1-1
1. Introduction
1.1 Overview of Quantity One
Quantity One is a powerful, flexible software package for imaging and analyzing 1-D 
electrophoresis gels, dot blots, arrays, and colonies.
The software is supported on Windows and Macintosh operating systems and has a 
graphical interface with standard pull-down menus, toolbars, and keyboard 
commands.
Quantity One can image and analyze a wide variety of biological data, including 
radioactive, chemiluminescent, fluorescent, and color-stained samples acquired from 
densitometers, phosphor imagers, fluorescent imagers, and gel documentation 
systems.
An image of a sample is captured using the controls in the imaging device window 
and displayed on your computer monitor. Image processing and analysis operations 
are performed using commands from the menus and toolbars.
Images can be magnified, annotated, rotated, and resized. They can be printed using 
standard and video printers.
All data in the image can be quickly and accurately quantitated using the Volume 
tools.
The lane-based functions can be used to determine molecular weights, isoelectric 
points, VNTRs, presence/absence and up/down regulation of bands, and other values. 
The software can measure total and average quantities, determine relative and actual 
amounts of protein, and count colonies in a Petri dish.
The software can cope with distortions in the shape of lanes and bands. Lanes can be 
adjusted along their lengths to compensate for any curvature or smiling of gels.
Image files can be shared among all The Discovery Series™ software. Images can 
also be easily converted into TIFF format for compatibility with other Macintosh and 
Windows applications.
Pdf image extractor c# - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract text from image pdf file; pdf image extractor c#
Pdf image extractor c# - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract jpg pdf; extract jpeg from pdf
Quantity One User Guide
1-2
1.2 Digital Data and Signal Intensity
The Bio-Rad imaging devices supported by Quantity One are light and/or radiation 
detectors that convert signals from biological samples into digital data. Quantity One 
then displays the digital data on your computer screen, in the form of gray scale or 
color images.
A data object as displayed on the computer is composed of tiny individual screen 
pixels. Each pixel has an X and Y coordinate, and a value Z. The X and Y coordinates 
are the pixel’s horizontal and vertical positions on the image, and the Z value is the 
signal intensity of the pixel.
Fig. 1-1. Representation of the pixels in two digitally imaged bands in a gel.
For a data object to be visible and quantifiable, the intensity of its clustered pixels 
must be higher than the intensity of the pixels that make up the background of the 
image. The total intensity of a data object is the sum of the intensities of all the pixels 
that make up the object. The mean intensity of a data object is the total intensity 
divided by the number of pixels in the object.
The units of signal intensity are Optical Density (O.D.) in the case of the GS-700™ 
imaging densitometer, GS-710™ calibrated imaging densitometer, and GS-800™ 
calibrated densitometer, the Gel Doc EQ™ system, ChemiDoc EQ™ system, 
ChemiDoc XRS™ system with a white light source, or the Fluor-S™ MultiImager 
system, Fluor-S™ MAX MultiImager system, Fluor-S™ MAX2 MultiImager system 
and VersaDoc™ imaging systems with white light illumination. Signal intensity is 
expressed in counts when using the Personal Molecular Imager™ system or the 
Molecular Imager FX™ system, Molecular Imager FX Pro™ fluorescent imager, 
2-D View
3-D View
Signal intensity of a single pixel
I
n
t
e
n
s
i
t
y
VB.NET TIFF: TIFF Text Extractor SDK; Extract Text Content from
Please get the latest XDoc.Tiff C# Developer Guide here. Standalone VB.NET TIFF text extractor SDK that extracts control SDK into VB.NET image application by
how to extract text from pdf image file; extract photo from pdf
VB.NET PowerPoint: Extract & Collect PPT Slide(s) Using VB Sample
demo code using RasterEdge VB.NET PowerPoint extractor library toolkit. provide powerful & profession imaging controls, PDF document, image to pdf files and
some pdf image extract; extract images from pdf
Chapter 1. Introduction
1-3
Molecular Imager FX Pro Plus™ multiimager system, or in the case of the Gel Doc 
EQ, ChemiDoc EQ, ChemiDoc XRS, Fluor-S, Fluor-S MAX, or VersaDoc when 
using the UV light source.
1.3 Gel Quality
Quantity One is very tolerant of an assortment of electrophoretic artifacts. Lanes do 
not have to be perfectly straight or parallel. Bands do not have to be perfectly 
resolved.
However, for accurate lane-based quantitation, bands should be reasonably flat and 
horizontal. Lane-based quantitation involves calculating the average intensity of 
pixels across the band width and integrating over the band height. For the automatic 
band finder to function optimally, bands should be well-resolved.
Dots that appear as halos, rings, or craters, or that are of unequal diameter, may be 
incorrectly quantified using the automatic functions.
VB.NET Word: Extract Word Pages, DOCX Page Extraction SDK
on also owns high compatibility with Visual C# .NET code. feature, this VB.NET Word page extractor add-on page, sort Word page order or insert image into Word
how to extract images from pdf; extract images from pdf acrobat
VB.NET TIFF: TIFF to Text (TXT) Converter SDK; Convert TIFF to
NET developers to interpret and decode TIFF image file. But different from TIFF text extractor add-on powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
extract text from pdf image; extract image from pdf in
Quantity One User Guide
1-4
1.4 Quantity One Workflow
The following steps are involved in using Quantity One. 
Fig. 1-2. Quantity One workflow.
1.4.a Acquire Image
Before you can use Quantity One to analyze a biological image, you need to capture 
the image and save it as an image file. This may be done with one of the several Bio-
Rad imaging instruments supported by this software: the Molecular Imager FX and 
Personal Molecular Imager systems; the GS-800 Imaging Densitometer; the Gel Doc 
EQ, ChemiDoc EQ, and ChemiDoc XRS Gel documentation systems; and the 
VersaDoc.
The resulting images can be stored in files on a computer hard disk, network file 
server, or removable disks. 
1.4.b Optimize Image
Once you have acquired an image of your sample, you may need to reduce noise or 
background density in the image. Quantity One has a variety of functions to minimize 
image background while maintaining data integrity.
Acquire Image
Optimize Image
Lane and Band Analysis Volume Analysis
Colony Counting
Report Results
C# Word: How to Extract Text from C# Word in .NET Project
you can rest assured because this Word text extractor preserves both to provide powerful & profession imaging controls, PDF document, image to pdf files and
some pdf image extract; extract text from image pdf file
Chapter 1. Introduction
1-5
1.4.c Analyze Image
Once a “clean” image is available, you can use Quantity One to gather and analyze 
your biological data. In the case of 1-D gels, the software has tools for identifying 
lanes and defining, quantifying, and calculating the values of bands. Volume tools 
allow you to easily measure and compare the quantities of bands, spots, or arrays. The 
colony counting controls allow you to count the number of colonies in a Petri dish, as 
well as perform batch analysis.
Qualitative and quantitative data can be displayed in tabular and graphical formats.
1.4.d Report Results
When your analysis is complete, you can print your results in the form of simple 
images, images with overlays, reports, tables, and graphs. You can export your 
images and data to other applications for further analysis. 
1.5 Computer Requirements
This software is supported on Windows XP and Windows 2000, or on a Macintosh 
PowerPC running Mac OS 9.2.2 or Mac OS 10.2.6.
The computer memory requirements are mainly determined by the file size of the 
images you will scan and analyze. High-resolution image files can be very large. For 
this reason, we recommend that you archive images on a network file server or high-
capacity removable disk.
PC
The following is the recommended system configuration for installing and running 
on a PC:
Operating system: 
Windows 2000
Windows XP
Processor:
Pentium 333 MHz or faster 
RAM:
256 MB for all Bio-Rad imaging systems.
Quantity One User Guide
1-6
Hard disk space:
3 GB 
Monitor: 
17" monitor, 1024 x 768 resolution (required), True color.
USB port:
Required for the Hardware Security Key (HSK). 
Printer:
Optional.
Macintosh
The following is the recommended system configuration for installing and running 
on a Macintosh:
Operating system: 
MacOS 9.2, MacOS 10.2 and 10.3.
Processor/Model:
PowerPC G3 processor or faster.
RAM:
256 MB for all Bio-Rad imaging systems.
Hard disk space:
3 GB
Monitor: 
17" monitor, 1024 x 768 resolution (required), Millions of 
colors.
USB port:
Required for the Hardware Security Key (HSK). 
Printer:
Optional.
Note:
The default amount of memory assigned to this program on the Macintosh is 128 
MB. If the total RAM in your Macintosh is 128 MB or less, you should reduce 
the amount of memory assigned to the program to 10 MB less
than your total 
RAM. With the application icon selected, go to File > Get Info in your Finder to 
reduce the memory requirements for the application. See your Macintosh 
computer documentation for details.
1.6 Installation
Refer to the Installation Guide for detailed information regarding installation of The 
Discovery Series.
Chapter 1. Introduction
1-7
1.6.a Hardware Security Key (HSK)
The Discovery Series software is password-protected using a Hardware Security Key 
(HSK), which is included in your software package. You must attach the Hardware 
Security Key to your computer before you can run the software.
Fig. 1-3. Hardware Security Key
Before proceeding with installation, plug the HSK into any available USB port on 
your computer. 
The code for the HSK is EYYCY, which is printed on the key itself. Use this code to 
identify the HSK that belongs to The Discovery Series software. 
Note:
Initial installation of a network server requires the Hardware Security Key 
included in the software package. Installation of an additional Network Client 
User to a Network License Server System does not require an HSK. Please refer 
to the Network License Installation Guide that ships with Network License.
1.6.b Installing The Discovery Series for  Windows
Note:
You must be a member of the Administrators group to install Discovery Series 
software. 
Insert The Discovery Series CD-ROM. The installation wizard will start 
automatically. (If the CD does not auto-start, click Start in your taskbar then click 
Run. In the Open field type d:\setup.exe where d is the letter of your CD-ROM drive.) 
Select the software application you want to install. On each panel, click Next when 
you are ready to proceed. You must accept the license agreement to continue with 
installation.
Quantity One User Guide
1-8
The installer program guides you through the installation. The installer creates a 
default directory under Program Files on your computer called Bio-Rad\The 
Discovery Series (to select a different directory, click Browse). The application 
program will be placed in the Bin folder inside The Discovery Series folder. An 
additional folder for storing sample images is also located in The Discovery Series 
folder. User profiles will be created and stored in the Documents and Settings folder 
for each user.
The installer places a shortcut to the application and user guide on your desktop and 
creates a The Discovery Series folder in Programs on your Windows Start menu.
After installation, you must reboot your computer before using an imaging device.
Note:
If you are installing in a Windows 2000 environment, you must start the 
application before allowing any other user access to the application.
Uninstalling The Discovery Series from Windows
If you need to uninstall The Discovery Series for any reason, go to Add/Remove 
Programs in the Control Panel. Highlight the application you want to remove and 
click Remove. 
Note:
Uninstalling The Discovery Series software does not remove any system files in 
the Documents and Settings folder located in Application Data. If you want to 
remove these files as well, you must do so manually.
1.6.c Installing the Discovery Series on a Macintosh
The Mac install process involves installation of the application, dongle drivers, and 
Roper support. Insert the Discovery Series CD-ROM into your Macintosh. The TDS-
Mac folder opens on your desktop, displaying the installers for The Discovery Series 
applications. Double-click on the installer for your application.
Fig. 1-4. Installation program icon (Macintosh).
Chapter 1. Introduction
1-9
Insert the Discovery Series CD-ROM. The TDS-Mac folder opens on your desktop, 
displaying the installers for The Discovery Series applications. Double-click the 
installer for your application. You must accept the license agreement to proceed with 
installation. The ReadMe contains important information about the HSK. Click 
Continue.
The installation wizard lists the types of installations in the pull down list. If you want 
to install the application and documentation only, select Easy Install from the list.
If you want to install drivers as well, select Custom from the pull down list. 
(Remember to also select the application in custom install.)
Note:
If the computer is going to be used to acquire images from Gel Doc EQ, 
ChemiDoc EQ, ChemiDoc XRS, or the VersaDoc system, then select the driver 
for your particular imaging device now.
Install Location identifies where the application will be installed. If you want to 
specify a different location, click the pull-down button. 
Click Install to proceed. Once installation is complete, click Quit. To return to the 
installer, click Continue.
Uninstalling The Discovery Series from a Macintosh
Insert the Discovery Series CD-ROM. The TDS-Mac folder opens on your desktop, 
displaying the installers for The Discovery Series applications. Double-click the 
installer for your application. In the installer screen, select Uninstall from the pull 
down list.  
1.7 Software License
When the software opens for the first time, you will see a Software License screen that 
shows the current status of your software license.
With a new HSK or network license, you receive a 30-day temporary license (“Your 
license will expire on _______”). The temporary license is designed to give you time 
to purchase the software, if you have not already done so.
Quantity One User Guide
1-10
Fig. 1-5. Temporary license screen.
During the 30-day period, the Software License screen will appear every time you 
open the software. To use the software during this period, click on the Run button.
Network license holders can click on the Check License button at any time during the 
30-day period to activate their full network license. (If your network license is not 
activated when you click on Check License, notify your network administrator.)
HSK users have 30 days to purchase the software and obtain a purchase order number 
and software serial number from Bio-Rad. When you have this information, click on 
the Check License or Registration Form button in the Software License screen to 
register your software.
Documents you may be interested
Documents you may be interested