c# show a pdf file : How to reorder pdf pages application SDK utility azure winforms windows visual studio VolocityuserGuide26-part781

Measurements View
261    PerkinElmer          
Volocity Quantitation Reference
Overview
This is the reference chapter for Volocity Quantitation. For worked, step-by-step examples on 
measuring and analyzing data at a single timepoint and at multiple timepoints refer to Volocity 
Quantitation Worked Examples. 
Information is divided into:
ɸ
Measurements View
ɸ
Using the Drawing Tools
ɸ
Drawing Regions Using ROI Tools
ɸ
Kymograph
ɸ
Object Feedback
ɸ
Creating Populations
ɸ
Measurement Tasks
ɸ
FRAP Analysis
ɸ
FLIP Analysis
ɸ
Ratio Analysis
ɸ
FRET Analysis
ɸ
Viewing the Results
Measurements View
1. To measure objects, they must first be identified. The Measurements View provides all the tools 
required to identify objects and make a variety of measurements from those objects. Use the 
Region of Interest drawing tools to manually draw around objects, see Drawing Regions Using 
ROI Tools, or automatically detect objects by creating a measurement protocol using the 
Measurement Protocol tasks.
Image View
This is an Image view within the Measurements view. Image view mode may be changed to the option 
most useful when selecting objects using the popup. Options for showing overlays and additional 
Drag tasks to 
this pane to 
make 
measurements 
Image preview 
will show 
feedback as 
measurements 
are made
Measurement 
protocol tasks
How to reorder pdf pages - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
how to rearrange pdf pages in preview; pdf rearrange pages
How to reorder pdf pages - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
reorder pdf pages; move pages in pdf file
Volocity Quantitation Reference
September 2011  262
information in the Measurements menu allow you to configure this view in the same way as you would 
configure the Image View.
Measurements and Histogram
The Measurements table provides numerical information about the objects found in the image directly 
above it. This numerical information is only shown for objects that are selected in the image either by 
a user-drawn ROI or a measurements protocol.
1. Click on the Histogram tab to display the numerical information as a simple histogram, one 
column from the table at a time. Use the histogram to find patterns in a selected item property.
2. Choose the data to be shown from the drop-down list of those available.
Using the Drawing Tools
Any ROIs, Lines, or Points that are added to an image will be organized into populations. Each 
population created will be shown as a separate page in the measurements view.  These populations 
can also be used as a basis to form new populations. 
For more information see:
ɸ
Drawing Lines with the Line Tool
ɸ
Setting Up the Line Tool
ɸ
Point Counting with the Point Tool
Drawing Lines with the Line Tool
Lines are used to measure distances for example between two structures or along the length of a 
boundary. 
Note: When attempting to draw a line the Shift key must be pressed.
The total length of the line and an intensity profile are displayed as the line is drawn. Turn off this 
display in the View Options... dialog found in the Measurements menu.
Once drawn, you can move the points along lines. To do this the line tool must be selected and the 
cursor moved over the lines. The cursor changes shape over a control point indicating that you can 
grab and move it. 
To delete part of a line double click on a control point to highlight that section of the line and use the 
Backspace (Mac OS) or Delete (WINDOWS) key. To delete all the lines active on the view, use the 
Select None command in the Edit menu.
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview. Reorder TIFF Pages in C#.NET Application.
pdf change page order online; reorder pdf page
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
just following attached links. C# PDF: Add, Delete, Reorder PDF Pages Using C#.NET, C# PDF: Merge or Split PDF Files Using C#.NET.
how to move pages around in a pdf document; how to move pages in pdf files
Using the Drawing Tools
263    PerkinElmer          
As lines are drawn automatic feedback updates the table below the image to show the measured 
lengths, with each line being added to a population “Lines”, which is given its own page. 
When working with 3D data the XYZ mode of the image will allow accurate positioning of the points 
joined by the line. Use any part of the view to mark and reposition points.
Line measurements are also shown in the table below the Image View. Export this table as a text file 
by selecting Export... from the File menu and selecting one of the options for exporting the view rather 
than the item. Save this table in the library by selecting Make Measurement Item... from the 
Measurements menu.
Setting Up the Line Tool
Volocity will automatically assign a different color for each line or you can specify a color.  Next to the 
Line tool in the tool bar is an arrow.  Click here to display the color picker dialog. Choose one of the 
displayed colors or specify a color.  Choose Automatic to return to colors assigned by Volocity. Note 
how the line tool reflects the color selected. 
Point Counting with the Point Tool
Use the Point tool to count objects in the image. Select the Point tool and click on objects of interest in 
the image.  For each click a point is marked on the image.  These points are added to a population 
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
Sort and Reorder PowerPoint Slides Range with VB amount of robust PPT slides/pages editing methods powerful & profession imaging controls, PDF document, image
move pages within pdf; reverse pdf page order online
VB.NET PDF: Create PDF Document Viewer in C#.NET for Document
Support navigating to the previous or next page of the PDF document; Able to insert, delete or reorder PDF document page in VB.NET document viewer;
rearrange pages in pdf file; change pdf page order online
Volocity Quantitation Reference
September 2011  264
“Points”, which is given its own page. The points are numbered and the numbering increases by one 
with each click.
