Calibrating the PhotoKinesis Accessory
151    PerkinElmer          
ɸ
Use Attenuation to move filters into the bleach light path to attenuate bleaching laser 
intensity.
ɸ
Use Step Size (not displayed by default) to change the spacing between lines scanned 
when scanning a region.  When bleaching or activating within a large region of mobile 
molecules higher step sizes and high bleaching laser power may achieve deep bleaching 
of the region more quickly than smaller step sizes.
Calibrating the PhotoKinesis Accessory
1. Select FRAP Preview from the Window menu.
2. Select Calibrate UltraVIEW PhotoKinesis Device... from the FRAP menu.
The calibration wizard runs.
3. Follow the instructions and the calibration will run automatically. A spot of laser light will be imaged 
and moved to all edges of the field to complete a coarse calibration.  The next step, fine 
calibration, requires a sample to image. This works best with a homogenous specimen such as ink 
from a highlighter pen, allowed to dry. 
4. Stick a coverslip over the dried ink to best reproduce the imaging conditions of the sample.
Change page order in pdf reader - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
how to move pages in pdf files; pdf rearrange pages online
Change page order in pdf reader - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
how to rearrange pdf pages reader; change page order in pdf online
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  152
5. When the specimen is in focus and the image is clear on the screen, click Next.
6. To determine the laser power and number of cycles required to bleach the calibration sample it 
may be necessary to test bleach by drawing an ROI and using the Fire button to see whether the 
sample is bleached.  After test bleaches move to an unbleached area to finish the calibration.
7. In the fine calibration step an area will be bleached and Volocity will detect the location of the 
bleached area, marking it with an ROI.  If satisfied with the location of the ROI compared to the 
bleach click Finish.  Otherwise fine tune the calibration by adjusting the position of the ROI and 
clicking Update.  
8. After updating the fine calibration Volocity will prompt a move to a fresh, unbleached area and 
Retry to check the updated calibration or Finish to keep the calibration settings and close the 
calibration wizard.
If the calibration is not able to run automatically you will be asked to adjust camera and laser settings 
to achieve a well-formed spot and to ensure that the spot is approximately centered in the field. The 
spot is formed by the laser light reflecting off the calibration mirror in the PhotoKinesis unit.  
9. Double click on the bleaching device icon  in the interface to access the dialog to insert 
attenuators and move the position of the spot in the X and Y axes. 
If the system is fitted with a second camera the FRAP calibration process must be repeated for both 
cameras so that both may be used for FRAP experiments.  The FRAP calibration is stored with the 
camera setting. 
Testing Calibration
1. Draw an ROI in the FRAP preview, using the ROI drawing tools from the toolbar.
VB.NET Word: Change Word Page Order & Sort Word Document Pages
Note: if you are trying to change the order of a you want to see other VB.NET Word document editing controls, please read this Word reading page which has
pdf reverse page order preview; how to rearrange pages in pdf document
C# PDF File & Page Process Library SDK for C#.net, ASP.NET, MVC
PDF Document; Remove Password from PDF; Change PDF Permission Settings. Page: Insert PDF pages; VB.NET Page: Delete PDF VB.NET Annotate: PDF Markup & Drawing. XDoc
reorder pdf pages in preview; reorder pdf pages reader
XY Stage, Multi-Point Acquisition Process 
153    PerkinElmer          
2. Click Fire and check the accuracy of the offset. If the region drawn is not matched by the bleached 
shape you may need to repeat the calibration process using different settings.
XY Stage, Multi-Point Acquisition Process 
This section describes how to use Volocity to carry out multi-point acquisition using a motorized XY 
stage. There are several steps to this process:
ɸ
Set up and calibrate the XY stage. 
ɸ
Create overlays and scans.
ɸ
Find specimens of interest and record their positions as “Acquisition Points”.
ɸ
Set up the acquisition protocol and capture the image sequences.
Set Up and Calibrate the XY Stage
The XY stage must first be configured as a device in the preferences. 
Note:  Each time you start Volocity or turn the stage controller on, and are planning to use the two 
together, calibrate the stage. 
1. From the Edit menu select Preferences...Click once on the XY Stage option. 
2. Select the appropriate XY Stage Device and correct Focus Device from the drop-down menus. 
The focus drive that you select here will be used to store the positions of your acquisition points; 
you may use a different focus drive for your acquisitions.
