c# show a pdf file : How to reorder pages in pdf file SDK Library project winforms .net asp.net UWP VolocityuserGuide32-part788

Colocalization
321    PerkinElmer          
Pearson’s Correlation for voxels below threshold is less than, or equal to, 0. This technique is based 
on the method proposed in:
S. V. Costes, D.Daelemans, E. H. Cho, Z. Dobbin, G. Pavlakis & S. Lockett 
Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells
Biophysical Journal 2004 Vol. 86, pp. 3339-4003
Costes algorithm uses Pearson’s correlation coefficient to determine thresholds below which ther are 
no positively correlated intensities.  The intention is to set the thresholds objectively so that M
x
and M
y
can be measured objectively.  Given that Pearson’s correlation coefficient is used to set the threshold, 
it is not valid to then use Pearson’s correlation coefficient as a measure of colocalization.
Automatic Thresholding is turned on or off by selecting Automatic Thresholding from the 
Colocalization menu. It is possible that Automatic Thresholding may not be able to determine 
thresholds for a data set, in which case a message is shown. Automatic Thresholding may determine 
different thresholds depending on the data set; therefore, it should not be used if the same thresholds 
are to be applied across a series of data sets or timepoints within the same data set.
Any voxels of intensity outside threshold will be removed from the preview image for that channel. Any 
point on the scatter plot that is outside threshold for either channel will be removed from the scatter 
plot leaving only points that are positive for both x and y, that is colocalized.
If thresholds are not set, voxels where both images show background intensity levels may be 
interpreted as colocalized.
Restricting Analysis to Regions of Interest
An ROI, or multiple ROIs can be drawn on the preview.  When ROIs are present the statistics 
generated will be based on only those voxels that are both within the ROI and within the thresholds.  
This allows you to compare different cells or structures within your image sequence.  When multiple 
objects are selected the statistics and scatter plot will represent the voxels from all objects combined.
Statistics
While Volocity is generating the scatter plot and calculating statistics a progress indicator is shown in 
the top right-hand corner of the view.
The statistics presented in the Colocalization window are calculated as follows: 
Thresholded Statistics
Statistics calculated only from intensity values within thresholds.  In the case of Pearson’s Correlation 
this allows more reliable interpretation of values (Barlow et al. 2010).
= intensity of voxel i in image x if  is within thresholds. 
= intensity of voxel i in image y if   is within thresholds.
X
aver
= mean of intensity of voxels within thresholds for image x.
Y
aver
= mean of intensity of voxels within thresholds for image y.
Intensity values outside threshold ranges are ignored.
x
i
x
i
y
i
y
i
Pearson's Correlation  =  
(x
i
−x
aver
)• (y
i
−y
aver
)
i
(x
i
−x
aver
)
2
•(y
i
−y
aver
)
2
i
Overlap Coefficient (R)  =  
x
i
•y
i
i
(x
i
)
2
(y
i
)
2
i
i
How to reorder pages in pdf file - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
reordering pdf pages; how to reorder pdf pages in
How to reorder pages in pdf file - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
how to reverse pages in pdf; how to move pages in pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  322
The overlap coefficient (R) will give a result between 0 and 1.  The use of this coefficient may be 
limited because it assumes the number of pixels within thresholds in both channels are the same.
Each of the split overlap coefficients is sensitive to variation in intensity of the other channel.
Manders et al. (1993) defined two further overlap coefficients:
Where 
if   is within the intensity range defined by the ROI, 
if   is outside 
the intensity range and 
if   is within the intensity range defined by the ROI, 
if   is outside the intensity range.  
Colocalization Coefficients may be values between 0 and 1. 0 indicates that none of the signal within 
thresholds in that channel exists as colocalized with the other channel. A value of 1 indicates that all of 
the signal within thresholds in that channel exists as colocalized with the other channel.
