3D Opacity
221    PerkinElmer          
Use the slider controls to control the brightness, density and black level of the rendered image. 
ɸ
Brightness: alters the brightness of the rendered voxels. A multiplication factor is applied 
to the intensity values of the voxels. Moving the slider to the left reduces the brightness, 
moving it to the right increases brightness.
ɸ
Density: alters the density of the rendered voxels. This affects how much can be seen 
through the structure. Denser voxels do not allow signal from the objects behind to pass 
through to the screen image. Moving the slider to the right increases voxel density, moving 
it to the left decreases density
Three channel data with all three channels set to Fluorescence.  One channel, red, has been made 
more transparent by reducing the density control, just for that channel..
ɸ
Black Level: sets a value at which voxels of that intensity or lower will not be rendered. 
The remaining data is rescaled across the full display range of the screen. Increasing the 
black level removes low intensity voxels from the image as illustrated below.
Three 
channel 
data with 
all three 
channels 
set to 
Fluoresce
nce.  One 
channel, 
red, has 
been 
made 
more 
transparen
t by 
Three 
channel 
data with 
all three 
channels 
set to 
Fluoresce
nce.  One 
channel, 
red, has 
been 
made 
more 
transparen
t by 
Pdf reorder pages - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
reverse page order pdf; change page order in pdf file
Pdf reorder pages - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
rearrange pages in pdf; move pages in pdf
Volocity Visualization
September 2011  222
When choosing an appropriate black level, it may help to change the background color of the 
rendering view. Choose View Options... from the Image menu and choose a different color for the 
background (a lighter color usually helps the process). When the background color has been changed 
a dark area may be visible around the rendered object. Adjust the black level until this darkness is 
removed.
Leaving the cursor over any of the Renderer Controls momentarily brings up a tip showing their 
current values.
Move the volume in space using the tools available in the tool bar.
The show/hide button cloaks and uncloaks the channel in the Image View so you can choose to work 
with a channel or not. 
Target the channel for selection tools.
The reset button resets the slider button for that channel to default (the values it had when first 
opened). 
The colored square reflects the color lookup table associated with the channel. 
Reference Channels in 3D Opacity
3D Opacity mode supports the visualization of single plane  reference channels within the volume. 
Reference channels will be shown at a single plane with a white outline in the position at which they 
were acquired.
 
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview. Reorder TIFF Pages in C#.NET Application.
moving pages in pdf; how to rearrange pages in a pdf reader
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
Sort and Reorder PowerPoint Slides Range with VB amount of robust PPT slides/pages editing methods powerful & profession imaging controls, PDF document, image
move pdf pages in preview; rearrange pdf pages online
3D Ray Tracer
223    PerkinElmer          
Reference channels are 2D and are therefore rendered in a different way to 3D channels. There is no 
renderer mode (Fluorescence, Brightfield, Isosurface, Max Intensity) and slider controls only for 
brightness and density.
Time Navigation
Move through time resolved data in an image view using the time navigation controls across the 
bottom of the view.  If these controls are not visible select Show Time Navigation from the Image 
menu.
1. Play the sequence back at a fixed rate or a multiplier of the real time as indicated by the 
timestamps of the data.
2. Set the mode of playback by selecting Loop Sequence or Shuttle Sequence from the Image 
menu. Skip Timepoints will miss out timepoints as necessary to maintain the frame rated set by 
the slider.
Using Contrast Enhancement with 3D Views 
Changes made using the Contrast Enhancement dialog (Tools menu) are carried through into the 3D 
View. Remember that it is possible to alter the black point, white point and gamma of a dataset using 
the Contrast Enhancement and this will affect the appearance in the rendered view.
3D Ray Tracer
Unlike 3D Opacity which is a real time renderer that can be interacted with, the 3D Ray Tracer is not 
an interactive renderer. The screen image is built up in tiles over multiple passes. A progress bar in 
the top left-hand corner of the image shows progress to completion of the screen image.  The quality 
of the image produced and the effects possible are different to those possible with the 3D Opacity 
renderer although the controls are similar.  
