© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc.
All rights reserved. 
This quick reference guide describes tasks using the Analysis mode in the Thermo TraceFinder™ analytical 
application.
For detailed descriptions of all procedures described in this quick reference guide, refer to the appropriate Analysis 
mode chapter in the TraceFinder User Guide.
 To open the Analysis mode
Click Analysis in the navigation pane.
The Analysis navigation pane opens.
Batch View
Use the Batch View to manually create and edit a new batch or open and edit a previously saved batch. When you 
submit a batch, you can acquire data, process data, or create reports for the submitted samples.
 To open the Batch View
Click Batch View in the navigation pane.
The Batch View navigation pane opens. 
The Batch View includes the following pages:
• Samples Page (all batch types)
• Auto Samples Page (quantitation batches with intelligent sequencing only)
• Reference Sample Page (quantitation batches only)
• Threshold Samples Page (quantitation batches only)
TraceFinder Analysis Quick Reference Guide
Contents
• Batch View
• Data Review
• Report View
• Local Method View
• Trademarks
Available only for quantitation batches when you activate 
Intelligent Sequencing in the Configuration console
Available only for quantitation batches
Revision A XCALI-97726
Pdf searchable text converter - search text inside PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn how to search text in PDF document and obtain text content and location information
search pdf for text; can't select text in pdf file
Pdf searchable text converter - VB.NET PDF Text Search Library: search text inside PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Learn How to Search Text in PDF Document and Obtain Text Content and Location Information in VB.NET application
how to search text in pdf document; how to select text in pdf and copy
2
Samples Page
Use the Samples page to create a new batch. Follow these procedures:
• To open the Samples page
• To create a batch
• To add samples to the list
• To insert samples into the list
• To import samples into the list
• To remove samples from the list
• To copy a sample
• To reinject a sample
• To edit sample values
• To create a group
• To submit samples
 To open the Samples page
Click Samples in the Batch View navigation pane.
 To create a batch
1. Choose File > New > Batch.
The Create New Batch dialog box opens.
2. Select a drive from the list.
The project list displays all projects, subprojects, and batches in the selected repository.
3. Select the folder where you want to store your batch.
4. Select either Quan, Screening, or Unknown Only from the Type list.
5. Select a master method from the Master Method list. 
The Master Method list displays all available methods for the selected method type.
6. Click Create.
A new batch opens with one Unknown sample. The batch name in the title bar indicates that you are creating 
either a quantitation, a target screening, or an unknown screening batch.
 To add samples to the list
Select the number of sample rows to add and click the Add Sample icon, 
.
The application adds the specified number of new samples to the end of the sample list.
Tip  The application displays all configured and enabled repositories. 
Tip  To activate the Create button, you must enter a unique batch name. If the Create button is not 
activated, either you have entered a name that is already used or you have not selected a folder.
Tip  To add a single sample row, right-click the sample list and choose Add Sample from the shortcut menu.
C# PDF Convert to Text SDK: Convert PDF to txt files in C#.net
document to editable & searchable text file. Different from other C# .NET PDF to text conversion controls, RasterEdge C# PDF to text converter control toolkit
search pdf documents for text; how to make a pdf file text searchable
Online Convert PDF to Text file. Best free online PDF txt
document to editable & searchable text file. Different from other C# .NET PDF to text conversion controls, RasterEdge C# PDF to text converter control toolkit
find text in pdf files; searching pdf files for text
3
 To insert samples into the list
1. Select the sample above which you will insert new samples.
2. Select the number of samples to insert and click the Insert Sample icon, 
.
The application inserts the Unknown samples above the selected sample.
 To import samples into the list
1. Click the Import Samples icon,  .
The Sample Import Tool dialog box opens.
2. Click Browse and select a CSV, an XML, or an SLD file that contains the sample definitions to import.
3. From the Imported Samples Will Be list, select either Appended to the End of the List or Inserted at the 
Selected Row.
4. Click Import.
The Sample Import Tool dialog box closes, and the application adds the specified samples to the sample list. 
When you import samples from an Xcalibur™ sequence file, the TraceFinder application makes the following 
column name and sample type substitutions. 
 To remove samples from the list
1. Select the samples that you want to remove.
2. Right-click and choose Remove Selected Samples from the shortcut menu. 
 To copy a sample
1. Select the sample that you want to copy.
2. Right-click and choose Insert Copy Sample from the shortcut menu.
The TraceFinder application inserts the copy above the selected sample.
 To reinject a sample
1. In the Sample list, select the sample that you want to reinject.
2. Right-click and choose Reinject This Sample from the shortcut menu.
The TraceFinder application creates a copy of the selected sample and appends INJ001 to the file name. 
Additional reinjections of the same sample are numbered INJ002, INJ003, and so forth. The TraceFinder 
application copies all parameter values from the original sample.
Xcalibur column
TraceFinder column
Xcalibur sample type
TraceFinder sample type
Position
Vial Position
Blank
Matrix Blank
Inj Vol
Injection Volume
Std Bracket
Cal Std
Dil Factor
Conversion Factor
QC
QC Std
Tip  Use the CTRL or SHIFT keys to select multiple samples.
