c# itextsharp pdfreader not opened with owner password : Add page numbers to pdf SDK application project wpf html asp.net UWP ReferenceManual6_1_018-part949

Imaris Reference Manual
% of volume A above threshold colocalized
Percentage of channel A voxels above threshold A colocalized.
% of volume B above threshold colocalized
Percentage of channel B voxels above threshold B colocalized.
% of material A above threshold colocalized
Percentage of channel A material above threshold A that is colocalized.
% of material B above threshold colocalized
Percentage of channel B material above threshold B that is colocalized.
% of ROI colocalized
Percentage colocalization of channel A and channel B volume inside the region of interest.
% of ROI material A colocalized
Percentage colocalization of ROI channel A material.
Add page numbers to pdf - insert pages into PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Guide C# Users to Insert (Empty) PDF Page or Pages from a Supported File Format
adding pages to a pdf document in preview; add page to a pdf
Add page numbers to pdf - VB.NET PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Easy to Use VB.NET APIs to Add a New Blank Page to PDF Document
adding page numbers to pdf in; add page numbers to a pdf file
© Bitplane 2008
% of ROI material B colocalized
Percentage colocalization of ROI channel B material.
Pearson`s coefficient in colocalized volume
Pearson correlation of channel A and channel B inside the colocalized region. 
Please
note:
The
correlation
value
ranges
between
1
and
-1.
A
value
of
1
represents
perfect
correlation,
0
no
correlation,
and
-1
perfect
inverse
correlation.
Pearson`s coefficient in data set volume
Pearson correlation of channel A and channel B inside the entire data set volume.
Pearson`s coefficient in ROI volume
Pearson correlation of channel A and channel B inside the region of interest.
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
them the ability to count the page numbers of generated PDF document in C#.NET using this PDF document creating toolkit, if you need to add some text
add page number to pdf print; adding a page to a pdf document
C# Word - Word Create or Build in C#.NET
also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Word document adding control, you can add some additional Create Word From PDF.
add a page to a pdf file; add pages to pdf in preview
Imaris Reference Manual
Original Mander`s coefficient A 
Original Mander's coefficient A = Sum(SAiSBcoloc) / Sum(SAi) 
SBcoloc=1 if SBi>0, otherweise SBcoloc=0
Original Mander`s coefficient B 
Original Mander's coefficient B = Sum(SBiSAcoloc) / Sum(SBi) 
SAcoloc=1 if SAi>0, otherweise SAcoloc=0
Mander`s coefficient A (thresholded)
Thresholded Mander's coefficient A = Sum(SAiSBcoloc) / Sum(SAi) 
SBcoloc=1 if SBi>thresholdB, otherweise SBcoloc=0
Mander`s coefficient B (thresholded)
Thresholded Mander's coefficient B = Sum(SBiSAcoloc) / Sum(SBi) 
SAcoloc=1 if SAi>thresholdA, otherweise SAcoloc=0
See also:
Menu Edit - Image Properties... - Channel 1...n - Tab
Coloc
Statistics
(to export the statistics)
Coloc
-
Coloc
Toolbar
-
Build
Coloc
Channel
(to build the coloc channel)
16.6
ROI Definition
Define
Region
of
Interest
(ROI)
This feature allows you to define a region of interest (ROI) for the entire analysis. A third channel can be
selected as a masking area for the entire analysis. A masking channel is e.g. a third microscope channel
acquired with settings that allows defining a region of interest by simple intensity thresholding. All voxels
outside of the region of interest defined by the mask channel are ignored for the colocalization analysis. The
volume excluded by the mask appears hatched in the Preview window. The mask channel is used in
conjunction with the Automatic Threshold function. For this function, the selection of an appropriate region of
interest is essential.
Mask Dataset
Check this box to activate the function.
X% of Data selected
Displays the percentage of selected data.
Channel Selection
Select the channel to be used from the drop-down list.
Channel Histogram 
Point with the cursor into the histogram and click to set the threshold. A bolded line marks the threshold in
the histogram and the corresponding value is indicated in the threshold field. The masked volume of the data
set appears hatched in the Preview window. Drag the cursor in the histogram to modify the threshold. Effects
of the modification are instantly visible in the threshold field as well as in the Preview window.