3D Ray Tracer does not support tiled channels.
The Ray Tracer is a software renderer, which uses the computer processor or CPU to generate the 
results rather than graphics hardware.
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
Users can use it to reorder TIFF pages in ''' &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to reorder pages in pdf preview; how to move pages in a pdf
C# PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in C#.net
page, it is also featured with the functions to merge PDF files using C# .NET, add new PDF page, delete certain PDF page, reorder existing PDF pages and split
pdf change page order; reordering pages in pdf
Volocity Visualization
September 2011  224
Using the tools in the toolbar to change the position or the orientation of the view will not update the 
view immediately; the view will switch to a wireframe representation of the volume that can be moved 
as required.  
When the cursor is within the view a Render button is shown in the top right-hand corner. Click on this 
button to prompt the building of the screen image in tiles over multiple passes.
There is no need to wait for the image to build if you wish to make further changes; it is possible to 
interact with the menus, toolbar and channel controls while the image is being built. Click on the 
Render button to update the image with your changes.
Read PDF in Web Image Viewer| Online Tutorials
from PDF documents; Extract images from PDF documents; Add, reorder pages in PDF files; Save and print PDF as you wish; More PDF Reading
how to change page order in pdf acrobat; reorder pdf pages reader
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
just following attached links. C# PDF: Add, Delete, Reorder PDF Pages Using C#.NET, C# PDF: Merge or Split PDF Files Using C#.NET.
rearrange pdf pages in preview; pdf reverse page order online
3D Ray Tracer
225    PerkinElmer          
Channel Controls
If the channel controls are not visible select Image menu, Show Channel Controls. There is a panel 
of controls for each channel in the data set. The first control is the Renderer mode. Within the same 
view individual channels may be set to any one of these modes.  The modes available are described 
below:
ɸ
Fluorescence: applies direct opacity rendering, which is designed for use on data from 
fluorescence microscopy.
ɸ
Isosurface: applies indirect surface rendering, which identifies a surface around objects 
where all voxel intensity values are the same. This intensity is determined by the black 
level setting. The surface is made up of complex polygons. This generates apparently solid 
objects which cannot be seen through. No signal from objects behind can pass through an 
isosurface. 
Fluorescence and Isosurface rendering modes in the Ray Tracer ensure compatibility for data which 
is also viewed using other renderers. The Ray Tracer offers further isosurface modes:
ɸ
Matte: for a non-reflective surface. 
ɸ
Metal: gives the surface properties similar to that of metal, surfaces are shiny and may 
reflect properties of the surrounding scene, for example the color of the floor.
ɸ
Glass: generates a surface which mimics the properties of glass. Objects can be given a 
high degree of transparency and there may be some reflection. Surfaces will be shiny.
ɸ
Use the slider controls to control the brightness, density and black level of the rendered 
image. 
ɸ
Brightness: alters the brightness of the rendered voxels. A multiplication factor is applied 
to the intensity values of the voxels. Moving the slider to the left reduces the brightness, 
moving it to the right increases brightness.
ɸ
Density: alters the density of the rendered voxels. This affects how much can be seen 
through the structure. Denser voxels do not allow signal from the objects behind to pass 
through to the screen image. Moving the slider to the right increases voxel density, moving 
it to the left decreases density.
ɸ
Black Level: sets a value at which voxels of that intensity or lower will not be rendered. 
The remaining data is rescaled across the full display range of the screen. When choosing 
an appropriate black level, it may help to change the background color of the Rendering 
view. Choose View Options... from the Image menu and choose a different color for the 
background (a lighter color usually helps the process). When the background color has 
been changed a dark area may be visible around the rendered object. Adjust the black 
level until this darkness is removed.
Leaving the cursor over any of the Renderer Controls momentarily brings up a tip showing their 
current values.
Select this tool and click in the view, move the light position control. Ray tracing has the ability to cast 
shadows within the data and on the floor of the scene. It may be necessary to change the floor color to 
best show shadows on the floor. Do this using the View Options... dialog selected from the Image 
menu.
Switching views during tracing will cause the image to be lost and it will have to be traced again.
Note: The Ray Tracer does not currently support measurements feedback display or drawing of the 
scale grid in the Image view.
Reference Channels in 3D Ray Tracer
3D Ray Tracer mode supports the visualization of single plane reference channels within the volume. 
Reference channels will be shown at a single plane with a white outline in the position at which they 
were acquired.
Reference channels are 2D and are therefore rendered in a different way to 3D channels. There is no 
renderer mode (Fluorescence, Brightfield, Isosurface, Max Intensity).  Slider controls in 3D Ray Tracer 
are otherwise the same as for 3D channels.
.NET Multipage TIFF SDK| Process Multipage TIFF Files
SDK, developers are easily to access, extract, swap, reorder, insert, mark up and delete pages in any multi upload to SharePoint and save to PDF documents.
change page order in pdf reader; how to reorder pages in pdf reader
C# Word: How to Create Word Document Viewer in C#.NET Imaging
in C#.NET; Offer mature Word file page manipulation functions (add, delete & reorder pages) in document viewer; Rich options to add
how to rearrange pages in pdf using reader; how to reorder pages in pdf file
Volocity Visualization
September 2011  226
Imaging Computing Server
3D Ray Tracing may be accelerated using the Imaging Computing Server (ICS) to process the 
component tiles of the image.  The data set is sent to each node of the ICS and Volocity requests 
processed tiles back.
3D Slice
The XY plane in which the images from a sample have been acquired may not always provide the 
best presentation of the structures being examined. It may be desirable to re-slice the image data in a 
different orientation in order to get the required view. 3D Slice and associated tools allow the reslicing 
of data sets in any chosen rotation of X, Y and Z.
3D Slice mode does not support tiled channels.
Before reslicing data ensure that the X, Y, and Z calibrations are correct in the item properties dialog,
Enter Values to Set Slicing Orientation
You may either enter values for the X, Y, and Z values or use the buttons to step up and down. In 
order to achieve all possible orientations of the slice, the rotation should be considered to be first 
around the X axis, then around the new Y axis and finally around the new Z axis.
Use Preset Slicing Orientation
1. Click the Preset buttons to immediately set an XY, XZ or YZ slicing orientation.
2. When a slice orientation has been chosen, use the depth slider to the right of the view to see the 
slice moved through the volume. A tooltip for the slider will show the depth through the volume in 
microns. This value requires accurate calibration of the volume in the Properties dialog
3D Slice
227    PerkinElmer          
Slice moved to XZ orientation
Slice moved to YZ orientation
Tools to Set Slicing Orientation
Rotate Slice, shortcut key, S.
The volume remains stationary and the slice is moved. The data shown in the slice will, therefore, be 
updated to show the changes in the slice.
Volocity Visualization
September 2011  228
The slice may be rotated through 360 degrees about all axes. A preview of the slice may be displayed 
in the top right-hand corner, select Show Preview from the Image menu. 
Rotate Volume, shortcut key, V.
Use this tool to rotate about the current slice (it is the v
olume that is rotated).
Image Menu
229    PerkinElmer          
The slice remains stationary and the volume is moved. The data shown on the slice will update as the 
volume is moved through it. This tool can be used to allow constant viewing of the slice face while still 
changing the slice orientation.
When a slice orientation has been chosen, use the depth slider to the right of the view to see the slice 
moved through the volume. A tooltip for the slider will show the depth through the volume in microns. 
This value requires accurate calibration of the volume in the Properties dialog.
Channel Controls and Time Navigation
Channel controls and time navigation are used with the slice view in the same way as for any other 
mode of the image view.  If they are not visible select Image menu, Show Channels or Show Time 
Navigation.
Show Preview
Choose Show Preview to preview new slices that would be created, if the volume were to be sliced 
according to current settings. The slice preview is updated with the current slice when the depth slider 
is moved. Choose Hide Preview to remove the preview pane from the top right-hand corner of the 
Slice View.
To Create Data with New Slicing Orientation
Reslice Image from the Image menu creates a new volume or image sequence with each slice at the 
new orientation. The volume will typically be larger than the original. Any offset slices will be drawn 
around to avoid cutting off data.
Resliced volumes are interpolated using tri-cosine interpolation so that each axis has the same 
calibration as the highest resolution axis in the original data. Calibration will be changed accordingly. 
The overall dimensions of the data set will not change and calibrated measurements, such as the 
volume in square microns, will be the same. Non-calibrated measurements, such as voxel counts, will 
not be the same as the original data.
ɸ
Calibrate data before slicing; corrections on sliced data will not be easy to calculate.
ɸ
Rendered views of sliced and unsliced data will look identical.
ɸ
The mean intensity of objects will not be changed. Individual voxels may have altered 
intensity values because of interpolation.
ɸ
Reslice Image to Folder creates a folder of images at the new slicing orientation.
Capture Snapshot 
This option adds a new 2D image to the library showing the view as it appears when the snapshot is 
captured. 
Show/Hide Floor, Scale, Orientation 
These options change the display of the Slice View. It is possible to show a scale grid and orientation 
tool as in the Rendering View.
View Options 
These options change the color of the scale grid and Slice View background to clearly display data.
Reference Channels in 3D Slice
Reference channels are single  images within a 3D data set.  3D Slice mode shows the reference 
image only at the z location where it exists.  Depending on the orientation of the slice and the position 
in z of the current view point a reference image may not be visible.
Image Menu
Commands found in the Image menu, of particular reference to Volocity Visualization, are described 
here. These include controls that allow you to show/hide elements of the view and to apply special 
effects. 
Mode
Allows selection of how the data is viewed in the Image view.  The options added by Volocity 
Visualization are:
ɸ
3D Opacity
Volocity Visualization
September 2011  230
ɸ
3D Ray Tracer
ɸ
3D Slice
The mode is also set using the popup in the tool bar.
Stereo
This option allows selection of a stereo mode of viewing which will generate the image so that it is 
viewed with specialized glasses to emphasize the 3D appearance. 
Show/Hide Channels, Bookmarks, Movie, Time Navigation
These are parts of the view that may or may not be used depending on the work that you are doing 
therefore you may wish to hide them from view to give more space to the image.  Channel controls 
and Time Navigation are shown by default.  Bookmarks and Movie will need to be shown when they 
are first required.
Capture Snapshot
This option creates a 2D image of the view as it currently appears. This image may then be exported.
Create QTVR Movie...
This option creates a specialized movie which can be viewed using a QuickTime player. Rather than 
playing back frames through time, different orientations of the view are captured and viewers of a 
QTVR movie may manipulate the object themselves within the limits of range of movement set when 
making the movie. QuickTime must be installed on the system for this option to be available.
Show/Hide Scale
Scale is shown using a grid behind the object. The grid moves to stay behind the object as it is 
rotated. The distance represented by each square in the grid, the calibration information, is shown in 
the bottom right corner of the screen.
Use the Scale tab in the View Options... dialog to change the color of the scale grid and switch 
calibration information on or off.
Show/Hide Floor
A floor is shown below the object in the 3D View to emphasize the orientation of the object. Hide 
Floor becomes Show Floor when the floor is not visible. Use the View Options... to change the 
position and appearance of the floor.
Show/Hide Orientation
Orientation is a marker to identify x, y, and z axes. This multi colored pointer is shown in the bottom 
left hand corner of the view
Show/Hide Time
Select Show Time from the 3D menu to display the volume timestamp. Change the color of the 
timestamp or frame time in the View Options.
Always Show Ball
This option always displays the graphical ball which is used to move the object around in the view.
Reset View
This option resets the orientation of the object to the default position applied when the data is first 
seen in the 3D View.
View Options
Use the View Options... command to change the setup of the 3D View. The dialog is tabbed for 
different settings.
In the General tab change the background and/or floor color. Using different colors for these can 
improve the visibility of details in the data being rendered. Floor position and also pattern can be 
changed. The 3D Scale tab changes how the scale grid is drawn.
Documents you may be interested
Documents you may be interested