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Using the OptiGrid®
201    PerkinElmer          
Multi-channel grid confocal images (Motorized Focus OptiGrid
If you wish to acquire multi-channel grid confocal images, you must ensure that the grid is correctly 
focused for all of your light paths before acquisition.  
1. Open Volocity and select Show Video Preview from the Window menu.
2. Mount the specimen slide on the microscope and select an appropriate light path. 
3. Expose the specimen slide to the light source and select a suitably powered lens.  
4. Move to the field of view that interests you.
5. Ensure that the OptiGrid
is in the “in” position in the microscope’s fieldstop location.
6. Direct all light to your camera and, if your camera supports it, select Auto-Exposure from the 
Video Preview controls (or the AE button).
7. Set the Grid mode control in the Video Preview to Off. You should see clear horizontal lines 
superimposed on your specimen.
8. Click Grid AF to focus the OptiGrid
automatically or use the grid focus control to focus the 
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Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
how to move pages around in a pdf document; how to rearrange pdf pages
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  202
Note: You can also adjust the grid position whilst the grid is in “Grid Confocal” mode. As you move the 
grid, the signal-to-noise ratio of the grid confocal image will improve if the grid’s focus is improved. 
9. Double click on the current light path’s button. The Light Path Properties dialog opens. Scroll 
through the list of devices until you find Grid Focus. 
10. Click on the Grid Focus check box to associate the current grid focus position with the light path.
11. Repeat this process for each of the light paths that you wish to restore for your acquisition. 
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
Convert image files to PDF. File & Page Process. Re-order, rotate PDF pages. PDF Read. Print. Support for all the print modes in Acrobat PDF.
move pages in a pdf; how to move pages in pdf reader
VB.NET PDF: How to Create Watermark on PDF Document within
create a watermark to PDF file in order to help or image (such as business's logo) on any desired PDF page. And with our PDF Watermark Creator, users need no
change pdf page order reader; pdf reverse page order online
Troubleshooting Grid Imaging
203    PerkinElmer          
12. Set the Grid activation control to “Grid Confocal”.
You are now ready to acquire multi-channel grid confocal image sequences.
After acquisition, remember to move the OptiGrid
to the “out” position in the microscope’s fieldstop 
location or ensure that the shutter is closed. If a light source is left on with the grid inserted but not 
moving, a grid image can be burnt into fixed samples which will cause gridlines.
Multi-channel grid confocal images (Manual Focus OptiGrid®
With the manual focus OptiGrid
it is not possible to associate different grid focus positions with each 
of your light paths. If your OptiGrid
cannot be focused perfectly for each of your light paths, it may be 
necessary to find a compromise grid focus position in which an adequate image of the grid can be 
seen for all of your excitation wavelengths. 
Adjusting the aperture diaphragm
The position of the aperture diaphragm can have an important effect on the quality of your images; 
you should always carefully consider its position before and during any imaging sessions. Closing the 
aperture diaphragm tends to improve the contrast of the grid and, therefore, the contrast of the grid 
confocal images. Closing the aperture diaphragm also increases the exposure times of your images, 
so you should balance aperture position with acceptable exposure times. 
1. Select the grid confocal mode from the Video Preview controls.
2. Adjust the aperture diaphragm on the microscope.
3. Select Auto-Exposure from the Video Preview controls (you will see the grid lines while Volocity 
adjusts your exposure)
4. Assess whether the quality of the image and the exposure time will meet your experimental 
5. When you are happy with the position of the aperture diaphragm you can proceed with your 
acquisition of grid confocal images. Acquisition of image sequences can be done as normal, 
remember to select the grid confocal mode before starting acquisition. 
Troubleshooting Grid Imaging
Once you become familiar with the way the grid is working, it becomes clear how artefacts 
may be generated.  
Vibration may alter the grid movement and prevent it from moving to the correct position for 
each of the three raw images.
Inconsistent illumination or photobleaching can produce intensity differences between the 
raw images. The algorithm will extract artefactual data from these illumination differences 
and grid lines will appear in the final image.
A poorly focused (or out of focus) grid will produce little or no difference between the three 
raw images and a blank confocal image will be generated. 
Little or no signal with the grid active
The OptiGrid
relies on the grid “marking” in-focus parts of the sample. If the grid contrast in the 
image is poor, no parts of the sample will be marked and little or no signal will be output.
Recalibrating the grid will not improve the brightness of the grid image – calibration only removes 
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JPEG to PDF Converter | Convert JPEG to PDF, Convert PDF to JPEG
It can be used standalone. JPEG to PDF Converter is able to convert image files to PDF directly without the software Adobe Acrobat Reader for conversion.
pdf rearrange pages; how to reorder pages in a pdf document
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  204
Note: Increasing the camera exposure time will not make the confocal signal brighter – the brightness 
of the confocal signal is determined purely by the contrast in the grid image.
To correct for this:
1. Adjust the grid focus. First focus the sample with the grid off. Select “Grid Confocal” mode, then 
adjust the grid focus until the confocal signal is as bright as possible.  
2. Adjust the imaging system to maximize grid contrast. Closing the aperture diaphragm to reduce 
stray light will help.
3. It may be necessary to adjust the grid focus for different wavelengths and different objectives.
4. Plan-Apochromat objectives will give better results with multiple wavelengths.
Gridlines in image
Gridlines in the image are caused by the three raw grid images not quite lining up with each other. 
There are several possible reasons for this:
Poor calibration. If gridlines appear, try recalibrating the grid. The grid calibration can change as the 
grid and microscope heat up in use. Recalibration will correct for this.
Vibration can cause grid lines. Isolate the microscope with an anti-vibration table if possible. 
Equipment containing fans (e.g. camera controllers and light sources) must be isolated from the 
microscope (e.g. by moving them onto a separate table or onto the floor).
Uneven or unstable illumination will cause gridlines. Use a stable light source that offers even 
illumination. If flicker is a problem, attenuate the light using ND filters and increase exposure times.
If the light source is left on with the grid inserted but not moving, a grid image can be burnt into fixed 
samples which will cause gridlines. Ensure that the fluorescence shutter is closed when possible or 
that the grid is left running.
Fast bleaching samples may show gridlines more than slow bleaching samples. To solve this, reduce 
the light intensity and increase exposure times.
Camera noise will be amplified by the OptiGrid
process and will show as gridlines. Avoid using high 
camera gain with the OptiGrid
Once these factors are eliminated, recalibrate the grid.
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PDF to Word Converter has accurate output, and PDF to Word Converter doesn't need the support of Adobe Acrobat & Microsoft Word.
reorder pdf pages online; how to reorder pages in pdf preview
TIFF to PDF Converter | Convert TIFF to PDF, Convert PDF to TIFF
doesn't require other third-party such as Adobe Acrobat. a few clicks; Ability to convert PDF documents to and upgrade; Easy to convert multi-page PDF files to
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Installing and Configuring Photonics Instruments MicroPoint®
205    PerkinElmer          
Installing and Configuring Photonics Instruments MicroPoint
Volocity supports the Photonics Instruments MicroPoint 
Ablation Laser Unit as a bleaching device.
Before you use the MicroPoint
high-intensity laser unit for the first time with Volocity it must be 
calibrated. You must calibrate the laser again should the laser unit be rotated relative to the 
microscope, if the camera is moved relative to the microscope, if the dye cell is changed, or if the 
microscope’s objective lens is changed.
1. Connect the Ablation Laser Unit to the microscope, as instructed in the Photonics Instruments 
2. Connect the MicroPoint 
control box to the computer via a free USB port.
3. Although the MicroPoint 
control box connects to Volocity via a USB connection it will function as 
a “Virtual COM Port” (VCP).  In order for this to work you must download and install the driver 
appropriate for your operating system from http://ftdichip.com/Drivers/VCP.com
4. Open Volocity and select Serial Ports from the preferences.
5. Set the usbserial-ELCBXAV5 port to the MicroPoint
6. Select Devices from the preferences.
7. Ensure that all of the MicroPoint
devices are selected.
Calibrating Photonics Instruments MicroPoint
Make sure that the laser unit is horizontal (relative to the microscope) before you start, focus and align 
the laser as described in the Photonics Instruments documentation.
1. Ensure that your “Laser Safety Filter Block” is always in the light path when using the MicroPoint 
2. Mount your mirror slide on the microscope with the reflective surface nearest to the objective lens.
3. Select Show FRAP Preview from the Window menu.
DICOM to PDF Converter | Convert DICOM to PDF, Convert PDF to
Adobe Acrobat or any other print drivers when they use DICOM to PDF Converter. Additionally, high-quality image conversion of DICOM & PDF files in single page
reorder pages in pdf file; reorder pages of pdf
BMP to PDF Converter | Convert Bitmap to PDF, Convert PDF to BMP
interface; Powerful image converter for Bitmap and PDF files; No need for Adobe Acrobat Reader & print driver during conversion; Support
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Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  206
4. Switch on your transmitted light lamp.
5. In order to focus on the mirror’s surface you should search for a scratch or pit on the surface and 
focus the microscope on that.
6. Direct all light to the camera and adjust the camera exposure time if necessary.
7. Ensure that any shutters in the laser’s light path are open.
8. Select Calibrate MicroPoint... from the FRAP menu.
9. The MicroPoint 
Calibration wizard is opened.
10. Click Fire. 
11. The MicroPoint
laser is fired. If the laser is correctly focused on the mirror a hole will be cut in the 
mirror’s reflective surface allowing transmission of light and creating a spot. If you are unhappy 
with the shape and size of the spot, adjust the focus or the intensity of the laser and click Fire 
12. Once you are happy with the size and shape of the spots, click Next. A line of holes is fired onto 
the mirror. Adjust the rotational position of your camera so that the line is horizontal relative to the 
FRAP preview. 
Tip: You may find it easier to judge whether the line is horizontal, if you move it (using the stage) 
higher up or lower down the Preview window where you can align it with the top or bottom of the 
Calibrating Photonics Instruments MicroPoint®
207    PerkinElmer          
13. Click Next to calibrate the laser. A diagonal line of holes is fired across mirror.
14. Click Finish. The calibration wizard will close.
Volocity Acquisition Installation and Reference
September 2011  208
15. You should now check the result: use one of the ROI tools to draw a region of interest on the 
Preview and click the MicroPoint
Fire control within the video controls. The cut area should 
correspond exactly to the ROI. If this is not the case repeat the calibration procedure.
Example Acquisition Protocols
209    PerkinElmer          
Volocity Acquisition Worked Examples
Volocity Acquisition allows you to acquire single or multi-channel, 2D, 3D or 4D image sequences at a 
single position or at multiple XY points. Before you start acquisition of your image sequences you 
must configure the Video Preview window and the Acquisition Setup window. Once these steps are 
complete you can repeatedly execute your acquisition protocol.
This chapter describes how to set up Volocity to carry out single-point and multi-point acquisition and 
summarizes required settings for different acquisition protocols.
It assumes that you have installed and configured your acquisition device(s) correctly, and set up any 
additional options, such as Fast Restoration, that you require for your experiment.
Example Acquisition Protocols
Acquiring a Single Frame
1. Adjust the camera settings and device controls until you are happy with the image. 
2. Click the capture single frame icon on the Video Preview window.  To capture a single timepoint of 
the acquisition protocol at the current XY location go to the Video menu and select Capture 
Acquiring a Single Channel over Time
1. Adjust the camera settings until you are happy with the image.
2. In the Acquisition Setup dialog Channels/Z tab:
3. Ensure that Change channels using light paths is not selected
4. Set Change focus using to None
5.  Set Manage Shutters for to the appropriate option for the priorities of the experiment
6. In the Time tab:
Volocity Acquisition Worked Examples
September 2011  210
7. Set the Rate i.e. how much time is to pass between timepoints
8. Choose the Duration for the experiment.
9. Click OK to close the Acquisition Setup dialog, leaving the experiment ready to run, and return to 
the Video Preview.
10. Click the capture image sequence icon on the Video Preview window.
11. While the protocol is running, capturing images the timelapse interval may be changed using the 
options in the Video Preview.
Acquiring Multiple Channels over Time
If you wish to use the same exposure for each channel, ensure that the Auto Contrast option has 
been selected in the Video Preview window.
If you wish to manually set exposures for each channel ensure that exposure is stored in the light path 
and that each is stored when the exposure is reading the desired value. 
In the Acquisition Setup dialog,Channels/Z tab:
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