c# show a pdf file : Rearrange pages in pdf file control software system azure winforms html console VolocityuserGuide17-part771

FRAP Acquisition
171    PerkinElmer          
If you have set multiple ROIs on the Preview, which become multiple “Bleaching areas”, each is given 
its own color and plot when acquisition begins. 
You can study the intensity of the bleached areas in the live intensity plot over the course of the 
recovery. When the protocol comes to an end the preview will be automatically frozen so that the final 
image of the recovery and the intensity plot can be reviewed. The plot and the FRAP preview will be 
overwritten when the preview is “unfrozen”. 
Your bleaching/recovery data is stored as an image sequence in your Volocity library, a channel is 
recorded for each of the light paths that you selected for the pre-bleach/recovery phases. Volocity also 
adds a template channel which records the positions of your bleach areas for analysis. Areas within 
the bleach area have a value of zero in the template channels, areas outside the bleach area have a 
value of 255. Volocity also records the time of the last frame before bleaching, and the first frame 
following bleaching as meta-data for analysis purposes. The experiment time is set to zero at the end 
of the bleaching phase, any frames acquired before this will have negative time stamps.
Rearrange pages in pdf file - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
how to reverse pages in pdf; reorder pages in pdf online
Rearrange pages in pdf file - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
reorder pages in pdf file; how to change page order in pdf document
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  172
Data acquired with Volocity FRAP acquisition may be analyzed using the Volocity FRAP analysis.
3D Targeted Illumination Experiments
The FRAP acquisition protocol can be used to acquire volumes.  You can run protocols that will apply 
your high intensity light source to a region of interest in a single plane within your volume.
The plane at or closest to the zero mark of your focus drive is the only plane that will be illuminated 
with the high intensity illumination.
We recommend that you set the plane to which you wish to apply targeted illumination to 0 (zero) in 
the focus drive control on the Video Preview.
The high intensity illumination will be applied between the pre-bleach and post bleach phases of your 
protocol. 
Remember to set the focus drive’s top and bottom limits to appropriate values. 
In the FRAP setup dialog, Channels/Z tab, you must select your Z drive from the  Change focus 
using drop down menu to acquire volumes.
FLIP Acquisition
FLIP is a technique that is also possible with the FRAP plugin.  A FLIP experiment aims to determine 
whether molecules are moving between two areas or compartments of the sample and a what rate.  
To perform a FLIP experiment it is necessary to bleach one area and monitor another area which is 
thought to be connected to the bleached area.  A control area that cannot be connected to the bleach 
area is also usually observed.
1. Select the FRAP preview from the Library view or Show FRAP Preview from the Window menu. 
2. Mount your specimen and expose it to your low intensity light source.
3. With your specimen in focus ensure that the all light is directed to your camera. You should see 
your specimen in the Video Preview. Adjust the camera controls until you are happy with your 
image.
You may wish to observe your specimen for a while to see whether you have an acceptable level 
of photobleaching from your low intensity light source, using the live intensity plot should help you 
make this judgment. If you make adjustments to your light intensity, also adjust your camera 
settings.
4. If possible, adjust the intensity of your bleaching device to the correct level.  You should aim for 
maximum photobleaching without damaging or excessively heating your specimen.
5. When you are happy with the intensity of both your low intensity light source and bleaching device 
move to a new (unexposed) area of your specimen.
6. Select the Freeze button. Any shutters associated with your currently selected light path will be 
closed (provided you have opted to manage shutters in the FRAP preview). The last frame 
previewed before the shutter was closed will be retained in the FRAP preview.
7. With the FRAP preview frozen you can set your bleaching area for your experiment without 
photobleaching your sample. ROIs are used to mark bleaching areas. Use any ROI tool to draw 
an ROI or restore an ROI by selecting ROI then Restore... from the Edit menu. To set an ROI of a 
particular size we  recommend the use of the ROI stamp tool. 
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
C# TIFF - Sort TIFF File Pages Order in C#.NET. Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview.
move pages in pdf reader; how to move pages in a pdf document
VB.NET PDF File & Page Process Library SDK for vb.net, ASP.NET
out of order, you need to rearrange the PDF on creating, loading, merge and splitting PDF pages and Files deleting unnecessary page from PDF file and changing
reordering pdf pages; how to move pages in a pdf file
Ratio Acquisition
173    PerkinElmer          
8. Select Acquisition Setup... from the FRAP menu and set up the acquisition protocol. 
In this example, the bleach and recovery phase is repeated 10 times. Two images are acquired during 
the recovery phase, one immediately following the bleach and a second a minute after the bleach. 
Click OK.
9. The acquisition protocol is now stored and can be run by clicking the capture button on the FRAP 
preview.