3. In the Devices section click on the Options... button and set the correct range of travel for the 
stage model.
4. Use the checkboxes to set the X and Y axes correctly and click Save.
C# Word - Process Word Document in C#
various Word document processing implementations using C# demo codes, such as add or delete Word document page, change Word document pages order, merge or
how to reorder pages in a pdf document; reorder pages pdf file
VB.NET PDF File & Page Process Library SDK for vb.net, ASP.NET
VB.NET PDF - How to Modify PDF Document Page in VB.NET. VB.NET Guide for Processing PDF Document Page and Sorting PDF Pages Order.
pdf reorder pages online; move pdf pages
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  154
5. Clear the stage area and select Calibrate Stage... from the Stage menu. 
6. At the warning prompt, check the stage area is clear. When you are satisfied that neither your 
specimens nor your microscope (in particular your lenses) will be damaged by large stage 
movements, click Continue. Volocity moves the stage to the bottom right and top left positions to 
establish the full range of travel and current position of the stage relative to the range of travel.
XY Stage View
Once the stage is calibrated, Volocity provides a choice of views: the XY Stage view and the live 
Video Preview. In the XY Stage view the green area represents the full working area of the stage. The 
gray crosshairs represent your current position on the stage.  
If you move the stage manually you will see the position of the crosshair change to reflect the 
movement; the X and Y coordinates of the stage will also be updated. You can quickly move the stage 
by selecting the ROI tool (Shortcut key, R) and double clicking on the point on the XY Stage work area 
to which you want the stage to move.  
A small Video Preview is displayed in the bottom left hand corner of the XY Stage view. This allows 
you to navigate around the stage whilst seeing the current Video Preview. The Video Preview can be 
moved to any corner of the XY Stage view. To move the Video Preview to another corner of the XY 
Stage view, click and drag the video preview to its new location.
You can toggle between the views by selecting the required view from the Video menu or by using the 
shortcut keys.
ɸ
On a Mac: 
Shift+Apple+V for live video 
Shift+ Apple+X for XY stage
C# PowerPoint - Sort PowerPoint Pages Order in C#.NET
control, developers can swap or adjust the order of all or several PowerPoint document pages, or just change the position of certain one PowerPoint page in an
move pages in pdf acrobat; reordering pages in pdf
C# Word - Sort Word Pages Order in C#.NET
library control, developers can swap or adjust the order of all or several Word document pages, or just change the position of certain one Word page in an
move pdf pages in preview; how to rearrange pdf pages in preview
XY Stage, Multi-Point Acquisition Process 
155    PerkinElmer          
ɸ
On Windows: 
Ctrl+Shift+V for live video 
Ctrl+Shift+X for XY stage
Adding Overlays
You can add overlays to your XY Stage view that will allow you to easily and quickly navigate around 
your culture vessels or slides. 
1. Select Make Well Overlay... from the Stage menu.
2. Select the type of slide or culture vessel from the drop-down menu and click Create... Volocity 
now provides a wizard which guides you through the steps for setting the position of the XY stage.
In our example, we are making an overlay for a multi-well plate.
3. At each step of the wizard, move the stage to the requested position and click Next.
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
Enable C#.NET developers to change the page order of source PDF document file; Allow C#.NET developers to add image to specified area of source PDF document
change page order in pdf reader; how to move pages around in pdf
C# PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in C#.net
Empower C# Users to Change the Rotation Angle of PDF File DLLs for PDF Page Rotation in C#.NET Project. In order to run the sample code, the following steps
change pdf page order; how to reorder pdf pages in reader
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  156
After the last requested setting has been entered, the wizard closes and an overlay is shown on the 
XY Stage view. Again, the cursor shows the current position of the stage.
Once you have set up the overlay you can:
ɸ
Move to a specific well. Select the ROI tool and double click within a well to move quickly to 
that well.
ɸ
Select individual wells or groups of wells to work with. Use the ROI tool to select the 
required well(s) and select Disable Selected Wells/Enable Selected Wells from the 
Stage menu, as appropriate.
XY Stage, Multi-Point Acquisition Process 
157    PerkinElmer          
The following example shows three wells disabled.