Threshold Value
Editable threshold value field.
Mask
Channel
and
Automatic
Threshold
When the mask is set as required, click the button 
Automatic Thresholding
to calculate the thresholds.
Build the colocalization channel by clicking the button Build Coloc Channel.
See also:
C# PowerPoint - PowerPoint Creating in C#.NET
file but also offer them the ability to count the page numbers of generated NET using this PowerPoint document creating toolkit, if you need to add some text
add page pdf; add page number to pdf
C# Word - Word Creating in C#.NET
document file but also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Word document creating toolkit, if you need to add some text
add page to pdf online; add pages to an existing pdf
© Bitplane 2008
Coloc - Coloc Toolbar - Automatic
Thresholding
Coloc - Coloc Toolbar - Build
Coloc
Channel
Coloc - 
Mouse & Keyboard PC
Coloc - 
Mouse & Keyboard Mac
16.7
Coloc Toolbar
The Coloc toolbar contains several sections with all possible selection and definition tools and settings for the
histograms, the thresholding, and the display as well as the buttons for the color definition and the build of the
Coloc channel.
Selection
Mode
You can define, for each of the channels separately, an intensity value as a threshold. Only voxels with an
intensity value above the specified threshold will be considered for the colocalization analysis. The two
thresholds are visible and can be set in four different ways:
1.As a hatched region with a bolded line on the channel histograms.
2.As a value in the Threshold field of each channel (channel histogram).
3.As a hatched region with bolded lines on the 2D histogram. The region always contains the top right part of
the histogram. The left and lower bolded lines define the intensity thresholds for the two channels.
4.As an active contour in the Preview window.
Threshold
To adjust the threshold value using the mouse (see above 1. and 3.), select this mode.
Polygon
To draw a polygon line in the 2D histogram (see above 4.) select this selection mode.
Automatic
Thresholding
Please refer to chapter Coloc - Coloc Toolbar - Automatic
Thresholding
.
Histogram
Mode
The histogram mode options are used to define the calculation basis for the colocalization within the data set.
Single Slice
The histograms are calculated and displayed for the current slice only.
Single Time Point
The histograms are calculated and shown for the entire 3D stack of the current time point. This mode allows
for faster browsing through the data set along the z-axis. 
All Time Points
The histograms are calculated and shown for an entire time data set, i.e. for all time points within the 4D data
set.
Histogram
Options
The histogram mode options are used to define the display of the 1D and 2D histograms.
Ignore Border Bins
A border bin is always the first and last value in a histogram. Often a lot of voxels fall into the bin with the
lowest intensity. In a frequency plot this causes a massive and unnecessary downscale of all other intensity
bins which are of more interest. The border bins can therefore be ignored when scaling the display of the
histogram. Ignore is selected as default. With most data sets, checking the Ignore Border Bin  and
Logarithmic options allows a more representative histogram display.
Logarithmic
The frequency plot is shown in a logarithmic scaling instead of a linear scaling.
VB.NET TIFF: VB.NET Sample Codes to Sort TIFF File with .NET
manipulating multi-page TIFF (Tagged Image File), PDF, Microsoft Office If you want to add barcode into a TIFF a multi-page TIFF file with page numbers using VB
adding page numbers pdf; add a page to a pdf in acrobat
C# Excel: Create and Draw Linear and 2D Barcodes on Excel Page
can also load document like PDF, TIFF, Word get the first page BasePage page = doc.GetPage REImage barcodeImage = linearBarcode.ToImage(); // add barcode image
adding page numbers to a pdf in reader; adding page numbers to pdf document
Imaris Reference Manual
Color Coded
Applies a false color look-up table to the histogram to improve the visibility of intensity differences. The high
frequencies (bins in the 2D histogram into which a lot of voxels accumulate) are shown in yellow-to-white,
bins with little voxels are shown in blue-to-black.
Coloc
Intensities
The Coloc intensities option defines the brightness of the calculated colocalization displayed in the Preview
window.
Source Channels
Uses the intensities of the two channels for displaying the intensity of a colocalized voxel as the square root
of the product of the intensities of the original channels.
Constant Value
Displays the intensity of a colocalized voxel defined by the specified value. No distinction is made whether
high-intensity or low-intensity voxels colocalize as long as they are within the selection.
