Chapter 4. Lanes
4-5
Adjusting the Entire Frame
The following commands are located on the Lane > Edit Frame submenu:
To stretch the frame in one direction (e.g., to encompass additional bands at the 
top or bottom of the image), select Stretch Frame from the submenu or Lane 
toolbar and drag an anchor point in or out. The opposite anchor point will remain 
fixed while the frame expands or contracts.
To move the entire frame to a new position, select Move Frame from the 
submenu and drag an anchor point. The entire frame will move.
To rotate the frame, select Rotate Frame from the submenu and drag an anchor 
point. The entire frame will rotate.
To resize the entire frame, select Resize Frame from the submenu and drag an 
anchor point in or out. The frame will expand or contract from the center.
Adding and Adjusting Frame Anchors
To adjust a corner anchor point, select Add/Adjust Anchors from the Edit Frame 
submenu or toolbar and drag the anchor. This will move the anchor point and attached 
frame lines.
If the gel lanes are not straight, you can create additional anchor points along the 
frame to change the shape of individual lines.
Still using Add/Adjust Anchors, click anywhere on the frame lines. This creates 
interior anchor points both where you clicked and on the other side of the frame, 
connected by a frame line. Then drag the anchor points to bend the frame.
Add and adjust as many anchor points as you need to bend the lane lines to follow the 
lanes in the gel.
Pdf extract images - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract image from pdf in; extract photo from pdf
Pdf extract images - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract jpg pdf; extract images from pdf files
Quantity One User Guide
4-6
Fig. 4-6.  Adjusting the anchor points of the lane frame.
Removing/Unadjusting Anchors
To remove an anchor point, select Unadjust Anchors from the Edit Frame submenu 
or toolbar and click on the anchor. The anchor will disappear and the adjusted lanes 
will straighten out.
4.1.c Single Lanes
You can define individual lanes using the single lane tools. These are located on the 
Lane > Single Lane submenu or on the Lane toolbar.
New anchor points
New anchor lines
C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
Ability to extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
extract images from pdf files without using copy and paste; extract images from pdf c#
VB.NET PDF Text Extract Library: extract text content from PDF
Extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
pdf extract images; extract color image from pdf in c#
Chapter 4. Lanes
4-7
Fig. 4-7. Single Lane tools.
Note:
You can use the single lane commands on any lane within a frame; however, the 
lane will be detached from the frame.
To mark an individual lane, select Create Lane and drag a line from the top to the 
bottom of the gel lane. The lane line will be marked in red. Repeat this procedure to 
manually mark all the lanes you want to analyze in the gel.
Note:
If the lane numbering gets out of sequence, select Sort and Recalculate from the 
Edit menu to renumber the lanes.
Adjusting Single Lanes
You can adjust the position of any lane line. Select Adjust Lane from the 
Lane > Single Lane submenu or the Lane toolbar and either drag one of the existing 
anchor points or click anywhere on the lane to create a new anchor point and drag it 
into position.
To undo any lane adjustments, select Unadjust Lane from the submenu or toolbar 
and click on an anchor point to remove it. If you remove the anchor points at either 
end of the lane line, you will delete the entire line.
Deleting Lanes
You can delete both single lane lines and lines from a lane frame.
Select Remove Lane from the Single Lane submenu or toolbar and click on the lane. 
You will be prompted to confirm the deletion. 
Note:
If you delete a lane from a group of lanes or a frame, select Sort and Recalculate 
from the Edit menu to renumber the remaining lanes.
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
Create PDF from Images. |. Home ›› XDoc.PDF ›› C# PDF: Create PDF from Images. C#.NET PDF - Create PDF from Images in C# with XDoc.NET PDF Control.
extract image from pdf acrobat; extract pdf pages to jpg
VB.NET PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in vb.
VB.NET: Extract All Images from PDF Document. This is an example that you can use it to extract all images from PDF document. ' Get page 3 from the document.
extract image from pdf using; how to extract pictures from pdf files
Quantity One User Guide
4-8
4.1.d Lane Width
Lane width is important for band quantition. Only the region of the band within the 
lane sampling width is quantitated, so the defined lanes should be slightly wider than 
the actual lanes in the gel.
You can adjust the sampling width of all the lanes using the Detect Bands dialog (see 
section 5.2.a, Detection Parameters). See section 5.1, How Bands Are Identified and 
Quantified, for a full discussion of the effect of sampling width on band quantitation.
To adjust the width of a single lane, select Lane Width from the Lane menu or 
toolbar and click on the lane line. The Sample Width dialog will display the current 
width of the lane.
Fig. 4-8. Sample Width dialog.
Enter a new width in millimeters and click on the OK button.
4.1.e Lane Profile
After you have defined a lane, you can review the intensity profile of the lane. A lane 
profile provides a quick visualization of the intensity of your sample data, and is also 
useful for determining the level of background in the gel.
Select Plot Lane from the Lane menu or toolbar, then click on a lane. A lane profile 
graph will be displayed.
C# PDF Convert to Images SDK: Convert PDF to png, gif images in C#
C#.NET PDF SDK - Convert & Render PDF to Images in C#.NET. Free .NET DLLs for converting PDF to images in both .NET WinForms and ASP.NET application.
how to extract images from pdf; how to extract images from pdf files
C# PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in C#.net
|. Home ›› XDoc.PDF ›› C# PDF: Extract, Copy and Paste PDF Pages. C#.NET Sample Code: Extract PDF Pages and Save into a New PDF File in C#.NET.
extract image from pdf java; how to extract images from pdf in acrobat
Chapter 4. Lanes
4-9
Fig. 4-9. Profile of a defined lane.
In the lane profile, bands are represented by peaks and background intensity is 
represented by the baseline region below the peaks. The profile is generated by 
calculating the average intensity of each horizontal row of pixels across the specified 
width of the lane.
To close the lane profile, click on Hide Overlays on the main toolbar.
4.2 Lane-Based Background Subtraction
After defining lanes, we strongly recommend that you perform lane-based 
background subtraction. This is the best method for removing background intensity 
from lanes, and is required for Gaussian modeling of bands.
Lane-based background subtraction uses a “rolling disk” method of subtraction, 
named for a hypothetical disk that rolls along underneath the lane profile, removing 
different intensity levels along the length of the lane.
The size of the disk determines how much background will be subtracted. A large 
disk will follow the profile trace less closely, touching fewer points along the trace 
Intensity peaks
Background
VB.NET Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images
Create PDF from Images. |. Home ›› XDoc.PDF ›› VB.NET PDF: Create PDF from Images. NET converter control for exporting high quality PDF from images.
online pdf image extractor; how to extract text from pdf image file
C# PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in C#.net
Following demo code will show how to convert all PDF pages to Jpeg images with C# .NET. // Load a PDF file. String inputFilePath
extract image from pdf; extract jpg pdf
Quantity One User Guide
4-10
and removing less background. A smaller disk will more closely follow the profile 
trace, removing more background.
A disk radius that is too large will result in poor removal of background. A disk radius 
that is too small may subtract actual data. 
Fig. 4-10. Examples of the background trace for small and large rolling disks. The small disk 
follows the profile trace more closely, resulting in more background subtraction.
Select Lane Background from the Lane menu or toolbar and click on a lane. The 
lane will be highlighted, the lane profile will be displayed, and the Lane Background 
Subtraction dialog will open.
Small Radius
Large Radius
Chapter 4. Lanes
4-11
Fig. 4-11. Lane Background Subtraction dialog.
In the dialog, you can set the same subtraction level for all lanes or specify an 
individual subtraction level for the selected lane. Any changes you make will be 
automatically applied to the image. To close the dialog, click on Done.
4.2.a Profile Trace
When you make changes in the dialog, note that the profile trace of the lane also 
changes. In the standard view, the original “raw” trace of the line is shown in black, 
and the orange line represents the background beneath the peaks of the trace as 
defined by the rolling disk.
As you change the size of the rolling disk, the orange line changes, following the 
contours of the profile more or less closely as shown in Fig. 4-10.
To display the trace with the background removed, select Show lane trace with 
background subtracted. The orange line in the trace disappears along with the 
Quantity One User Guide
4-12
background, and you can visually compare the relative intensities of the bands in the 
lane.
4.2.b All Lanes Off
To turn off lane-based background subtraction for all the lanes in the image, select the 
All Lanes Off button.
4.2.c All Lanes On (Same Level)
Select this option to set the same subtraction level for all lanes. The Rolling Disk Size 
field in the All Lanes section of the dialog displays the rolling disk radius in number 
of pixels. Enter a new value in the field, or use the arrows to change the value in 10 
percent increments.
Typical rolling disk sizes range from 50 to 150. As you change the size, study the 
level of background subtraction in the lane trace.
4.2.d Subtraction Varies by Lane
You can set a different subtraction level for each lane in the gel using the controls in 
the Selected Lane area of the dialog. Any changes you make with these controls will 
only be applied to the selected lane; to select a different lane, click on it with the Lane 
Background command assigned.
Click on the Lane Off button to turn off subtraction for the selected lane. Select Lane 
On to turn on subtraction for the lane.
To adjust the subtraction level for the lane, change the value in the Rolling Disk Size 
field under Selected Lane. This field displays the rolling disk radius in number of 
pixels. Enter a new value in the field, or use the arrows to change the value in 10 
percent increments.
Typical rolling disk sizes range from 50 to 150. As you change the size, study the 
level of background subtraction in the lane trace.
When you make changes to the selected lane, the Subtraction Varies by Lane button 
is selected. To turn off individual lane subtraction, choose either All Lanes Off or All 
Lanes On.
Chapter 4. Lanes
4-13
4.3 Compare Lanes
The Compare Lanes graph allows you to superimpose the intensity profiles of any 
number of lanes from any number of open images.
Select Compare Lanes from the Lane menu or toolbar, then click on the first lane 
you want to display. The Compare Lanes window will open.
Note:
The image must have defined lanes for this command to work.
Fig. 4-12. The Compare Lanes dialog.
The X axis of the graph is the Rf value and the Y axis is the pixel intensity value at 
each point along the lane. Compare Lanes automatically “best fits” lanes within the 
display window to maximize the range of intensity values included in the graph. Rf 
values are displayed from 0.0 to 1.0.
Quantity One User Guide
4-14
Adding and Removing Lanes from the Graph
To add a lane to the graph, click directly on the lane in the image. The plot of the lane 
will appear in the graph.
Each lane you add will be displayed in one of eight colors, and will be identified by 
color in a legend underneath the graph. If you add more than eight lanes, the colors 
will repeat, but each lane will still be identified underneath the trace display. There is 
no limit to the number of lanes that can be displayed simultaneously.
To remove a lane profile, click on the Remove Lane button. A pop-up box will 
prompt you to select the lane to remove. If you remove a lane, the colors of the 
remaining lanes will change. Check the lane legend for an updated color code.
Magnifying the Graph
Use the Zoom In and Zoom Out buttons in the dialog to magnify regions of interest 
in the profiles. Alternatively, drag the cursor horizontally across the graph and release 
the mouse button to magnify the defined range.
Note:
The magnifying functions in Compare Lanes only magnify the profile in the 
direction of the X axis. Therefore, the profile will appear to “stretch” without 
increasing in height.
The Full View button returns the graph to its default display.
If you have magnified part of the graph, the Left arrow and Right arrow scroll 
buttons can be used to pan left or right along the graph.
Show Gaussian Modeling
The Show Gauss Model checkbox is active if any of the selected lanes includes 
Gaussian modeling (see section 5.7, Gauss-Modeling Bands). If you select this 
checkbox, the Gaussian-fitted profiles will be superimposed on the regular lane 
profiles. The Gaussian profiles are displayed in white.
Align Band Types
The Align Band Types checkbox is active if any of the selected lanes includes 
defined band types (see section 6.2, Band Matching).
Documents you may be interested
Documents you may be interested