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Chapter 6. Standards and Band Matching
6-19
Fig. 6-14. Applying and editing band type values.
If you change any of the values in the list, that will be reflected in the matching on the 
image.
Click on the numbered Arrow button next to a band value and click on a band in the 
gel to identify that band.
You can enter names for the band types in the Name column. These will appear in 
subsequent reports and print-outs.
To remove a band from the set, click on the triangle icon next to the band value. 
Confirm the deletion, and the remaining band types will be renumbered.
Band Set Toolbar
The toolbar in the Band Set dialog contains all the commands needed for matching.
Assign band type to
Delete band type
the mouse
Band type value
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Quantity One User Guide
6-20
Fig. 6-15. Band set toolbar.
Apply to Lane applies the values in the band set to any lane in the gel. Click on the 
button, then click on the lane. The bands in that lane that can be matched will change 
to red.
Clear from Lane removes the identified values from any lane in the gel. Click on the 
button, then click on the lane to be cleared. The bands in the lane will change to 
yellow.
Create Band and Remove Band are standard band commands that have been 
included in the toolbar for convenience (see section  5.3.a, Identifying Individual 
Bands).
Match is used to identify a new band. Click on the button, then click on the unknown 
(yellow) band to identify it and add it to the set.
Unmatch removes the identification of a band. Click on the button, then click on the 
matched band to change it to unknown.
Propagate Band Set applies all the values in the set to the bands in a lane, based on a 
few identified bands in the lane. Click on this button, then click on the lane. The 
bands in that lane that can be matched will change to green to indicate their known 
status.
Outlier excludes a known (green) band from the band set model. However, the band 
will still be marked as known.
Show Band Types displays all the red, green, and yellow bands on the image, with 
the band type numbers next to the matched bands.
Show Band Models displays the modeling lines across the gel image.
Apply to Lane
Clear from Lane
Create Band
Remove Band
Match
Unmatch
Propagate Band Set
Outlier Show band types
Show band models
Standard curve
C# PDF insert image Library: insert images into PDF in C#.net, ASP
How to Insert & Add Image, Picture or Logo on PDF Page Using C#.NET. Import graphic picture, digital photo, signature and logo into PDF document.
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C# Word - Paragraph Processing in C#.NET
C# users can set paragraph properties and create content such as run, footnote, endnote and picture in a paragraph. Create Picture in Paragraph.
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Chapter 6. Standards and Band Matching
6-21
Standard Curve displays the Standards Regression Curve (see section 6.1.d, 
Standards Regression Curve). Click on the button, then click on any lane in the image.
Other Band Set Functions
The units of the bands are displayed in the top half of the dialog, as is the matching 
tolerance used. Tolerance is the minimum spacing between unique bands that you 
specified when you created the band set.
The Normalization button allows you to pick a specific identified band that appears 
in all the lanes to normalize the relative quantities of the other bands against (see 
section 11.1, Differential Display for more information).
Click on the resize button in the lower right corner to reconfigure the dialog to its 
smaller, palette version, which displays only the tool buttons and band type buttons.
To delete the band set, click on the Delete button.
To close the band set, click on OK.
Note that the band set is saved when you save the image.
6.2.c Tips for Gels Without Standards
If you are not using standards, we recommend that you load at least two lanes per gel 
with a reference sample containing many if not most of your experimental bands of 
interest.
Select the Match command from the menu or toolbar, and click on this reference 
sample lane to create a new band set. Then select Matched Band Set from the Match 
menu to open the Band Set dialog, and apply that band set to other reference sample 
lanes using the Propagate Band Set command.
Propagate Band Set is a feature that not only simplifies identifying bands, it allows 
the software to do some optimizations that will significantly speed up modeling. 
Choose another reference sample lane that you want to apply the band set to. Start by 
using the Match command to identify one or two bands in the lane, then click on the 
Propagate Band Set button and click on the lane to assign the remaining band types 
to the lane.
VB.NET TIFF: How to Draw Picture & Write Text on TIFF Document in
drawing As RaterEdgeDrawing = New RaterEdgeDrawing() drawing.Picture = "RasterEdge" drawing provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
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VB.NET Image: Image Cropping SDK to Cut Out Image, Picture and
first! VB.NET Image & Picture Cropping Application. Do you need to save a copy of certain part of an image file in a programming way?
how to extract a picture from a pdf; extract pdf images
Quantity One User Guide
6-22
Once the reference sample lanes have been modeled, identify any unknown bands 
using the methods outlined in the previous sections.