Inserted samples
VB.NET PDF Convert to Text SDK: Convert PDF to txt files in vb.net
Text in any PDF fields can be copied and pasted to .txt files by keeping VB.NET control for batch converting PDF to editable & searchable text formats.
search text in pdf image; how to select all text in pdf
VB.NET Image: Robust OCR Recognition SDK for VB.NET, .NET Image
for VB.NET provides users fast and accurate image recognition function, which converts scanned images into searchable text formats, such as PDF, PDF/A, WORD
search multiple pdf files for text; convert pdf to word searchable text
4
 To edit sample values 
1. For each sample, do one of the following:
Type a new file name over the current file name.
–or–
Double-click the Filename column and locate a raw data file to use for the sample. 
–or–
Right-click and choose Browse in Raw File from the shortcut menu, and then locate a raw data file to use for 
the sample.
2. For each sample, click the Sample Type column and select a sample type from the list.
3. For each Cal Std or QC Std sample, select a level from the Level list.
The sample levels are defined in the master method. If there are no levels to select from the Level list, do the 
following:
a. Return to the Method Development mode.
b. Open the method.
c. Click the Compounds tab.
d. Click the Calibration Levels tab.
e. Add the levels.
f. Save the method.
g. Return to the Analysis mode, and then click Update.
The application updates the local method with the new sample levels.
4. (Optional) Enter or edit the values for the remaining columns.
 To create a group
1. For each sample, click the Groups column and type the name of a group.
2. Repeat step 1 for each sample that you want to include in a group.
3. Create as many groups as you want. 
 To submit samples
1. Do one of the following:
• To submit all samples in the batch, click the Submit Batch icon,  .
• To submit specific samples, select the samples and click the Submit Selected Samples icon,  .
The Submit Options dialog box opens. 
2. To acquire (or reacquire) the submitted samples, select the Acquire Data check box.
3. To process the submitted samples, select the Process Data check box.
Available sample types
Matrix Blank
Solvent
QC Std
Unknown
Cal Std
Note  When you use the scroll bar at the bottom of the sample list, the following columns remain fixed: 
Status, Filename, Sample Type, Groups, Qual Processing (quantitation) or Blank Subtraction (target 
screening) Level, Sample ID, and Sample Name, while the other columns scroll right and left. 
Note  To assign a sample to multiple groups, separate the groups with a comma. 
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
The PDF document file created by RasterEdge C# PDF document creator library is searchable and can be fully populated with editable text and graphics
search a pdf file for text; text searchable pdf file
C# PDF: C# Code to Draw Text and Graphics on PDF Document
Draw and write searchable text on PDF file by C# code in both Web and Windows applications. C#.NET PDF Document Drawing Application.
pdf select text; converting pdf to searchable text format
5
The application displays options for the type of method that the batch uses: Quantitation, Target Screening, or 
Unknown Screening. If a quantitation method or target screening method includes unknown screening features, 
the application also displays unknown screening options.
4. Select the check box for the options that you want to use.
Peak Detect: Performs peak detection for all method types. You can process the data with or without performing 
peak detection. For example, you might want to turn off peak detection when reprocessing samples.
Quantitate: Performs quantitation.
Identify: Performs identification for unknown screening.
Identify and Confirm: Performs both identification and confirmation for target screening.
With RT Alignment: Performs retention time alignment for unknown screening. This produces the heat map 
and group averages data in the Unknown Screening View. 
5. (Optional) Select the Create Reports check box. 
6. To start the selected processes, click OK. 
Auto Samples
Page
The Auto Samples page identifies the Solvent or Matrix Blank samples to use for any Auto Sample or Auto Sample 
and Reinject failure actions as specified on the Intelligent Sequencing page of the method. 
 To open the Auto Samples page
Click Auto Samples in the Batch View navigation pane.
The Auto Samples page opens. 
 To add an auto sample type
1. Right-click and choose Add Auto Sample from the menu, or click the Add New Auto Sample icon, 
.
The application adds a Solvent sample to the sample list.
You can add, insert, or remove samples from this list as you would any sample list. See “Samples Page” on page2.
2. To change the sample type to a Matrix Blank, click the Sample Type column and select Matrix Blank from the 
list.
3. In the Injection Volume column for the sample, type a volume.
The minimum injection volume value allowed is 0.1 μL; the maximum injection volume value allowed is 
5000 μL.
4. In the Number of Injections column, type the number of injections available in the designated Solvent or Matrix 
Blank vial.
After auto sample injections have occurred, you can return to this page to view the number of injections used in 
each vial.
