Chapter 6. Standards and Band Matching
6-9
Fig. 6-9. Applying a single standard value.
After you have applied the standard values to a lane, the bands in that lane will 
change color to blue, indicating that they are now standards.
You are now ready to select the standards regression curve to use for calculating the 
unknowns.
Removing Standard Values from Lanes
The Clear from Lane command removes all the standard values from the lane(s) you 
select. Click on the button, then click on the lane or lanes from which you want to 
delete the standard values.
Showing the Modeling Lines
Click on the Show Modeling Lines button in the Standards dialog to display lines 
across the gel connecting the same standard bands in different lanes. Unknown bands 
that fall along these lines  have the same values as the standards.
To redisplay only the band numbers with no modeling lines, click on the Show Band 
Types button.
6.1.d Standards Regression Curve
After you have applied the standard values to the image, you are ready to select the 
regression model to use to calculate the values of the unknown bands. (Note: You 
must apply the values to a lane before you can view and adjust the regression curve.)
Click here to apply
this standard value
to a particular band
on the image
Extract images from pdf - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract color image from pdf in c#; extract photos pdf
Extract images from pdf - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
how to extract images from pdf; extract image from pdf in
Quantity One User Guide
6-10
Click on the Standard Curve button in the Standards dialog, then click on a lane. A 
graph of the standards regression curve is displayed on the image, and the Standard 
Curve Options dialog is displayed as well.
Fig. 6-10. Displaying the standard curve and options dialog.
As you click on different lanes, the curve is displayed for each lane in turn. The X 
axis is the standard value and the Y axis is the Rf value.
Use the Std Curve Options dialog to change the regression model for the curve, as 
well as various display options.
Standards Regression Models
Select different regression models in the Std Curve Options dialog while you study 
the standard curve with the standard points displayed. Then choose a curve that best 
VB.NET PDF Text Extract Library: extract text content from PDF
Extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
extract images from pdf file; extract photo from pdf
C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
Ability to extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction from PDF images and image files.
extract images from pdf online; extract image from pdf java
Chapter 6. Standards and Band Matching
6-11
fits the data points. (The correlation coefficient provides another measure of curve 
fit.)
Note:
Note that point-to-point semi-log is the only method available if you perform 
band matching on the image, because band matching adjusts the positional values 
of bands in localized areas based on your identification. Point-to-point semi-log 
is appropriate for this kind of localized variation, whereas the other methods are 
not. Therefore, you should select point-to-point semi-log if you intend to perform 
band matching (required for similarity analysis) on the gel.
Point-to-point semi-log. This and the Elder-Southern method are especially useful 
for describing band migration in static-field electrophoresis gels. This is the only 
method available if you perform band matching on the image (see note above).
Elder-Southern.  This and the point-to-point semi-log method are especially useful 
for describing band migration in static-field electrophoresis gels. At least three 
standard points are required to use this method.
Linear. This method of least-squares polynomial fits is useful for modeling pulsed-
field electrophoresis gels.
Quadratic. At least three standard points are required to use this method of least-
squares polynomial fits.
Cubic. At least four standard points are required to use this method of least-squares 
polynomial fits.
Logistic. At least five standard points are required to use this method of nonlinear 
least-squares curve fitting.
Cubic-Spline. At least five standard points are required to use this beta-cubic-spline 
method.
Display Options
The following options will change how the curve graph is displayed:
Show Standard Points displays the standard data points on the graph.  The standard 
points in that lane will be marked on the graph as triangles. Note that known band 
types will appear marked as standards.
VB.NET PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in vb.
VB.NET: Extract All Images from PDF Document. This is an example that you can use it to extract all images from PDF document. ' Get page 3 from the document.
extract jpg from pdf; how to extract images from pdf file
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
C#.NET Project DLLs for Conversion from Images to PDF in C#.NET Program. C# Example: Convert More than Two Type Images to PDF in C#.NET Application.
extract pdf pages to jpg; how to extract text from pdf image file
Quantity One User Guide
6-12
Show Calculated Points displays the calculated points on the graph. The calculated 
points in the lane will be marked on the graph as circles.