Saving and Restoring Overlays
1. To save overlays select Save Overlay... from the Stage menu. 
2. Enter a descriptive name for the overlay in the dialog that opens and select Save.
3. To restore a previously saved overlay select Restore Overlay... from the Stage menu. 
4. Select the overlay that you wish to restore from the list and select Restore. The overlay will be 
displayed in the XY Stage view.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  158
Adding Points
Before adding acquisition points, we recommend that you focus on your specimen and clickSet Zero 
on the focus drive slider (if you have more than one focus drive in your imaging system ensure that 
you reset the focus drive that you will use for your acquisition protocol). 
You can add points manually or ask Volocity to create random points for you.
Manually Adding Points
1. Move the stage to the area of interest and focus on your specimen. You can do this by screening 
your specimen using your microscope’s ocular lenses, or by using the Video Preview in Volocity to 
scan your specimen. 
2. Select Add point from the stage menu or use the shortcut key:
On Mac: Shift+Apple+A
On WINDOWS: Ctrl+Shift+A
3. Move the stage and continue to add points manually, as required.
4. The point is shown as a cross on the XY Stage view. The X, Y and Z co-ordinates are recorded 
with the point and displayed next to the point (you may have to zoom in to see the coordinates)
XY Stage, Multi-Point Acquisition Process 
159    PerkinElmer          
Creating Random Points
1. Select Create Points from Well Overlay from the Stage menu.
2. Select Multiple Random Points from the drop-down menu to add single acquisition points to 
random positions within each enabled well. 
3. Select Multiple Tiled Points from the drop-down menu to add a matrix of multiple points at the 
centre of each well. 
4. Specify the required number of Points per well.
5. Click Create...
Inspecting and Editing Points
1. Use the ROI tool to double click on a point. This moves the stage and focus drive to the X, Y, and 
Z position of the point. You can use the Go to Next Point or Go to Previous Point commands or 
their shortcuts from the Stage menu to cycle through your points.
2. If you change the focal position of a point, select Update Point from the Stage menu. 
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  160
3. If you have created a lot of points, use the Review Points... command on the Stage menu. The 
Review Points Wizard opens and takes you to each stored point. 
At each point you can review and edit the focal position. The current focal position when you select 
Next in the wizard will be stored with each point.  
Focus Maps
If you have many randomly added acquisition points, you may find that manually reviewing each point 
becomes impractical, or that auto-focusing at each point is too time consuming, in which case you 
should consider building a focus map.  A focus map will allow Volocity to predict the surface 
topography of your cell substrate by sampling the correct Z position of a sub-set of your acquisition 
points. The number of points required to build a reliable focus map will depend upon several factors 
including the planarity of your substrate and the depth of focus of your objective lens.
Focus maps may be made for points marked on the stage area, ROIs drawn on the stage area or 
wells in an overlay and specifying the points to be acquired.  For an application where multiple fields 
are to be acquired and stitched together the ROI(s) or points around which fields are to be stitched 
must be specified.
Building a Focus Map
1. Select Make Focus Map... from the Stage menu.
2. Select the type of focus map to be made.  The Focus map wizard will guide you through the 
process of creating a focus map. 
3. The more points that are used to create the focus map, the more accurate it will be but the longer 
it will take to create.  The minimum number of points required to make a focus map is four. 
4. Volocity will move to the first of your acquisition points where you should either focus on your 
sample before clicking Next, or click Skip if there is no material in the field of view on which to 
focus.
5. Volocity will move to the most distant acquisition point, where you should again either focus and 
click Next or click Skip.
6. This process will be repeated until you click Finish.  Each time Volocity moves to the next 
acquisition point it will attempt to predict the correct focal position of your sample.  If Volocity is 
able to consistently correctly predict the focal position of your sample the focus map is adequate 
and you should click Finish.  You should continue to add points to the map until this level of 
accuracy is reached.
Saving and Restoring Focus maps
Focus maps are saved under the name they are given when they are created. Reuse a focus map 
when imaging the same dish, plate or slide.  After adding or restoring acquisition points to a restored 
overlay the focus map must be re-applied to the overlay at the correct Z position.
Documents you may be interested
Documents you may be interested