c# show a pdf file : How to rearrange pdf pages reader software Library project winforms .net html UWP VolocityuserGuide25-part780

Measuring and Tracking Multiple Timepoints
251    PerkinElmer          
9. To show the changing mean intensity over time, the Analysis dialog could be configured as 
Organized by: Column: Item Name will organize the data according to the name of the image 
sequence. Since Item Name is selected for Column in the table, these will become individual series in 
a chart allowing us to visually compare the data sets.
10. Click the Chart tab to view the chart. The default chart type is a bar chart. 
11. Select Edit Chart... from the Chart menu to change the chart type. The following example shows 
a line chart.
Measuring and Tracking Multiple Timepoints
Volocity’s unique time-based measurement architecture allows you to measure and track biological 
objects as they move in time in both 2D and 3D. 
Tracking uses the centroid measurement for each object to identify whether objects have moved 
between timepoints. It does not use any of the other measurements.
The process has three stages:
Creating the Measurement Protocol
Adding a Tracking Task to the Protocol
How to rearrange pdf pages reader - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
how to move pages within a pdf document; how to move pages in pdf acrobat
How to rearrange pdf pages reader - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
pdf reverse page order; reordering pdf pages
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  252
Viewing the Results
Creating the Measurement Protocol
1. Open the required data set and view the Measurements tab. The Measurements View contains all 
the tools and information needed for selecting objects .
2. Start the protocol by dragging the Find Objects into the top pane.
3. The population is given a default name, replace it with a more descriptive name
4. Select the color that you want to represent the population from the color selector to the right of the 
Population field.
The population will be shown as a colored overlay in the image preview.
5. Click measure in the footer of the Find Objects task to open a secondary dialog where you can 
select the measurements to be made
6. Click OK.
7. If the selected objects are not automatically shown, select Update Feedback from the 
Measurements menu. To update feedback automatically after any change to the protocol, turn on 
Automatically Update Feedback in the Measurements menu.
Drag tasks to 
this pane to 
Image preview 
will show 
feedback as 
are made
protocol tasks
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
C# TIFF - Sort TIFF File Pages Order in C#.NET. Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview.
how to move pages around in pdf file; pdf change page order acrobat
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
you want to change or rearrange current TIFF &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
move pages in a pdf file; how to move pages within a pdf
Measuring and Tracking Multiple Timepoints
253    PerkinElmer          
8. Make adjustments to the protocol If too many or too few objects have been selected. .
You should check the protocol on a number of different timepoints before storing the measurements. 
This saves time and avoids making unnecessary measurements.
9. Set up the protocol, then use the Time Navigation controls to move between timepoints. Stop at 
intervals and Automatically Update Feedback will apply the protocol to the new timepoint.  If the 
protocol is not applied when the timepoint changes, select  Update Feedback from the 
Measurements menu.
You can then see the effect on the Image View and adjust the protocol for a number of timepoints to 
obtain the best fit.
Adding a Tracking Task to the Protocol
1. To make the protocol track object centroid position when more than one timepoint is measured, 
add the Track task to the protocol.  
The Track task will always go to the bottom of the list of tasks in the protocol. It is not possible to add 
it between other tasks or to add other tasks after it.
2. Click the cog icon on the Track task in the protocol pane to access the secondary dialog for the 
Track task. 
3. Select the appropriate options. For this example, we will select the Shortest Path and allow 
Volocity to calculate the Maximum distance between objects automatically.
4. Click OK. This will close the dialog.
Tracking will only be carried out if all timepoints are being measured. Either turn on Measure All 
Timepoints in the Measurements menu to see tracking in the Measurements View, or select Make a 
Measurements Item in the Measurements menu and ensure Measure: All timepoints is selected; 
VB.NET PDF File & Page Process Library SDK for vb.net, ASP.NET
page directly. Moreover, when you get a PDF document which is out of order, you need to rearrange the PDF document pages. In these
rearrange pages in pdf online; how to reverse page order in pdf
C# PowerPoint - How to Process PowerPoint
pages simply with a few lines of C# code. C# Codes to Sort Slides Order. If you want to use a very easy PPT slide dealing solution to sort and rearrange
change pdf page order preview; how to rearrange pdf pages reader
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  254
this makes a Measurements item that contains tracks.  New measurement items are added to the 
bottom of the library.
5. When all timepoints are measured Volocity will apply the protocol to all the timepoints and track 
the centroid positions of the objects found. The Measurements table will show all the objects 
found in each timepoint and the tracks made from them. Select individual tracks to check and 
adjust the Track Objects task, if necessary.
Viewing the Results
1. Open the Measurement item created by the steps above.
The Raw table shows objects found in each timepoint and the tracks made from them with 
measurements relevant to each.
