Additional Available Functions
31    PerkinElmer          
Additional Available Functions
Upgrades from the Website 
For Mac OS or Windows simply download the latest installer from the website and double click to start 
the installation process. To perform installations you will need an administrator user name and 
password for the computer. Follow the instructions on screen and restart your computer when 
requested.
Automatic Check for Software Updates
Alternatively, use the Preferences dialog to enable automatic checking for software updates. Select 
Confirmations and check the box next to Automatically check for software updates. 
The PerkinElmer server is checked for a newer version on start up. In order to query the server, the 
machine running the software must be connected to the Internet. When a later version is detected a 
message similar to the following is displayed:
Click Download and download the installer for the application you wish to upgrade. Run the installer 
and follow the instructions on screen.
Note: During the upgrade process, the installer will check that you have a valid Software Maintenance 
Agreement. No information is sent to PerkinElmer during this check, but the upgrade will fail if you do 
not have one.
Upgrading Applications on Client Machines for a License Server System
Upgrading an application served by the License Server is simple. All the information relating to users, 
groups and configurations is stored on the server so there is no special process for installation. See 
the instructions for Upgrades from the Website .
Pdf change page order acrobat - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
pdf rearrange pages; rearrange pdf pages in preview
Pdf change page order acrobat - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
reordering pdf pages; how to move pdf pages around
Installation
September 2011  32
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
Insert, delete PDF pages. Re-order, rotate PDF pages. PDF Read. Print. Support for all the print modes in Acrobat PDF. Print only specified page ranges.
how to change page order in pdf document; pdf rearrange pages online
VB.NET PDF: How to Create Watermark on PDF Document within
create a watermark to PDF file in order to help or image (such as business's logo) on any desired PDF page. And with our PDF Watermark Creator, users need no
reorder pdf pages; rearrange pdf pages reader
Important Concepts
33    PerkinElmer          
Getting Started
Overview
This system overview describes:
ɸ
Important Concepts
ɸ
What is a Library?
ɸ
Creating Libraries 
ɸ
Closing Windows and Libraries
ɸ
Acquiring Data
ɸ
Creating an Image Sequence 
ɸ
Creating Volumes
ɸ
Importing Items (File Menu)
ɸ
Supported File Formats
Important Concepts
ɸ
Data is kept and organized in libraries. A library may contain many experiments and 
associated information.
ɸ
Libraries are files which are created using the New option in the file menu. Existing 
libraries are opened using Open from the File menu.
ɸ
Libraries are databases, changes to databases are saved as they are made, there is no 
Save command.
ɸ
Image sequences organize images that represent channels, time and/or z slices.
ɸ
Data imported into Volocity have properties. Properties record information about the 
experiment that acquired the information and affect how items are visualized or processed 
elsewhere in the software. Properties may be searched for.
ɸ
Image data is explored in different ways using views. When an item is opened in the library 
the views are shown in tabs along the top of the window.
ɸ
Toolbars update when views change to show the appropriate tools. Tooltips, shown when 
the cursor is moved over a tool, indicate the purpose of that tool.
ɸ
View-specific menus with the same name as the view configure the appearance of the 
view and access processing specific to that view. For example, when working with the 
Image View the menu bar will show an Image menu.
ɸ
Many menu commands have shortcut keys. If you look at the command in the menu, you 
will see any shortcut keys to the right of the command name. WINDOWS users can use 
the standard Windows shortcut; right click on the mouse, to display a list of valid menu 
commands.
ɸ
Menu items open dialogs allowing data processing and image enhancement. Dialogs 
support batch processing of many data sets with one command.
ɸ
Choose to apply a process to items from a group by selecting them, this highlights them in 
the interface.
What is a Library?
A library is the term given to the data storage format used by Volocity. A library must be created and 
images added to it before they can be viewed in Volocity. A library must be opened for Volocity to 
acquire data.
Libraries are based on a database structure and will store changes as they are made.
GIF to PDF Converter | Convert GIF to PDF, Convert PDF to GIF
as easy as printing; Support both single-page and batch Drop image to process GIF to PDF image conversion; Provide filter option to change brightness, color and
change pdf page order; rearrange pages in pdf document
JPEG to PDF Converter | Convert JPEG to PDF, Convert PDF to JPEG
It can be used standalone. JPEG to PDF Converter is able to convert image files to PDF directly without the software Adobe Acrobat Reader for conversion.
how to rearrange pages in pdf using reader; move pages in pdf
Getting Started
September 2011  34
Creating Libraries
1. You can select Create a new library from the prompt shown when Volocity starts (unless you 
have disabled it).
Or, once you are running the application, select New Library... from the File menu. (You can only 
have one library open at a time. If you already have a library open, you will be prompted to close it 
first.) 
2. Use the dialog to name the library and choose a location to store it.
On the Mac, a dialog similar to the following is displayed. 
3. Enter a Name for the library. The library format is called Multi-file (version 2) with the extension 
.mvd2. 
4. Click Save.
On Windows, a dialog similar to the following is displayed. Enter a File name for the library. 
PDF to WORD Converter | Convert PDF to Word, Convert Word to PDF
PDF to Word Converter has accurate output, and PDF to Word Converter doesn't need the support of Adobe Acrobat & Microsoft Word.
reordering pages in pdf; reorder pages of pdf
TIFF to PDF Converter | Convert TIFF to PDF, Convert PDF to TIFF
PDF to TIFF Converter doesn't require other third-party such as Adobe Acrobat. Completely free for use and upgrade; Easy to convert multi-page PDF files to multi
how to move pages in pdf acrobat; reorder pages in pdf file
Creating Libraries
35    PerkinElmer          
5. A library window is displayed. You are now ready to add items to the library. 
Library Format
The application creates libraries in a multi-file format, which handles large data sets well and gives 
fast data access. When you create a multi-file library, it is created within a folder. This folder is labeled 
with an icon and the name of the library. 
Inside the folder are the library file and a data folder, which contains all the data required to view the 
images and volumes kept in that library. Multi-file library files have the suffix .mvd2.
Mac OS X
A Volocity library appears in the Finder like this, with its name below it.
Opening this folder will reveal the .mvd2 file and the data folder.
Windows
A Volocity library appears in Explorer like this
DICOM to PDF Converter | Convert DICOM to PDF, Convert PDF to
Adobe Acrobat or any other print drivers when they use DICOM to PDF Converter. Additionally, high-quality image conversion of DICOM & PDF files in single page
how to reorder pages in pdf file; how to move pages in a pdf document
BMP to PDF Converter | Convert Bitmap to PDF, Convert PDF to BMP
interface; Powerful image converter for Bitmap and PDF files; No need for Adobe Acrobat Reader & print driver during conversion; Support
how to change page order in pdf acrobat; how to move pages around in a pdf document
Getting Started
September 2011  36
Opening this folder reveals the .mvd2 file and the data folder.
It is essential that the library file and data folder are kept together, which is why the application creates 
them together in a separate folder. 
The .mvd2 file describes how the data is to be read by Volocity.  The data folder contains many files 
none of which can be read by any application.
To open the library, you must first open this folder and locate the library file. If you want to move a 
multi-file library to another location you must move the whole folder. If you only move the library file, 
the application will not be able to display any of its contents.
Opening Libraries
Once you have created a library, you can either double click on the library icon to open it, or select 
Open Library... from the File menu and choose the required library in the dialog. All libraries must 
have a .mvd2 extension or they will not be visible in the file list. 
Only one library may be open at a time. If you already have a library open, the application will prompt 
you to close it. Once the Library window is displayed, you can add new files to it, 
Closing Windows and Libraries
The application conforms to the standard Mac OS and Windows conventions for closing windows.  
ɸ
On a Mac OS, close the current window by selecting Close from the File menu. If the 
current window is the Library window, this command closes the library. You can also close 
any window by clicking on the top left-hand corner of the window.
ɸ
On Windows, close the library by selecting Close Library... from the File menu. Close the 
current window(s) by selecting Close (or Close All) from the Window menu. You can also 
close any window by clicking on the top right-hand corner of the window.
Acquiring Data
Data may be acquired during experiments using hardware for acquisition, that is, cameras and 
devices for microscope automation. All hardware must be installed and configured before use. For 
more information See “Volocity Acquisition Installation and Reference” on page 111. This describes 
how to:
ɸ
Installing and Configuring Devices 
ɸ
The Video Preview Window
ɸ
Editing Light Path Settings
Adding Data
37    PerkinElmer          
Once light paths have been configured they may be used in acquisition protocols. Acquisition 
protocols allow different combinations of channels, focus movement and XY control to be used in 
experiments that capture data.