Coloc
Color
Coloc color allows you to specify personal color settings for the colocalization display in the Preview window.
Button 
Edit
Clicking on the button Edit opens the Color window. You can either select one of the predefined colors to
apply on the colocalization areas or define, add, and apply your own color definitions.
Button 
Build Coloc Channel
Please refer to chapter Coloc - Coloc Toolbar - Build
Coloc
Channel
.
Button 
Build Time Dep. Coloc
Please refer to chapter Coloc - Coloc Toolbar - Build
Coloc
Channel
.
Button 
Channel Statistics
Please refer to chapter Menu Edit - Image Properties... - Channel 1...n - Tab
Coloc
Statistics
.
See also:
Coloc - Channel
Histogram
Coloc - Preview
Window
Coloc - 2D
Histogram
16.7.1
Automatic Thresholding
Button 
Calculate Thresholds
This button performs an automatic threshold run on both channels based on an algorithm developed by
Costes and Lockett at the National Institute of Health, NCI/SAIC, which is based on the exclusion of intensity
pairs that exhibit no correlation (Pearson’s correlation below zero). 
The automatic threshold search is done using the 2D histogram. Starting with the highest intensity value, the
algorithm reduces the threshold value step by step along a line (see figure below) and computes the
correlation coefficient of the image using only voxels with intensities below the threshold. The algorithm
continues reducing the thresholds until the correlation reaches 0, thus defining the automatic threshold.
C# Excel - Excel Creating in C#.NET
document file but also offer them the ability to count the page numbers of generated using this Excel document creating toolkit, if you need to add some text
add a page to a pdf in reader; add page numbers to pdf reader
VB.NET Image: Guide to Convert Images to Stream with DocImage SDK
Follow this guiding page to learn how to easily convert a single image or numbers of it an image processing component which can enable developers to add a wide
add page numbers to a pdf; add and delete pages in pdf online
© Bitplane 2008
P-Value
PSF Width 
For more information about the P-Value and PSF Width please refer to the following publication:
Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells
Sylvain V. Costes,*y Dirk Daelemans,z Edward H. Cho,* Zachary Dobbin,* George Pavlakis,z
and Stephen Lockett*
* Image Analysis Laboratory, National Cancer Institute, Frederick, Maryland;
y National Cancer Institute/Science Applications International Corporation, Frederick, Maryland; and 
z Human Retrovirus Section, National Cancer Institute, Frederick, Maryland
Biophysical Journal Volume 86 June 2004 3993–4003
16.7.2
Build Coloc Channel
Button 
Build Coloc Channel
Clicking this button calculates the colocalization channel according to the selected settings and adds it to the
data set. The channel can then be saved and is part of the data set.
Button 
Build Time Dep. Coloc
Clicking this button calculates the colocalization channel according to the selected settings (calculating an
automatic threshold individually for each time point) and adds it to the data set. The channel can then be
saved and is part of the data set.
Save
Coloc
Channel
Before the channel is added permanently to the data set it must be saved. In the menu bar select File – Save
As or click the 
Save as… 
button in the toolbar. The Save As box is displayed. Select the directory and enter
the name for the file to be saved or confirm the suggestion. Select the requested file format and click 
OK
.
The data set is saved.
Button 
Channel Statistics
(for the new Coloc channel)
After building the Coloc channel, its statistics become available in the Image Properties. The button Channel
C#: Use XImage.OCR to Recognize MICR E-13B, OCR-A, OCR-B Fonts
may need to scan and get check characters like numbers and codes. page.RecSettings. LanguagesEnabled.Add(Language.Other); page.RecSettings.OtherLanguage
adding a page to a pdf file; add a page to a pdf online
C# Word: How to Use C# Code to Print Word Document for .NET
are also available within C# Word Printer Add-on , like pages at one paper, setting the page copy numbers to be C# Class Code to Print Certain Page(s) of Word.
adding page numbers to pdf in; add page to existing pdf file
Imaris Reference Manual
Statistics displays directly the Image Properties window with the statistics for the calculated channel. The
name of the channel, the description of the source channels and the selection method are indicated and
displayed in the Image Properties on the Tab Coloc Statistics.
