c# show a pdf file : How to reorder pages in pdf online SDK application API wpf html web page sharepoint VolocityuserGuide13-part767

Acquisition Setup Dialog 
131    PerkinElmer          
Change focus using
If you are acquiring multiple Z sections, select the appropriate device from the Change focus using 
drop-down menu and enter either the Z spacing that you require or the number of slices that you 
require.   
ɸ
Using the Z spacing option Volocity will calculate the number of slices required to move 
through the range between the top and bottom positions as configured in the focus control. 
If the Z spacing is not a factor of the range, an additional slice will be captured.
ɸ
Using the number of slices option Volocity will calculate the spacing between slices 
required to capture that number of slices within the range between top and bottom.
ɸ
The scan direction option allows you to select between:
ɸ
Up: This is the recommended option; it moves the focus device against gravity for the most 
accurate positioning.
ɸ
Down: This option moves the focus device with gravity.
ɸ
Bi-Directional: This option alternates the up and down direction of focus movement. This 
may minimize disturbance of the system by avoiding the relatively large movement 
otherwise required to return the focus to its starting position.
ɸ
To use autofocus, for 2D or 3D acquisition and either in software by finding the highest 
contrast or by using a microscope focus holding device use the Autofocus tab.
Order channels and Z sections by
If you are acquiring both multiple channels and multiple Z sections you must decide in which order 
Volocity will acquire your images.  
There are two options in the Order channels and Z sections by drop-down menu.  
ɸ
The Channels first then Z option acquires all channels at each Z section before the Z 
section is changed. This option has the advantage of acquiring all channels at precisely the 
same Z section, but may be slow with a slow wavelength changing device.
ɸ
The Z first then Channels option acquires all Z sections for each channel before the 
channel is changed. This option has the disadvantage of introducing potential inaccuracies 
in Z positions (depending upon the reproducibility of your focus drive), but it does allow 
acquisition protocols to be conducted at high speed, even with relatively slow wavelength 
changing devices.
Manage shutters for 
These options determine how Volocity will manage the shutters between channels and timepoints. 
Volocity uses the latency threshold measurements for each device in the light path to determine how it 
will control the shutter. You must have measured your device latencies for this option to work 
effectively.
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Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  132
Acquisiton Setup: Time
Timelapse
Set the frequency between timepoints by configuring timelapse settings.
ɸ
Set manually Use the setting on the Video Preview (see below)
ɸ
Use  Set the interval between timepoints.
ɸ
Variable  Click on the clock icon and add different phases using the “+” button.  Define the 
length of each phase and the timelapse interval to use during that phase. To pause 
acquisition select 0 timepoints per second for the required time.
You can change the timelapse option at any time during an acquisition. If you wish to acquire only a 
single timepoint, you can ignore the timelapse options. 
For example, to acquire one timepoint every 10 seconds, select Seconds per Timepoint from the 
drop-down menu, and enter 10 into the text field.  
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Acquisition Setup Dialog 
133    PerkinElmer          
If you wish to acquire images at the fastest possible rate, select Maximum Speed, Volocity will then 
acquire the images at the fastest rate supported by your hardware.
Duration
If you wish to acquire multiple timepoints, select either Until stop is clicked (Volocity will acquire data 
until it is manually stopped) or select For, enter a number into the text field and select either 
“timepoints”, “ms”, “seconds”, “minutes” or “hours” from the drop-down menu.
If you wish to acquire a single timepoint, select For, enter “1” into the text field, and select “timepoints” 
from the drop-down menu.
Acquisition Setup: Points
The points tab of the acquisition protocol configures the use of a motorised XY stage to acquire at 
multiple sample points.
ɸ
Points in the stage area must be stored before an acquisition protocol can be configured to 
use them. See Adding Points 
ɸ
The XY stage must be configured with a focus drive for storing positions.  See Set Up and 
Calibrate the XY Stage.
ɸ
The focus drive that you select for the stage may be different to the focus drive that you 
select for acquiring stacks in the Channels/Z tab. This will allow you to move between 
acquisition points  with a microscope focus drive, and to capture Z series with a piezo 
drive.
Read PDF in Web Image Viewer| Online Tutorials
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reorder pages in pdf document; how to move pages in a pdf file
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  134
ɸ
To use a configured stage in an acquisition protocol and perform a multipoint experiment 
select the Points tab and choose the stage in Change XY using.
ɸ
To perform an experiment at only one location set the option None.
ɸ
Other tabs are configured as required for the channels and/or stacks to be acquired at 
each XY location.  When the experiment is run each point stored by the stage will be 
visited in turn and the required steps executed.  This will be repeated to meet the 
requirements set in the Time tab.
