Open - Settings
Menu File - Save as ... - Advanced
Save
Options
Menu File - Batch Convert ... - Preferences
2.4.1
Preferences
Button 
Preferences
Click on this button to open the Preferences window.
Window: Preferences
Data
Cache
Imaris uses a data caching mechanism that allows you to process images that are significantly larger than
the physical memory (RAM) installed in the computer system. This mechanism writes image data blocks to
the disk and reads them back into the physical memory when they are needed.
Memory Limit (MB)
The value of “data cache” limit controls the amount of data blocks Imaris will keep in memory at any time. 
Cache File Paths:
Display of the cache file paths.
Button 
Add
Button 
Remove
You can use the buttons to add or remove file paths in the list.
Output
Formats
If you want to extend the list of output formats you have to check the following parameter and enter a valid
© Bitplane 2008
license in the next step. Find your licence number in Imaris as follows: Click on the menu Help, select the
menu entry Licenses and copy the license number (in the License Path at the bottom of the window, next to
last enter field). 
All Imaris Output File Formats
Check this box to extend the output file formats. 
License Location
Type in your license number or use the button
Browse
Button 
Browse
Click on this button and select the license path.
Button 
OK
Click on this button and all available Imaris output formats are available.
Standard formats:
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
Bitplane: Imaris 2.7 (Classic)(*.ims)
Additional formats:
Tiff (series)(*.tif *.tiff)
RGBA-Tiff (series)(*.tif *.tiff)
ICS file (*.ics *.ids)
Olympus: cell^R 1.1/standard (*.tif *.tiff)
Open Microscopy Environment Xml (*.ome)
Open Microscopy Environment Tiff (*.tif *.tiff)
BMP (series)(*.bmp)
See also:
Menu File - Save
as
...
2.5
Load Scene ...
A Scene comprises the Surpass Tree including all existing Items. This Scene can be saved as an Imaris
Scene File with the extension *.imx. The Scene can be loaded again to the same data set or to another data
set. 
Load
Scene...
Select the directory and requested file to be loaded, and click OK. The Scene File is loaded.
See also:
Menu File - Export
Scene
as
...
Surpass View - Overview - Surpass
Tree
Surpass View - Overview - Scene
File
Concept
2.6
Export Scene as...
A Scene comprises the Surpass Tree including all existing Items. This Scene can be saved as an Imaris
Scene File with the extension *.imx. The Scene can be loaded again to the same data set or to another data
set. 
Export
Scene
as...
Select the directory and enter the Scene File name and click OK. The Surpass Tree Items are saved as
Imaris Scene File.
Documents you may be interested
Documents you may be interested