Perform Log Transform changes the shape of the curve from linear to log. This will 
not change the calculated values.
Show Numerical Data of Points displays the value of each band on the graph next to 
its corresponding point.
Display Correlation Coefficient displays the correlation coefficient for the linear, 
quadratic, and cubic regression models.
Note:
The correlation coefficient is a measure of how well the regression model fits the 
data. It is the square root of the proportion of total variation that can be explained 
by the regression model. A correlation coefficient of 1.000 would indicate 100 
percent certainty of fit.
6.1.e Displaying Calculated Values
To view the calculated values of all the bands in the gel image, select Band 
Attributes from the Band menu, then select the value to be displayed (molecular 
weights, base pairs, etc.). Values can be displayed and printed in report format using 
the lane and match reports on the Reports menu.
6.1.f Saving, Opening, and Deleting Standards
Standards are saved with the image; you can also save copies of them in a separate 
archive that is available to all images.
To save the standard values with the image, click on the Close button to close the 
Standards dialog, then save the image. When you open the image again, the standards 
will be available when you select Standards.
To save these standards for use on other images, click on the Archive button. The 
standards will be saved in an archive file separately from the image.
To use a set of archived standards, open any image, then choose Standards from the 
menu or toolbar and select the archived standards. They will be imported into the 
image.
C# PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in C#.net
Page: Extract, Copy and Paste PDF Pages. Easy to Use C# Code to Extract PDF Pages, Copy Pages from One PDF File and Paste into Others in C#.NET Program.
pdf image extractor online; pdf image text extractor
C# PDF insert image Library: insert images into PDF in C#.net, ASP
Powerful .NET PDF image edit control, enable users to insert vector images to PDF file. Merge several images into PDF. Insert images into PDF form field.
how to extract images from pdf files; extract images pdf
Chapter 6. Standards and Band Matching
6-13
To delete a set of standards you have created, open them, then click on the Delete 
button at the bottom of the dialog. A pop-up box will ask you to confirm that you 
want to proceed with the deletion before completing the action. This will delete the 
standards from both the image and the archive.
To modify a set of standards you have created, open them, make your changes, then 
save the image and (if desired) archive the new standards.
Read-Only Standards
You can make archived standards read-only. Read-only standards cannot be deleted 
from or modified in the archive using the methods described above; they can still be 
deleted from or modified in the image.
To make standards read-only, insert a tilde character (~) in front of the name of the 
standards, then click on the Archive button. These standards will always be available 
under that name in the list of standards.
All Bio-Rad standards are read-only.
Disabling/Deleting the Archive
To delete the archived standards (including Bio-Rad standards), remove the 
oneprefs.dbs database from the fixed.prm folder on your hard drive. Under 
Windows, this folder is located in the Bio-Rad/Program Files/The Discovery Series 
directory. On the Macintosh, this file is located in The Discovery Series folder in the 
Preferences folder in the System Folder.
After you remove this file, a new, empty oneprefs.dbs database will be automatically 
created the next time you open an image. You can use this to begin a new archive.
6.2 Band Matching
To compare the similarity of samples in a gel (using the phylogenetic tree, similarity 
matrix, etc.), you must match bands across lanes using the commands on the Match 
menu and toolbar.
C# PDF Convert to Images SDK: Convert PDF to png, gif images in C#
Professional .NET library and Visual C# source code for creating high resolution images from PDF in C#.NET class. Cut and paste any areas in PDF pages to images.
extract pictures pdf; how to extract images from pdf files
VB.NET Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images
VB.NET Guide for Converting Raster Images to PDF File Using VB.NET Sample Code. VB.NET Example of More than Two Images to PDF Conversion. This VB.
how to extract text from pdf image file; extract image from pdf file
Quantity One User Guide
6-14
Note:
If you have run standards on the gel, you should define them before proceeding 
as described in the previous section. Multiple lanes of standards will facilitate the 
band matching program; however, they are not required.
Fig. 6-11. Matching tools.
Select Match from the menu or toolbar and click on a representative experimental 
lane in the gel image. This may be a lane that contains most or all of the bands that 
you are interested in, and/or a lane in which the bands are particularly well-resolved. 