ɸ
When the acquisition is run an image sequence is created for each point. All the image 
sequences from a single multipoint acquisition are organized within a folder in your library
Acquisition Setup: Stitch
Volocity may be configured to acquire multi-channel 2D and 3D images which are made up of multiple 
fields stitched together to create large, high-resolution images.
For successful stitched imaging it is essential that the objectives and XY stage are correctly 
calibrated.  
To stitch images to cover an ROI the ROI must be specified in the XY stage view.
Select the XY stage to be moved to generate the stitched images.
ɸ
From XY Stage ROI will acquire the minimum number of fields to completely cover the 
ROI.
ɸ
fields centred at each XY point will acquire the specified matrix of fields.  If no points are 
specified the current stage position is made the centre point.
For either case the channels, z-stack and other options will be repeated for each field in the stitched 
image.
10% overlap between tiles is the recommended and minium overlap permitted.  The automatic 
alignment and shading correction was designed for a 10% overlap.  Increased overlap will mean the 
stitched area takes longer to acquire.
1. Create the stitched composite image and/or save the domponent tiles for each field.
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
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reorder pages in pdf preview; how to move pages within a pdf
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Online C# class source codes enable the ability to rotate single NET, add new PDF page, delete certain PDF page, reorder existing PDF pages and split
reorder pdf pages; change pdf page order reader
Acquisition Setup Dialog 
135    PerkinElmer          
2. Correct local shading to correct for shading effects within eac field.
Automatically aligning fields will adjust the alignment of the individual fields from their placement 
determined by the position of the XY stage when they were acquisred.  Seams between images are 
blended.
3. Correct global shaing offset to balance the contrast amoungst tiles so that the overlapping regions 
are closely matched as possible.
For visualization and processing of stitched, multi-field images a 64-bit platform is recommended.
For creating an single channel, 2D overview of a stage area to assist in the placement of acquisition 
points use the scan function as described in the “XY Stage View” on page 154.
Acquisition Setup: Autofocus
There may be two methods of autofocus available on the system:
ɸ
Image based autofocus will search for the highest contrast image from its current position 
staying within the range set in the autofocus limits field on the slider for focus control in the 
Video Preview.  
The position at which this higher contrast image is found will become the new current focus position. 
ɸ
Hardware based autofocus devices will maintain focus at the specified offset from a 
physical location such as the coverslip.  See the Volocity Supported Hardware list for 
details of such devices supported by Volocity.  Specific instructions for each supported 
device use in Volocity are also available in the technical note library at http://
www.cellularimaging.com/support
 Refer also to documentation from the device 
manufacturer. Examples of such devices are the Perfect Focus System or Zero Drift.
Autofocus Tab
Using autofocus during an experiment or aquisition protocol by configuring the Autofocus tab. Select a 
device to autofocus with.
Image Based Autofocus
To use image based autofocus select one of the focus controllers on the system such as the 
microscope focus or piezo.  Use the fastest focus device available on the system for best results.  
Select a light path to use to create the image.  This light path must be configured in the light path 
manager but does not need to be a light path that is used in the Channels/Z pane. Since image based 
autofocus works by testing images for contrast a light path which generates high contrast images 
quickly would be the best choice here.  For more information see Editing Light Path Settings.
C# Word: How to Create Word Document Viewer in C#.NET Imaging
Offer mature Word file page manipulation functions (add, delete & reorder pages) in document viewer; (Directly see online document viewer demo here.).
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VB.NET TIFF: VB.NET Sample Code to Process & Manage TIFF Page
certain TIFF page, and sort & reorder TIFF pages in Process TIFF Pages Independently in VB.NET Code. powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to move pdf pages around; move pages in pdf document
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  136
Hardware Autofocus
If the system includes a hardware device to maintain constant focus select the device from the pop-
up.  Volocity will activate the focus device to maintain the offset specified for the device each time the 
autofocus is used.  It is usual to configure the offset to be maintained by the device when setting up 
the sample on the microscope.
When using one of these devices is not necessary to have the sample illuminated therefore the light 
path used for auto focus can be one in which shutters are closed or illumination intensity is low, this 
will protect the sample.
All Autofocus Routines
Using autofocus will reduce the speed of acquisition by the time taken to determine the best plane to 
image.
Choose the frequency to apply autofocus by configuring the timing options.  Autofocus at each point 
and autofocus for each well apply to acquisition using a motorized XY stage.  Other options apply to 
timing of the autofocus.
Autofocus with Z stack Acquisition
When acquiring  a z stack around the position determined by the auto-focus the setting of top and 
botton positions in the focus drive settings become vitally important as described below.
