how to open pdf file using c# : Text searchable pdf software control project winforms azure html UWP spm8processingman1-part1338

11 
b)  Add number of sessions per scan 
c)  Select files for each session (ex. 201, then 301, then 401) 
d)  Defaults: 
i)  Resliced images: mean only 
e)  Output: 
i)  mean*.nii: mean image of all sessions for this subject 
ii)  Filename prefix: r  
(1) If you select reslice images & mean this will be the prefix applied to the 
output 
iii)  rp_session1.txt: this file contains information of the mm of motion correction 
for each slice for translation (x,y,z) and rotation (roll, pitch, and yaw) 
dimensions per run/session 
Coregistration

This step is included for indirect normalization. Since EPI data is not as detailed as the 
structural T1 images this option allows for a better normalization to the MNI template. In 
this step you will coregister the individuals T1 to their EPI. 
a)  Spatial: Coregister: Estimate & reslice 
i)  Reference image: This image does not move 
(1) Mean EPI image 
ii)  Source Image: This image is the one that will move 
(1) T1 image 
Segmentation

This is the second step in indirect normalization. This will segment the T1 image into 
CSF, white matter, & grey matter. Segmentation is based on the MNI template; 
therefore this step must calculate the transformation before segmenting. These 
calculations will be used to in the next step of normalization of the EPI images. 
a)  Spatial: Segmentation: Estimate 
b)  Data: coregistered T1 volume 
i)  Dependency: coregistration output 
c)  Sampling size: if using a T1 image that has small voxel size in raw format change 
from 3 -> 2 
d)  Output files: coordinate transformation 
(i)  Optional: grey, white, csf  
(ii) Default: native  
(iii) If doing VBM analysis: native + modulated + unmodulated 
e)  Optional: New Segment 
Text searchable pdf - search text inside PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn how to search text in PDF document and obtain text content and location information
search pdf files for text; convert a scanned pdf to searchable text
Text searchable pdf - VB.NET PDF Text Search Library: search text inside PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information in VB.NET application
converting pdf to searchable text format; pdf find text
12 
i)  6 tissue classes: grey, white, csf 
Normalization

The normalization step warps each individual subject into standard space based on the 
MNI template. More than one subject can be entered into 1 normalization step. If you 
choose to use the direct normalization you do not have to run the coregistration & 
segmentation steps. 
a)  Direct normalization
i)  Spatial: Normalization: Estimate & write 
ii)  Source image: mean image from realignment step 
(1) Dependency-> realign: estimate & reslice: mean image 
iii)  Images to write: all resliced images across all sessions 
(1) Dependency-> realign: estimate & reslice:  
(a) mean image 
(b) Resliced (sess1) 
(c) Resliced (sess 2) 
(d) Use the ctrl key to select more than one image  
(2) Template image: EPI.nii 
(a) Select files should automatically open the template folder 
(b) Found in : spm8/templates 
iv) Do not change defaults 
v)  Output: 
(1) Filename prefix: w 
(2) All images & mean image will be normalized 
b)  Indirect normalization
i)  Spatial: Normalization: write 
ii)  Parameter File: (Dependency) output of segment: subj->MNI 
iii)  Images to write: all slice time & realigned images across all sessions 
(1) Dependency-> slice time or realignment output (whichever was last):  
(a) mean image 
(b) Realigned (sess1) 
(c) Realigned (sess 2) 
(d) Use the ctrl key to select more than one  
iv) Bounding Box: default does not include all of cerebellum 
(1) Default: -78, -112, -50 
(2) Change to: -78, -112, -70 
c)  Structural normalization (after indirect normalization)
i)  Spatial: Normalization: write 
ii)  Parameter File: (Dependency) output of segment: subj->MNI 
VB.NET Create PDF from Text to convert txt files to PDF in vb.net
Best VB.NET adobe text to PDF converter library for Visual Studio .NET project. Batch convert editable & searchable PDF document from TXT formats in VB.NET
text select tool pdf; pdf searchable text converter
C# Create PDF from Text to convert txt files to PDF in C#.net, ASP
Visual Studio .NET project. .NET control for batch converting text formats to editable & searchable PDF document. Free .NET library for
convert pdf to searchable text online; cannot select text in pdf file
13 
iii)  Images to write: (Dependency) output from Coregistration 
Smoothing

The smoothing process applies a smoothing filter to the images. This helps with subject 
spatial differences especially when it comes to group analysis. If there is a specific 
region you are interested in, sensitivity can be optimized by smoothing to the diameter 
of that region. However, remember that all regions are not the same size and this may 
affect other regions. 
a)  Spatial: Smooth 
b)  Images to smooth 
i)  Dependency -> Normalize output 
(1) normalize: estimate & write: normalized images subject 1 
(2) All subjects/sessions can be smoothed at the same time 
c)  FWHM 
i)  Edit value: enter a vector of 3 numbers, usually the same smoothing filter in 
all dimensions 
(1)  [8 8 8] 
(a) a minimum of 2voxel diameters (or widths) 
(b) minimum of 6mm 
ii)  Output: Filename prefix: s 
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
The PDF document file created by RasterEdge C# PDF document creator library is searchable and can be fully populated with editable text and graphics
text searchable pdf; search pdf documents for text
VB.NET PDF Convert to Word SDK: Convert PDF to Word library in vb.
webpage. Create high quality Word documents from both scanned PDF and searchable PDF files without losing formats in VB.NET. Support
find text in pdf image; select text pdf file
14 
SUBJECT
LEVEL
ANALYSIS

1
st

level
analysis

In this step we specify the design and the contrasts at the individual subject level. At this 
stage we enter all the information about different conditions, onsets and durations for all 
the scans combined across a subject. After the model has been specified it must be 
“estimated”. For Block design studies I suggest creating a template with onsets/ 
durations. For Event design I suggest using the “multiple conditions” option which allows 
for the uploading of a *.mat file that contains all the condition information. Multiple 
conditions can be used for either design but most useful for event design where a lot of 
information is being entered. 
fMRI
model
specification

i)  Directory: select separate output directory for each analysis 
(1) Suggestion: “results” or “results1” 
ii)  Timing Parameters 
C# PDF Convert to Text SDK: Convert PDF to txt files in C#.net
NET project. Powerful .NET control for batch converting PDF to editable & searchable text formats in C# class. Free evaluation library
select text in pdf; search pdf for text
C# Create PDF from Tiff Library to convert tif images to PDF in C#
Selection of turning tiff into searchable PDF or scanned PDF. Online demo allows converting tiff to PDF online. C# source codes are provided to use in .NET class
can't select text in pdf file; how to search pdf files for text
15 
(1) Units for design: seconds or scans 
(a) If the onsets from e-prime select seconds 
(2) Interscan interval: TR length in seconds (2.5) 
(3) Microtime resolution: # of bins (aka. # of slices), go with defaults 
(4) Microtime onset: reference slice the bin at which you are specifying, go 
with defaults 
iii)  Data & Design 
(1) Click on “New: Subject/Session 
(a) You will need one of these for each session (run), remember that this 
step is only doing 1 subject at a time. 
(b) Select smoothed images (s*.) for each session. If using nii files be sure 
to filter (1:1000) so you include all timepoints 
(2) Conditions 
(a) Individual entry 
(i)  Click on “New: Condition” 
(ii) Edit Value 
(iii)  Name: enter name of condition 
1.  This should be in the same order across subjects and does not 
need to follow the presentation order 
(iv)  Onset:  
1.  enter onsets in for the condition separated by a space 
2.  these can be copied (ctrl+c) and pasted (ctrl+v) 
(v) Durations 
1.  If constant: enter 1 value 
2.  If variable: there should be equal number of onsets and 
durations 
(b) Multiple Condition 
(i)  This step allows you to use a .mat file that contains all the relevant 
information rather than entering it in the batch script. 
(3) Regressors:  
(a) Realignment parameters (movement) can be entered by loading the 
rp_subj#_run#.txt file for each run 
(b) If concatenating across all runs you must specify a regressor that 
indicates session (n-1 regressors: if you have 6 runs specify a 
regressor for runs 1-5, 6 is then implied). It should be binary so a 1’s 
for run1 and 0’s for all other timepoints. Session2= 1’s for session2 
timepoints 
(4) Don’t change defaults 
VB.NET Create PDF from Tiff Library to convert tif images to PDF
files, VB.NET view PDF online, VB.NET convert PDF to tiff, VB.NET read PDF, VB.NET convert PDF to text, VB.NET Turning tiff into searchable PDF or scanned PDF.
how to select text on pdf; find and replace text in pdf file
C# HTML5 Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit Word
C# users can convert Convert Microsoft Office Word to searchable PDF online, create multi empowered to add annotations to Word, such as add text annotations to
pdf text search tool; text searchable pdf file
16 
Design Matrix for 2sessions & 4conditions 
Model
estimation

a)  Select SPM.mat file 
i)  Dependency: fMRI model specification: SPM.mat 
Contrasts:


Contrasts are entered on an individual subject & session basis, useful if each subject 
does not have the same conditions across all sessions, or they can be entered at the 
end and replicated if the conditions are consistent across subjects and sessions. I 
recommend first specifying a t-contrast for each condition individually then using a 
factorial design at the group level. In addition, if you want to do group comparisons 
enter the specific contrast desired (cond1 vs cond 2) at the individual level as well. 
(1) Individual subject level 
(a) Select SPM.mat file 
(i)  Dependency: Model Estimation: SPM.mat 
(ii) OR select SPM.mat file specific to the subject 
(b) New: F-Contrast 
(i)  Specify an F-contrast for all conditions so that you can later examine 
activity in a region relative to each task (i.e., plot activity for that region 
by condition) 
XImage.OCR for .NET, Recognize Text from Images and Documents
Output OCR result to memory, text searchable PDF, Word, Text file, etc. Next Steps. Download Free Trial Download and try OCR for .NET with online support.
pdf text search; search pdf files for text programmatically
VB.NET Create PDF Library SDK to convert PDF from other file
searchable PDF document. Gratis control for creating PDF from multiple image formats such as tiff, jpg, png, gif, bmp, etc. Create writable PDF file from text (
how to select all text in pdf file; how to select all text in pdf
17 
1.  Name: effects of interest 
2.  Specify a 1 for each condition and the rest as 0 with 1 line per 
condition: 
1 0 0 0 
0 1 0 0 
0 0 1 0 
0 0 0 1 
(c) New: T-Contrast 
(i)  Enter appropriate name for contrast (ex: cond1 or cond1-cond2) 
(ii) Enter the contrast desired (ex: 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 ) 
(iii) Be sure that there is a number for each condition across all runs 
1.  Replicate: If conditions are the same across runs specify the 
contrast for the first run (ex: 0 1 0 0) and select replicate 
2.  You must take into account any regressors included in the model 
specification. You will specify all regressors as 0. If you are 
replicating you can leave the last columns blank 
(iv) If comparing 2 or more conditions at the subject level the contrast must 
equal 0 (ex: 0 1 0 -1 or .5 .5 0 -1) 
(d) Editing existing contrasts: If you prespecified contrasts and made an error 
you can edit & rerun the contrast file but be sure to select “delete existing 
contrasts.” Otherwise the new contrasts will be added after the existing 
ones 
Printing
Results

There is an option in the batch mode to print the results of any contrast specification.  
a)  Batch -> Stats -> Report Results 
i)  Select SPM.mat file 
ii)  Contrast Query:  
(1) Contrasts: Inf will give all contrasts from this SPM.mat file 
(2) Threshold: FWE & p<.05 or  none (uncorrected) & p<.001 
(a) The p-values can be adjusted  
Multiple
conditions
file
for
1
st

level
design
specification

For
1
st

level
design
specification
you
can
manually
enter
names,
onsets,
&
durations
for
each

condition
&
run
or
you
can
select
a
mat
file
that
includes
an
array
of
all
names,
onsets
&

durations.
You
will
need
a
multiple
conditions
file
per
run/session
you
specify.

Creating
a
Multiple
condition
file

•  Create
a
skeleton
array
that
includes
the
names
&
durations
pre‐specified.

 Use
{}
to
specify
the
arrays.
All
parts
will
be
grouped
based
on
{n}.

  names
{1}
=
cond1

18 
  names
{2}
=
cond2

  durations
{1}
=
0

  durations
{2}
=
0

 Durations

  Event
=
0

  Block
=
duration
of
block

•  The
following
example
scripts
are
based
on
preexisting
afni
onset
files.

 A
script
can
be
written
to
extract
onsets
from
other
formats
as
well.

 The
arrays
should
look
like
the
following
images

19 
Examples
of
Matlab
scripts
for
getting
onsets
into
multiple
conditions
file

%%%%%%%%%%%%%%%%% EVENT SPM PM REGRESSOR SCRIPT %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%  
%%%THIS SCRIPT MAKES INPUT REGRESSORS FOR SPM BASED ON THE AFNI PM AFNI 
%%%%EVENT REGRESSORS AS INPUTS 
function [onsets, names, durations]=reg_trans_SPM(subjs) 
%%%%DEFINE SUBJS & INPUT DIRECTORY 
%subjs=[1009211]; 
%%%%STATIONARY VARIABLES 
runs=[0,3,5,15]; 
counter=1; 
%%%%LOAD EVENT TEMPLATE WITH DURATIONS AND HEADER NAMES 
load multi_cond_event.mat 
for subj=subjs 
for run=runs 
%%%LOAD AFNI INPUTS 
20 
test=sprintf('load subj%d_%d_globaltimes.txt', subj,run); 
eval(test) 
%%%SAVE ONSETS (EACH COL= DIFFERENT CONDITION) 
test2=sprintf('onsets{counter}= transpose(subj%d_%d_globaltimes)',subj,run); 
eval(test2); 
counter=counter+1; 
end 
end 
 
%%%%SAVE MAT FILE WITH OUTPUTS 
outputname=sprintf('save subj%d_trans_spm.mat onsets names durations',subj); 
eval(outputname); 
Documents you may be interested
Documents you may be interested