2. To see only tracks, select the Tracked Population page of the table..
3. Click directly on the Chart tab to show the tracks as plots of centroid position.
VB.NET Word: How to Process MS Word in VB.NET Library in .NET
well programmed Word pages sorter to rearrange Word pages in extracting single or multiple Word pages at one & profession imaging controls, PDF document, image
how to rearrange pages in pdf document; reorder pages in pdf reader
Process Images in Web Image Viewer | Online Tutorials
used document types are supported, including PDF, multi-page easy to process image and file pages with the deleting a thumbnail, and you can rearrange the file
reorder pdf pages in preview; pdf reverse page order preview
255    PerkinElmer          
4. Select Edit Chart... from the Chart menu to change the type of chart and customize many 
features of its appearance.
The compartmentalize task is used to define relationships between populations, and perform 
measurements on a per compartment basis.  Compartments can be formed from whatever you are 
interested in, such as, cells, nuclei, embryos, or zebrafish.  The compartmentalize task allows you to 
divide populations between compartments, to perform a count of contained objects per compartment, 
or to measure the mean distance between objects within each compartment. 
Using the compartmentalize task
1. Create at least two populations of objects.  You may work with as many populations as you wish. 
2. Add a Compartmentalize task to the end of your protocol.
3. Divide contained populations between the compartments.
4. Click on the Compartmentalize task cog.
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
page will teach you to rearrange and readjust amount of robust PPT slides/pages editing methods and powerful & profession imaging controls, PDF document, image
reorder pages in a pdf; how to reorder pdf pages
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  256
5. In the dialog that opens define the containing relationship.  
6. A count of the number of contained objects is added to the compartment population’s page in the 
measurements table.
A new page is added to the measurements table in which compartments are organized with their 
contained objects.
Viewing the Results
Measure Distances
The “Measure Distances” task allows you to automatically measure the distance between the 
members of a population and all of the members of a second population.   
Measure Distances
257    PerkinElmer          
1. In order to use the measure distances task, you must have first found at least two populations.
2. Add a measure distances task to the protocol.
3. Select the population that you wish to measure from, and the population that you wish to measure 
to in the drop-down menus.
4. Click on the Measure Distances task cog.
5. In the dialog that opens, you can choose to measure from the centroids, or the edges of each 
6. Distance measurements will be added to the page in the measurements table of the population 
that you chose to measure from
7. Select Make Measurement Item... from the Measurements menu.
Viewing the Results
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  258
Measure Distances within compartments
Distances measurements can be confined to compartments such as cells and nuclei.
1. In order to make measurements on a per compartment basis, you must have found at least two 
populations.  One of the populations must be a “compartment” population such  as cells or nuclei, 
at least one population must be contained within the compartments.
2. Add a compartmentalize task.
3. Divide contained populations between the compartments.
4. Add a Measure Objects task.
5. Select the population that you wish to measure from, and the population that you wish to measure 
to in the drop down menus.
6. Click on the Measure Distances cog.
7. In the dialog that opens, you can choose to measure from the centroids, or the edges of each 
259    PerkinElmer          
8. Distance measurements will be added to the page in the measurements table of the population 
that you chose to measure from.  The measurements will be restricted to the compartments.  The 
distance to the nearest and furthest object that are in the same compartment will be found.  
9. Select Make Measurement Item... from the Measurements menu.
10. Open the measurement item.
11. Select the Analysis tab.
12. Set Restrict Analysis to: to the population that you measured from. 
13. Set Analyze these data: to either the minimum, maximum or mean distance.
14. Set Summarized by: to Mean.
15. Set Row: to Compartment object ID.
16. Click OK.
17. The Analysis table now shows mean distance per compartment.
Colocalization is part of the Volocity Quantitation product and is designed specifically for quantitative 
analysis of colocalization as described by Manders et al (1993), Costes et al. (2004) and Barlow et al. 
Using the Colocalization View
1. Open the image sequence containing the two channels to be analyzed. The two channels must be 
the same color depth. It is easier to visualize colocalization if each channel has a different color. 
Colocalization does not operate on single volumes. 
2. Select the Colocalization tab. Set Channel X and Channel Y using the drop-downs at the top of 
the screen
3. Set thresholds.
4. Draw a region of interest on the Preview using the ROI tool.
5. Select Set Thresholds from ROI from the Colocalization menu. 
6. Enter the required values manuallyinto the Threshold Maximum and Minimum boxes for each 
channel or drag the slider controls on the scatter plot. 
7. Select Automatic Thresholding from the Colocalization menu to generate thresholds 
If thresholds are not set, voxels where both images show background intensity levels will contribute to 
the generation of colocalization statistics, this may make your channels appear to have a better 
correlation coefficient than is actually the case. 
Colocalized voxels are shown in an overlay on the preview.
1. Create the colocalization output.
Volocity Quantitation Worked Examples
September 2011  260
2. Select Generate Colocalization from the Colocalization menu and choose the required output. 
Viewing the Results
Documents you may be interested
Documents you may be interested