c# show a pdf file : Reorder pages in pdf preview control Library system web page asp.net html console VolocityuserGuide12-part766

Measuring Device Latencies
121    PerkinElmer          
4. Select Calibrate... from the Video menu or double click on the Calibration tool to open the 
calibrate window.
5. Enter line length in µm and click Calibrate.
6. To confirm that your objective lens has been correctly calibrated, select Show Scale from the 
Video menu. You can then compare your scale bar to the calibration divisions.
7. Repeat this process for every objective lens on your microscope.  The calibration is stored with the 
objective position and will be recalled when a lens is selected.
ɸ
Repeat this process for any additional camera on your system.  The correct set of 
calibrations for the objective lenses will be restored when the camera is selected.
If you already know how many µm/pixel your camera has for your current objective lens, double click 
on the calibrate tool without first drawing a calibration line on the video preview. You will be able to 
enter the µm/pixel value directly into the Calibrate window. You should repeat this for each lens.
Measuring Device Latencies
You should use this option when you first install and configure Volocity and also whenever you attach 
new equipment or use different equipment. Volocity will measure the latencies of all computer-
controlled hardware on your system, which will allow Volocity to make intelligent decisions about 
closing shutters during acquisition.
1. Select Measure Device Latencies from the Video menu to display the following prompt.   
2. Check that there are no samples and that your microscope is in a safe position (for example, 
check that your objectives will not collide with your stage if your objective turret is moved). Click 
Continue.
3. When you have completed these steps your Acquisition system will be correctly configured and 
ready to use.
Note: The latency measurements are noted in the Session Log. If you wish to know them, view the 
“Session Log” on page 29 at the time of measurement.
Light Paths
Configuring the Light Path Manager
The Light Path Manager is above the device controls in the Video Preview window and allows you to 
configure up to thirty two different light paths and store them for future use.  
Reorder pages in pdf preview - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
how to change page order in pdf document; reverse pdf page order online
Reorder pages in pdf preview - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
change page order in pdf file; how to move pages around in a pdf document
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  122
The Light Path Manager allows you to record the positions of all your automated hardware in the 
combinations necessary to image each fluorochrome, or channel, as well as transmitted light paths. 
This greatly simplifies the use of your system and allows you to easily restore the correct light path 
manually (using the Video Preview window) or during acquisition. You can record the positions or 
settings of as many or as few devices as you require. For example, you may keep your light path 
simple and include the positions of only wavelength changing devices and shutters. Under some 
circumstances you may add other settings to the light path, such as your camera exposure or gain. 
Light path settings are stored per video source and per user account.
1. To create a light path double click on an unused light path manager button. The Light Path 
Properties dialog opens. 
2. From the Devices list select those devices that you wish to include in the light  path. Select the 
appropriate shutter positions for your light path from the drop down menus in the Shutters list.  As 
each device is added the current value of the device is stored in the light path.
3. Provide a Name for the light path and select a Color. The color will be used for the light path 
button, and to color channels acquired using the light path. If you are setting a transmitted light 
path the color should be white. When a multi camera source is selected in the Video menu (two 
identical cameras for simultaneous imaging) it is possible to assign a name and color to both 
channels. 
4. If the light path requires changes in the microscope setup that are not controlled by Volocity, for 
example moving a manual filter changer, check the box for Requires manual intervention. A 
message will be shown each time the light path is called prompting you to make the manual 
change. 
C# Word: How to Create Word Document Viewer in C#.NET Imaging
thumbnail preview for accurate Word page navigation and location in C#.NET; Offer mature Word file page manipulation functions (add, delete & reorder pages) in
rearrange pages in pdf online; move pages in a pdf
VB.NET Image: Web Image and Document Viewer Creation & Design
can rotate, redact & annotate images and add, delete & reorder document pages with zero It is a powerful toolkit to print bitonal images, PDF, and so
reverse page order pdf; how to move pages in pdf
Light Paths
123    PerkinElmer          
In the following example we have set up the light path for a DAPI channel. We have saved the current 
positions of the Fluo Turret and Sutter DG4 Filter Changer in the light path. The Fluo Shutter and 
Sutter DG4 Shutter will be opened whenever the light path is restored.
5. Click Save. 
The newly created light path will now be selected and its stored settings applied.  The controls stored 
by this light path will be reflected in the first group of device controls in the Video controls panel.
6. If necessary these controls can be adjusted and the changes saved to the light path by clicking on 
the save button.
7. Set up a separate light path for each fluorochrome and transmitted light path that you will use on 
your system. 
Editing Light Path Settings
You can easily edit a light path, to store a different value for a device using the device controls group 
for that light path. 
1. Select the light path in the panel so that it is current and the device controls group are for that light 
path.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  124
2. Change the control(s) as required and click on the save icon to store the new settings for that light 
path.  Although the current state of a shutter can be changed using the control in a light path group 
this change will not be stored, shutter management is critical to the success of experiments.
To change the shutter management for a light path, add or remove devices from the light path, make 
the changes in the Light Path Properties dialog.  Click on the cog icon in the title bar of the light path 
device controls.  Check a control name to add its state to the light path.  Uncheck a control name to 
remove it.  Change shutter management with the options on the right.
The Video Preview Window
125    PerkinElmer          
The Video Preview Window
1. Open an existing library or create a new library and select Video Preview or select Show Video 
Preview from the Window menu.
Video Source
In the Video menu a Source option allows selection of a camera on the system.  Cameras must be 
correctly installed and powered to appear in this list.  Use the Source option to switch between 
cameras.  It might be necessary to change the lightpath through the microscope to image with an 
alternative camera.  Where applicable the option Multi Camera will allow two identical cameras to be 
used simultaneously.  The Multi Camera must be configured in the Device Preferences and alignment 
between the two cameras calibrated. 
Preview
Mode
Change the mode of display for the Video Preview.  Modes available will depend on Volocity products 
licensed for the system.  When previewing frames only XY plane mode is available.
Preview frames.  Frames are displayed individually each frame replaces the previous 
frame.
Preview timepoints.  Video Preview is updated as each timepoint is acquired.  Available for 
live preview as well as during experiment acquisition.  The current acquisition protocol will 
run to generate the preview.  No images will acquired.  Previewing timepoints may not be 
suitable for photo-sensitive samples or samples which suffer rapid photobleaching.  Since 
the acquisition protocol is running it is necessary to switch to preview frames to regain 
control over shutters.  Additional modes of display and tiled channels available when 
previewing timepoints.  
Timing feedback
Video feedback
Video 
Preview 
Image
Light Push 
Manager
Device 
Controls
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  126
Channel Display
Choice over channel display is only available when previewing timepoints.
Video Preview Toolbar
All selection tools are supported in the Video Preview.  To draw a region of interest on the Video 
Preview, select the ROI tool, click and drag your region of interest. With an ROI on the preview, only 
the area within the ROI will be used for the video feedback panel.
Contrast Enhancement
Contrast enhance the live video to reveal detail captured by the camera but not shown by the default 
display contrast.  Check Auto Contrast on the video controls to apply an automatic contrast setting 
which will adjust the black and white level of the display to the darkest and brightest captured intensity 
respectively.
Overlay channels.  Where two or more channels are previewed or captured they will be 
shown overlaid.
Tile channels.  Where two or more channels are previewed or captured show each 
channel as a separate tile in the view plus an overlay of all channels.
The Video Preview shows zoom to fit behaviour.  If the window is made larger or smaller 
the image is resized accordingly.  Use the zoom tool to magnify the image by multiples of 
its original size.  Click and hold the Ctrl key (Windows) or the  Alt key (Macintosh) to zoom 
out.When the zoom tool is in use an overlay on the image shows the percentage zoom.  
Double click on the zoom tool in the toolbar to restore zoom to fit behaviour.  A zoomed 
window can be scrolled from left to right or up and down using either the scroll bars or the 
window panning tool. 
Spot Tool.  Define spot bleaching for devices which support spot bleaching.
Use the Voxel Spy tool to determine intensity values for individual voxel in the preview.
The Video Preview can be cropped, so that smaller images will be acquired by Volocity. 
With some cameras cropping will provide a speed advantage.  To crop the preview select 
the Crop tool, click and drag a crop boundary on the Video Preview.  Everything that you 
include within your crop boundary will continue to be updated on the Video Preview, 
everything outside the boundary is not updated. You can also crop the Video Preview to 
preset sizes by selecting Crop Video from the Video menu and selecting one of the 
options. To restore the full resolution Video Preview, select the crop tool and click 
anywhere outside the crop boundary.
Use the calibration tool to set up spatial calibration for each objective lens on the system.
On a system which includes a motorized XY stage the centering tool will move the XY 
stage so that the point in the video preview clicked on with the tool is centered in the field 
of view.  The stage and the objective must be calibrated for this tool to work correctly. For 
more information on use of a motorized stage refer to “XY Stage, Multi-Point Acquisition 
Process ” on page 153.
The Video Preview Window
127    PerkinElmer          
Alternatively manually set black and white levels of the video preview using the live enhancement tool.
When contrast enhancement is being applied an indication will be shown in the top left of the video 
preview image.
Live Plot
Shows the mean intensity for the whole field, or ROIs, over time.  Use the plot when configuring 
acquisition settings and to monitor the progress of experiments as they run. Show or hide the plot 
using the options in the Video menu.
A separate trace is created for each channel being acquired or previewed.  Mean intensity is plotted 
for the whole field, or ROI, if present.  A separate graph is created for each ROI..
Holding the cursor over the plot whill show the detail of intensity and percentage of maximum intensity 
for the time according to the X axis.
Setting CCD Active Area
Some combinations of optical components do not generate an image to fill the full CCD of the camera 
leaving margins around the images.  To avoid storing these set the CCD active area to exclude them.
1. Select CCD Active Area... from the Video menu.
Set margins to exclude or set the active area to the dimensions and position of an ROI which can be 
drawn on the video preview before selecting this dialog.
Select the live enhancement tool from the toolbar.  A small histogram of the grey levels in 
the preview is displayed.  To adjust the white level click and drag the cursor anywhere in 
the preview pane moving to the left (to decrease) or to the right (to increase).  To adjust 
the black level, hold down Ctrl and click and drag the cursor anywhere in the preview 
pane down (to decrease) or up (to increase). Move the cursor slowly for finer control over 
settings. Double click the icon in the tool bar to reset the contrast enhancement.  Select 
another tool to remove the histogram overlay from the screen.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  128
Video Feedback Panel
Information on the gray levels in your Video Preview can be found in the Video Feedback panel, in the 
top right of the Video Preview window. The information can be displayed in four different modes, 
numbers, histogram, bar and Max Intensity graph mode.  
To toggle between the four modes, click on the Video Feedback panel.
If you have a color camera, you will see feedback for each of the three channels of your camera in 
addition to a luminance channel.
Acquisition Setup Dialog 
The Acquisition Setup dialog is the location for configuring an experiment. You only need to set up 
those steps that are appropriate for your acquisition protocol.
There may be some preparation in the Video Preview necessary before an experiment will run as 
required.
ɸ
If you wish to capture multiple channels you will need to configure light paths, one for each 
fluorochrome or colour in the sample. See “Configuring the Light Path Manager” on 
page 121.
ɸ
If you wish to capture a single plane only, ignore the focus drive options and go to step 3.
ɸ
If you wish to capture a number of Z sections within your specimen, you will need to set the 
range through which the focus drive will move in the focus interface in the Video Preview.  
1. Move to the midpoint of your specimen using the focus control of your microscope.
2. Select Set Zero from the focus drive slider by clicking on the focus control to show the focus 
slider.
3. Move to the lower limit of your specimen and click Set Bottom from the focus drive control. 
4. Move to the upper limit of your specimen and click Set Top from the focus drive control.
Numbers mode 
The Video Feedback panel displays the minimum and maximum 
gray level in the Video Preview, and the signal to noise ratio.
Histogram mode
The Video Feedback panel displays the distribution of gray levels 
in the Video Preview. The minimum gray level is displayed on the 
left of the histogram, the maximum gray level (which depends 
upon the bit depth of your camera) is displayed to the right of the 
histogram. 
Bar mode
The Video Feedback panel shows the range of gray levels in the 
Video Preview. The length of the bar indicates how much of your 
camera’s dynamic range you are currently using. The longer the 
bar, the better your signal to noise ratio.
Max Intensity graph mode
The Video Feedback panel shows the maximum intensity of gray 
levels in the Video Preview or ROI over time. An update is made 
for each frame. 
Acquisition Setup Dialog 
129    PerkinElmer          
5. Select Acquisition Setup... from the Video menu, or double-click on the acquisition protocol 
feedback display on the Video Preview window. 
Acquisition Setup: Channels/Z
The dialog is divided into tabs according to the type of experiment being performed. Configure only 
the tabs needed and you many ignore the rest.  Check the summary to make sure a previous user has 
not configured a step you do not want.  To reset all tabs to the settings for a single channel timelapse 
click the Default button.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  130
Change channels using light paths
If you wish to acquire a multi-channel sequence check the Change channels using light paths box. 
Add or remove channels using the “+” and “-” buttons and select the correct light path for each 
channel by clicking on the drop-down menus.
If you wish to acquire a channel at a rate different to other channels (for example, you may wish to 
acquire a fluorescence or brightfield reference image periodically), click on the timing icon. The 
Channel Timing dialog opens. Select the Acquire a new frame for this channel every: option, and 
enter the new frame rate.  
A warning symbol is displayed on the Acquisition Setup dialog next to the channels that will not be 
captured at the normal rate.
During timepoints in which a channel is not acquired the last timepoint that was acquired will be 
duplicated.
If you wish to acquire a channel with only one z plane, to act as a reference channel in the final 
dataset select the light path for that channel here and use the Reference tab to select which plane to 
acquire.
Auto-Exposure
If you wish Volocity to perform an Auto-Exposure for each channel, check the Use Auto-Exposure 
for each channel box. With this option selected, Volocity will perform an Auto-Exposure at the 
midpoint of your specimen for each of your channels before starting the acquisition.  
Changing the exposure between channels reduces the speed of the acquisition protocol and should 
be avoided for speed-critical acquisition. Often a compromise exposure that is adequate for all 
channels can be found.
Documents you may be interested
Documents you may be interested