Export
Statistics
The statistics can be exported.
Button 
Export
In the Image Properties window click the Export button. The Export Coloc Statistics window is displayed.
Select the directory and enter the name for the file to be saved. The statistics are saved as .csv Excel file
and can be opened directly with Microsoft Excel.
Please
note:
There
is
no
com
interface
in
the
Mac
version
of
Imaris.
The
button
Excel
is
not
available.
See also:
Coloc - Volume
Statistics
16.8
Basic Operation
The basic use of Coloc in the daily work flow comprises the following steps:
 Select the channels. 
 Adjust selection mode and histogram mode.
Set thresholds.
 Check the statistics. 
 Build and save the Coloc channel.
Select
Channel
A
and
Channel
B
In the 1D histograms select channel A and channel B from the drop-down lists. The 1D and 2D intensity
histogram displays are updated.
Adjust
Selection
Mode
and
Histogram
Mode
Before you set the thresholds, please check the appropriate parameters in the Coloc toolbar on the right
hand side of the screen:
 Check as Selection Mode Threshold.
 Decide, which Histogram Mode you need. Choose Single Slice for calculating the histogram for the current
slice only. Or choose Single Time Point to calculate the histogram for the entire 3D time point. Or choose
All Time Points for the entire 4D image. 
Set
Thresholds
Colocalization occurs where the voxels are above threshold in channel A and channel B. You can define, for
each of the channels separately, an intensity value as a threshold. Only voxels with an intensity value above
the specified threshold will be considered for the colocalization analysis. The two thresholds are visible and
can be set in four different ways:
1.As a hatched region with a bolded line on the channel histograms.
2.As a value in the Threshold field of each channel (channel histogram).
3.As a hatched region with bolded lines on the 2D histogram. The region always contains the top right part of
the histogram. The left and lower bolded lines define the intensity thresholds for the two channels.
4.As an active contour in the Preview window.
A.
On
the
1D
Channel
Histogram
 Point with the cursor on the histogram. The cursor turns into a cross.
© Bitplane 2008
 Click on the histogram to determine a threshold. The bolded left line of the overlaid hatched area
(indicating the selected voxel intensity range for colocalization) jumps on the marked spot.
 Click on the line and drag it to another position in the histogram. Effects of the modification are instantly
visible in the other indications as well as in the Preview window.
 Perform for both channels until the settings are as desired.
B.
By
Entering
a
Value
 Click in the Threshold field of one of the channels and enter a value, then press Enter. The bolded left line
of the overlaid hatched area (indicating the selected voxel intensity range for colocalization) jumps on the
marked spot. Effects of the modification are instantly visible in the other indications as well as in the
Preview display.
Perform for both channels until the settings are as desired.
C.
On
the
2D
Histogram
 Point with the cursor on the 2D histogram. The cursor turns into a cross.
 Click on the histogram to determine the thresholds. The edge of the overlaid hatched area (indicating the
selected voxel intensity range for colocalization) jumps on the marked spot.
 Click on the edge and drag it to any another position in the histogram.
D.
On
the
Preview
Window
 Click with the cursor on the image in the Preview window. An active contour is displayed, outlining image
elements brighter than the location clicked. 
 Drag the line on the image to define the threshold of channel A. The selection works best when starting
with brighter spots and dragging towards darker areas.
 Press and hold the Shift-key, click with the cursor on the image, then drag the line to determine the
threshold of channel B.
Check
the
Statistics
The statistical values are updated in real-time and refer to the entire volume data of the current time point,
regardless of the settings for the histogram mode. For details please refer to chapter Coloc - Volume
Statistics
.
Build
Coloc
Channel
Button 
Build Coloc Channel
Clicking this button calculates the colocalization channel according to the selected settings and adds it to the
data set. 
Save
Coloc
Channel
Before the channel is added permanently to the data set it must be saved. In the menu bar select File – Save
As or click the Save as… button in the toolbar. The Save As box is displayed. Select the directory and enter
the name for the file to be saved or confirm the suggestion. Select the requested file format and click OK.
The data set is saved.
16.8.1
Advanced Examples
The colocalization channel can be visualized like any other channel in Imaris. In the following examples, a
Coloc channel was built on the retina data set.