10. The pre-bleach images are acquired only once, but the bleach and recovery will be repeated, in 
this case 10 times. These images may then be measured using the standard measurement tools 
in Volocity. An example of this is described in FLIP Analysis.
Ratio Acquisition
Volocity Ratiometric Acquisition is designed specifically for online ratiometric imaging. The 
Ratiometric Acquisition functionality is provided by the Ratiometric plug-in.  This is an additional 
module available for purchase and extends the functionality of Volocity Acquisition to add features 
specifically for online Ratiometric Acquisition.  The ratio is always calculated as Channel A/ Channel B 
and therefore it is important to specify the channels correctly in the Ratiometric dialog.
The Ratiometric plug-in requires both Volocity Acquisition and Volocity Quantitation to be installed to 
function.  Ratio acquisition is followed by generation of a measurement item, measuring all active 
regions of interest in the experiment.
The Ratio Preview
This section describes features that are specific to the Ratiometric Preview window. 
To display the Ratiometric preview select Show Ratiometric Preview from the Window menu. The 
devices and device controls that were selected in the preferences are displayed on the right-hand side 
of the Ratiometric Preview window.
Features that are specific to the Ratiometric Preview Window include:
ɸ
Ability to display 2 captured channels and 2 calculated channels simultaneously in a 4 
panel multiview preview
ɸ
Ratiometric acquisition controls in addition to standard Video Preview device controls.
ɸ
The live ratio plot
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
you want to change or rearrange current TIFF &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to reorder pages in pdf; how to rearrange pages in pdf using reader
C# PowerPoint - How to Process PowerPoint
you can load PowerPoint from existing file or stream to move out useless PowerPoint document pages simply with solution to sort and rearrange PowerPoint slides
reverse page order pdf online; move pages in pdf online
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  174
Mode
Change the mode of display for the Video Preview.  Modes available will depend on Volocity products 
licensed for the system and on whether frames or timepoints are being previewed.  When previewing 
frames only XY plane mode is available.  Modes unique to the Ratio Preview are displayed when in 
the multiview preview.  The choice to view the A channel, B channel, ratio channel, IMD channel or all 
four, the multiview is available.
The IMD channel is generated from the Ratio channel and another image.  Select the modulating 
image from the Ratio menu, Calculate IMD From.
regions of interest in the experiment.
Preview frames.  Frames are displayed individually each frame replaces the 
previous frame.  Only XY plane mode is available.
Preview in multiview. Unique to Ratio preview. Show live previews of 
channels A,B, the ratio channel or the Intensity Modulated Display (IMD).  
Select one or all of these using the Mode pop-up.
Preview timepoints.  Video Preview is updated as each timepoint is 
acquired.  Available for live preview as well as during experiment acquisition.  
The current acquisition protocol will be used to generate the preview if it is not 
already running.  An image sequence is only acquired if the system is 
recording.  Previewing timepoints may not be suitable for photo-sensitive 
samples or samples which suffer rapid photobleaching. Since the acquisition 
protocol is used to deterimine what makes up a timepoint and will therefore be 
managing shutters it is necessary to switch to preview frames to regain 
control over shutters.  Additional modes of display and tiled channels 
available when previewing timepoints.  Choose to view any of the ratio 
previews plus any other modes supported by the system.
VB.NET Word: How to Process MS Word in VB.NET Library in .NET
well programmed Word pages sorter to rearrange Word pages in extracting single or multiple Word pages at one & profession imaging controls, PDF document, image
how to move pages in pdf acrobat; how to move pdf pages around
Online Merge PDF files. Best free online merge PDF tool.
By dragging your pages in the editor area you can rearrange them or delete single pages. We try to make it as easy as possible to merge your PDF files.
how to rearrange pages in a pdf file; reorder pages pdf
Ratio Acquisition
175    PerkinElmer          
Channel Display
Choice over channel display is only available when previewing timepoints.
regions of interest in the experiment.
Ratiometric Acquisition Controls
The ratiometric aquisition setup pane contains dropdown menus for the selection of the correct light 
paths to be used for Channel A and B. 
A constant background value may be subtracted from each voxel in every image of Channel A and/or 
Channel B. This can be done by either entering a value in the Subtract field or drawing an ROI on the 
appropriate image and clicking the get from ROI tool next to the Subtract field. Volocity will use the 
mean intensity from that ROI for each channel as the value to subtract. 
Thresholding allows the removal of unwanted signals setting a ratio value to 0 when one of the source 
voxels has an intensity value at or below the threshold. Threshold values can be set for Channels A 
and /or Channel B by entering a value in the Threshold field. 
The Ratio value range can be set by entering values in the Rmin and Rmax fields.  These set the 
range over which the rainbow look up table for the image will be spread.
regions of interest in the experiment.
Live plot
The live ratio plot can show the mean intensity values of ROIs (or the mean intensity of the whole 
image if no ROIs are present) of either Channel A, Channel B and the ratio plot A/B if these respective 
channels are being previewed.  The plots can be shown if the respective channels are being 
previewed whether sequentially or simultaneously as in multi-view mode.  The mean intensities of 
Channel A and Channel B and the ratio plot can also be shown in the live plot when the IMD channel 
is being previewed.
Overlay channels.  Where two or more channels are previewed or captured 
they will be shown overlaid.
Tile channels.  Where two or more channels are previewed or captured show 
each channel as a separate tile in the view plus an overlay of all channels.  
Available for some modes of the preview such as XY plane and extended 
focus.  If ratio image and/or IMD image are required in the preview use the 
multiview preview and select the mode required.
Process Images in Web Image Viewer | Online Tutorials
used document types are supported, including PDF, multi-page it quite easy to process image and file pages with the a thumbnail, and you can rearrange the file
how to rearrange pages in pdf document; move pages in pdf
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
page will teach you to rearrange and readjust amount of robust PPT slides/pages editing methods and powerful & profession imaging controls, PDF document, image
rearrange pdf pages in preview; change pdf page order online
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  176
During live preview and acquisition you can choose to hide or show the plots using the toggle buttons 
to the left of the live plot panel.
For easy identification during live preview the plots are color-coded as follows:
ɸ
Mean intensity Channel A- same color as configured in the light path setup for Channel 
ɸ
Mean Intensity Channel B- same color as configured in the light path setup for Channel 
ɸ
Ratio Plot- black line
ɸ
Intensity plot lines are dashed and ratio plot lines are solid
The x axis of the live plot will rescale to ensure the full course of the experiment is displayed.
regions of interest in the experiment.
Preparing a Ratio Experiment
Ratiometric Acquisition is a plug-in to Volocity Acquisition.  If you are not yet familiar with Volocity 
Acquisition please refer to ‘Volocity Acquisition Installation and Reference’ on page 111.
Before starting a Ratiometric experiment:
1. Install and configure all devices that are required for Ratiometric acquisition.
2. Calibrate each objective lens, if they are not already calibrated
3. Mount your sample and view using your low intensity light source.
4. Select Ratiometric Preview from the Library view or Show Ratiometric Preview from the 
Window menu.
5. Configure any light paths that you require for Ratiometric acquisition. You will need one light path 
for Channel A and another for Channel B. Select these lightpaths as the A and B channels in the 
acquisition controls.
6. Configure any additional light paths you will need to image during the experiment.
7. To populate the background subtract field for Channel A draw a ROI in the backround of the live 
preview image of select Channel A and click the Get from ROI button next to the subtract field for 
Channel A.
8. Similarly for Channel B draw an ROI in the background of the live preview image of Channel B and 
click the Get from ROI icon next to the subtract field for Channel B.
9. Set the threshold values to ensure a black background.
10. Set Rmin/ Rmax to expected or known values for the experiment.  
These settings will be used for this experiment but data acquired using the ratio acquisition may also 
be reprocessed using the Ratio dialog in Volocity Quantitation. 
Ratio Acquisition
177    PerkinElmer          
After performing several experiments you may determine values for Rmin and Rmax which you use 
for all experiments allowing them to be visually compared and avoiding the need for post processing.
11. Create an acquisition protocol.
regions of interest in the experiment.
Preparing a Ratio Experiment with Multi Camera Source
The ratio preview supports acquisition of the A and B channels simultaneously using a dual camera 
set up.  
1. Ensure the multi camera device is enabled in the preferences and selected as the source in the 
Ratio menu then proceed as above.
When configuring light paths, if multi camera is the source you will be able to configure one light path 
for both A and B channels. 
2. Set this lightpath for both A and B channels in the acquisition controls.  Volocity will recognize that 
this is a ratio experiment with a dual camera source.
3. Continue configuring the experiment and create and acquisition protocol.
regions of interest in the experiment.
Creating a Ratio Acquisition Protocol
1. Select Acquisition Setup... from the Ratio menu.
2. The Acquisition Setup dialog opens at the specialized Ratio tab.
3. If you want to acquire the ratio channel and /or IMD channel tick the appropriate channel check 
boxes. You cannot collect an IMD channel without capturing the ratiometric channel.
4. Select the Channels/Z tab. Select a shutter management option from the Manage shutters for 
drop down menu.
