how to upload only pdf file in asp.net c# : Convert pdf to searchable text application software tool html windows winforms online past3manual16-part449

161 

s
j
j
i
j
i
j
i
s
i
i
i
n
n
N
n
N
n
N
N
n
N
N
n
N
n
N
N
N
n
N
n
N
N
n
N
n
N
N
V S
2
1
1
1
2
1
Standard errors (square roots of resampling variances) are given by the program. In the graphical 
plot, these standard errors are converted to 95 percent confidence intervals. 
Unconditional variance 
The classical rarefaction variance given above is called conditional variance. It is conditional on the 
reference sample, and will reduce to zero for S
n
= s. In contrast, Colwell et al. (2012) described an 
unconditional rarefaction variance estimate that will not reduce to zero at the end of the rarefaction 
curve. This method is also available in Past. 
There are two models for individual rarefaction described by Colwell et al. (2012), the multinomial 
model (classical rarefaction) and the Poisson model (Coleman rarefaction). The two methods give 
quite similar results. The ͞industry standard͟ rarefaction software, EstimateS, somewhat 
incongruously computes E(S
n
) according to the multinomial equation (eq. (4) in Colwell et al., 
equivalent to the equation given above), while V(S
n
) uses the Poisson formulation (eq. 7 in Colwell et 
al.), according to the EstimateS manual. This approach is followed in Past for compatibility with 
EstimateS. The computation also requires an estimate for total (sampled and unsampled) species 
richness. The Chao1 estimator is used for this (cf. Colwell et al. 2012). 
References 
Adrain, J.M., S.R. Westrop & D.E. Chatterton. 2000. Silurian trilobite alpha diversity and the end-
Ordovician mass extinction. Paleobiology 26:625-646. 
Colwell, R.K., Chao, A., Gotelli, N.J., Lin, S.-L., Mao, C.X., Chazdon, R.L. & Longino, J.T. 2012. Models 
and estimators linking individual-based and sample-based rarefaction, extrapolation and comparison 
of assemblages. Journal of Plant Ecology 5:3-21. 
Krebs, C.J. 1989. Ecological Methodology. Harper & Row, New York. 
Convert pdf to searchable text - search text inside PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn how to search text in PDF document and obtain text content and location information
find and replace text in pdf; convert pdf to word searchable text
Convert pdf to searchable text - VB.NET PDF Text Search Library: search text inside PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information in VB.NET application
select text in pdf reader; convert pdf to searchable text online
162 
Sample rarefaction (Mao’s tau)
Sample rarefaction requires a matrix of presence-absence data (abundances treated as presences), 
with taxa in rows and samples in columns. Sample-based rarefaction (also known as the species 
accumulation curve) is applicable when a number of samples are available, from which species 
richness is to be estimated as a function of number of samples. PAST implements the analytical 
solution known as "Mao͛s tau", with standard deviation. In the graphical plot, the standard errors are 
converted to 95 percent confidence intervals. See Colwell et al. (2004) for details. 
With H samples and S
obs
the total number of observed species, let s
j
be the number of species found 
in j samples, such that s
1
is the number of species found in exactly one sample, etc. The total number 
of species expected in h≤H samples is then
 
H
j
j
jh
obs
s
S
h
1
~
The combinatorial coefficients α are 

 
 
 
j h h H
j h h H
h j j H
H
j
H h h H
jh
for 
0
for 
! !
!
!
These coefficients are computed via a log Gamma function. The variance estimator is 
 
H
j
j
jh
S
h
s
1
2
2
2
~
~
1
~
where 
S
~
is an estimator for the unknown total species richness. Following Colwell et al. (2004), a 
Chao2-type estimator is used. For s
2
>0, 
2
2
1
2
1
~
Hs
s
H
S S
obs
For s
2
=0, 
 