6.2.d Normalizing for Quantity
You can normalize the quantities of the bands in a gel to the quantity of a particular 
identified band that appears in all lanes. This is useful if you have loaded different 
amounts of sample in each lane.
Note:
Quantity normalization is required for calculating Differential Display.
Select Normalize from the Match menu and click on a matched band that appears in 
every lane. (If the band is not present in a lane, the normalized quantity for that lane 
will be zero.) The quantity of that band will be set to 100 in each lane, and the 
quantities of the other bands will normalized to that band.
You can view the normalized quantities using the Band Attributes dialog or in various 
reports.
6.2.e Graphs of Match Data
You can display graphs of different kinds of data associated with the matched bands. 
The commands for displaying these are located on the Match > Match Graphs 
submenu.
Fig. 6-16. Match Graphs submenu.
From the Match Graphs submenu, select a type of graph and click on a matched band. 
The bands in the matched group will be displayed along with the selected graph.
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Chapter 6. Standards and Band Matching
6-23
Fig. 6-17. Example of a match graph.
Average displays a histogram of the average densities of the bands in a band 
type.
Calibrated Quantity displays a histogram of the quantities of the bands in a 
band type as calculated from a calibration curve (see section 6.3, Quantity 
Standards).
Contour displays a histogram of the intensity of each contoured band in a band 
type. This function only works with contoured bands.
Normalized Quantity displays a histogram of the normalized quantities of the 
bands in a band type. See section 6.2.d, Normalizing for Quantity, for 
instructions on how to normalize for quantity.
Peak displays a histogram of the peak intensities of the bands in a band type.
Relative Quantity displays a histogram in which each bar represents the quantity 
of the band in a lane as a percentage of either (1) the total intensity data in the 
band’s lane, or (2) the total intensity of all the bands in the band’s lane. The 
calculation method (% of Lane or % of Bands in Lane) is set in the Preferences 
dialog.
Trace displays a histogram of the trace quantities of the bands in a band type 
group.
C# TIFF: How to Insert & Burn Picture/Image into TIFF Document
Support adding image or picture to an existing or new creating blank TIFF are dedicated to provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
extract image from pdf in; extract pdf pages to jpg
VB.NET Image: VB.NET Planet Barcode Generator for Image, Picture &
png, gif, jpeg, bmp and tiff) and a document file (supported files are PDF, Word & Generate Planet Barcode on Picture & Image in VB.NET. In this part, we will
extract images from pdf acrobat; extract images pdf acrobat
Quantity One User Guide
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Each bar of the histogram is labeled on the X axis with the lane number, and (where 
space permits) the band number. The Y axis is labeled with quantitative values. If the 
bands in the match group span the entire image window, the histogram will not 
include bars for the bands in the left-most lanes because of the space required for 
labeling the axis. 
To avoid this problem, decrease the size of the image using Zoom Out until there is 
blank space between the left side of the window and the first band of the match group. 
Redisplay the histogram. If one or more bars are still not included, continue 
decreasing the magnification until you can see all the data.
6.3 Quantity Standards
From bands of known quantity, you can generate a calibration curve for determining 
the quantities of all the bands in lanes or cells in lane-based arrays. (To quantitate 
bands outside of lanes, see Chapter 7.)
Using the Quantity Standards dialog, you plot the quantities of the known bands 
against their intensities to generate a calibration curve. You then apply this curve to 
unknown bands in the current gel as well as other gels.
To create a calibration curve, the quantities of at least two
bands must be known. The 
greater the number of known bands and the wider the range of their values, the more 
accurate the calibration curve will be.
Note:
The band intensities calculated by Gaussian fitting (see section 5.7, Gauss-
Modeling Bands) cannot be used in conjunction with Quantity Standards. 
However, you can continue to use the trace intensity (i.e., the area under a band’s 
intensity profile) to calculate Quantity Standards after you have Gauss-
modeled your bands.
6.3.a Creating and Applying a Set of Quantity Standards
Select Quantity Standards from the Analysis menu. A pop-up box will prompt you 
to create a new curve or load a saved calibration curve.
