c# show a pdf file : How to rearrange pdf pages reader software SDK cloud windows wpf azure class VolocityuserGuide33-part789

FLIP Analysis
331    PerkinElmer          
possibly connected to the bleach area.  A dramatically higher bleach rate for ROI A than ROI B 
would demonstrate that molecules are freely diffusing between ROI A and the bleach area. 
3. Select Measure all timepoints from the Measurements menu.
4. Select Create measurements item from the Measurements menu.
5. Name your measurements item and click OK.
6. Open the measurements item and select the Analysis tab. Select Analyze from the Analysis 
menu. The Edit Analysis dialog opens. 
7. Set the Analysis dialog as follows:
ɸ
Analyze these data = Mean
ɸ
Summarize by = Value
ɸ
Row = Timepoint
ɸ
Column = Name
ɸ
Page = None
8. In the Normalize tab check the Normalize to data, and select timepoint 1 from the drop down 
menu. This results in intensity values being calculated as a percentage of their initial values. This 
makes changes in intensity clearer, and makes comparison of the intensity changes in the two 
areas possible.
9. Click OK.
How to rearrange pdf pages reader - re-order PDF pages in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support Customizing Page Order of PDF Document in C# Project
move pages in pdf online; how to reorder pages in a pdf document
How to rearrange pdf pages reader - VB.NET PDF Page Move Library: re-order PDF pages in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Sort PDF Document Pages Using VB.NET Demo Code
how to reorder pages in pdf reader; reorder pdf page
Volocity Quantitation Reference
September 2011  332
10. Your Analysis now contains four columns. Two with raw intensity values over time and two with 
normalized intensity values over time. So that you plot only the normalized values hide the 
columns containing raw values. Select Analysis Columns... from the Analysis menu and uncheck 
the boxes corresponding to the raw values (leaving the boxes that correspond to normalized 
values checked) and click OK.
11. Select the Chart Tab.
12. Select the Setup Chart button
13. In the Edit chart dialog set the chart to “Line” and click OK. 
C# TIFF: How to Reorder, Rearrange & Sort TIFF Pages Using C# Code
C# TIFF - Sort TIFF File Pages Order in C#.NET. Reorder, Rearrange and Sort TIFF Document Pages in C#.NET Application. C# TIFF Page Sorting Overview.
how to move pages in pdf reader; how to rearrange pages in pdf using reader
VB.NET TIFF: Modify TIFF File by Adding, Deleting & Sort TIFF
you want to change or rearrange current TIFF &ltsummary> ''' Sort TIFF document pages in designed powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to move pdf pages around; move pages in pdf document
FRAP Measurement Item
333    PerkinElmer          
In our example we can see that ROI A (plotted in Red) loses fluorescence in comparison to ROI B 
(plotted in blue). This demonstrates that the fluorescence material in ROI A is able to move freely into 
and out of the bleaching area, unlike the material in ROI B which can never enter the bleaching area. 
In this case photobleaching was corrected based on a third ROI, which was unconnected to ROI A or 
B. 
FRAP Measurement Item
The FRAP Analysis... command in the Tools menu generates a measurement item. Designed 
specifically for FRAP analysis the information in this measurement item will be laid out in a different 
way compared to one created by other measurement actions in Volocity and you will interact with it 
differently.
The Chart View provides the most accessible view of the results. The FRAP measurement item will 
open to the Chart View by default.
FRAP charts show the normalized recovery for each of your bleached areas (each recovery is plotted 
in its own color and style), as well as the best fit curve (shown with a line joining each point by default). 
Parameters that are displayed either graphically or in the legend are shown in the table below.
Parameter
Method of Calculation
Chart or Legend
Reference
VB.NET PDF File & Page Process Library SDK for vb.net, ASP.NET
page directly. Moreover, when you get a PDF document which is out of order, you need to rearrange the PDF document pages. In these
move pages in pdf; how to rearrange pages in a pdf reader
C# PowerPoint - How to Process PowerPoint
pages simply with a few lines of C# code. C# Codes to Sort Slides Order. If you want to use a very easy PPT slide dealing solution to sort and rearrange
how to move pages in pdf acrobat; rearrange pages in pdf
Volocity Quantitation Reference
September 2011  334
For a more detailed view of the normalized intensity values from your recoveries as well as the curve 
fitted recovery values select the Raw tab. Note the Rel Time column; this represents the time relative 
to the first frame to be acquired after bleaching, which is set to 0. 
Ratio Analysis
Volocity ratioing allows you to carry out offline analysis of ratioed pairs of images. It requires an image 
sequence containing at least two channels. The channels must be the same depth but may be 8-bit, 
16-bit or floating point. The ratio is always calculated as Channel A / Channel B, therefore, it is 
important to specify the channels correctly in the Ratio dialog. 
1.
Applying Ratio Calculation
Open an image sequence containing 2 or more channels. 
2. Choose Ratio... from the Tools menu. The ratio option is available when any of the tabs in the 
image sequence are active, but working from the Image View allows you to use an ROI drawn in 
that view to set background values for subtraction. 
1
/
2
Time taken for the intensity of the 
bleached area to recover to half of 
the plateau intensity
Both
Mobile Fraction 
(F
m
)
Normalized intensity at plateau
Both
Immobile 
Fraction (F
i
)
Normalized pre-bleach intensity-
normalized intensity at plateau
Both
Diffusion 
Coefficient (D)
Legend
Axelrod et al 1976
Fitted Equation
Equations are fitted to the raw data 
using the least squares method
Legend
T
D
(Characteristic 
diffusion time, 
Soumpassis 
equation only)
Derived by fitting the Soumpassis 
equation to the raw data
Legend
Soumpassis 1983
VB.NET Word: How to Process MS Word in VB.NET Library in .NET
well programmed Word pages sorter to rearrange Word pages in extracting single or multiple Word pages at one & profession imaging controls, PDF document, image
reorder pages in pdf file; reordering pages in pdf document
Process Images in Web Image Viewer | Online Tutorials
used document types are supported, including PDF, multi-page easy to process image and file pages with the deleting a thumbnail, and you can rearrange the file
how to move pages within a pdf; pdf change page order acrobat
Ratio Analysis
335    PerkinElmer          
3. Select which channels in the image sequence should be used for Channel A and Channel B. A 
constant background value may be subtracted from every voxel in every image of each channel, if 
required. If source images are already background subtracted, go to step 4.
Note: Subtraction of a background constant is relevant only if the source images are evenly 
illuminated.
4. Enter a value in the Subtract field or draw an ROI on the Image View before opening the Ratio 
dialog and click Get from ROI next to the Subtract field. Volocity will use the mean intensity from 
that ROI for each channel as the value to subtract. This value will be subtracted from the intensity 
value of every voxel before processing the ratio calculation.  If an ROI is drawn on the Image the 
option to Recalculate for each timepoint will be available and selecting it means the mean value 
in the ROI will be recalculated and used as the value for subtraction in each timepoint.
5. Set threshold values for each channel by typing a value in the Threshold field. Thresholds allow 
removal of signals that would interfere with interpretation of results.
For example, there will be areas in the images where low intensities in each of the A and B channels 
produce similar ratio values to higher intensities in other areas. Thresholds will mean a result of  0 
(zero) is set when one of the source voxels has an intensity at or below the threshold. 
Use the Voxel Spy to pick out an exact threshold value or ask Volocity to Calculate the value for you. 
The calculate option determines the modal intensity value for the channel and uses it as the threshold. 
You may wish to apply rainbow colors to the ratioed channel. Check the Apply a rainbow LUT to the 
ratio channel. To optimize the use of the rainbow across the range of ratio values present within the 
results enter Display R minimum and Display R maximum values. This allows the finite range of 
colors available in the lookup table to be used to illustrate most effectively any changes in the ratio 
values. Click Calculate and the maximum and minimum ratio values for the current timepoint will be 
used. To easily compare ratio images with rainbow colors applied, they should all have the same 
Display R minimum and Display R maximum set. In the rainbow LUT the minimum value is shown 
as blue, the maximum as white. By setting Display R minimum and Display R maximum you are 
setting the black and white point of the images. This is what is done automatically by the Auto 
Contrast command in the Tools menu. Auto Contrast should, therefore, be used with caution if ratio 
images are to be used comparatively. 
6. If required, generate an intensity modulated channel that will appear as a new channel in the 
image sequence. Select the modulator image from the Generate drop-down list. This generates a 
millions of colors display channel and may show morphology more clearly at the same time as 
indicating ratio values.
7. If a calibrated channel is required, select one of the two methods in the Generate a calibrated 
channel using drop-down list and enter the appropriate values in the table.   
ɸ
Grynkiewicz: Edit the four constants, as appropriate. These values will be applied to the 
Grynkiewicz equation, see “Grynkiewicz equation” on page 336. The relevant constants for 
the current experiment must be determined according to Grynkiewicz et al (1985).
ɸ
Multi-point: Use the values previously obtained from a calibration experiment for known 
correction of ion. Use the + button to create up to 11 (eleven) points in the table as required 
and enter the Ratio value and corresponding Calibrated value. These points are fitted to 
VB.NET PowerPoint: Sort and Reorder PowerPoint Slides by Using VB.
page will teach you to rearrange and readjust amount of robust PPT slides/pages editing methods and powerful & profession imaging controls, PDF document, image
how to rearrange pdf pages reader; move pages in pdf file
Volocity Quantitation Reference
September 2011  336
a third order polynomial or S-shaped curve. The preview graph provides a visual check 
that the calibrated values entered are sensible. 
The preview shows a brightest point merge of the resultant ratioed image for the current timepoint. If 
the sequence contains multiple timepoints, use the play controls to view the effect of the parameters 
through the time series. 
8. Click Ratio to apply the ratio calculation and create a ratio channel in the image sequence. If 
specified, Volocity also creates a calibrated ratio and an intensity modulated channel. Channels 
may be hidden using the controls on the channel controls panel.  If these are not visible go to the 
Image menu, Show Channels.
Note: If appropriate, use the Save.. and Restore... buttons to save the settings for use in other 
experiments.
Measuring Ratio Channels
Target the appropriate channel when carrying out measurements, so that you obtain the required 
measurement units: ratio units or calibrated units. If drawing regions of interest to follow changes over 
time it may be beneficial to use the intensity measurements that ignore 0. 
Using Color Reference with Ratio Images
To display ratio or calibrated images it may be beneficial to show the color reference on the Image 
View. This will show the values represented by the colors. Select Show Color Reference from the 
Image menu.
Grynkiewicz equation
Ca
2+
= intracellular Ca 2+ concentration
K
D
= dissociation constant of fura -2
B = fluorescence signal at 380 nm at 0µM.l
-1
Ca
2+
/fluorescence signal at 380 nm at 39.8µM.l
-1
Ca
2+
.
Grynkiewicz, G. Poenie, M. and Tsien, R. Y. 
A new generation of Ca
2+
indicators with greatly improved fluorescence properties. 
[
]
R
R
R R
K
i
Ca
D
Β
=
+
max
min
2
)
* *(
FRET Analysis
337    PerkinElmer          
Journal of Biological Chemistry 1985 Vol. 260, pp. 3440-3450
FRET Analysis
FRET analysis allows accurate FRET measurements and generation of net FRET (or “corrected” 
FRET) and normalized FRET images for publication. 
The analysis currently offered by Volocity is the 3-image FRET technique, as described by Gordon et 
al. (1998) and Xia and Liu (2001). 
References
The following references should be used to find further information on the technique and guidance on 
interpretation.
Gerald W. Gordon, Gail Berry, Xiao Huan Liang, Beth Levine, and Brian Herman 
Quantitative Fluorescence Resonance Energy Transfer Measurements Using Fluorescence 
Microscopy. Biophysical Journal 1998 Vol. 74, pp. 2702-2713
Zongping Xia and Yeuchueng Liu. 
Reliable and Global Measurement of Fluorescence Energy Transfer Using Fluorescence 
Microscopes. Biophysical Journal 2001 Vol. 81, pp. 2395-2402
Youvan DC, Coleman WJ, Silva CM, Peterson J, Bylina EJ and Yang MM. 
Fluorescence imaging micro-spectrophotometer. Technology et alia 1997 Vol. 1, pp. 1-16
FRET
FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) is the non-radiative transfer of energy from an 
excited fluorophore (donor) to another fluorophore (acceptor). FRET only occurs when the molecules 
concerned are in very close proximity (1-10nm). This makes it a valuable technique for studies where 
distances and interactions between molecules are of interest. 
Data Acquisition
Three images are required for each data point: a Donor image, an Acceptor image, and a FRET 
image. For example, one typical donor/acceptor pair is CFP and YFP. 
ɸ
Donor image = Excite with CFP filter, CFP dichroic, emit with CFP filter
ɸ
Acceptor image = Excite with YFP filter, YFP dichroic, emit with YFP filter
ɸ
FRET image = Excite with CFP filter, CFP dichroic, emit with YFP filter
Volocity combines the three input images on a voxel-by-voxel basis according to the chosen FRET 
method. The output is a floating-point value at each voxel.
ɸ
All images should be in proper register before FRET analysis. 
ɸ
Images must be grayscale 8, 16 or floating bit depth.
ɸ
All images must be the same depth.
Calculating Bleed-through Constants
Volocity requires two values that represent the bleed-through or cross-talk of each dye (Donor and 
Acceptor) into the FRET filter set. These values are calculated at the start of the experiment and 
should be recalculated if any change is made to the system that could affect transmission 
characteristics or sensitivity to wavelengths of light. 
Note: The FRET bleed-through dialog does not offer subtraction of any background values. If you 
wish to subtract background from the images used to calculate bleed-through, this should be done 
before using the images in FRET analysis. Alternatively, calculate your own bleed-through using 
values obtained by measuring appropriate ROIs in the images, as follows:
(intensity within cell(s) recipient-background intensity recipient) / (intensity within cell(s) source-
background intensity source)
1. Set up the constant for the Donor channel. An image sequence containing donor and FRET 
channels from a sample containing only the donor fluorochrome is required.
2. Define an ROI or multiple ROIs on the Image View. 
Volocity Quantitation Reference
September 2011  338
3. Select FRET Bleed-through... from the Tools menu.
4. Nominate a Source channel (where the bleed-through is coming from, in this case the donor 
channel) and a Recipient channel (where the bleed-through is detected, in this case the FRET 
channel). In a sample containing only donor fluorochrome any signal detected in the FRET 
channel must be bleed-through. 
5. Select the channel to which the bleed-through constant should be applied in the Use as default 
bleed-through constant for drop-down list, in this case Donor. 
6. Click on Save. The constant will be applied when you carry out the FRET calculation, as 
described in the next section. The bleed-through value is a normalised percentage between 0.0 
and 1.0.
ɸ
The value is calculated as the mean intensity of the recipient divided by the mean intensity 
of the source.
ɸ
If you have defined multiple ROIs, Volocity calculates a mean of the mean values.
7. Now create the constant for the Acceptor channel. An image sequence containing acceptor and 
FRET channels from a sample containing only the acceptor fluorochrome is required. Repeat 
steps 2 to 6.
Using the FRET dialog
1. Open an image sequence containing 3 or more channels, which represent a Donor channel, an 
Acceptor channel and a FRET channel. 
FRET Analysis
339    PerkinElmer          
2. Choose FRET... from the Tools menu.    
3. Select the Method of FRET calculation to be used from the drop-down list.
4. Select which channels should be used for Donor, FRET and Acceptor. A constant background 
value may be subtracted from every voxel in every image of each channel, if required. If source 
images are already background subtracted, 
Note: Subtraction of a background constant is relevant only if the source images are evenly 
illuminated.
5. Enter a value in the Subtract field or draw an ROI on the Image View before opening the FRET 
dialog and click Get from ROI next to the Subtract field. Volocity will use the mean intensity from 
that ROI for each channel as the value to subtract. This value will be subtracted from the intensity 
value of every voxel before processing the FRET calculation.
6. Set threshold values for each channel by typing a value in the Threshold field. Thresholds allow 
removal of signals that would interfere with interpretation of results.
For every voxel position for which one of the source voxels has an intensity value at or below 
threshold, the value of that voxel position in the result image is set to 0 (zero).
Use the Voxel Spy to pick out an exact threshold value or ask Volocity to Calculate the value for you. 
The calculate option determines the modal intensity value for the channel and uses it as the threshold.
7. Enter bleed-through constants to be used. Click Restore Defaults to apply the Bleed–through 
constants stored from the last bleed-through calculation.
Volocity Quantitation Reference
September 2011  340
8. Preview the corrected FRET image. The preview shows a brightest point merge of the resultant 
FRET image. If the sequence contains multiple timepoints, use the play controls to view the effect 
of the parameters through the time series.
9. You may wish to apply rainbow colors to the output channel. Check the Apply a rainbow LUT to 
the net FRET channel. To optimize the use of the rainbow across the range of values present 
within the results enter Display minimum and Display maximum values. 
This allows the finite range of colors available in the lookup table to be used to illustrate most 
effectively any changes in the FRET values. Click Calculate and the maximum and minimum FRET 
values for the current timepoint will be used. To easily compare FRET images with rainbow colors 
applied, they should all have the same Display minimum and Display maximum set. In the rainbow 
LUT the minimum value is shown as blue, the maximum as white. By setting Display minimum and 
Display maximum you are setting the black and white point of the images. This is what is done 
automatically by the Auto Contrast command in the Tools menu. Auto Contrast should, therefore, be 
used with caution if FRET images are to be used comparatively.
10. If required, generate an intensity modulated channel that will appear as a new channel in the 
image sequence. Select the modulator range from the Generate drop-down list. This generates a 
millions of colors display channel and may show morphology more clearly at the same time as 
indicating FRET values.
11. Click FRET to apply FRET calculation and create a corrected FRET channel in the image 
sequence. If specified, Volocity also creates an intensity modulated channel. New channels 
created will be reflected by extra controls in the Channel Controls panel and may be hidden using 
these controls.  The Voxel Spy tool will show the relevant netFRET or corrected FRET values 
where appropriate.  .
Measuring Corrected FRET Channels
FRET channels in image sequences may be measured in the same way as any other channel. When 
measurements are made on a FRET channel values for min, max, mean will be in the appropriate 
FRET units. If drawing regions of interest to follow changes over time, it may be beneficial to use the 
intensity measurements that ignore 0. This will ensure that if background areas are included when the 
ROIs are drawn, they will not influence the results.
Using Color Reference with FRET images
To display corrected FRET images it may be beneficial to show the color reference on the Image 
View. This will show the values represented by the colors. Select Show Color Reference from the 
Image menu.
Intensity Modulated Images
The IM image uses pseudocolor and intensity to display a FRET output image. Color is used to 
represent FRET values, intensity represents the intensity of one of the input images. This technique 
helps reflect spatial information since the intensity of the original images is reflected in the resultant 
image. 
To produce the IM image the intensity of each voxel of the FRET output image is scaled based on the 
range of intensities in the input images. The source image used for this is called the modulator image. 
The modulator image can be one of the source images, the brightest of the source images or the 
average of the source images.
The range of colors in the IM image is determined by the look up table applied to the FRET output 
image. 
The range of intensities in the IM image is determined by the range of intensities in the modulator 
image.
Documents you may be interested
Documents you may be interested