Visualize
the
Coloc
Channel
in
Easy
3D
Example
1:
Visualize
and
Adjust
the
Coloc
Channel
in
Imaris
Easy
3D
 After building the Coloc channel, click on the Easy 3D button in the Imaris menu bar.
Imaris Reference Manual
 Check the desired Rendering mode parameters and adjust the Settings if necessary, then click the
Calculate button. The 3D image of channel is calculated and displayed.
As the colocalized region always lays inside the initial channels, making the initial channels invisible or more
transparent allows a better view of the colocalized region.
In the Imaris menu bar select Edit – Show Display Adjustment.
 In the Display Adjustments window un-check one of the two original channels, then click the button
Calculate
again. The 3D image of the original and the Coloc channel is calculated and displayed.
 In the Imaris menu bar select Edit – Show Display Adjustment.
 In the Display Adjustment window select the Coloc channel and adjust its settings.
In the Display Adjustment window select the remaining original channel and adjust its settings. In this
example the channel is set as partly opaque. 
 After each modification, click the Calculate button again to calculate the result.
Visualize
the
Coloc
Channel
in
Surpass
The colocalization channel can be visualized like any other channel in Surpass.
Example
2:
Create
Surfaces
of
the
Coloc
Channel
and
Add
the
Two
Initial
Channels
as
Volume
Rendering
 After building the Coloc channel, click on the Surpass button in the Imaris menu bar.
 In the Objects toolbar click the 
Add New Surfaces
button.
 In the Surfaces Properties window check and select the Coloc channel.
 Select the desired parameters. In this example, we set the threshold just below the lowest intensity values
in the histogram.
 In the menu Surpass select Volume.
 In the Imaris menu bar select Edit – Show Display Adjustment and un-check the Coloc channel. The
Surpass Volume object displays only the two initial channels. Then select the two initial channels and
adjust their settings, e.g. decrease the blend opacity.
16.9
Mouse & Keyboard PC
Coloc
Mouse
&
Keyboard
Functions
Ctrl + 7
Activates the Coloc view
Selection
Mode
Threshold
When using one of the methods to modify the threshold values, the other indications as well as the Preview
display are updated in real-time.
Histogram
Channel
A
and
Histogram
Channel
B
Left-click on histogram
Set new threshold
Left-click on line & drag g Move threshold
2D
Histogram
Left-click
Set channel A and channel B thresholds
Left-click on line & drag g Move channel A and channel B thresholds
Preview
Window
Left-click & drag
Set threshold channel A
Shift + left-click & drag
Set threshold channel B
Middle-click & drag
Move up: zoom out
Move down: zoom in
© Bitplane 2008
Shift + right-click & drag g Move up: zoom out
Move down: zoom in
Right-click & drag
Pan image
Selection
Mode
Polygon
2D
Histogram
Shift + left-click
Add new point (any additional point connects to the last inserted point)
Shift + left-click 
on connecting line
Insert point in a line
Shift + left-click 
on point
Delete point
Ctrl + left-click
Add multiple new points
Left-click & drag 
(on point or line)
Move point or line
Left-click & drag 
(outside polygon)
Move polygon
Delete
Delete single point
16.10
Mouse & Keyboard Mac
Coloc
Mouse
&
Keyboard
Functions
Command + 7
Activates the Coloc view
Selection
Mode
Threshold
When using one of the methods to modify the threshold values, the other indications as well as the Preview
display are updated in real-time.
Histogram
Channel
A
and
Histogram
Channel
B
Click on histogram
Set new threshold
Click on line & drag
Move threshold
2D
Histogram
Click
Set channel A and channel B thresholds
Click on line & drag
Move channel A and channel B thresholds
Preview
Window
Click & drag
Set threshold channel A 
Shift + click & drag
Set threshold channel B 
With
a
one-button
mouse:
Shift + Ctrl + click & drag
Move up: zoom out
Move down: zoom in
Ctrl + click & drag
Pan image
With
a
three-button
mouse:
To configure a three button mouse on a Mac do the following:
 Open the Apple-menu, select System Preferences... . 
 Click on the button Keyboard & Mouse.
 Select the OS X mouse properties.
Change the middle button to "Button 3".
Documents you may be interested
Documents you may be interested