Adding Data
Libraries can contain 2D and 3D images, which may be viewed in a number of different ways. The 
way that you add items to the library depends upon the type of images and how you want to view and 
work with them.
Acquisition from a camera adds images directly to image sequences. Image sequences are used to 
work with time and/or channels
You can also drag and drop folders of images into an open Library window to add them to the library
If you are adding a series of slices from one object at one timepoint on one channel, import the data 
as a folder of images and then create a volume as described in “Creating Volumes” on page 43. For 
example, you may be creating a volume of data from which to measure a PSF (Volocity Restoration 
only)
Note: You can also use the Import command from the File menu to add single, unrelated items.
Adding Images Using Drag and Drop
The easiest way of adding items to the library is to drag an item from the desktop and drop it onto the 
Library window. 
For ease of use when image sequences are required set the Import preference to create image 
sequences rather than create folders of images. To do this, select Preferences... from the Edit menu 
(Windows) or the Volocity menu (Mac OS).
Getting Started
September 2011  38
In the following drag and drop example, an image sequence is created.
Click once on the item to select it in the library. Available views on that data will be shown on the right 
hand side. Double click to open the item in its own window.  For more information about views on data 
See Views on Data 
Adding Data
39    PerkinElmer          
Drag and drop multiple folders or files to create multiple image sequences.
If the item dragged is a folder, such as a series of slices for a volume, the application will scan the 
contents of the folder and add all the files it recognizes to the library. Any hierarchy within the item that 
you drag and drop onto the Library window is retained. 
You can continue to drag as many folders or files as required onto the library, and you can add items 
to any level of folder structure. The insertion is indicated by the creation of a space in the library or the 
highlighting of the folder to which the item will be added. The amount of indentation indicates the level 
at which an item is located within the library hierarchy. 
If image data is recognized but metadata about timepoints, channels and slices per stack is absent or 
not supported Volocity will add the images in a folder. These images may not have transferred spatial 
calibration information, channel names or timestamps.  You will need to create an image sequence 
and add these files to it, specifying the image organization and entering calibration information in the 
image sequence properties dialog.
Note: The only limit on library size is the hard disk space. However, it is usually more practical to 
separate work into more manageable sets and create separate libraries for each one.
If you are adding a series of slices from one object at one time point in one channel, import the data as 
a folder of images and then create a volume. For example creating a volume of data from which to 
measure a PSF (Volocity restoration only).
Note: You can also use the Import command from the File menu to add single, unrelated items.
Working with a Columbus™ Server
Columbus™ is a convenient and easy-to-use solution for high volume data management, storage, 
retrieval, visualization and protection of images and analyzed results.  Columbus can import, export 
and manage image formats from a wide variety of sources, providing a central repository and solution 
for all your microscope imaging requirements.
For more information on the Columbus range of products from PerkinElmer see: http://
www.cellularimaging.com/products/columbus
.
Volocity interfaces with a Columbus server allowing download of files from the server and uploading of 
files from Volocity to the server.  Currently only 16 bit files may be added to a Columbus Server from 
Volocity.  If using a Volocity version earlier than 5.3.2 and/or a version of Columbus Server before 
2.0.0 there will also be a 150 MB limit on the file size that may be uploaded or downloaded.  Additional 
annotation information is not transferred from Columbus to Volocity when downloading files. For more 
information See “Connecting to a Columbus Server” on page 40.
Getting Started
September 2011  40
Connecting to a Columbus Server
1. Start Volocity. Select Preferences... from the Edit menu (Windows) or the Volocity menu (Mac 
OS).   In the Preferences dialog select Servers.
2. Click + to define a server.  In the Add Server dialog select Columbus Server as the type.
3. Enter the details of the server and an appropriate user name and password for that server.  You 
may need to ask the administrator of the Columbus Server or your network for this information.
4. Click OK to save these settings.
5. Multiple Columbus servers may be connected to from one Volocity client.  Add additional servers 
as required.
When these preferences are saved the Columbus server will be available as an option in the library 
view. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested