c# show a pdf file : How to move pages in pdf files application software utility azure windows wpf visual studio VolocityuserGuide27-part782

Object Feedback
271    PerkinElmer          
1. Click to select the object, and the relevant row will be highlighted in the table.
Measurements Menu
Many of the options in the Measurements menu are identical to those in the Image View. These allow 
you to configure the image to assist in object selection. You can change how the image is displayed 
with the Mode option.
How to move pages in pdf files - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
reorder pages in pdf online; how to rearrange pages in a pdf document
How to move pages in pdf files - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
reorder pdf page; reorder pages pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  272
Measurement Specific Menu Options
The following options are available.
ɸ
Measurements Feedback Options
ɸ
Measurement View Options
ɸ
Make Measurement Item
ɸ
Measure All Timepoints
ɸ
Hide Measurements
Measurements Feedback Options
In the Measurements View the location of objects selected in the image is shown using feedback. The 
updating of feedback is set by the Automatically Update Feedback option in the Measurements 
menu. The visual appearance of the feedback is controlled by the Feedback Options... in the same 
Measurements menu.
Change the feedback options to show feedback and images more clearly together and to illustrate 
specific points.
The Feedback Options dialog is divided into tabs, one for each type of measured item that could be 
shown and the changes that can be made to their display.
You may choose to show each type of feedback or not, and there are sub options within each tab. 
Show in current timepoint only is an option for viewing feedback within time resolved data. When 
this option is checked only feedback that relates to measurements made from the current timepoint 
will be shown. Changing the timepoint using the time navigation will change the feedback so that only 
objects in the new timepoint are shown.
Show measurement will allow any of the measured parameters to be shown alongside colored 
overlay which represents the measured object.
To change the appearance of an ROI that is drawn on a view use the ROI tab in the View Options 
dialog for that view.
Measurement View Options
Change aspects of the view display using the View Options dialog.
C# PowerPoint - Sort PowerPoint Pages Order in C#.NET
library control, developers can swap or adjust the order of all or several PowerPoint document pages, or just change the C# DLLs: Move PowerPoint Page Position.
rearrange pdf pages; how to move pages in pdf files
C# PDF File & Page Process Library SDK for C#.net, ASP.NET, MVC
Images. File and Page Process. File: Merge, Append PDF Files. File: Split PDF Document. Page: Replace PDF Pages. Page: Move Page Position. Page: Extract, Copy
rearrange pages in pdf reader; change page order pdf
Measurement Specific Menu Options
273    PerkinElmer          
The dialog is divided into tabs for the different features that can be displayed.
In the General tab line length and line profile refer to what is to be displayed if a line tool is used to 
draw a line on the screen.   The floor settings refer to a floor which is shown in some of the views.
The ROI tab shows setting applicable to regions of interest drawn on the Measurements view. To 
change how objects selected by a measurements protocol are displayed in the view, use the 
Feedback Options dialog also available from the Measurements menu.
Make Measurement Item
Go to the Measurements menu and select Make Measurement Item... to create a new table item in 
the library containing the measurement pages and measurement rows as previewed in the 
Measurements View.
A new measurement item may be created and named or the measurements may be added to an 
existing measurement item to build up a table of data.
For time-resolved data you may select measure all timepoints in the Make Measurement Item dialog, 
even if the measurements have only been previewed on one timepoint.  To measure selected 
timepoints the timepoints need to be selected in the image sequence view or in the time navigation 
bar, if no timepoints are selected the current timepoint is measured.
Measure All Timepoints
When this menu option is checked ROI or selections active in the view will be applied to all timepoints 
in the dataset and the measurements previewed in the table will be from all timepoints. Measuring all 
timepoints can take much longer than measuring a single timepoint. Measurement operations that rely 
on the time component of the data will not be previewed in the Measurements View unless Measure 
All Timepoints is checked. 
C# PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in C#
Get JPG, JPEG and other high quality image files from PDF Scan image to PDF, tiff and various image formats. Able to edit, add, delete, move, and output PDF
how to reverse page order in pdf; pdf reorder pages
VB.NET PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file
Rapidly and multiple PDF document (pages) creation and edit methods file formats; merge, append, and split PDF files; insert, delete, move, rotate, copy
rearrange pdf pages in reader; move pages within pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  274
Hide Measurements
Allow the image to be displayed in a larger window by hiding the Measurements table, if not required.  
Hide measurements changes to Show measurements to allow the table to be revealed again.
Measurements Table or Histogram
The Measurements table provides numerical information about the objects found in the image above. 
This numerical information can also be displayed as a simple histogram by clicking on the Histogram 
Tab
.
This numerical information is only shown while objects are selected either by a user drawn ROI or a 
Measurements protocol.  
ɸ
Store measurement information by creating a measurement item; select Make 
Measurement Item... from the Measurements menu.
ɸ
Choose to Hide or Show Measurements from the Measurements menu to hide this table.
ɸ
Show only  measurements of a particular type, objects, lines or points by selecting  the 
appropriate option from the drop-down at the top of the table.
ɸ
Sort the table by the contents of one column by clicking on the column heading, click again 
to reverse the sort. An arrow in the column header indicates that this column is sorting the 
data.
ɸ
To change the columns shown select Columns... from the Measurements menu and 
check or uncheck column titles in the list. 
ɸ
Rearrange columns by clicking on the column heading and dragging that heading to 
another position, a red insertion line shows where the column will be placed.
ɸ
Fit the column widths to the data enclosed by selecting Autosize Columns from the 
Measurements menu.
Histogram Tab
1. Click on the histogram tab to switch to a histogram that displays one column from the table at a 
time. Use the histogram to find patterns in a selected item property.
2. Choose the data to be shown from the drop-down list of those available.
Creating Populations
Creating Populations using measurement protocols.
Measurement protocols are the most powerful way of selecting and measuring objects. Protocols are 
made up of tasks and are built by dragging tasks from the list in the bottom left hand pane into the 
protocol area.  Feedback in the view shows where objects have been found and numerical information 
is listed in a measurement table below the image. 
Measurements protocols usually start with Finding tasks, after which the selection is refined with tasks 
such as fill holes in objects or separating touching objects. 
C# PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in C#.net
how to merge PDF document files by C# code, how to rotate PDF document page, how to delete PDF page using C# .NET, how to reorganize PDF document pages and how
change pdf page order preview; pdf reverse page order
VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net
Merge two or several separate PDF files together and into one PDF document in VB.NET. Combine multiple specified PDF pages in into single one file.
reorder pages in pdf preview; move pages in pdf document
Creating Populations
275    PerkinElmer          
The objects found by protocols are grouped into populations, with each population is given its own 
page in the measurements table. 
After adding a finding task, you should name the population, select a color that will be used to display 
members of the population and to color the protocol “bubble”.
A set of tasks starting with a “Find Objects” task is known as a series.
Measure
You can select the features of the members of the population that will be measured by clicking 
Measure, this is always found in the series “footer”.  Select the measurements you require in the 
dialog that opens.  By restricting the numbers of measurements made, you increase the speed in 
which protocols are executed. 
You can choose to make any of the following measurements:
ɸ
Volume (µm
3
)/Area (µm
2
)
ɸ
Min, Max, Mean and Sum intensity values. Each channel in the data set will have a set of 
intensity columns.
ɸ
Intensity measurements ignoring zero are useful when working with data where 
background values are always zero. This occurs after certain processing steps, for 
example ratio and FRET calculations.
ɸ
The centroid of an object is the unweighted centre. It is calculated by taking the average 
position of the voxels making up the object. Thus, the average x coordinate of the voxels 
determines the x coordinate of the centroid and the average y coordinate of the voxels 
determines the y coordinate of the centroid.
ɸ
Shape factor is a numerical indication of how similar a 2D shape is to a perfect circle or a 
3D shape to a perfect sphere.  Shape factor is 1 for a perfect sphere or circle becoming 
smaller for more irregular shapes.