5.  If you want to acquire any additional channels tick the Capture additional channels check box 
and use the drop-down menu to select the additional light paths to be captured.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  178
If you would like to acquire more than one additional channel click on the ‘+’ button and add more light 
paths. 
6. If you want Volocity to set the exposure for each of your light paths check Use auto exposure for 
each channel. 
7. Select the Time tab. Choose the rate of acquisition.  This may also be changed using the field on 
the Video controls.  Set the duration of the experiment, either the Until stop is clicked where 
Volocity acquires data until it is manually stopped, or enter a number in the text field and select 
either ‘timepoints’, ‘ms’, ‘seconds’, ‘minutes’ or ‘hours’ from the drop-down menu.
8. When you are happy with the ratio acquisition protocol click OK.
9. Click on the Capture video control in the Ratio preview to apply the acquisition protocol that you 
have just set up. 
Note: A Volocity library must be open to store the image sequences that are acquired.
Volocity will acquire the appropriate images, freeze the Video Preview so that the last frame acquired 
is held on the screen, and then automatically start generating a measurements item.
regions of interest in the experiment.
Events and Logs
If you would like to record events to an image sequence during acquisition (e.g. time of the addition of 
a drug) click on either the Event flag or press the F7 shortcut key.
1. Enter the appropriate text to identify the event and click OK.
Ratio Acquisition
179    PerkinElmer          
The events are marked on the live plot in numerical order.  The text is recorded in the chart view of the 
measurements item created by the ratio acquisition and in the Experiment Log view.
.
regions of interest in the experiment.
Viewing Results
A ratiometric measurement item is automatically generated at the end of acquisition.  This appears in 
the library directly below the new image sequence. This records values of ROIs for each channel 
during acquisition so that you do not need to re-analyze your data after acquisition.
When the measurement item is opened, the default view will be the ‘Chart View’. The Raw and 
Analysis views are also accessible from the tabs next to the Chart View tab.
For more information about Measurement Items and making measurements using Volocity 
Quantitation
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  180
regions of interest in the experiment.
Reanalyzing Ratio Experiments
The analysis carried out as part of the ratio acquisition is not the only choice for final output.  Ratio 
images created during the acquisition may be measured using any of the tools available in Volocity 
Quantitation.  The raw A and B images may even be re-ratioed using the offline ratio tools.
regions of interest in the experiment.
Spectral Separation
Spectral separation is a technology that allows the separation of images containing data from more 
than one fluorophore into channels that contain data from only a single fluorophore. In order to 
achieve this separation or “un-mixing”, sample images must be acquired at a minimum of two different 
wavelengths. Color cameras lend themselves naturally to this multiple wavelength sampling because 
they simultaneously sample at three different wavelengths (red, green and blue). However, multiple 
wavelengths can just as effectively be acquired using monochrome cameras and wavelength 
changing devices such as filter wheels.
regions of interest in the experiment.
Why Separate Color Images?
Acquiring a single color channel instead of separate blue, green and red channels is an effective 
means of reducing acquisition time. You may still wish to analyse each of the fluorophores in your 
experiment in a single monochrome channel. Spectral separation will allow you to acquire the data for 
up to three fluorophores into a single color channel and separate each fluorophore into its own 
monochrome channel post-acquisition.
Why Separate Monochrome Images?
Spectral separation can be used to un-mix the contribution of spectrally overlapping fluorophores from 
a series of grayscale images sampled at different wavelengths (lambda stacks). You can therefore 
improve the separation of dyes that you have found difficult to separate adequately by more 
conventional means using filter sets.
Lambda stacks can be composed of a series of images in which the excitation wavelength is constant 
and the emission wavelength is changed, reflecting the shape of the emission wavelengths of 
fluorophores. Alternatively, the emission wavelength can be constant and the excitation wavelength 
changed, reflecting the shape of the excitation wavelengths of fluorophores. It may also be possible to 
successfully un-mix fluorophores from Lambda stacks in which both excitation and emission 
wavelengths are varied.
There should be a minimum of two channels in a Lambda stack. The maximum number of 
fluorophores that can be separated from a lambda stack is equal to the number of images in the 
lambda stack.
Creating Spectral Signatures from Color Images
In order to accurately separate your fluorophores into individual channels you must first create 
accurate spectral signatures. A spectral signature allows Volocity to calculate how a sample of only a 
single fluorophore contributes to the red, green and blue elements of color images.
To generate a spectral signature:
1. First prepare a sample that contains only a single fluorophore. 
2. Acquire an image or image sequence of the sample. 
3. Open your image or image sequence in the Image View and select a region brightly stained with 
your fluorophore with a region of interest tool, such as the magic wand tool. You should ensure 
that no pixels in this region are saturated.
Documents you may be interested
Documents you may be interested