1
2
1
1
~
2
1
1
H s
s s
H
S S
obs
For modeling and extrapolating the curve using the Michaelis-Menten equation, use the Copy Data 
button, paste to a new Past spreadsheet, and use the nonlinear fitting module in the Model menu. 
Reference 
Colwell, R.K., C.X. Mao & J. Chang. 2004. Interpolating, extrapolating, and comparing incidence-based 
species accumulation curves. Ecology 85:2717-2727. 
C# PDF Convert to Text SDK: Convert PDF to txt files in C#.net
PDF document conversion SDK provides reliable and effective .NET solution for Visual C# developers to convert PDF document to editable & searchable text file.
how to select text in pdf image; pdf text search
VB.NET PDF Convert to Text SDK: Convert PDF to txt files in vb.net
& searchable text formats. Support .NET WinForms, ASP.NET MVC in IIS, ASP.NET Ajax, Azure cloud service, DNN (DotNetNuke), SharePoint. Convert PDF document page
cannot select text in pdf; text searchable pdf
163 
SHE analysis  
SHE analysis (Hayek & Buzas 1997, Buzas & Hayek 1998) requires a matrix of integer abundance data 
(counts), with taxa in rows and samples in columns.  The program calculates log species abundance 
(ln S), Shannon index (H) and log evenness (ln E = H – ln S) for the first sample. Then the second 
sample is added to the first, and the process continues. The resulting cumulative SHE profiles can be 
interpreted ecologically. If the samples are taken not from one homogenous population but across a 
gradient or up a stratigraphic section, breaks in the curve may be used to infer discontinuities (e.g. 
biozone boundaries). 
References 
Buzas, M.A. & L.-A. C. Hayek. 1998. SHE analysis for biofacies identification. The Journal of 
Foraminiferal Research 28:233-239. 
Hayek, L.-A. C. & M.A. Buzas. 1997. Surveying natural populations. Columbia University Press. 
Online Convert PDF to Text file. Best free online PDF txt
PDF document conversion SDK provides reliable and effective .NET solution for Visual C# developers to convert PDF document to editable & searchable text file.
how to select all text in pdf file; select text in pdf
VB.NET Image: Robust OCR Recognition SDK for VB.NET, .NET Image
more companies are trying to convert printed business on artificial intelligence to extract text from documents will be outputted as searchable PDF, PDF/A,TXT
searching pdf files for text; how to make a pdf file text searchable
164 
Diversity permutation test
Expects two columns of abundance data with taxa down the rows.This module computes a number 
of diversity indices for two samples, and then compares the diversities using random permutations. 
9999 random matrices with two columns (samples) are generated, each with the same row and 
column totals as in the original data matrix. 
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
The PDF document file created by RasterEdge C# PDF document creator library is searchable and can be fully populated with editable text and graphics
search text in pdf image; how to select text in pdf and copy
VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
Why do we need to convert PDF document to HTML webpage One is that compared with HTML file, PDF file (a not be easily edited), is less searchable for search
how to select text in a pdf; pdf find and replace text
165 
Diversity t test 
Comparison of the Shannon and Simpson diversities in two samples. Then Shannon t test is described 
by e.g. Hutcheson (1970), Poole (1974), Magurran (1988). This is an alternative to the randomization 
test available in the Diversity permutation test module. Requires two columns of abundance data 
with taxa down the rows. 
The Shannon index here include a bias correction and may diverge slightly from the uncorrected 
estimates calculated elsewhere in PAST, at least for small samples. With p
i
the proportion (0-1) of 
taxon i, S the number of taxa and N the number of individuals, the estimator of the index is 

S
i
i
i
N
S
p
p
H
1
2
1
ln
'
(note that the second term is incorrect in Magurran 1988). 
The variance of the estimator is 
2
2
2
2
1
ln
ln
'
Var
N
S
N
p
p
p
p
H
i
i
i
i
The t test statistic is given by 
2
1
2
1
Var
Var
H
H
H
H
t
The degrees of freedom for the t test is 
2
2
2
1
2
1
2
2
1
Var
Var
Var
Var
N
H
N
H
H
H
df
The Simpson index (dominance) has estimated variance (Brower et al. 1998): 