Each of your acquisition points will be treated as zero, regardless of its actual Z value.  So the 
distance between zero and your top and bottom position will be the same as the distances between 
each of your points and their top and bottom positions (see the tables below for examples). You can 
quickly check what values are set for top and bottom by inspecting the focus drive tool tip
Top and Bottom marks with top set to 5 and bottom set to -5
Top and Bottom marks with top set to 10 and bottom set to –10.
If you wish to change the top and bottom positions, use the commands in the focus drive drop-down 
menu, as described in step 2 of this section.
Note: You should avoid re-setting the zero value of your focus drive after setting your acquisition 
points. If you do so, you will invalidate the Z coordinates stored with each point.
Position (Z) of 
acquisition point 
(µm)
Bottom mark 
for acquisition 
(µm)
Top mark for 
acquisition 
(µm)
0
-5
5
10
5
15
20
15
25
30
25
35
Position (Z) of 
acquisition 
point (µm)
Bottom mark 
for acquisition 
(µm)
Top mark for 
acquisition 
(µm)
0
-10
10
10
0
20
20
10
30
30
20
40
Acquisition Setup Dialog 
137    PerkinElmer          
Acquisition Setup: Reference
A reference image is a single plane image within a 3D sequence.  They are intended as special 
channels containing information that relates to but is not the same as the 3D images.  Reference 
channels are visualised in a different way to other channels.  Reference channels may not be the 
target for intensity based selection, measurements are not made on reference channels and reference 
channels may not be deconvolved.
To capture a reference channel:
ɸ
the light paths for the experiment must already be configured in the Channels/Z tab and 
these light paths should include the one that will be used for the reference channel
ɸ
the change focus using option to capture a stack must be configured in the Channels/Z tab
1. Select the Reference tab. 
2. Select the channel and the Z position.
In a time resolved experiment use the timing options for each channel in the Channels/Z tab to 
capture the reference channel at a different frequency to the rest of the channels.
The order in which channels are acquired, including the reference image is dictated by the order in the 
Channels/Z tab.
The z position of the reference image relates to the current stack dimensions.  These will depend on 
the top and bottom positions set in the focus control and the slice number as set in the Channels/Z 
tab.  If stack dimensions are changed between experiments top, middle and bottom positions will 
always honour the current stack size.  If another plane is selected and this number plane is not 
available in the current stack the nearest available number plane will be used.
Acquisition Setup: Rules
Acquisition protocols can be made more flexible by implementing rules.  Rules allow Volocity to detect 
external conditions, and to respond by executing one or more actions. Volocity is able to detect time 
changes, device value changes, and keystrokes.  Volocity is able to respond with changes to the 
acquisition state (pausing, resuming, and stopping the protocol), changes in device values and by 
logging events. 
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  138
To implement acquisition rules:
1. Select the Rules tab in the Acquisition Setup dialog.
2. Add a rule by clicking on the Add Rule button.
3. Select the condition to be met.
ɸ
Keystroke - type any alphanumeric key. 
ɸ
Time - select before, after or every and a time in timepoints, miliseconds, seconds, minutes 
or hours.
ɸ
Device - select a device name and configure the control to the state that is to be detected.
More than one condition can be included in a rule by clicking +. A rule can require any or all of the 
conditions to be met.
4. Select the action(s) to be performed.
ɸ
Wait for - enter a time in miliseconds, seconds, minutes or hours.  The wait for action will 
delay the execution of further actions for the time defined.
ɸ
Pause/resume the acquisition.  Any incomplete timepoints will be completed before 
acquisition is paused.
ɸ
Stop the acquisition.  No actions added after this will be executed.
ɸ
Change device - select a device name and configure the control to the state that the device 
is to be changed to.
ɸ
Create an event - enter the label for the event.  This label and the time will be recorded in 
the experiment log as well as being shown anywhere events are recorded.
More than one action can result from the condition(s) within a rule. 
Acquisition Setup Dialog 
139    PerkinElmer          
5. Click + to add actions.
Multiple rules may be stored with an acquisition protocol.
Checked rules in the list will be applied when the protocol is executed.
Acquisition Setup: Notes
The notes tab of the setup up dialog allows space for further information to be stored with the 
Acquisition protocol.  
User name will be transferred to the properties of any item acquired using the acquisition protocol.  
Text entered in the description field is visible only in this location and may be used to store information 
about when to use the protocol or why it was created.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  140
Saving Acquisition Protocol Settings 
1. Click Save...on the Acquisition Setup dialog.
2. Enter a descriptive name for your acquisition protocol and click Save.
Note: You can also use this dialog to export settings, for example, if you wish to share those settings 
with a colleague.
Restoring Acquisition Protocol Settings
1. Click on Restore... on the Acquisition Setup window to display a list of saved acquisition 
protocols. 
2. Select the protocol that you wish to restore and click Restore.
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