There is no restriction on the number of populations that can be created.  You can even make multiple 
populations from the same channel. For example, if you were measuring objects from a channel that 
contains green objects you could sub-divide the original population into populations that only contain 
Enter a name for the population here
Select a color to display the population
Protocols are demarcated by a colored border or 
“bubble” 
C# PDF insert text Library: insert text into PDF content in C#.net
character and text string to PDF files using online int pageIndex = 0; // Move cursor to (400F outputFilePath = Program.RootPath + "\\" output.pdf"; doc.Save
rearrange pages in pdf online; pdf change page order
C# PDF File Split Library: Split, seperate PDF into multiple files
can split target PDF document file by specifying a page or pages. If needed, developers can also combine generated split PDF document files with other PDF
pdf reverse page order preview; reverse page order pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  276
small green objects, another that contains large green objects, and a third containing dilated green 
objects.
For 2D objects:
Where A = object area and P = object perimeter.
For 3D Objects shape factor is the ratio of the surface area of a sphere (with the same volume 
as the given object) to the surface area of the object.
ɸ
Bounds
ɸ
Skeletal length
A selection of example protocols are installed with Volocity. Select from recently used protocols in the 
Measurements view protocol pane or select Measurements menu Restore protocol... to view all saved 
protocols. 
The order of tasks in the protocol affects the result. Tasks lower down in the list work only on the 
results of tasks higher up in the protocol.
Measurement Tasks
Protocol tasks are grouped by function.  The functions are ordered according to the order they are 
used in typical protocol creation.  Within each function tasks are arranged alphabetically.
ɸ
Drag and drop the appropriate task name to the protocol.. 
ɸ
Double click on a task name in the list to add it straight to the bottom of the protocol. 
ɸ
Remove a task from the list by clicking the cross.
Some information is in the primary task area and always displayed. There may be additional 
information; this is accessed by clicking on the cog icon to show a secondary dialog.
The following tasks are available:
ɸ
Finding
ɸ
Relating
ɸ
Processing
ɸ
Filtering
ɸ
Combining
ɸ
Measuring
ɸ
Miscellaneous
ɸ
Thresholding
Finding
Find Objects tasks have a control to select the channel in which the objects are to be identified.  It is 
not possible to select a reference channel as the target for a Find Objects task.
2D  Shape factor = 4π
A
P
2
-----
3D Shape Factor =  
π
1
3
---
6V
0
(
)
2
3
---
A
0
------------------------
Measurement Tasks
277    PerkinElmer          
Find Objects
This tasks selects objects by applying an automatic threshold and exclusion of objects below a 
minimum size threshold. Automatic settings will be applied and objects in the image will be 
highlighted.
The selection can be modified using the secondary dialog for the task.
Threshold using:
Automatic thresholding is the default and uses Otsu’s method on the histogram of intensities in the 
image to separate signal from background. An offset from the calculated threshold can be applied to 
adjust the objects that will be found.  The threshold is recalculated for each timepoint, so automatic 
thresholding is ideally suited to multi-timepoint and batch processing.
Find Objects in the automatic mode is only suitable for objects where the signal is brighter than the 
background, such as images generated by fluorescence microscopy.
As well as the automatic mode Intensity, % intensity and SD intensity are also available as the 
thresholding step within this task.
Calculate will set the threshold back to the default value.
Local contrast adjustment
This option is useful where intensity varies across the field.  Local contrast adjustment modifies the 
selection so that it is made up of voxels that are significantly brighter than the mean intensity within 
the radius entered.  A local background intensity is used when selecting an object rather than one 
background intensity for the whole field.
Enabling local contrast adjustment will increase the processing time for creating selections.
Calculate will prompt the analysis of the image to estimate a good value for the local contrast 
adjustment radius.
Minimum size
This option filters objects by size. By default, objects smaller than 9 voxels will be rejected.
Calculate will prompt the analysis of the image to estimate a good value for the minimum size base on 
the distribution of object sizes in the selection and using Otsu’s method to select the main population 
of object sizes from background.
Volocity Quantitation Reference
September 2011  278
Find Spots
This task finds local intensity maxima in both 2D and 3D.  It is ideal for finding small, punctuate 
objects.
Local intensity maxima are bright objects against a dark background, this task is therefore only 
suitable for darkfield images such as those generated by fluorescence microscopy.
In the Find Spots task you are able to select the channel containing the spots of interest. Spots found 
by the default settings will be marked with the feedback for a point.
A secondary dialog, accessible via the cog button allows you to set the intensity of the selected 
channel..
By default the minimum spot intensity will be set to a value of twice that determined by Otsu’s method 
for the intensity distribution in the dataset.  
Calculate will reset the threshold to this value.
An offset from the default value may be set by moving the vertical red line on the histogram or entering 
a percentage offset.  The task therefore does not select absolute intensity values and can be applied 
to time resolved images and is suitable for use in batch processing.
Only the brightest spot within the radius will be selected. Adjust the radius to match the expected spot 
size.
Relating
Compartmentalize
The compartmentalize task allows you to define relationships between  populations,  and perform 
measurement’s on a per compartment basis.  You can nominate the members of any population 
(including the ROIs population) as compartments.  Using the compartmentalize task will allow you to 
quickly generate a count of contained objects per compartment, or to make distance measurements 
Measurement Tasks
279    PerkinElmer          
on a per compartment basis.  Use the drop down menus in the task to divide contained populations 
between compartments.  
Open the secondary dialog to define the containing relationship.  Objects can be assigned to 
compartments because they are inside them, or they can be assigned to the nearest compartment.
Measure Distances
The “Measure Distances” task allows you to automatically measure the distance between the 
members of a population and all of the members of a second population.  
Select the population from which you wish to measure from, and the population to which you wish to 
measure to.  
You can base each distance measurement to or from the centroid of each member of a population, or 
the edge of each member of the population.  To make this selection, click on the “cog” of the “Measure 
Distances” task and make the choice in the dialog that opens. 
If the edge option is selected, the distance to the nearest edge is always measured. 
After configuring the “measure distances” task, all of the distances between every member of the first 
population will be measured to every member of the second population. The distances are 
summarized in the measurements table under the column headings shown and explained below.
When used in isolation the “Measure Distances” task can be used to measure the distances between 
two populations globally, distances are measured from all of the members of one population to all of 
the members of the second population within the entire image.  You may wish to restrict these 
Volocity Quantitation Reference
September 2011  280
measurements to compartments such as cells or nuclei.  To do this add a “Compartmentalize” task to 
the protocol. It must precede the “Measure Distances” task in the protocol (it must be above it).  
Processing
Close
A close is a filtering operation performed on detected objects.  A Close task is used after objects have 
been detected by one of the Finding tasks.  A close is a dilation operation followed by an erosion.  
Each iteration is a repetition of the dilate then close process.  Close will serve to close gaps within or 
between objects.
Dilate 
Dilation is a filtering operation performed on the objects detected by the measurement protocol up to 
that point.   A diamond shaped kernel is passed over the selection so that each voxel in the selection 
is considered with 6 of its neighbors.  In each case the central voxel is set to the highest value of itself 
and its neighbors.  This has the effect of making the objects found by the selection larger.  The dilation 
is repeated the specified number of times (iterations).  This has the effect of expanding the object  by 
that many voxels.
Column Name
Description
Mean Distance
The mean of distances measured from this object to all members of the 
second population
Minimum Distance
The distance to the nearest member of the second population
Maximum Distance
The distance to furthest member of the second population
SD of distances
The standard deviation of the distances measured from this object to all 
members of the second population
SE of distances
The standard error of the distances measured from this object to all 
members of the second population
Number of distances 
measured
The total number of distances measured from this object to all members of 
the second population
Documents you may be interested
Documents you may be interested