Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009 
11
6.0 Draw
To draw your component, click on  
Draw> Layout> Kamada-Kawai >Free 
Then    Layout ► Energy ► Fruchterman-Rheingoldi ► 2D 
What differences do you see between the 2 network drawings? 
Staying with the drawing generated by the ‘Fruchterman-Rheingold ► 2D’ algorithm – it should look something 
like this 
You can change the position of nodes by clicking on them and moving them - Try it….
Pdf text search - search text inside PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn how to search text in PDF document and obtain text content and location information
how to select text in pdf reader; how to select text in pdf and copy
Pdf text search - VB.NET PDF Text Search Library: search text inside PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information in VB.NET application
search pdf documents for text; text searchable pdf
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009
12
6.1 Under the Draw menu you can change the look of your graph.
You can mark your nodes using the labels or numbers under; 
Options>Mark vertices using>numbers 
Options>Mark vertices using>labels 
You can change the size of vertices  
Options >Size> of vertices 
A pop-up box will appear – enter a new size 10  
Should look something like this. 
Change the size of the vertices to 100 – 
Wow
! – then back to original size of 6 
Change the colour of the vertices  
Options >colour> of vertices>select 
A pop-up box will appear – pick a colour 
Change the colour of the vertices back to original as dictated by your input file 
Options >colour> vertices >as defined on input file 
Open your original text file in Notepad – you can see the colours are defined in the file – you could change the 
colours directly in this file but would then need to read it in to Pajek again.  
It is advisable to change the background to white instead of grey so that your graph is easily seen. 
Options>Colours> background>, and click on white  
C# Word - Search and Find Text in Word
C# Word - Search and Find Text in Word. Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information. Overview.
convert a scanned pdf to searchable text; make pdf text searchable
C# PowerPoint - Search and Find Text in PowerPoint
C# PowerPoint - Search and Find Text in PowerPoint. Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information. Overview.
select text pdf file; search text in pdf image
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009 
13
Let’s try a few more things 
Change the colour of the edges and then back to original 
Change the colour of the vertices border and then back to original 
Change the size of lines and then back to original 
6.3  To see a frequency of components and the numbers of people in them, click on  
Info> Partition>  
A popup window will appear and you leave the default settings as they are and press OK (twice).   
You should see the number and size of all components, called “clusters” will appear in the report window as 
below. 
The report tells you there are 3 components and 36 nodes in this network. Also describes the frequency 
distribution of the components. Component 1 has 14 nodes and represents 39%  of the network.
C# PDF delete text Library: delete, remove text from PDF file in
The following C# coding example illustrates how to perform PDF text deleting function in your .NET project, according to search option. // Open a document.
pdf search and replace text; convert pdf to searchable text online
C# PDF replace text Library: replace text in PDF content in C#.net
The following C# coding example illustrates how to perform PDF text replacing function in your .NET project, according to search option. // Open a document.
pdf editor with search and replace text; search pdf for text
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009
14
6.4  
Extracting components 
To look at components in more detail,  
Click on Operations> Extract from network > Partition 
A window will pop up and you type in the number of the cluster you wish to extract (which you see on the report 
of the components in 6.3 above.  Enter 1. Then you can draw a new network of only that component.  
To draw your component, click on  
Draw> (you will see the component as it was in the original network drawing) then  
Layout ► Energy ► Fruchterman-Rheingold ► 2D 
Should look something like this…. 
You can save all the components as separate files by clicking on 
File> Network> Save   
This opens the ‘Save as’ window Type in the name of the new file.  Note that all Pajek *.net files can be read in 
Word Pad or Notepad, and they are all plain text files. 
6.3 
Under the draw menu you can also save your drawing to include it in a presentation.  Click on: 
Export> 2d (two dimensional) > BMP, for a bitmap file.   
This opens the save as box – just save where you want it.  
Before going on to the next section – go to the Pajek program under both Networks & Partitions and click on the 
▼ on the right had side – a drop down menu appears and you can return to your original network.
VB.NET PDF replace text library: replace text in PDF content in vb
The following coding example illustrates how to perform PDF text replacing function in your VB.NET project, according to search option.
pdf find and replace text; convert pdf to word searchable text
VB.NET PDF- View PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
PDF Read. Text: Extract Text from PDF. Text: Search Text in PDF. Image: Extract Image from PDF. Easy to search PDF text in whole PDF document.
select text in pdf; pdf text select tool
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009 
15
7.0  
Degree
7.1 To obtain basic characteristics of your nodes such as degree you can click on  
Net> Partitions >Degree >All , assuming an undirected graph. 
