display pdf byte array in browser c# : Save pdf after rotating pages control application system web page azure html console BatchCoordinatorUserManual1_0_10-part1230

Batch Coordinator V 1.0
User Manual
Save pdf after rotating pages - rotate PDF page permanently in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Empower Users to Change the Rotation Angle of PDF File Page Using C#
rotate pdf page few degrees; pdf page order reverse
Save pdf after rotating pages - VB.NET PDF Page Rotate Library: rotate PDF page permanently in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
PDF Document Page Rotation in Visual Basic .NET Class Application
rotate pages in pdf permanently; rotate pages in pdf and save
© Bitplane 2008
1
Introduction
Batch Coordinator is an easy to use software designed specially for the effective image processing and
analyses. It simplifies and automates image processing and analysis by executing the specified and
customized commands on each image within a multiple image data set. 
By applying the specific command sequence to a large numbers of images, Batch Coordinator allows
benefits of: 
Significantly reducing multiple image analysis and processing time
 Increasing the reproducibility of repetitive procedures by decreasing risk of inconsistency 
Facilitating comparison and evaluation of multiple data sets by standardized  output 
 Improving and optimizing the overall system utilizations by reducing resource consumption
 Increasing the  flexibility of the system and reusability by decoupling the software components
VB.NET Word: VB.NET Code to Rotate Word Page Within .NET Imaging
Here, we can recommend you VB.NET PDF page rotating tutorial Without losing any original quality during or after the Word page rotating; Save the rotated
rotate all pages in pdf and save; rotate a pdf page
VB.NET Image: Image Rotator SDK; .NET Document Image Rotation
rotator control SDK allows developers to save rotated image That is to say, after you run following powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
how to reverse pages in pdf; rotate pdf page and save
Imaris Batch
1.1
Preface
Information in this book is subject to change without notice and does not represent a commitment on the part
of Bitplane AG. Bitplane AG is not liable for errors contained in this book or for incidental or consequential
damages in connection with the use of this software.
This document contains proprietary information protected by copyright. No part of this document may be
reproduced, translated, or transmitted without the expressed written permission of Bitplane AG, Zurich,
Switzerland.
For further questions or suggestions please visit our web site at: 
www.bitplane.com
or contact support@bitplane.com
.
Bitplane AG
Badenerstrasse 682
8048 Zurich
Switzerland
© November 2008, Bitplane AG, Zurich.
All rights reserved. Printed in Switzerland.
Batch Coordinator User Manual V 1.0
VB.NET Image: Web Image and Document Viewer Creation & Design
and print such documents and images as JPEG, BMP, GIF, PNG, TIFF, PDF, etc. Upload, Open, Save & Download Images & Docs with Web Viewer. After creating a
saving rotated pdf pages; how to rotate a pdf page in reader
VB.NET Image: Image Cropping SDK to Cut Out Image, Picture and
of this VB.NET image cropping process: decode the source image file to bitmap, crop bitmap and save cropped bitmap to original image format. After you run this
pdf reverse page order preview; rotate all pages in pdf file
© Bitplane 2008
1.2
Product Overview
Batch Coordinator collects commands, that you might ordinarily issue in Imaris, into a single batch job and
execute them together, rather than  entering each command individually  and processing each image
separately. 
Batch Coordinator ensures that image analysis and processing is carried out in exactly the same way, every
time for every single image in a large data set.
The Batch job has four stages:
1.To start Batch processing a command sequence is created in Imaris with customized and adjusted
parameter values. By default, commands will be submitted to the Batch Coordinator automatically each
time they are submitted using Imaris. 
2.Selecting images for processing and analysis using Batch Coordinator. Images are placed in the input file
list and added to the Processing Queue. Output file names and directory were automatically generated
and placed in the output file list. 
3.Running Batch Coordinator, executing the complete command sequence on selected input files and
collecting results in the output file list. 
4.Reviewing the results.
Batch
Coordinator
Features
The Batch Coordinator has following features:
 Customize and standardize command sequence executed on each input file within a large data set.
 Automatically generate a new directory and output file names for each Batch job
 Pause, resume, cancel, and obtain the status for any submitted batch and/or any individual job 
Manage batch job by add or delete commands and fine-tuning parameters values 
 Launch externals applications to inspect input / output data files (i.e. Imaris, or Excel)
 Runs both on Mac and Windows
.
Command
Sequence
A command sequence can include following commands:
- Flip, rotate, invert, convert, crop Data Set, etc.
- Crop, resample, add / delete, swap channels and time points etc.
- Change the data type, voxel size and time stamps
- Apply a Gaussian or Median filter
- Threshold Adjustment by Baseline and Background Subtraction, Threshold Cut-off, Connective Baseline
- Contrast change by Linear Stretch, Gamma Correction, Normalize Intensity
- Display Adjustment
- Spots and Surfaces analysis with Detection, Tracking and Statistics
VB.NET Image: How to Process & Edit Image Using VB.NET Image
Q 2: After I apply various image processing functions to source image file editor control SDK allows developers process target image file and save edited image
pdf rotate all pages; how to change page orientation in pdf document
VB.NET Image: Creating Hotspot Annotation for Visual Basic .NET
hotspot annotation styles before and after its activation img = obj.CreateAnnotation() img.Save(folderName & & profession imaging controls, PDF document, tiff
rotate one page in pdf reader; rotate pdf pages and save
Imaris Batch
1.3
About this Manual
This User Manual describes all the features of the Batch Coordinator  software. The manual provides a
description of all menu entries, display modes, functions and parameters. It is arranged into 14 Chapters as
follows: 
Chapter 1: Provides an introduction
to Batch Coordinator, describing its function and demonstrating its basic
capabilities and features. 
Chapter 2: Describes the installation
procedure, system requirements and licensing
options
Chapter 3: Displays the Main
Screen
and gives an overview of the principal areas and toolbars. 
Chapter 4: Provides details of Batch
Job
creation
. It describes the principles of Command Sequence design,
explaining  the benefits of creating
Command
Sequence
using
Imaris
. An example
with screenshots,
describing how to create a Command sequence and execute a Batch job, is also included in this chapter. 
Chapter 5: Describes the Menu
File
. This section examines the techniques for saving and implementing
existing Command sequences, as well as the options for submitting and executing a Batch job on different
machines. 
Chapter 6: Contains information about the Menu
Edit
. It describes creation/deletion of Batch as well as
addition/removal of Batch files. 
Chapter 7: Gives an overview of Menu
Control
and explains how to execute a Batch job. 
Chapter 8: Describes the Menu
Help
. It presents the commands for displaying documentation or other
information about Batch Coordinator. 
Chapter 9: Provides details of Batch
Area
and summarizes the specific elements of Batch Jobs. 
Chapter 10: Discusses frequently used commands found in Batch
Control
Toolbars
Chapter 11: Describes the Command/Parameter
Area
. It defines all the commands
recognized by Batch
Coordinator. In addition, it gives guidance on modifying parameter values
and emphasizes the importance of
ensuring correct parameter values. 
Chapter 12: Discusses control shortcuts in Command/Parameter
Toolbars
used for managing commands in
the Command Parameter area. 
Chapter 13: Explains the unique features of the Spots
and
Surfaces
commands. 
Chapter 14: Describes the Output
Statistics
File
. It provides a screenshot example of managing statistical
files after executing a Batch job with the Spots and Surfaces commands.
VB.NET Image: VB.NET Code to Add Rubber Stamp Annotation to Image
on image or document files; Able to save created rubber Suitable for VB.NET PDF, Word & TIFF document Method for Drawing Rubber Stamp Annotation. After you have
how to rotate pdf pages and save permanently; rotate individual pages in pdf
VB.NET PDF: VB Code to Create PDF Windows Viewer Using DocImage
What's more, after you have created a basic PDF document viewer in your VB.NET Windows application, more imaging viewer Save current PDF page or the
rotate single page in pdf; rotate single page in pdf reader
© Bitplane 2008
2
Getting Started
This chapter describes:
Installation
Licence
Starting
Batch
Coordinator
2.1
Installation
The software is delivered on a standard CD or downloaded from www.bitplane.com. The CD includes a
folder containing the necessary manuals, or the manuals can be downloaded.
Minimum hardware/software requirements are:
 Windows XP, Vista or higher
 Mac OS x10.40 or higher
 CD-ROM
 Network facilities for image import from the microscope
512 MB RAM (> 1 GB recommended)
Bitplane also recommends:
 A database for storing images (e.g., Image Access) 
Installation
To install the software, please proceed as follows:
 Insert your Batch Coordinator CD-Rom in the computer.
 Follow the instructions on the screen.
 The installation is completed automatically.
2.2
Licensing Options
Batch Coordinator is designed as a high-throughput high-availability software that targets both individuals as
well as large institutes and corporate. It provides the confidence of high-assurance trustworthy systems, in
addition to the benefit of low-cost software support and maintenance, plus guaranteed long-term support
through participation from a booming Imaris community. The Imaris community benefits from frequent
updates, better portability to different computer systems and the ability to directly contribute through software
enhancements and improvements.
Stand
Alone
This licensing option allows Batch Coordinator to be placed on Mac or Windows computer system. Imaris
does not have to be present and this version of Batch Coordinator does not use or depend on the licenses of
Imaris. Stand alone Batch Coordinator is available in the following configurations: 
- Stand-Alone up to 2 parallel jobs
- Stand-Alone up to 4 parallel jobs
- Stand-Alone up to 8 parallel jobs
- Stand-Alone up to 16 parallel jobs
VB.NET Word: VB.NET Code to Draw and Write Text and Graphics on
After creating text on Word page, users are able doc, fileNameadd, New WordEncoder()) 'save word End powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
how to rotate just one page in pdf; pdf rotate single page and save
Imaris Batch
- Stand-Alone up to 32 parallel jobs 
Imaris
Dependent
This licensing option allows Imaris batch to be placed on Mac or Windows computer system, but utilizes
licenses of Imaris and its modules as part of its operation. For example, if you want to perform batch job that
require tracking and the output of the statistics from those tracks, this version of Batch Coordinator would
use the Imaris, Imaris MeasurementPro, and ImarisTrack licenses. The advantage of this option is that it is
lower cost than the stand alone version. The Imaris dependent version of Batch Coordinator comes in two
configurations: 
- Imaris dependent – up to 2 parallel jobs
- Imaris dependent – up to 4 parallel jobs 
2.3
Starting Batch Coordinator
Starting
Batch
Coordinator
It is advisable to start the Batch Coordinator either before or concurrently with the Imaris.
To open Batch Coordinator double-click on the Batch Coordinator icon. 
The software opens with the main screen.
Supported
File
Formats
Batch Coordinator can read the following file formats, i.e. it can read the image and the parameters.
 Andor: Multi-TIFF series (*.tif, *.tiff)
 Applied Precision, Inc: DeltaVision (*.i3d, *.dv)
Biorad: MRC-600, MRC-1024 (*.pic)
 BioVision: IPLab Mac (*.ipm)
 Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
 Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
 Bitplane: Imaris 2.7 Classic/Old (*.ims)
 Bitplane: Imaris Scene File (*.imx)
Carl Zeiss: LSM 510 (*.lsm)
 Carl Zeiss: LSM 410, LSM 310 (*.tif, *.tiff)
 Carl Zeiss: Axiovision (*.zvi)
 Image Cytometry Standard: ICS - used by Nikon, Huygens, and others (*.ics, *.ids)
 Leica: TCS-NT (*.tif, *.tiff)
 Leica: LCS (*.lei, *.raw, *.tif, *.tiff)
 Leica: series (*.inf, *.info, *.tif, *.tiff)
Leica: Image File Format (*.lif)
 Molecular Devices: Metamorph STK (series) (*.stk)
 MRC - primarily electron density volumes as in cryo-EM (*.mrc, *.st, *.rec)
 Olympus: FluoView TIFF (*.tif, *.tiff)
 Olympus: FluoView 1000 OIF (*.oif)
 Olympus: FluoView 1000 OIB (*.oib)
Olympus: Cell^R 1.1/standard (*.tif, *.tiff)
 Open Microscopy Environment XML (*.ome)
 Open Microscopy Environment TIF (*.tif, *.tiff)
 Perkin Elmer: UltraView (*.tim, *.zpo)
 Scanalytics: IPLab (*.ipl)
 TILL Photonics: TILLvisION (*.rbinf)
Plus it can read general TIFF series (or BMP series).
© Bitplane 2008
3
Main Screen
The main screen in Batch Coordinator provides the facility to build, submit and process batch jobs. The main
screen is divided into two areas and has two Toolbar buttons sections: 
 Batch
Area
 Command/Parameter
Area
Batch
Control
Toolbar
 Command
Toolbar
From this screen all of the batch component can be accessed, edit and managed. The menu bar at the top of
the window contains the entries: File
Edit
Control
and Help
.
Each Main screen component is documented in more detail in the following sections.
The figure below presents the Main screen for the  Batch Coordinator.
Batch
area
The central area of the screen is Batch area. Batch area provides detailed specification of Batch. It contains
all the information of Batch: Batch name, input and output files names, user name and Batch status
information.   
Batch
Control
Toolbar
Batch Control Toolbar
contains shortcut buttons named New Batch, Delete Batch, Add Files, Remove Files,
Run, Stop, Reset. These shortcuts represent the core tools available to the user. The same action can be
accessed via the menu File
Edit
or Control
.
Command-Parameter
Area
In the Command/Parameter area, for selected Batch,  the Commands Sequence with the command-specific
parameter Values is displayed. 
Command
Toolbar
The Controls toolbars let you add or delete commands or edit the command sequence arrangement. 
Imaris Batch
4
Batch Creation
Batch consist of Command Sequence executed on the selected input files as a singe command unit, and
the output files, collected in a newly created image file or statistical files. Command sequence contain the
commands with the specified parameters values. A command describes the operation you want execute on
an input dataset and specifications that a command uses to perform its action are called parameters. Batch
Coordinator offers a variety of available commands for Batch processing, some most frequently used ones
for image processing (Gaussian filter, Threshold adjustment) and some more complex like Surface and Spot
detection.
A Command sequence can be created either using Imaris
or directly in Batch
Coordinator
4.1
Creating  Command Sequence using Imaris
From Imaris commands with 
Add to Batch button
can be submitted for Batch processing.
Imaris command that can be submitted to Batch are in the menu Image Processing and menu Edit. For
Commands Surfaces
and
Spots
, Imaris Creation Wizard must be  used  for selecting and  adjusting
parameters and the Tab Creation 
for submitting. 
Using following procedure,
Command sequence is set up in Imaris and submitted to Batch Coordinator.
1. Open an image in Imaris.
2. Select the first command that will be applied to all images.
3. Adjust the commands parameters either in the Command's window or throughout the Creation Wizard for
Spots and Surfaces. The effect of the modification and parameter adjusting can be seen instantly in the
image as changes are applied.
4. Submit the adjusted command to Batch coordinator by click on the 
Add to Batch button 
.
 
Add to batch
button is available at the bottom of the command window. 
 For Spots and Surface select the Tab Creation and Add to batch button is available at the bottom
of the Tab
Creation
panel. 
5. Repeat process for a series of command that you would like to be execute in Batch Coordinator. 
Note:
Bear in mind that in the Batch Coordinator commands are submitted in the Command Sequence by
the order they are entered in Imaris. For example, if the command Flip and Rotate were add to the batch, the
Flip action will be executed first and then the Rotate. So before progressing to the next step make sure the
batch commands are ordered properly and all parameters are confirmed. 
6. The last step is selecting the command 
Save as 
and
submitting the command Save
in the Batch
command sequence.
© Bitplane 2008
7. Open Batch Coordinator.
In  Batch area a New Batch will be created with automatically created User
name
and Batch
Name
. A Batch
Name  always  match  the  name  of  the  first  submitted  Imaris  command  (default  option).  In  the
Command/Parameter area the Command Sequence will contain the list of Imaris selected commands
following the command Open
. The last command in the Command Sequence should be the command Save
.
4.2
Creating Command Sequence using Batch Coordinator
Batch job can be created alternatively in Batch coordinator, rather than selecting the commands from Imaris.
Select the command New Batch in the menu File
or click on the New
Batch
button
and default
command sequence is created. In command/parameter window the command sequence will contain the
command Open
.
To add a new command in the New Batch click on the Add command button 
in Command/Parameter
Toolbars. The default new added command is the command Open. To modify the commands of New Batch
double click on the command line. An arrow appears indicating a drop down window. 
From a list of commands select a new command. The command sequence is changed in accordance with
the selection. 
Note: 
In contrast to the command sequence creation by Imaris, creating a command sequence directly by
Batch Coordinator sets parameters at default values. As a result, parameters will not be adjusted and
optimized to fit the Batch process and analysis specific requirements. Therefore, it is highly advisable to
create Batch job with a command sequence and adjusted parameters using Imaris. Please refer to the
Chapter Values
for the additional reference. 
4.3
Batch job
To complete Batch job the input files must be added by clicking on the button Add
Input
files
. All selected
files will be added to the Input
and Output
files will be generated automatically and added to the Output
file
list
.
To initialize a Batch select the command Run
. The Command sequence will be executed on the all input
files. The resulting image and statistical files will be collected and saved in the output file list.
4.4
Example
In this example the compete procedure for setting and executing Batch will be presented. You will start with
creating the Command sequence containing the commands Rotate and Gaussian Filter with adjusted
parameters in Imaris. Than selection of the Input files and  output file list creation will be described, followed
by description of starting a Batch job. The last part will illustrate how the batch resulting files can be reviewed.
Documents you may be interested
Documents you may be interested