Global Statistics
= intensity of voxel i in image unless  is outside threshold in which case   = 0 
= intensity of voxel i in image y unless   is outside threshold in which case  =0
Pearson’s Correlation is a statistical test for a linear relationship between two variables. Pearson’s 
Correlation can vary between –1 and 1. A correlation of 0 means there is no linear relationship 
between the variables.  –1 and 1 indicate perfect negative and perfect positive linear relationships 
respectively. Setting values outside of threshold to 0 and including them in calculation of mean for 
each channel biases results towards the positive and will be detrimentally affected by background 
signals.  Interpreting values below 0.5 is difficult.  For this reason Volocity offers the thresholded 
Pearson’s Correlation Coefficient as described above.
Overlap Coefficient (kx) =  
x
i
•y
i
i
(x
i
)
2
i
Overlap Coefficient (ky) =  
x
i
•y
i
i
(y
i
)
2
i
Colocalization Coefficient (Mx)  =  
x
i,coloc
i
x
i
i
Colocalization Coefficient (My)  =  
y
i,coloc
i
y
i
i
x
i,coloc
=x
i
y
i
x
i,coloc
=0
y
i
y
i,coloc
=y
i
x
i
y
i,coloc
=0
x
i
x
i
x
i
x
i
y
i
y
i
y
i
Pearson's Correlation  =  
(x
i
−x
aver
)• (y
i
−y
aver
)
i
(x
i
−x
aver
)
2
•(y
i
−y
aver
)
2
i
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
C# TIFF - Sort TIFF File Pages Order in C#.NET. Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview.
move pages within pdf; how to rearrange pdf pages in preview
C# PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in C#.net
C# .NET, add new PDF page, delete certain PDF page, reorder existing PDF pages and split may choose to only rotate a single page of PDF file or all
change page order in pdf reader; rearrange pdf pages online
Colocalization
323    PerkinElmer          
Voxel Ratio Ch.X / Ch. Y refers to the ratio of number of voxels within threshold and may be used to 
assist in interpreting the thresholded statistic overlap coefficient (R).
For further explanation of these statistics see the following references:
M.M. Manders, P. J. Verbeek & J. A. Aten
Measurement of co-localization of objects in dual colour confocal images
Journal of Microscopy 1993 Vol. 169, pp. 375-382
S. Bolte & F. P. Cordelieres
A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy
Journal of Microscopy 2006 Vol. 224, pp. 213-232
A. L. Barlow, A. Macleod, S. Noppen, J. Sanderson and C. J. Guerin
Colocalization Analysis in Fluorescence Micrographs: Verification of a More Accurate Calculation of 
Pearson’s Correlation Coefficient
Microscopy and Microanalysis 2010 In press
Generating Output 
There are two methods for generating output using the principles of the Colocalization View:
ɸ
Generate Colocalization, which can be set up to generate a field statistics measurement, 
a scatter plot, a colocalization channel, a merged channel, and PDM channels for  all 
timepoints.
ɸ
Calculate Object Colocalization task used in a measurement protocol, which measures 
the Pearson’s correlation coefficient and colocalization coefficients Mx and My for each 
object and displays them in the table area of the Measurements View.
Generate Colocalization 
Select Generate Colocalization from the Colocalization menu and choose the required output.  This 
will be generated for all timepoints in the image sequence.
ɸ
Field statistics are stored within a measurements item in your current library.  The field 
statistics measurements item contains a record of the co-localisation statistics of the 
voxels included in your analysis. Each time point in your image sequence will have a row 
devoted to it in the field statistics measurement item. 
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
Sort and Reorder PowerPoint Slides Range with VB amount of robust PPT slides/pages editing methods powerful & profession imaging controls, PDF document, image
rearrange pages in pdf document; move pages in pdf acrobat
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
Users can use it to reorder TIFF pages in ''' &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
rearrange pdf pages in reader; rearrange pdf pages reader
Volocity Quantitation Reference
September 2011  324
The scatter plots are saved to a folder in the current library. Each scatter plot is stored as a 2D image 
and may be exported.
ɸ
A Colocalization channel is made from any voxels that are selected with a ROI on the 
scatter plot. These voxels are marked in the Colocalization view preview with the colored 
overlay i.e. those that are selected on the scatter plot. The channel is produced from a 
brightest point merge honoring the color and intensity of those voxels in the original 
channels.  If no voxel are selected on the scatter plot the colocalization channel appears 
black.
ɸ
A merged channel is made by generating a brightest point merge of the two source 
channels. Merged channels such as this are often used for simple red plus green gives 
yellow (in areas on colocalization) visual analysis of colocalization.  We recommend that 
you only use this channel for simple visual illustration purposes. 
ɸ
A template channel is generated if your analysis was restricted to a ROI in the preview.  
The overlay is intended to clearly illustrate which voxels were included in the analysis.  
Voxels with a value of 0 in the template channel were included in the analysis, voxels with 
a value of 255 in the template channel were excluded from the analysis. 
ɸ
PDM channels are generated by calculating the product of the difference from the mean for 
each voxel from the two channels analyzed.  For two channels,  X and Y the following 
calculation is performed at each voxel:
PDM = (X
i
– X
mean
) • (Y
i
-Y
mean
  Where X
i
is the intensity of the voxel for channel X and Y
i
is the 
intensity of the voxel for channel Y. 
Volocity generates two PDM channels, a positive channel which is colored yellow, and a negative 
channel which is colored purple.
PDM Channels 
Volocity generates two PDM channels, a positive channel which is colored yellow, and a negative 
channel which is colored purple. 
Voxels for  which both X
i
and Y
i
are above the mean show positive correlation and are included the 
positive (yellow) PDM channel.
Voxels for which either channel is below the mean whilst the other channel is above the mean show 
negative correlation (exclusion) and are included in the negative (purple) PDM channel. 
Voxels for which both channels are below the mean are not displayed in the PDM channels. 
Although the negative PDM channel is derived from negative values, all the voxels in this channel are 
displayed as positive values.
Both PDM channels are floating point channels, the highest possible PDM value is calculated by 
performing the PDM calculation ((X
i
– X
mean
) • (Y
i
-Y
mean
)) with all possible combinations of the 
highest and lowest voxel values in the two channels, regardless of whether the voxels with these 
extreme values are actually co-localized or not. The greatest possible value generated from the 
extreme values is normalized to 1, all the voxels in the PDM channels are displayed according to this 
scale. The white point of both PDM channels is set to 1, the black points are set to 0.
The PDM channels are intended to give a clear visual display of areas and degree of positive 
correlation (in yellow) and areas and degree of negative correlation in (in purple). 
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
delete or remove certain page from PDF document file. C# PDF Page Processing: Sort PDF Pages - online C#.NET tutorial page for how to reorder, sort, reorganize
how to rearrange pages in pdf document; how to rearrange pages in a pdf document
Read PDF in Web Image Viewer| Online Tutorials
for image viewing to read, edit, create or write PDF documents from file or stream in Extract images from PDF documents; Add, reorder pages in PDF
pdf change page order online; how to reorder pdf pages in reader
Colocalization
325    PerkinElmer          
If both channels show random distributions both PDM channels should look dark. 
Calculate Object Colocalization
Use this task within a measurement protocol in the Measurement View. Find objects using tasks 
added to the protocol and then add Calculate Object Colocalization to generate Pearson’s Correlation,  
M
x
and M
y
for each. As discussed above, it is essential to set thresholds for each channel and the 
Measure Object Colocalization task allows thresholds to be set. Alternatively, after configuring the 
Colocalization View the settings in the view may be read into the task.
VB.NET TIFF: VB.NET Sample Code to Process & Manage TIFF Page
certain TIFF page, and sort & reorder TIFF pages in Process TIFF Pages Independently in VB.NET Code. powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to reorder pages in pdf preview; pdf rearrange pages
C# Word: How to Create Word Document Viewer in C#.NET Imaging
in C#.NET; Offer mature Word file page manipulation functions (add, delete & reorder pages) in document viewer; Rich options to add
rearrange pages in pdf online; reorder pages of pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  326
The Measure Object Colocalization task calculates M
x
and M
y
for the voxels present within objects 
selected by the rest of the protocol.  The earlier stages of the protocol find objects.  M
x
and M
y
are 
calculated for those objects.  
Important Considerations
It is important to have adequate separation of the two fluorescence signals, with no overlap between 
emission of one and excitation of the other. This affects choice of filters as well as fluorochromes 
themselves. 
Colocalization can only analyze the voxel values presented in the selected images. It is the user’s 
responsibility to ensure the images are valid for the study they are carrying out.  
Users may wish to deconvolve images before processing. Iterative Restoration is appropriate for this 
application since it preserves voxel intensity values.
Colocalization assumes that there has been no voxel shift between the capture of the two channels 
and that they are perfectly aligned. Adequate controls are also essential to avoid the possibility of 
false colocalization, for example generated by non-specific labeling.
FRAP Analysis
Data from External Sources
FRAP analysis can be performed on time resolved data sets that were acquired using the Volocity 
FRAP preview, or on datasets that were acquired on other imaging systems and imported into 
Volocity.  Datasets acquired using the Volocity FRAP preview already have the information required to 
perform FRAP analysis associated with them, however, some information needs to be added to 
datasets acquired on other imaging systems. 
In order to be valid for FRAP analysis, an image sequence must have at least one time point before 
bleaching begins, and at least 3 times points following bleaching. 
The information required by Volocity is the time and position of the FRAP bleaching event. To add this 
information to an image sequence, select the sequence in the library view, and select the Image tab.  
Use time navigation (Image menu, Show Time Navigation) to find the first post-bleach frame, the first 
frame in which the bleached area is present.  Use an ROI tool to mark the boundaries of the bleach 
area.  To improve accuracy you can use the zoom tool to enlarge the image, use the ROI control 
points to edit the position of the ROI.
FRAP Analysis
327    PerkinElmer          
Select Set FRAP parameters... from the Tools menu.
The Set FRAP parameters dialog opens.  By default the end of the bleach time will be set to the 
current timepoint.  There are also options to set the end of the bleach time to another timepoint or 
time. 
The end of the bleach time is important because the post bleach intensity is normalized to the end of 
the bleach time.  It is given an intensity value of 0 (the last frame before the bleach is given an 
intensity of 1), all subsequent timepoints are then plotted to this scale. 
If there is a significant delay between the end of the bleach phase of the acquisition and the start of 
the acquisition of the post bleach images, you can record this in the Bleach to imaging time: field of 
the dialog.  
If no Bleach to imaging time has been set, the time that the first post bleach frame was acquired will 
be treated as “time zero”, the intensity of the bleached region will be treated as “intensity zero”. 
Bleaching to imaging time field
Volocity Quantitation Reference
September 2011  328
If a bleaching to imaging time is set, the end of the bleach will be treated as time zero, “intensity zero” 
will be predicted from the fitted curve. 
When Set is selected the end of the bleach time will be recorded with the image sequence and a 
template channel that records the position of the bleach area will be added to the image sequence. 
Carrying Out FRAP Analysis
Prior to carrying out FRAP analysis you should consider applying the following corrections to your 
FRAP recovery data: 
ɸ
Background correction
ɸ
Photobleaching correction
Background Correction
Volocity provides a flexible background correction tool that allows you to correct images based on 
either division of images with a bright reference image, subtraction of a dark reference image or 
subtraction of fixed offset values from images (for more details please Correcting Background).
If you wish to apply background correction to your FRAP image sequences, acquire any correction 
images that you require and create your background correction item in your library. Select the images 
that you wish to correct and apply background correction from the Tools menu.  
Analysis with no 
bleaching to imaging 
time set.  The first 
frame is used to set 
time zero and 
intensity zero.
Analysis with a 
bleaching to imaging 
time of 1000 ms. The 
end of the bleach is set 
to time zero.  Intensity 
zero is predicted from 
the fitted curve.
FRAP Analysis
329    PerkinElmer          
Photobleaching Correction
The Volocity photobleaching correction tool corrects for photobleaching by applying correction factors 
to images that restore their intensity to the intensity of the first image in an image sequence. Without 
photobleaching correction it is likely that you will get an underestimation of the mobile fraction from 
you FRAP analysis.  
There are two methods of applying photobleaching correction. Apply whichever is appropriate for your 
experiment.
ɸ
Based on a region of interest. To apply a correction based on a region of interest you 
must have your image sequence open in the Image View.  Select an ROI and then select 
Correct Photobleaching... from the Tools menu. Make sure that you select the 
appropriate channel for correction.
When photobleaching correction based on an ROI is applied Volocity multiplies the whole image by 
whatever correction factor is required for each time point to keep the ROI at 100% intensity throughout 
the image sequence. Because it requires an ROI to be selected it cannot be used to batch correct 
multiple channels. A progress bar appears whilst correction is taking place. Based on the whole 
image. Select Correct Photobleaching... from the Tools menu. Make sure that you select the 
appropriate channel for correction. Volocity multiplies the whole image by whatever correction factor is 
required for each time point to keep the whole image at 100% intensity throughout the image 
sequence. Photobleaching correction based on the whole image does support batch processing. To 
batch process several image sequences, select them in your Volocity library before selecting Correct 
Photobleaching... from the Tools menu. 
Normalization 
You may include as many data sets as you wish in a single FRAP analysis. So that multiple data sets 
can be pooled, Volocity normalizes FRAP data by setting the intensity of bleach areas in the last 
frame before bleaching to 1 and by setting the intensity in the first frame after bleaching to 0, all 
intensity measurements are then made according to this scale. 
Select the image sequences that you wish to include in your analysis and select FRAP Analysis... 
from the Tools menu.
FRAP Analysis
1. Select the channel on which FRAP analysis is to be performed.
2. Select the appropriate bleaching mask channel; this is the FRAP template channel created when 
we acquired the image sequence (the correct mask channel should be selected by default 
provided that the channel names have not been changed).
3. Select the appropriate equation.
ɸ
The Single Exponential equation is appropriate for a single binding state (see Sprague and 
McNally (2005) for further information on single binding states).
Volocity Quantitation Reference
September 2011  330
ɸ
The Single Constrained Exponential equation is appropriate for a single binding state 
where you wish to constrain the curve fit to have a value of 0 at time 0, i.e. pass through 
the origin.
ɸ
The Double Exponential equation is appropriate for two binding states or more complex 
transfer barriers. However, be aware that this equation will fit almost all recovery curves 
and does not necessarily indicate two binding states for your molecule of interest (see 
Spague and McNally (2005)) for further information on two independent binding states and 
the caution required to use this equation).
ɸ
The Soumpasis analytical solution (Soumpasis1983) provides a solution for pure diffusion.
ɸ
Specify a name for the measurement item in which to store the result and click Analyze. 
When analysis is complete your measurement item will automatically open in the Chart 
view.
References
Axelrod D, Koppel DE, Schlessinger J, Elson E and Webb WW (1976)  
Mobility measurement by analysis of fluorescence photobleaching recovery kinetics.  Biophys. 
J.16:1055-1069
Soumpasis D.M. (1983)  
Theoretical analysis of fluorescence photobleaching recovery experiments.  Biophys. J.41:95-97
Sprague BL and McNally JG (2005)  
FRAP analysis of binding: proper and fitting.  Trends in Cell Biology.  15:84-91 
FLIP Analysis
As with FRAP analysis, you may wish to background correct and photobleaching correct your image 
sequence before analysis. 
.  An image sequence making up a FLIP experiment consists of three elements:
ɸ
a bleached area of interest
ɸ
anon- bleached area of interest.  The experiment is to determine whether the molecules 
are moving between the two areas and at what rate.
ɸ
A control cell or region of interest from a compartment that is not connected to the 
bleached areas in any way.
1. Open your image sequence in the measurements view. 
2. Select ROIs for analysis. In this case ROI A may be connected to the bleach area (mobile 
molecules would be free to diffuse between the bleach area and ROI A), but ROI B can not 
Documents you may be interested
Documents you may be interested