c# show a pdf file : How to reverse pages in pdf control application system web page html wpf console VolocityuserGuide24-part779

Measuring a Single Timepoint
241    PerkinElmer          
Volocity Quantitation Worked Examples
Overview
Volocity Quantitation is a separate product in the Volocity family.  Volocity Quantitation is designed to 
identify biological structures automatically. These can then be measured and tracked in 2D, 3D and 
4D.  Results may be analyzed for trends and charted. Volocity Quantitation is an individual product 
and must be purchased separately. 
Volocity Quantitation provides a powerful, easy-to-use interface that allows the user to build up 
protocols of measurement tasks and then view the feedback as an overlay on the original image and 
view a table of measurements – all from the same Measurements view.
The Measurements view provides all the tools required to identify objects and make a variety of 
measurements from those objects. Measurements made in the Measurements view can also be 
stored as a new item in the library by using Make Measurement Item... in the Measurements menu.
To assist users wishing to start working immediately, five worked examples are provided describing 
common applications using Volocity Quantitation:
ɸ
Measuring a Single Timepoint.
ɸ
Measuring Multiple Timepoints .
ɸ
Measuring Multiple Image Sequences.
ɸ
Measuring and Tracking Multiple Timepoints
ɸ
Colocalization
For more detailed information on the tasks and tools available in Volocity Quantitation refer to Volocity 
Quantitation Reference.
Measuring a Single Timepoint
The process has three stages:
ɸ
Creating the Measurement Protocol
ɸ
Storing Measurements in a Measurement Item
ɸ
Viewing the Results
To obtain correct values for calibrated spatial measurements, it is important to ensure that the data is 
calibrated correctly by setting the X, Y and Z pixel dimensions in the Properties dialog.
Creating the Measurement Protocol
1. Open the required data set and view the Measurements tab. The Measurements View contains all 
the tools and information needed for selecting objects.
1. Start the protocol by dragging the Find Objects into the top pane.
Drag tasks to 
this pane to 
make 
measurements 
Image preview 
will show 
feedback as 
measurements 
are made
Measurement 
protocol tasks
How to reverse pages in pdf - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
rearrange pages in pdf reader; how to reorder pdf pages in
How to reverse pages in pdf - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
change page order in pdf online; reorder pages in pdf
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  242
2. The population is given a default name, replace it with a more descriptive name
3. Select the color that you want to represent the population from the color selector to the right of the 
Population field.
The population will be shown as a colored overlay in the image preview.
4. Click measure in the footer of the Find Objects task to open a secondary dialog where you can 
select the measurements to be made
.
5. Click OK.
6. If the selected objects are not automatically shown, select Update Feedback from the 
Measurements menu. To update feedback automatically after any change to the protocol turn on 
Automatically Update Feedback in the Measurements menu.
7. If too many, or too few, objects have been selected you may need to make adjustments to the 
protocol.
ɸ
Find Objects. Objects will be found if they are brighter than the minimum intensity set by 
the task. Drag the red bars to include more or fewer voxels. Click on the cog icon on a task 
in the protocol to access the secondary dialog for the task.
C# Word: How to Use C# Code to Print Word Document for .NET
document pages in original or reverse order within demonstrates how to print defined pages of Word powerful & profession imaging controls, PDF document, image
move pages in pdf acrobat; reverse page order pdf online
Viewing the results
243    PerkinElmer          
This dialog shows a larger histogram and value entry fields for more precise setting of threshold 
values Modify the Selection. It may be necessary to remove noise from the selection to avoid 
selecting voxels that are not relevant to the objects required. Add a Remove Noise From Objects 
task to the protocol and select the size of filter to be applied.
ɸ
Minimum Object Size. Adjust the minimum size to exclude objects that are too small to be 
of interest.
ɸ
Exclude Objects Task.  Use tasks from the modify list of options to exclude based on 
other characteristics.
8. Adjust the protocol, as required, until the preview shows the required selection. 
9. If you wish to save the protocol for future use, select Save Protocol... from the Measurements 
menu.
Storing Measurements in a Measurement Item
The measurements visible in the Measurements View are present because a protocol is active.. As 
soon as the protocol is changed the measurements will change. To store measurements and work 
with them further, you must create a Measurement item.
1. Select Make Measurement Item... from the Measurements menu.
2. Select to make a new measurement item.
3. Enter a name for it, or add these measurements to an existing table, which may be made from the 
same data or from different data. Measurement items may combine measurements from different 
sources.  Measurements may be made all on timepoints or selected timepoints.  If no timepoints 
are selected the current timepoint is measured.
4. Click OK.  
A progress bar may be shown on screen while the measurements are being taken. A new item will be 
added to the library.
Viewing the results
1. Double click the Measurement item.
2. The Raw view shows the table of numbers.
3. Each population is shown in its own page in the table.
This table may be sorted, re-organized and filtered. 
If required, the measurements may be exported as tab or comma-delimited text. To do this, display 
the Raw View and select Export... from the File menu.
Measuring Multiple Timepoints 
The process has three stages:
1. Creating the Measurement Protocol.
2. Storing Measurements in a Measurement Item
3. Viewing the Results
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  244
To obtain correct values for calibrated spatial measurements, it is important to ensure that the data is 
calibrated correctly by setting the X, Y and Z pixel dimensions in the Properties dialog,   
Creating the Measurement Protocol
1. Open the required data set and view the Measurements tab. The Measurements View contains all 
the tools and information needed for selecting objects..
2. Start the protocol by using a task such as Find Objects task.
3. The population is given a default name, replace it with a more descriptive name
4. Select the color that you want to represent the population from the color selector to the right of the 
Population field. 
The population will be shown as a colored overlay in the image preview.