Then click on 
Info> Partition and leave the popup window at the default setting as you wish to see all values 
of the degree.   The report will show you all of the nodes classified by their degree. 
This report tells you there are 36 nodes in this network and the lowest degree (number of direct connections a 
node has) is 1 and the highest degree is 12.  
You can also see that the majority (n = 30, 83%) of nodes have a degree of 1 or in other words have only one 
connection.  
C# PDF Text Highlight Library: add, delete, update PDF text
The following C# coding example illustrates how to perform PDF text highlight function in your .NET project, according to search option. // Open a document.
pdf text search tool; how to select text on pdf
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view PDF document online in C#.NET
Page: Rotate a PDF Page. PDF Read. Text: Extract Text from PDF. Text: Search Text in PDF. Easy to search PDF text in whole PDF document.
find text in pdf files; search text in multiple pdf
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009
16
To see the nodes colour coded by their degrees, click on  
Draw> Partition> Layout> Energy ► Fruchterman-Rheingold ► 2D 
If you click on the Partitions box on the left hand side of the main Pajek window, you can save the partition and 
load it after you have loaded the network file. 
This drawing, you can visualize the nodes colour coded by their degree. The yellow nodes (30) all have 1 
degree (1 direct connection), the  blue nodes have a degree of 4, the pink nodes a degree of 5, the purple 
nodes a degree of 8 and the grey bodes have a degree of 12.a contact interview?  
If you were the field epidemiologist, the public health nurse or the MOH – which person (node) would you be 
most interested in following up with a contact interview?  
In component 1 can you name the ‘bridge’?, can you name the cutpoint? 
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009 
17
7.2 To obtain a list of all nodes and which components they belong to, double left click on the second blank 
space next to Partitions which says “1. Weak components..”.   (You may have to go to the drop down list under 
partitions to select the original view 1. ‘Weak components…’) 
A text file will pop up with the list, which can be merged with your data, using the unique positive number from 
the actor list.  It looks like this, and can be saved as a text file, by clicking on “File” in the top left hand corner. 
You can see from this report that Case_1, Case_2, Case_5 
& Case_6 all belong to the same component, component 1. 
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009
18
8.0
Simplify graphs
Another useful thing with large graphs is to simplify them, by removing all nodes with degree one, for example.  
In reality these would be the transmission links which come to a stop, either because you find no more positives 
after that person, or because you have not had a chance to follow them up yet. 
To do this, Click on the network you want to read by using the ▼drop down menu to the right  
Then click on  
Net> Partitions >Degree >All 
Look at the report and see the nodes with degree 1; 2 or so which you wish to remove. 
Click on  
Operation > Extract from Network> partition and a popup window will ask you which you wish to retain 
and you can type in 2 - 100 so that it will show only nodes of degree two or higher, to 100.   
Then click on  
Draw> Partition> Layout> Energy ► Fruchterman-Rheingold ► 2D 
You can view the simplified graph with the colours denoting the degree of the nodes.   
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009 
19
9.0
Now close the Pajek program and then reopen it to start a fresh example on your own
. 
This next file has both people and places in it. As you go through this example try and note any differences in 
results (frequencies and drawings) between this file and the previous file. 
Read in the text file called SN workshops WITH locations.txt using the same commands as on page 5 of this 
guide. 
Look at the report – notice the number of lines read. How many nodes are in this network? 
Draw your network 
Find the number of components in this network 
Draw your components 
Do you notice any differences between the numbers of components using this file compared to the other file? 
Change the position of your nodes on your drawing 
Change the look of your graph (if you want) 
You could try marking your nodes using the labels or numbers  
You could try changing the size of the nodes 
You could try changing the colour of the vertices  
Run a frequency of the components and the numbers of people in them 
How many components are there? How many nodes are in this cluster?   
Obtain the degrees for each node. 
What is the highest degree? 
What is the lowest degree? 
What degree do the majority of nodes have?  
Draw the network colour coded by their degrees. 
If you were the field epidemiologist, the public health nurse or the MOH – What node(s) would you be interested 
in from a disease transmission perspective and/or a follow-up contact tracing perspective? 
In this network can you name the ‘bridge’?, can you name the cutpoint?  
Simplify your network drawing by removing all the nodes with degree 1 
Draw the simplified network 
Simplify your network drawing again by removing all the nodes with degree 1 and degree 2 
Draw the simplified network 
Pajek – Quick Reference sheet v2 – Sept 2009
20
Do you think these 2 networks are similar in any way? 
Documents you may be interested
Documents you may be interested