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Chapter 4. Lanes
4-15
If this checkbox is selected, the profiles of all bands that have been identified as the 
same band type will be stretched and superimposed on one another, so their peaks 
align. This is useful if the same band appears as peaks in slightly different positions in 
different lanes, and you want to align the peaks to confirm that they are all the same 
band type.
Note:
This command only changes the lane profiles as they are displayed in the 
Compare Lanes dialog, and will not affect image data in any way.
Fig. 4-13. Two band types as they appear in two lanes, before alignment and after.
Note that this function will not align band types from different band sets (e.g., Band 
Type 1 in Band Set A and Band Type 1 in Band Set B will not be aligned). However, 
the same band types from different images will be aligned.
Note:
The Rf values in the X axis will no longer be accurate if Align Band Types is 
selected, since some band profiles will be stretched and their peaks shifted.
Printing and Exporting
Click on the Print button to print a copy of the Compare Lanes display.
Click on the Export button to export the data points in the graph to a spreadsheet. 
This will open the Compare Lanes Export dialog.
Unaligned
Aligned
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Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract jpg from pdf; pdf image extractor
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Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract image from pdf in; online pdf image extractor
Quantity One User Guide
4-16
Fig. 4-14. Compare Lanes Export dialog.
This Export dialog includes a field for the number of data points to be taken along the 
length of each lane. The default value in this field is the maximum number of data 
points that are available for the lanes you are comparing.
Select the export format (tab or comma delimited) and destination (file or clipboard), 
then click on OK.
Note:
The exported data will be different depending on whether you have checked 
Align Band TypesShow Gauss Model, or neither. If the Show Gauss Model 
checkbox is selected, each lane that has been Gaussian fitted will have two 
columns of data: one for the Gaussian-fitted profile and one for the regular 
profile. If the Align Band Types checkbox is selected, the exported values will 
reflect the stretched and shifted profiles of those lanes that have been aligned.
4.4 Lane-based Arrays
The lane-based array functions allow you to create a lane frame for the cells in an 
array. You can then specify the cell dimensions and quantitate them using the 
Quantity Standards function (see section 6.3, Quantity Standards).
Number of data points
VB.NET PDF Text Extract Library: extract text content from PDF
Extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
extract image from pdf java; how to extract images from pdf
C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
Ability to extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
extract images from pdf c#; extract image from pdf using
Chapter 4. Lanes
4-17
Note:
You can quantitate arrays outside of lanes using volume arrays (see section 7.7, 
Volume Arrays).
The first step in defining an array is specifying the number of columns and rows and 
creating an array frame.
Got to the Lane menu, open the Lane-based Array submenu, and select Frame 
Array.
Fig. 4-15. Lane-based Array tools.
Enter the number of columns in the array and click on OK.
Fig. 4-16. Setting number of array columns.
In the next box, enter the number of rows and click on OK.
Fig. 4-17. Setting the number of array rows.
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Quantity One User Guide
4-18
The array matrix will appear on the image. Each column will be marked by a red line, 
and each cell will be marked by top and bottom brackets.
Note:
If the cells appear marked by lines instead of brackets, select Band Attributes 
from the Band menu and select Brackets in the dialog.
When you first create the array matrix, it will probably not be centered on the 
columns and cells in the actual image. In the next step, you will adjust the position of 
the matrix.
Adjusting the Array Matrix
The Add/Adjust Anchors tool will be automatically assigned to the mouse after you 
create the frame (otherwise, select it from the Lane > Edit Frame submenu). Position 
the cursor on the corner points of the frame and drag them into position so that the red 
lines run down the middle of the array columns and the top and bottom brackets are 
centered on the array cells (see section 4.1.b, Editing the Frame for guidance on 
adjusting frames).
If necessary, the Adjust Lane command (see “Adjusting Single Lanes” on page 7) 
and Adjust Band command (see section 5.3.b, Adjusting Bands) can be used to 
adjust the placement of columns and cells within the frame.
Reducing Background in the Array
After you have positioned the array, you should reduce lane background using the 
Lane Background command (see page 4.2, Lane-Based Background Subtraction). 
Lane background will affect quantitation of the cells.
Setting Array Cell Height and Width
Now you should adjust the cell brackets so that they completely enclose the cells in 
the array.
Select Array Cell Height from the Lane > Lane-based Arrays submenu and enter the 
height in millimeters of the array cells.
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
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extract image from pdf in; online pdf image extractor
C# PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in C#.net
Page: Extract, Copy and Paste PDF Pages. Easy to Use C# Code to Extract PDF Pages, Copy Pages from One PDF File and Paste into Others in C#.NET Program.
pdf image extractor online; extract images pdf
Chapter 4. Lanes
4-19
Fig. 4-18. Setting the array cell height.
When you click on OK, the cell brackets will adjust to the specified height. If you 
aren’t sure of the exact height, you can experiment with different values.
Select Array Cell Width and enter the width in millimeters of all the cells in the 
array.
Fig. 4-19. Setting the array cell width.
When you click on OK, the cell brackets will adjust to the specified width. If you 
aren’t sure of the exact width, you can experiment with different values.
Analyzing Array Data
When the brackets fully enclose each cell in the array, you are ready to analyze the 
data. You can display various measures of cell quantity on the image using the Band 
Attributes command on the Band menu. With the Band Attributes dialog open, select 
from Peak Density, Average Density, Trace Quantity, Relative Quantity, and other 
measures. You can also report these values by selecting Lane Reports from the 
Reports menu.
VB.NET PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in vb.
example that you can use it to extract all images from PDF document. ' Get page 3 from the document. Dim page As PDFPage = doc.GetPage(3) ' Select image by the
how to extract a picture from a pdf; extract text from image pdf file
VB.NET PDF Form Data Read library: extract form data from PDF in
PDF software, it should have functions for processing text, image as well tell you how to read or retrieve field data from PDF and how to extract and get
extract pictures pdf; extract jpg from pdf
Quantity One User Guide
4-20
To use known quantities to calculate unknowns, you can use the Quantity Standards 
function (see section 6.3, Quantity Standards).
5-1
5. Bands
After you have defined the lanes on the gel image, you can automatically identify and 
quantitate bands using a set of adjustable parameters.
Note:
You can quantitate bands, arrays, or other objects outside of lanes using volumes. 
See Chapter 7 for details.
The tools for band detection are located on the Band menu and on the Band Tools 
toolbar.
Fig. 5-1. Band menu and Band Tools toolbar.
Note:
Before detecting bands, you should subtract background from the lanes using the 
Lane Background command (see section 4.2, Lane-Based Background 
Subtraction).
Quantity One User Guide
5-2
5.1 How Bands Are Identified and Quantified
You can automatically identify all the bands in an image using the Detect Bands 
command (see section 5.2, Band Detection), or you can mark them individually using 
the Create Band command (see section 5.3, Identifying and Editing Individual 
Bands).
Each identified band is defined by brackets above and below the band. The width of 
each set of brackets is determined by the lane sampling width (see section 5.2.a, 
Detection Parameters). The height of the brackets is determined automatically, using 
a band-finding formula together with parameters that you select.
Fig. 5-2. Illustration of bracket quantitation.
Band
Lane Sampling Width
Lane Trace
Average intensity
m
m
Band Profile
Average pixel intensity
Integrate under curve to baseline
for band quantitation (intensity x mm).
across sample width
Height
Peak
Chapter 5. Bands
5-3
When a band is quantitated, the average intensity of each horizontal row of pixels 
within the brackets is calculated. Next, the number of pixel rows between the top and 
bottom brackets is determined. Taken together, these result in an intensity profile for 
the band.
Finally, the area under the profile curve to the baseline is integrated, resulting in units 
of intensity x millimeters. This is the “trace quantity” of the band.
Note:
Because the profile of an ideal band conforms to the shape of a Gaussian curve, 
band profiles can be “fitted” to a Gaussian model. The band quantity can then be 
quantitated from the area under the Gaussian curve. This is the best to resolve 
overlapping or closely spaced bands in images. See section 5.7, Gauss-Modeling 
Bands, for details.
5.2 Band Detection
The Detect Bands command automatically detects the bands in defined lanes, based 
on parameters that you select.
Note:
Before detecting bands, you should subtract background from the lanes using the 
Lane Background command (see section 4.2, Lane-Based Background 
Subtraction).
Select Detect Bands from the Band menu or toolbar. The Detect Bands dialog will 
open.
Quantity One User Guide
5-4
Fig. 5-3. Detect Bands dialog, short and expanded formats, with default values.
When you first open the Detect Bands dialog, all bands will be automatically detected 
based on the default parameters in the dialog, and the bands will appear marked on 
the image. The bands can be marked by either lines or brackets, depending on the 
settings in the Band Attributes dialog (see section 5.5, Band Attributes).
Note:
If you have already manually identified bands (using Create Band, Adjust 
Band, etc.), the Detect Bands function will overwrite them. You should use 
Detect Bands first, and then manually add, adjust, or remove bands as needed.
Click here to toggle format
Band tools buttons are
included in the dialog
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