VB.NET Image: Create Code 11 Barcode on Picture & Document Using
Write Code 11 barcode image on single-page or multi-page PDF, TIFF or Word document using VB.NET code. Code 11 Barcode Generation on PDF Using VB.NET Code.
how to extract images from pdf files; extract image from pdf online
VB.NET Image: How to Save Image & Print Image Using VB.NET
tutorial page will tell you how to save and print image / picture file using Capable of saving and printing multi-page document files, like PDF and Word, in VB
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Chapter 6. Standards and Band Matching
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Fig. 6-18. Loading a quantity calibration curve.
Select Create New to open a blank Quantity Standards dialog.
Fig. 6-19. Quantity Standards dialog.
The dialog will open with a default name for the quantity standards (e.g., Cal 1). 
Enter a new name, specify the quantity value units (e.g., µg), and enter any 
descriptive information in the appropriate fields at the top of the dialog. 
Quantity One User Guide
6-26
The calibration curve is generated by plotting the quantities versus the intensities of 
the known bands. The intensities of the bands can be measured in several different 
ways. Click on the Measure button to display a list.
Fig. 6-20. Band attributes to measure for relative quantity.
The options in the Measure dialog are:
Trace density—The intensity of a band as measured by the area under its 
intensity profile curve. Units are intensity x mm.
Contour density—The intensity of a band that has been defined using the 
Contour or Draw Band tools (see section 5.8, Irregularly Shaped Bands in 
Lanes). It is the sum of the intensities of all the pixels inside the band boundary 
multiplied by the area of each pixel. Units are intensity x mm2.
Peak density—The intensity value of a band’s peak.
Average density—The total intensity of the rows of pixels used to generate the 
profile of a band, divided by the number of rows.
Identifying the Known Bands in the Gel
The dialog includes three buttons that can be used to select the known bands in the 
gel:
To select bands one at a time, click on the Band button, then click on each band 
of known quantity. Each band will be highlighted.
If all of the known bands are the same band type, click on the Match button, then 
click on one of the bands. The matched group of bands will be highlighted.
Chapter 6. Standards and Band Matching
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If all of the known bands are in one lane, click on the Lane button, then click on 
the lane with the known quantities. The entire lane will be highlighted.
Fig. 6-21. Buttons for selecting bands of known quantity.
In the lower part of the Quantity Standards dialog, the lane and band numbers of the 
selected bands will appear in the Band column. The intensity of each band will also 
be listed.
Entering the Quantities
Enter the quantity of each known band in the Quantity column. When you enter a 
quantity, the value of the band in the Status column will change from Unknown to 
Known.
Fig. 6-22. Entering the known quantities. 
After you have entered a few quantities, the status of the remaining bands in the list 
may change to O.R., meaning that the remaining bands are out of the current range of 
values (based on their intensities and what you have already entered).
Quantity One User Guide
6-28
Alternatively, the software may automatically calculate an unknown quantity (if it is 
between two known quantities) and enter a value for it; in this case the Status column 
will indicate that the quantity has been calculated (Calc.)
In either case, you can type a quantity directly into the Quantity column and the 
status will change to Known.
Relative Deviation of Known Quantities
After three values have been entered, the relative deviations of those bands are 
automatically calculated and displayed in the Rel. Dev. column. The relative 
deviation is calculated from the known value that you entered and the back-calculated 
value from the calibration curve.
If the deviation value is too high, you can exclude a band from the calibration curve. 
Click on the arrow button next to the problem band. In the pop-up box, select 
Remove to remove the band from the Quantity Standards dialog. All the information 
about that band will be deleted.
Alternatively, select Outlier from the pop-up list to retain the information about the 
band in the calibration file but exclude it from the calibration curve.
6.3.b Calibration Curve
Interpolation and Extrapolation
There are two methods for calculating the calibration curve:
Point to Point generates a curve in which each data point is connected directly to 
the next, regardless of the shape of the resulting curve.
Linear Regression (using the method of Least Squares) generates a smooth 
curve that is the “best fit” of the values you provided.
Select the preferred option next to Interpolation in the dialog.
Next, indicate whether the curve should be extrapolated beyond the highest and 
lowest known values by selecting Yes or No next to the Extrapolation prompt. Note 
that values extrapolated from the Point to Point curve may be unreliable.
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