2
2
2
2
2
3
1
3
1 2
2
1
2
2
1
4
Var 
N N
p
N
N N
p
N N
p
N
N N
D
i
i
i
References 
Brower, J.E., Zar, J.H., von Ende, C.N. 1998. Field and Laboratory Methods for General Ecology. 
McGraw-Hill, Boston. 
Hutcheson, K. 1970. A test for comparing diversities based on the Shannon formula. Journal of 
Theoretical Biology 29:151-154. 
Magurran, A. 1988. Ecological Diversity and Its Measurement. Princeton University Press. 
Poole, R.W. 1974. An introduction to quantitative ecology. McGraw-Hill, New York. 
C# PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in C#.net
library also makes PDF document visible and searchable on the Internet by converting PDF document file to Use C#.NET Demo Code to Convert PDF Document to
search multiple pdf files for text; how to make pdf text searchable
C# PDF: C# Code to Draw Text and Graphics on PDF Document
Draw and write searchable text on PDF file by C# code in both Web and Windows applications. C#.NET PDF Document Drawing Application.
convert pdf to searchable text; pdf editor with search and replace text
166 
Diversity profiles 
This module requires one or more columns of abundance data with taxa down the rows. The main 
purpose is to compare diversities in several samples.  
The validity of comparing diversities across samples can be criticized because of arbitrary choice of 
diversity index. One sample may for example contain a larger number of taxa, while the other has a 
larger Shannon index. A number of diversity indices may be compared to make sure that the diversity 
ordering is robust. A formal way of doing this is to define a family of diversity indices, dependent 
upon a single continuous parameter (Tothmeresz 1995).  
PAST uses the exponential of the so-called Renyi index, which depends upon a parameter 
. For 
=0, 
this function gives the total species number. 
=1 (in the limit) gives an index proportional to the 
Shannon index, while 
=2 gives an index which behaves like the Simpson index. 
S
i
i
p
H
1
ln
1
1
exp
exp
The program can plot several such diversity profiles together. If the profiles cross, the diversities are 
non-comparable. The bootstrapping option (giving a 95% confidence interval) is based on 2000 
replicates. 
Reference 
Tothmeresz, B. 1995. Comparison of different methods for diversity ordering. Journal of 
Vegetation Science 6:283-290. 
VB.NET PDF Convert to Word SDK: Convert PDF to Word library in vb.
Convert PDF to Word in both .NET WinForms and ASP.NET webpage. Create high quality Word documents from both scanned PDF and searchable PDF files without losing
how to search pdf files for text; search pdf for text in multiple files
C# HTML5 Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit Word
C# users can convert Convert Microsoft Office Word to searchable PDF online, create multi to add annotations to Word, such as add text annotations to
search a pdf file for text; search pdf files for text programmatically
167 
Time series menu
Simple periodogram 
Since palaeontological data are often unevenly sampled, Fourier-based methods can be difficult to 
use. PAST therefore includes the Lomb periodogram algorithm for unevenly sampled data (Press et 
al. 1992), with time values given in the first column and dependent values in the second column. If 
only one column is selected, an even spacing of one unit between data points is assumed. The Lomb 
periodogram should then give similar results as the FFT. The data are automatically detrended prior 
to analysis. 
The frequency axis is in units of 1/(x unit). If for example, your x values are given in millions of years, 
a frequency of 0.1 corresponds to a period of 10 million years. The power axis is in units proportional 
to the square of the amplitudes of the sinusoids present in the data. Also note that the frequency 
axis extends to very high values. If your data are evenly sampled, the upper half of the spectrum is a 
mirror image of the lower half, and is of little use. If some of your regions are closely sampled, the 
algorithm may be able to find useful information even above the half-point (Nyquist frequency).  
The highest peak in the spectrum is presented with its frequency and power value, together with a 
probability that the peak could occur from random data. The 0.01 and 0.05 significance levels ('white 
noise lines') are shown as red dashed lines. 
The example above shows a spectral analysis of a foram oxygen isotope record from 1 Ma to Recent, 
with an even spacing of 0.003 Ma (3 ka). There are periodicities at frequencies of about 9 (split peak), 
25 and 43 Ma
-1
, corresponding to periods of 111 ka, 40 ka and 23 ka – clearly orbital forcing. 
Reference 
Press, W.H., S.A. Teukolsky, W.T. Vetterling & B.P. Flannery. 1992. Numerical Recipes in C. Cambridge 
University Press. 
168 
REDFIT spectral analysis 
This module is an implementation of the REDFIT procedure of Schulz and Mudelsee (2002). It is a 
more advanced version of the simple Lomb periodogram described above. REDFIT includes an option 
for ͞Welch overlapped segment averaging͟, which implies splitting the time series into a number of 
segments, overlapping by 50%, and averaging their spectra. This reduces noise but also reduces 
spectral resolution. In addition, the time series is fitted to an AR(1) red noise model which is usually a 
more appropriate null hypothesis than the white noise model described above. The given ͞false-
alarm lines͟ are based on both parametric approximations (chi2) and Monte Carlo (using 1000 
random realizations of an AR(1) process). 
The input must be in the form of two columns with time and data values, or one column of equally-
spaced data values. The data are automatically detrended. The fitting to AR(1) implies that the data 
must have the correct time direction (in contrast with the simple spectrogram above where the time 
direction is arbitrary). The time values are expected to be ages before present. If not, it will be 
necessary to give them negative signs. 
The frequency oversampling value controls the number of points along the frequency axis (but 
having many points does not increase frequency resolution!). Increasing the number of segments will 
reduce noise, but also decrease the resolution. The window function influences the trade-off 
between spectral resolution and attenuation of side lobes. 
The (average) tau value is the characteristic time scale (the parameter of the AR model). The 
bandwidth is the spectral resolution given as the width between the -6dB points. 
The fit to an AR(1) model can be assessed using the runs value and its 5% acceptance interval. This 
test is only available with Monte Carlo on, oversampling=1, segments=1, window=rectangular. 
169 
In addition to a fixed set of false-alarm levels (80%, 90%, 95% and 99%), the program also reports a 
͞critical͟ false-alarm level (False-al) that depends on the segment length (Thomson 1990). 
Important: Because of long computation time, the Monte Carlo simulation is not run by default, and 
the Monte Carlo false-alarm levels are therefore not available. When the Monte Carlo option is 
enabled, the given spectrum may change slightly because the Monte Carlo results are then used to 
compute a ͞bias-corrected͟ version ;see Schulz and Mudelsee 2002). 
References 
Schulz, M. & M. Mudelsee. 2002. REDFIT: estimating red-noise spectra directly from unevenly spaced 
paleoclimatic time series. Computers & Geosciences 28:421-426. 
Thomson, D.J. 1990. Time series analysis of Holocene climate data. Philosophical Transactions of the 
Royal Society of London, Series A 330:601-616. 
170 
Multitaper spectral analysis 
In traditional spectral estimation, the data are often ͞windowed͟ ;multiplied with a bell-shaped 
function) in order to reduce spectral leakage. In the multitaper method, several different 
(orthogonal) window functions are applied, and the results combined. The resulting spectrum has 
low leakage, low variance, and retains information contained in the beginning and end of the time 
series. In addition, statistical testing can take advantage of the multiple spectral estimates. One 
possible disadvantage is reduced spectral resolution. 
The multitaper method requires evenly spaced data, given in one column. 
The implementation in Past is based on the code of Lees & Park (1995). The multitaper spectrum can 
be compared with a simple periodogram (FFT with a 10% cosine window) and a smoothed 
periodogram. The number of tapers (NWIN) can be set to 3, 4 or 5, for different tradeoffs between 
variance reduction and resolution. The ͞time-bandwidth product͟ p is fixed at 3.0. 
The F test for significance of periodicity follows Lees & Park (1995). The 0.05 and 0.01 significance 
levels are shown as horizontal lines, based on 2 and 2*NWIN-2 degrees of freedom. 
The data are zero-padded to the second lowest power of 2 above the length of the sequence. This is 
required to reproduce the test results given by Lees & Park (1995). 
Reference 
Lees, J.M. & J. Park. 1995. Multiple-taper spectral analysis: a stand-alone C-subroutine. Computers & 
Geosciences 21:199-236. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested