c# show a pdf file : Reorder pages in pdf reader application software tool html windows winforms online VolocityuserGuide28-part783

Measurement Tasks
281    PerkinElmer          
Erosion  is a filtering operation performed on the objects detected by the measurement protocol up to 
that point.   A diamond shaped kernel is passed over the selection so that each voxel in the selection 
is considered with 6 of its neighbors.  In each case the central voxel is set to the lowest  value of itself 
and its neighbors.  This has the effect of making the objects found by the selection smaller.  The 
erosion  is repeated the specified number of times (iterations).  This has the effect of shrinking the 
object  by that many voxels.
Fill Holes in Objects
Objects must have been found using any of the Find Objects tasks earlier in the protocol.
If any of the objects identified have holes in them, this task will fill those holes provided that they are 
surrounded in all dimensions by a contiguous wall of voxels. For example, a hardboiled egg has a 
white that completely surrounds the yolk. So, the yolk is completely surrounded on all sides. 
Therefore, if you were to select the white and then fill holes, the whole volume of the boiled egg will be 
selected including the yolk.
An open is a filtering operation performed on detected objects.  An Open task is used after objects 
have been detected by one of the Finding tasks.  An open is an erosion followed by a dilation.  Each 
iteration is a repetition of the erode then dilate process.  Objects separated by the erosion part of an 
open iteration will be prevented from joining together again by the following dilation.
Open objects will serve to separate objects by reducing them in size until they no longer touch then 
growing them again so they approximate their original sizes.
Remove Noise from Objects
Use this task to apply a median filter to the selection already made. The selection is made by a Find 
Objects task earlier in the series.
The size of the filter applied is selected from the drop-down menu.
Reorder pages in pdf reader - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
move pdf pages online; reorder pages pdf file
Reorder pages in pdf reader - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
switch page order pdf; pdf move pages
Volocity Quantitation Reference
September 2011  282
From the smallest fine filter to the largest very coarse, the median filter matrix is increased in size. The 
time taken to apply the filter and the degree of filtering also increase.
Separate Touching Objects
This function can assist in the separation of two or more objects that a Find Objects task has 
identified as one. The distance of each voxel from the surface of the selection is examined and, if the 
distribution of the voxels indicates that two or more objects are present, a one-pixel thick row of voxels 
is removed between them to create separate objects. 
The minimum size guide may be optionally set to the typical size of a single object. This refines the 
task by preventing separation if the distance between two new objects would be too small.
Clip to ROIs
Objects must have been found earlier in the protocol.
Drawing a region of interest in the image and using this task will clip the result to the bounds of the 
ROI. This may mean some objects are cropped.
Use  Exclude Not Touching ROIs to ensure that any objects that intersect with the ROI are included.
Exclude Not Touching ROIs
Objects must have been found earlier in the protocol.
Drawing a region of interest in the image and using this task will show only objects that intersect with 
the ROI.
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview. Reorder TIFF Pages in C#.NET Application.
how to reorder pages in pdf reader; reordering pages in pdf document
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
Sort and Reorder PowerPoint Slides Range with VB amount of robust PPT slides/pages editing methods powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to reorder pages in pdf preview; moving pages in pdf
Measurement Tasks
283    PerkinElmer          
Exclude Objects by Size
When this task is added to a protocol users are able to discount objects that fall outside of the size 
range they are interested in.  There are times when objects are clearly not true members of a 
population and can be excluded  based on their size.
Exclude Touching Edge of Image
Objects must already have been found by the protocol. This task will remove any of those objects 
touching the edge of the sample in the X,Y or Z planes. On datasets with small Z dimensions, this may 
remove too much from the selection.
When working with 2D data the Z dimension is not considered as the edge of the image because this 
would mean every object would be excluded.
Filter Population
This task allows a user to  filter out measurements by size, volume, intensity, centroid etc.  It could be 
used to change a population when added as a series, or to make new populations when added alone.  
This filter could be used when you want to create a new population on a specific type of input such as   
green objects and then create more populations such as bright green objects and faint green objects 
by implementing more filters.
This task merges two populations into a single population.
Read PDF in Web Image Viewer| Online Tutorials
Extract images from PDF documents; Add, reorder pages in PDF files; Save and print Document Viewer, make sure that you have install RasterEdge PDF Reader Add-on
how to move pages in a pdf file; move pages in a pdf file
C# PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in C#.net
Enable batch changing PDF page orientation without other PDF reader control. PDF page, delete certain PDF page, reorder existing PDF pages and split
how to rearrange pdf pages reader; change page order in pdf file
Volocity Quantitation Reference
September 2011  284
Exclude Non-Touching
This tasks allows a new population to be made based on members of a population that touch 
members of a second population.
Exclude Touching
This tasks allows a new population to be made based on members of a population that do not touch 
members of a second population.
Exclusively Combine
This tasks allows a new population to be made based on two input populations.  The resulting 
population contains only areas that are found in one population, not both. 
Intersect Objects
This tasks allows a new population to be made based on two input populations.  The resulting 
population contains only areas that are found in both populations.
A Population must be identified in the first series to name the first set of objects to enable them to be 
specified in this task.
This task will invert the members of a population. This may be useful in situations when it is easier to 
select background or unwanted objects and reversing the selection serves to select the required 
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
Users can use it to reorder TIFF pages in ''' &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to move pages in pdf; how to rearrange pages in a pdf file
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
just following attached links. C# PDF: Add, Delete, Reorder PDF Pages Using C#.NET, C# PDF: Merge or Split PDF Files Using C#.NET.
change page order pdf reader; how to rearrange pages in a pdf reader
Measurement Tasks
285    PerkinElmer          
This tasks allows a new population to be made based on two input populations.  The first population is 
subtracted from the second population to produce the new population.
Calculate Object Colocalization
Colocalization in the context of digital fluorescence imaging can be described as the detection of 
signal at the same voxel location in each of two channels. The two channels are made up of images of 
two different fluorochromes taken from the same sample area. 
Calculate Object Colocalization will calculate the Pearson’s Correlation and colocalization 
coefficients M
and M
for each object found by the series. Click on the cog icon to access the 
secondary dialog and configure the task.
In the secondary dialog select the channels to be colocalized.
Thresholds are essential, enter the threshold intensity values for each channel. Voxels with intensity 
values below the minimum threshold and voxels with intensity values above the maximum threshold 
will be excluded from the calculations. Use minimum thresholds to remove intensities in each channel 
that are not significant in determining colocalization.
Alternatively, configure the colocalization view for the data set before working with the Measurements 
View and click Get settings from view to use these settings in the task.
To measure morphological and intensity information from objects include a Measure Objects task as 
well as the Calculate Object Colocalization task. Configure the secondary dialog of the Measure 
Objects task to record the required measurements.
Measure Line Profiles
This task allows line profiles to made from lines.  This input population must contain at least one line.  
A new "Line Profile Sample" population will be created for each line in the input population.  Use 
Analysis to plot each of these line profile sample populations.  
Branched lines cannot be measured for a line profile and are therefore ignored by this task..  
When measuring line profiles in 3D data be careful of line placement.  Use the XYZ mode of the 
Measurements view to ensure the line is placed as desired it can appear to float to the top slice.
VB.NET TIFF: VB.NET Sample Code to Process & Manage TIFF Page
certain TIFF page, and sort & reorder TIFF pages in Process TIFF Pages Independently in VB.NET Code. powerful & profession imaging controls, PDF document, image
change pdf page order reader; how to reorder pdf pages
C# Word: How to Create Word Document Viewer in C#.NET Imaging
in C#.NET; Offer mature Word file page manipulation functions (add, delete & reorder pages) in document viewer; Rich options to add
how to move pages in pdf reader; move pages in pdf file
Volocity Quantitation Reference
September 2011  286
Filter Populations
Populations of objects that have been found by the protocol are shown on the pages in the table 
below the image. If this table is not visible choose Show Measurements from the Measurements 
The population may be refined by filtering on any of the measured parameters. An example of this 
would be to remove any faint members of a population. 
Auto Analyze
Analysis may be performed on data to illustrate patterns and trends that are not immediately apparent 
from the raw data.  Analysis is performed in the Measurements item using the Analysis dialog.  
Analysis protocols may be saved for reuse and Volocity is installed with some example analysis 
Use the Auto Analyze task at the end of a protocol to specify one of the saved analysis protocols to 
use.  When in place this task will generate the analysis selected when a Measurement item is created. 
The command  Make Measurement Item.... in the Measurements menu will generate a Measurement 
item as will using a protocol containing the Auto Analyze task in the batch measurement operation.
The comment task has no effect on object detection or measurement it may be used anywhere in a 
measurement protocol to provide information.  Use comments in saved protocols to explain to other 
users what to do or why the protocol is created in a particular way.
Click on the cog to access the secondary dialog where you can enter your comments in free text.  All 
the text entered here will be shown in the protocol, the task resizes to fit. 
For examples of the comment task in use see the saved measurements protocols available with 
Volocity.  Select Restore Protocol... from the Measurement menu and select any of the protocols in 
square brackets.
Measurement Tasks
287    PerkinElmer          
Make ROIs from Population
This task can be used to convert a population into regions of interest.
This task is unique to time resolved data. The task requires a population as an input.  You can either 
add the task to the bottom on a series or use it alone and select the input population." A new 
population of tracked objects will be added to the measurements table.
The Measurements View only shows the protocol as applied to the current timepoint by default. It may 
be useful to turn on Measure All Timepoints in the Measurements menu to preview all the 
measurements over time and the tracks.
The Volocity tracking algorithms operate on centroid positions. A track is generated by connecting 
centroids to trace the path of a moving object. 
Different models are used to identify the most likely position for each object being followed in each 
timepoint. Click on the cog icon to access the secondary dialog for the Track Objects task.  
The Shortest Path model attempts to create tracks based on the criterion that centroids in any pair of 
timepoints have the minimum physical distance between them.
The Trajectory Variation model uses the Shortest Path model to first establish a likely track for an 
object between centroids in timepoint 1 and timepoint 2. The next centroid position of that object is 
determined by that which is consistent in both direction and speed. This model should be effective for 
objects that cross paths. 
When the Trajectory Variation model is selected, the Trajectory Variation slider is used to alter the 
sensitivity of the algorithm to variation. Restricting the algorithm to smooth tracks can result in no 
tracks being found.
Other Options
If required, enable the Ignore static objects and Ignore new objects checkboxes.
Volocity Quantitation Reference
September 2011  288
Automatically join broken tracks is a feature that allows tracks to be continued, even if the object 
was not detected in periods of up to two consecutive timepoints along the trajectory.  
With Automatically join broken tracks off, the default setting, a track will terminate if a 
timepoint is reached where no centroid can be found that is likely to be part of the track 
based on the restrictions determined by the parameters entered in the Track Objects 
When Automatically join broken tracks is on the tracking algorithm will join a partial 
track to another partial track beyond the missing section as long as the whole track has a 
consistent trajectory.
It may be appropriate to allow Volocity to Automatically join broken tracks where objects have not 
been measured in all timepoints along their path length. An object may fail to be detected in a 
timepoint because of factors such as noise or inconsistent illumination. 
Users may also join tracks manually after the creation of a measurement item using the Join Objects 
option in the Raw menu.
Restrict track start position to ROI requires an ROI to be drawn on the image. When this option is 
checked, tracks will only be measured if they start within the drawn ROI.
Maximum distance between objects must be set for both tracking models.
Estimate automatically: Volocity will calculate a maximum, effective matching distance to use as an 
upper bound for possible motion tracking between timepoints in a sequence based on the size of the 
dataset (¼ of the diagonal of the volume).
Volocity will then attempt to make a shortest path matching between the first two timepoints using this 
calculated upper bound. The maximum distance between objects calculated for this dataset is the 
average distance between all the matched object centroids in the first two timepoints plus one 
standard deviation. This value is then used for the maximum distance throughout the data set. 
Use this distance: Volocity will use the user-specified distance as the maximum limit for matching 
object centroids between timepoints.
Tip: Establish a maximum distance to set by scanning the time series and choosing two timepoints 
between which the greatest movement is apparent. Obtain a value to enter in the Track Objects 
dialog by measuring this movement using the line tool. Adjustment to this distance can be made for 
subsequent measurement, if required. 
The tracking algorithm assigns a tracking ID to objects. If it determines that an object in a timepoint is 
the same as an object in a previous timepoint, it gives that object the same ID. The track (or line 
connecting all the objects with that ID) also has the same ID. 
Track Objects Manually (Tools menu)
When it is not possible to use Volocity's automatic tracking algorithms to track moving objects within a 
time-resolved data set, manual tracking will allow you to create track objects in a Measurement item 
by manually marking the object location in each timepoint.
Open the image sequence containing the data you wish to track.
1. View the Image or Measurements View. These views allow use of the point and ROI tools which 
are needed to mark object locations.
2. Select  Track Objects Manually from the Tools menu.
3. Follow the instructions given by the Manual Tracking wizard.
Find 2D Nuclei
This task will detect a population of nuclei in many images without the need to add any additional 
tasks to the protocol.  This task will operate on 2D images only.  This task might be helpful if the 
channel in which the nuclei are labelled has high and/or variable levels of background across the 
image since  it is independent of absolute intensity.  These factors may make the nuclei difficult to 
isolate with other Find Objects tasks. Find 2D Nuclei operates on the assumption that the objects of 
Measurement Tasks
289    PerkinElmer          
interest are represented by higher intensities against darker backgrounds e.g. fluorescent images and 
will therefore not operate on brightfield images.
Although developed specifically for finding nuclei this task might also be useful for finding any object 
with ovoid shape filled with staining.  
Click on the cog to open the secondary dialog and adjust parameters of the task.
Separate touching nuclei with a separation guide of:  Reducing this distance will increase the 
number of nuclei found by increasing the amount of splitting.
Reject nuclei with an area of less than: Reject objects detected, or created by the splitting process, 
by size.  Objects smaller than the expected size of the nuclei of interest can be excluded this way.
If you wish to exclude objects greater than a given size use an Exclude Objects by Size task in the 
This task is not available on a PowerPC Macintosh system e.g. G5 or G4.
Find 2D Spots
This task will detect a population of objects that can be identified as bright spots against a darker 
background i.e. small objects with one well expressed intensity maximum This task will often find 
objects in images where the background varies across the image and may be useful where other Find 
Objects tasks have not been successful.  Find 2D Spots operates on the assumption that the objects 
of interest are represented by higher intensities against darker backgrounds e.g. fluorescent images 
and will therefore not operate on brightfield images.
Objects found by this task are marked as points centred on one voxel.  This task therefore identifies 
locations as coordinates, there is no morphological information available.  Local intensity maxima are 
found and then incorrectly classified spots removed.
Volocity Quantitation Reference
September 2011  290
Click on the cog icon to open the secondary dialog and configure the parameters of the task.
Find spots with a minimum separation of:  A pixel intensity will count as an intensity maximum if it 
has the highest intensity within this radius.  Decreasing this distance will increase the number of 
potential spots.  Spots that are excluded by this parameter will not be included again regardless of 
other setttings.
Select spots with a maximum intensity within a radius of: This parameter relates to the 
approximate radius of each spot object.  Increase this value when working with larger spots. This 
radius also determines the radius within which contrast will be calculated.
Reject spots on the basis of peak/average intensity contrast:. Reject spots that are considered 
noise by comparing peak intensity to local background intensity.
It might be necessary to use other tools to define the areas within which to search for spots.  This 
might be the only way to exclude spots that have been found in the background or cell compartments 
that are not relevant to the study. 
This task is not available on a PowerPC Macintosh system e.g. G5 or G4.
Find Objects Using % Intensity
Find Objects tasks select voxels according to intensity or color information. This task selects voxels 
according to % intensity. There are also text input boxes to allow you to set the upper and lower limits 
of the selection
Intensities within the current volume are represented as a percentage considering the highest 
intensity value in the volume as 100%. This removes the need to select by absolute intensity values 
and may work better for time resolved data sets.
Documents you may be interested
Documents you may be interested