5. In the Vial Position column, type the vial position for the Solvent or Matrix Blank sample. 
VB.NET Create PDF from Text to convert txt files to PDF in vb.net
Best VB.NET adobe text to PDF converter library for Visual Studio .NET project. Batch convert editable & searchable PDF document from TXT formats in VB.NET
pdf find text; how to search pdf files for text
C# Create PDF from Text to convert txt files to PDF in C#.net, ASP
PDF converter SDK for converting adobe PDF from TXT in Visual Studio .NET project. .NET control for batch converting text formats to editable & searchable PDF
cannot select text in pdf; how to select text in pdf
6
Reference
Sample Page
The Reference Samples page displays the reference samples selected for this batch.
 To specify a chromatogram reference sample
1. Click Reference Sample in the Batch View navigation pane.
An empty reference sample table opens.
2. Right-click the table and choose Add Reference Sample from the shortcut menu, or click the Add Reference 
Sample icon, 
.
The Open Chromatogram Reference Sample dialog box opens.
3. Select a project from the list of projects.
4. Select a subproject from the list of subprojects.
5. Select a batch from the list of batches.
The application displays only batches that were created using the current master method. 
6. From the right panel, select a sample from the list of processed samples.
The application displays all the processed samples in the selected batch. Before using a sample as a reference 
sample, you must have processed the sample with the current master method.
7. Click Open.
Threshold
Samples Page
For each group in a batch, you can specify a sample in the group as the threshold sample to use in the Comparative 
View.
 To specify a threshold sample
1. Click Threshold Samples in the Batch View navigation pane.
2. Open the Sample list for each group and select a sample in the group to be the threshold sample.
The Comparative View uses the threshold method and amount you specified in the method, the group you created 
on the Samples page, and the threshold sample that you selected on this page to define the threshold guide that it 
displays on the sample peak plots.
See also “To create a group” on page4 and “Comparative View” on page11.
Note  If you are using a new method, no reference samples appear here. You must first process a batch using 
the current method to see the reference samples in this list.
VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
less searchable for search engines. The other is the crashing problem when user is visiting the PDF file using web browser. Our PDF to HTML converter library
how to make a pdf file text searchable; search pdf for text in multiple files
VB.NET Create PDF from Word Library to convert docx, doc to PDF in
Export all Word text and image content into high quality PDF without losing formatting. Easy to create searchable and scanned PDF files from Word.
search pdf files for text programmatically; pdf searchable text
7
Data Review
Use Data Review to verify the data generated by a quantitation, a target screening, or an unknown screening master 
method before you generate reports.
• Data Review for Quantitation Batches
• Data Review for Target Screening Batches
• Data Review for Unknown Screening Batches
 To open the Data Review view
Click Data Review in the navigation pane.
The Data Review navigation pane opens. 
Data Review
for
Quantitation
Batches
The Data Review for quantitation batches includes these views:
• Sample View
• Compound View
• Comparative View
• Qualitative View
Sample View
The Sample View displays a list of all samples in the current batch (Samples pane), the compound results for all 
compounds in the method (Compound Results pane), and peak plots for all compounds found in the currently 
selected sample (Sample Peaks pane). 
• Samples pane
Use the Samples pane to select a specific sample. The associated Compound Results pane displays all 
compounds in the method and flags any compound with errors in the selected sample.
Data Review for quantitation batches
Data Review for target screening batches Data Review for unknown screening batches
Note  If the quantitation method for the batch includes unknown screening features, the Data Review also 
includes an Unknown Screening View. See “Data Review for Unknown Screening Batches” on page16.
Selected sample
No compound error in the 
selected sample
Compound error in the 
selected sample
8
• Compound Results pane
Use the Compound Results pane to select a specific compound in the selected sample. The associated Sample 
Peaks pane highlights the selected compound.
• Sample Peaks pane
The Sample Peaks pane displays the chromatogram, retention time, area, height, and signal-to-noise ratio for all 
compounds in the Compound Results pane. The application highlights the chromatogram for the compound 
that is currently selected in the Compound Results pane.
 To display details for a compound
Double-click the chromatogram in the Sample Peaks pane.
The Compound Details pane displays information about the Quan PeakConfirming Ions, Reference Peak, 
ISTDIon OverlayCalibration Curve, and Spectra for the compound. 
Quan Peak
You can switch between quantitative peaks, but you cannot view multiple quantitative peaks at the same time. 
The indicator in the upper right corner of the Quan Peak pane displays which of the multiple quantitative peaks 
you are viewing.
9
Confirming Ions
Quantitative peak with multiple confirming ions.
Reference Peak
Quantitative peak with a reference peak.
ISTD
Quantitative peak with an internal standard.
Note  For compounds with an analog detection type, the application displays “No Confirming Ions Are 
Enabled” in the Confirming Ions pane.
10
Ion Overlay
Quantitative peak with a confirming ion overlay.
Calibration Curve 
Quantitative peak with a calibration curve plot.
Spectra
Quantitative peak with data and reference spectra.
Note  For compounds with an analog detection type, the application displays “No Data” in the Ion Overlay 
pane.
Note  For compounds with an analog detection type, the application displays “Not Available” in the Spectra 
pane.
Documents you may be interested
Documents you may be interested