Each band in this lane will be designated as a different “band type.”
Note:
If you have defined standards in the gel, a pop-up box will warn you that the 
regression model for calculating band values will be restricted to point-to-point 
semi-log. If you selected a different regression model when defining standards, it 
will be changed.
The first time you click on an experimental lane with the Match command, a pop-up 
box will prompt you to specify the matching tolerance.
Chapter 6. Standards and Band Matching
6-15
Fig. 6-12. Query box: Apply matching to the whole lane?
Tolerance is the minimum spacing that the matching model expects to find between 
unique bands. It is expressed as a percent of lane height. You can enter a value 
between 0.2 and 10 percent. If the bands are very close together, enter a tolerance of 
2.5 percent or less.
After you select a tolerance, click on Yes to automatically match all bands across the 
lanes. (Click on No to match only the specific band you clicked on.)
When you click on Yes, the bands in the lane you selected will change to green, 
indicating that they are known band types that have been identified by you. A band 
type number will appear next to each band.
The automatic matching mechanism will attempt to match the bands in the other lanes 
to the known band types. Matched bands are labeled in red, with the number of the 
band type appearing next to each band. These matched bands are connected by 
modeling lines.
Yellow bands are bands that the software cannot accurately match. The matching 
algorithm is deliberately conservative to avoid incorrect labeling, so a number of 
yellow bands may appear on the image.
Your next step will be to identify the yellow bands as either new band types, or 
existing band types that could not be automatched.
To summarize:
Green bands are known band types.
Quantity One User Guide
6-16
Red bands are bands that have been automatically matched with the known band 
types.
Yellow bands are bands that have not been matched and are unclassified.
Displaying Band Types and Modeling Lines
To display the band type numbers on the image, select Show Band Types from the 
Match menu or toolbar.
Band type modeling lines reveal the path along the gel image that the software uses to 
match bands of the same type in different lanes. These lines are based on the positions 
of the known (green) bands and any standards you may have defined.
To display the band type modeling lines, select Show Band Models from the Match 
menu or toolbar.
6.2.a Editing the Results of Band Matching
After you have matched bands automatically, you can manually indentify the 
remaining unknown bands as new or existing band types. Use the tools on the Match 
menu and toolbar to manually identify new bands, unmatch bands, or identify bands 
as outliers from the band set.
Note:
The modeling lines are designed to give you guidance on identifying new bands.
To identify an unknown (yellow) band as a new band type, select Match and 
click on the unknown band. 
To match a band to a particular band type, select Match and first click on the 
identified red or green band. Then click on the red or yellow band you want to 
match. The band will appear green (known) and the modeling line will change to 
reflect the match. 
If a matched (red) band in a lane is in fact a new band, select Match, hold down 
the Shift key, and click on the red band.
To change a matched band to unknown (yellow), select Unmatch and click on 
that band.
To remove a green band from the modeling, select Outlier and click on that 
band. An X will appear through the band, indicating that the software is ignoring 
it when auto-matching bands across the gel image.
Chapter 6. Standards and Band Matching
6-17
Manually match bands until all the bands in the image are identified. The gel should 
have no yellow (unknown) bands, and the modeling lines should intersect at or near 
the middle of the bands across the gel. If the modeling lines are not parallel, the lanes 
may be warped or distorted and thus difficult to compare using the automatic analysis 
features.
6.2.b Band Set Dialog
The Band Set dialog contains the values of all the experimental bands in a gel, a tool 
bar for band matching, and other information about the bands.
To open the dialog, select Matched Band Set from the Match menu or toolbar and 
click anywhere on the image.
The dialog will open with a default name for the band set (e.g., Band Set 1). Enter a 
new name at the top of the dialog, and add any comments or category/attribute 
information you want to associate with the band set.
Quantity One User Guide
6-18
Fig. 6-13. Band Set dialog.
List of Band Types
The values of the individual bands are listed in the dialog. These values are based on 
any standards you have defined and the band matching. If you have not defined 
standards, normalized Rf units are used.
Documents you may be interested
Documents you may be interested