5. Click measure in the footer of the Find Objects task to open a secondary dialog where you can 
select the measurements to be made
.
6. Click OK.
7. Select the cog on the Find Objects task to open a dialog box.
8. Select SD or Percentage from the Threshold drop-down menu.  These thresholding methods do 
not use absolute intensity values and are, therefore, better suited to data where the range of 
intensity values does not remain constant. If the dataset contains more than one channel, make 
sure the channel containing the objects required is selected in the task.
9. Click OK.
ɸ
Adjust the protocol, as required, until the preview shows the required selection.
Drag tasks to this 
pane to make 
measurements 
Image preview will 
show feedback as 
measurements are 
made
Measurement 
protocol tasks
Measuring Multiple Timepoints 
245    PerkinElmer          
Storing Measurements in a Measurement Item
The measurements visible in the Measurements view are present because a protocol is active in the 
Measurements view. As soon as the protocol is changed, the measurements will change. To store 
measurements and work with them further, you must create a Measurement item.
1. Select Make Measurement Item... from the Measurements menu.
2. Select to make a new Measurement item and enter a name for it, or add these measurements to 
an existing table, which may be made from the same data or from different data. Measurement 
items can combine measurements from different sources.  Measure all timepoints or a selected 
subset of timepoints.
3. Select All timepoints.
4. Click OK.  
A progress bar may be shown on screen while the measurements are being made. A new 
measurement item will be added to the library.
Viewing the Results
1. Double click the Measurement item to open the Raw View showing the table of numbers.
This table may be sorted, re-organized and filtered. .
If required, the measurements may be exported as tab or comma-delimited text.
2. Display the Raw View.
3. Select Export... from the File menu.
The Analysis View may be used to show relationships of data over time, for example the mean 
intensity of measured objects for each timepoint. 
4. Click on the Analysis tab and select Analyze... from the Analysis menu.
5. Select the appropriate population from the Restrict Analysis to  drop-down menu.
The data of interest is the mean intensity for each object.  Therefore select the column heading for the 
mean intensity of the channel of interest in Analyze these data:
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  246
There are several objects per timepoint, so Summarized by: Mean will find the mean of the value for 
each object.  Organize the data by: Row set to Timepoint 
The Analysis view now shows a table with the mean of the mean intensities arranged in rows 
according to timepoint.
Measuring Multiple Image Sequences
247    PerkinElmer          
This can easily be plotted as a chart by clicking on the Chart tab.There are many different chart types 
and options to configure the appearance of the chart, accessed by clicking on the Chart Setup button 
or selecting Edit Chart... from the Chart menu.
Measuring Multiple Image Sequences
Volocity supports batch processing of image sequences. One Measurements protocol is applied to 
multiple selected sequences and the results are collected in a single Measurements item.
The process has four stages:
ɸ
Creating the Measurement Protocol
ɸ
Save the protocol.
ɸ
Apply the Protocol to Selected Sequences.
ɸ
Review the results.
If you have a saved Measurements protocol that you would like to apply to multiple image sequences, 
refer to “Measuring Multiple Image Sequences” on page 247.. Otherwise, you must first create a 
protocol by opening one of the image sequences that you will measure and viewing the 
Measurements tab.
To obtain correct values for calibrated spatial measurements, it is important to ensure that the data is 
calibrated correctly by setting the X, Y and Z pixel dimensions in the Properties dialog.
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  248
Creating the Measurement Protocol
1. Open the required data set and view the Measurements tab. The Measurements View contains all 
the tools and information needed for selecting objects.      
2. Start the protocol by dragging the Find Objects into the top pane.
3. The population is given a default name, replace it with a more descriptive name
4. Select the color that you want to represent the population from the color selector to the right of the 
Population field.
The population will be shown as a colored overlay in the image preview.
5. Click measure in the footer of the Find Objects task to open a secondary dialog where you can 
select the measurements to be made
.
6. Click OK.
7. If the selected objects are not automatically shown, select Update Feedback from the 
Measurements menu. To update feedback automatically after any change to the protocol, turn on 
Automatically Update Feedback in the Measurements menu.
8. If too many or too few objects have been selected you may need to make adjustments to the 
protocol.
Drag tasks to this 
pane to make 
measurements 
Image preview will 
show feedback as 
measurements are 
made
Measurement 
protocol tasks
Measuring Multiple Image Sequences
249    PerkinElmer          
9. Adjust the protocol, as required, until the preview shows the required selection.
10. Select Save Protocol... from the Measurements menu.
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  250
Apply the Protocol to Selected Sequences
In the Library View select the items to be batch processed.
1. Select Measure... from the Tools menu.
2. Select the protocol to be applied to the selected items from the drop-down menu, which lists all 
saved protocols by name.
3. Either, select Store the measurements in a new measurement item called: and enter a name 
for the Measurement item that will contain all the measurements made by the selected protocol on 
the selected items. Or, select Add the measurements to this existing measurement item: and 
choose from the measurement items that already exist in the library. In this case, all the 
measurements from all the selected items will be added to the measurements already in the table.
4. For each task in the protocol that operates on a specific channel (i.e. the Protocol dialog contains 
a drop-down for channel selection when the task is configured), there will be an entry under Apply 
the protocol’s tasks to these channels: The drop-down lists the unique channel names found 
within the selected items. Channels with the same name will all be processed.
5. Select the correct channel for each task in the list.
6. Click OK.
A progress bar is shown as each of the selected items is measured with the protocol and the 
Measurement item is created.
7. Double-click the Measurement item to view the Raw View of all the measured objects.
8. To perform further analysis of this large amount of data, go to the Analysis tab and select Edit 
Analysis... from the Analysis menu.
Documents you may be interested
Documents you may be interested