ɸ
Count two groups of objects in the same image using the color of the points. Specify a new 
color and therefore new group.
ɸ
Next to the Point tool in the tool bar is an arrow.  Click here to display the color picker 
dialog. Choose one of the displayed colors or specify a color.  
ɸ
Choose Automatic to return to colors assigned by Volocity. A new color will start a new 
count at one.
ɸ
To delete a point, click on it to highlight it and use the Backspace (Mac OS) or Delete 
(Windows) keys. Other points of the same color will be renumbered.  
ɸ
To clear all points on the screen go to Edit menu, Select None.
ɸ
For each point, a row is shown in the table below the image preview. The position of the 
point as X, Y and Z coordinates is stored. All points of the same color are assigned the 
same population ID. 
ɸ
Select Export... from the File menu to export this table as a text file. 
ɸ
Select Make Measurement Item... from the Measurements menu to save this table as an 
item in the library.
Drawing Regions Using ROI Tools
Use these tools to draw a region of interest. The selected area will be outlined with "marching ants", a 
moving outline. Each object (i.e. contiguous block of voxels) within the ROI will be assigned a different 
color. Regions of interest are shown in the Image View using a colored overlay. Select View 
Options... from the Measurements menu to change this.
Measurements that are based on “ROIs” are added to a population “ROIs”, which is given its own 
page within the measurements table. 
For each object a row is shown in the table below the image preview. Some default morpholocigal and 
intensity information for each object is stored. 
ɸ
Select Export... from the File menu to export this table as a text file. 
C# PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in C#.net
page, it is also featured with the functions to merge PDF files using C# .NET, add new PDF page, delete certain PDF page, reorder existing PDF pages and split
reorder pages in pdf document; move pages in a pdf
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
Users can use it to reorder TIFF pages in ''' &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to move pages in pdf converter professional; pdf rearrange pages online
Drawing Regions Using ROI Tools
265    PerkinElmer          
ɸ
Select Make Measurement Item... from the Measurements menu to save this table as an 
item in the library.
For more information see:
ɸ
Setting Up the Lasso Tool
ɸ
Setting Up the Magic Wand 
ɸ
Setting up the ROI Stamp Tool
ɸ
Working with ROIs 
ɸ
Target Channel
ɸ
Working with Regions
Setting Up the Lasso Tool
Double-click on the Lasso Tool in the tool bar to display a dialog in which you may adjust the 
Tolerance of the selection.
Setting Up the Magic Wand 
Double click on the Magic Wand tool to display the Setup dialog. 
Shortcut key R
The Rectangular ROI selection tool allows you to draw rectangles or squares. 
Rectangular and Circular ROIs many be adjusted in size using the control 
points.
Shortcut key F
The Freehand tool allows you to make a freehand selection of an area on the 
image.
Shortcut key S
The Lasso tool allows you to trace the outline of a selection. It selects regions 
based upon the color similarities of adjacent pixels. The initial point clicked sets 
the color to compare and the tool has the effect of shrinking around the pixels 
that fall outside of the tolerance value.
Shortcut key W
The Magic Wand tool has the effect of expanding the selection outwards from 
the original pixel clicked on until the threshold set by the Setup Magic Wand is 
reached.
VB.NET PDF: VB.NET Guide to Process PDF Document in .NET Project
It can be used to add or delete PDF document page(s), sort the order of PDF pages, add image to PDF document page and extract page(s) from PDF document in VB
reorder pdf pages online; change page order in pdf online
.NET Multipage TIFF SDK| Process Multipage TIFF Files
SDK, developers are easily to access, extract, swap, reorder, insert, mark up and delete pages in any multi upload to SharePoint and save to PDF documents.
how to rearrange pdf pages in preview; reorder pages in a pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  266
Note: If you are trying to isolate regions of interest from background data, it may be easier to use the 
Wand tool to select the background, use the All objects criterion and then apply the Reverse 
Selection command in the Actions menu.
Filter out noise in the selection will apply a 3x3x3 median filter. This will remove very small objects 
that are often described as noise and can add significantly to the time taken to make the 
measurement.
Setting up the ROI Stamp Tool
Double click on the ROI Stamp Tool to display the Setup dialog.
The size of the ROI may be set in pixels or micrometers. An ROI size set by micrometers will vary in 
the number of pixels depending on the calibration of the item.
Working with ROIs 
ROIs created by any of the methods listed above may be moved, using the cursor or keyboard arrow 
keys.
1. Click on an ROI to select it.  A selected ROI is indicated by a highlighted bounding box.  The 
highlight colour is determined by the system.  Shift and click multiple ROIs to select them all.  
Operations available from the Edit>ROI menu are then available to merge, subtract or intersect 
selected ROIs.
2. Hold the Ctrl (Windows) or Cmd (Mac OS) key to draw an ROI within the bounds of an existing 
ROI.
3. Click once outside an ROI bounds to deselect it, click again to clear it.
Target Channel
The Magic Wand and Lasso tools work on voxel intensity. So, within multi-channel data sets in an 
image sequence, the size and shape of the selection made by the tool can be very different depending  
on  which channel is targeted when the selection is drawn. Use the target channel button in the 
channel controls to choose the channel on which the selections will be made.
The ROI stamp tool makes a selection by placing an ROI of a predetermined 
shape and size on the image, centered on the cursor position. This is useful for 
making ROIs of a known size and/or repeating a selection of a known size.
Target Channel Button
Drawing Regions Using ROI Tools
267    PerkinElmer          
The following example shows the selection made if the magic wand is clicked when the red channel is 
targeted.
Single plane reference images can not be made the target for selection.
In the following example the magic wand is clicked at the same location, but the selection is different 
because the green channel is now targeted.
Working with Regions
Once you have created a region of interest (ROI), there are a number of options available.
ɸ
Crop to Selection
ɸ
ROI Menu
Volocity Quantitation Reference
September 2011  268
ɸ
Key Combination
Crop to Selection
From the Actions menu: 
ɸ
Select Crop to Selection to create a new image sequence at the dimensions of the ROI.  
ɸ
To crop to selection without creating a new image sequence hold down the Ctrl key 
(Windows) or Alt key (Mac OS).
ROI menu 
The sub-menu ROI under the Edit menu contains commands for working with ROIs once they have 
been drawn.
ɸ
Undo to undo the last change made to an ROI
ɸ
Redo to redo the last change made to an ROI
ɸ
Save to store the currently active ROI as a settings file in the preferences
ɸ
Restore to recall a previous stored ROI and apply it to the current view
ɸ
Grow to expand the ROI by one voxel in all directions
ɸ
Shrink to reduce the ROI by one voxel in all directions
Key combinations
The following key combinations also apply:
Mac OS
ɸ
Control-drag on a selection centers the selection on the image. 
ɸ
Command-drag locks the dimensions, to make a square or circular selection rather than 
rectangular or oval.
ɸ
Shift allows you to add to the ROI or draw multiple ROIs.
ɸ
Shift + alt (option) allows you to subtract from the ROI or subtract the whole of the existing 
ROI by drawing around it. 
ɸ
Alt (option) carries out an AND operation leaving only the intersection of the two ROIs. This 
allows you to select in one part of the XYZ view and refine the selection based on what can 
be seen in another part.  
Windows
ɸ
Shift allows you to add to the ROI or draw multiple ROIs.
ɸ
Shift + ctrl allows you to subtract from the ROI or subtract the whole of the existing ROI by 
drawing around it. 
ɸ
Ctrl carries out an AND operation leaving only the intersection of the two ROIs. This allows 
you to select in one part of the XYZ view and refine the selection based on what can be 
seen in another part.
Kymograph
A kymograph is created from a multi-timepoint image sequence and is a method of displaying time 
dependent events. In a kymograph image one axis represents distance along a line and the other 
time.
Use the Line tool, in any view that it is available, to specify the distance axis. The start point of the line 
is considered the origin of the distance axis. On 3D data check and adjust the position of the line using 
Kymograph
269    PerkinElmer          
the XYZ mode. Movement along or across this line will be recorded in the kymograph.  A kymograph 
image will be generated for each line drawn.
1. Select Kymograph... from the Tools menu.
The intensity under the line will be sampled at intervals (at the smallest resolution out of the X,Y and Z 
axes) to form the distance axis of the kymograph, the corresponding positions in all timepoints will be 
sampled to form the other axis.
A kymograph created from multi-channel data will be a multi-channel sequence, the display of 
channels in a kymograph may therefore be controlled using the channel controls. 2D reference 
channels in 3D sequences will be ignored and will therefore not appear in the kymograph image.
Volocity Quantitation Reference
September 2011  270
The reference image is a snapshot of the image data with the line(s) visible to record where they were 
drawn. Kymograph images are not calibrated, calibrated measurements cannot automatically be 
made from kymographs in Volocity.
Object Feedback
As objects are selected in the image, feedback is shown both in the image preview and in the 
measurements table below the image. You can relate measurement rows to objects shown in the 
image.  
ɸ
To show which object in the image is represented by a row in the table, select the 
row. Visual feedback for all other objects will be hidden, leaving just the selected object 
shown.  Go to the Edit menu and Select None to clear this individual feedback.
ɸ
To find measurements for objects use the Select object tool from the tool bar. The cursor 
changes to a pointing hand when it is over voxels which have been measured as part of an 
object, 
Documents you may be interested
Documents you may be interested