Chapter 6. Standards and Band Matching
Displaying the Calibration Curve
To display the calibration curve, click on the Show Curve button at the bottom of the 
Quantity Standards dialog. A graph of the known quantities versus measured 
intensities will be displayed in a separate window.
Fig. 6-23. Calibration curve with linear regression and extrapolation.
Known values used to calculate the curve are marked by circles. Values identified as 
outliers are marked by squares.
To change the status of a point on the graph, click on it. The status will toggle 
between Known and Outlier.
To display a legend at the bottom of the graph, click on Titles.
To print the graph, click on Print.
To close the graph window, click on Done.
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Quantity One User Guide
6.3.c Applying the Calibration Curve
After you have generated a calibration curve, you are ready to calculate the quantities 
of the unknown bands. Select a button next to Calibrate to calculate the quantity of 
an individual band, match, lane, or the entire gel.
Fig. 6-24. Buttons for calibrating bands of unknown quantity.
If you select Band, Match, or Lane, click on the button and then click on the object 
in the gel. Click on Gel to calculate the entire gel. Bands of calculated quantity are 
highlighted in the image.
Unapplying the Calibration Curve
To undo the quantity calculation for a band, match, lane, or gel, use the appropriate 
button next to Un-Calibrate.
6.3.d Generating Standard Bands via a Dilution Series
One way to generate bands of known quantity is to start with a stock solution and 
make several dilutions. Different dilutions can be loaded into different lanes, resulting 
in a dilution series.
Quantity One will calculate the values in a dilution series if you enter the known 
quantity and a dilution factor (e.g., for a solution that has been diluted to 10 times the 
volume, type 1/10 or 0.1).
In the Quantity Standards dialog, next to the band from the undiluted stock solution, 
enter the known quantity.
In the Dilution Factor column, type “stock.”
Next to the remaining bands in the series, enter the appropriate dilution factors in the 
Dilution Factor column.
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Chapter 6. Standards and Band Matching
Fig. 6-25. Entering a dilution series.
The quantity of each band will be automatically calculated.
6.3.e Importing a Calibration Curve
A calibration curve created for one gel can be applied to other gels.
Make sure that the new gel you want to quantitate and the gel with the existing 
calibration curve are both open.
Click on the new gel to quantitate. Select Quantity Standards from the Analysis 
menu and click on Create New, as previously described.
In the new Quantity Standards dialog, click on the Import Curve button, and select 
the existing calibration curve from the list. When you make the selection, the values 
for the curve will be displayed in the new Quantity Standards dialog. Each standard 
value will be labeled Import in the Band column.
Checking the Imported Curve
If the quantity of one or more bands in the new image is known, you can verify the 
accuracy of the imported calibration curve. Go to Select in the Quantity Standards 
dialog, click on Band, then click on a known band. Its lane number, band number, and 
intensity will be displayed in one of the standard values fields.
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this VB.NET Word page extractor add-on can be also used to merge / split Word file, add / delete Word page, sort Word page order or insert image into Word page
extract pdf images; extract image from pdf in
Quantity One User Guide
Fig. 6-26. Checking an imported calibration curve.
When you enter the band’s value, its status will change to Check, indicating that it is 
used to verify the accuracy of the calibration curve and is not used in calculating the 
curve itself.
Click on the Show Curve button to display the graph, and note that the Check bands 
are enclosed in diamonds. If the Check bands do not fall on or very near the 
calibration curve, we recommend that you do not use the imported standards for this 
Band used
to check
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7. Volume Tools
You can use the Volume tools to quantitate bands, spots, arrays, and other image data.
What is a Volume?
A volume is the total signal intensity inside a defined boundary drawn on an image. 
To measure the amount of a particular object (e.g., a band or spot), you draw a volume 
rectangle, contour, free hand, or circle around the object and compare the intensity 
data inside the boundary with the data of other objects or a standard using the Volume 
Analysis Report and Volume Regression Curve (see section 12.6, Volume Analysis 
Volume =
Sum of the intensities of the pixels within the volume 
boundary x pixel area
Volume units = intensity units x mm2
Volumes are similar to band contours (see section 5.8.a, Contouring Bands), except 
that they are not dependent on lanes and bands.
7.1 Creating a Volume
To create a volume, select Volume Tools from the main toolbar or the Edit menu. 
These commands are also located on the Volume menu.
Quantity One User Guide
Fig. 7-1. Volume tools.
When using any of the following tools, be careful to completely surround the 
data you want to quantitate. You should also adjust for background intensity (see 
section 7.6, Volume Background Subtraction). You may want to experiment with 
several different volumes drawn around the same object before selecting the one 
that gives you the best quantitation data.
Volume Contour Tool
Use the Volume Contour tool to quickly create a volume boundary that follows the 
outer edge of the object you want to quantify. To use this tool, first magnify the 
object, then click on the Volume Contour button. Using the tool:
Click on a pixel at the edge of a band or other object to create a contour that 
encloses pixels of equal or greater intensity.
Drag to create a contour that changes as you move over pixels of different 
intensity. Drag from inside the object outward until the contour follows the outer 
edge of the object. When you release the mouse button, the volume is created.
Chapter 7. Volume Tools
Fig. 7-2. Volume contour.
The contour should completely surround the data you want to quantify.
To edit the contour, position the cursor on the border. The cursor will change to a 
pencil tool. Drag across the line; a new white line will appear. When you recross the 
old line, a new contour will be created.
Volume Free Hand Tool
Use the Volume Free hand Tool to manually draw a volume boundary. First magnify 
the band or other object (you must be able to see the individual pixels). Then click on 
the Volume Free hand button and use the cursor to draw a line around the object. 
When the line crosses itself, a free hand volume is created.
Fig. 7-3. Volume free hand.
If you make a mistake while drawing, backtrack with the mouse. The line you draw 
should completely surround the data you want to quantify.
To edit the volume, position the cursor on the border and drag across the line; a new 
white line will appear. When you recross the old line, a new free hand volume will be 
Quantity One User Guide
Volume Rect Tool
Use the Volume Rectangle Tool to create a volume box around an object. Click on 
the Volume Rect button, then drag a box around the object to be quantified. When 
you release the mouse button, the volume is created.
Fig. 7-4. Volume rectangle.
To resize the box, click on it to select it, then position the cursor on one of the corner 
anchor points and drag.
To rotate the box, click on it to select it, then hold down the Shift key while dragging 
an anchor point. The volume will pivot around its center. This is useful if the object is 
lying at an angle—for example, if the gel is smiling.
Volume Circle Tool
Use the Volume Circle Tool to create a circular boundary around an object (such as a 
spot). To use this tool, click on the Volume Circle button, then position the cursor at 
the center of the object to be quantified and drag outward. As you drag, a circle will 
appear. When you release the mouse button, the volume is created.
Fig. 7-5. Volume circle.
Chapter 7. Volume Tools
The volume circle should completely surround the data you want to quantify.
To resize the circle, click on it to select it, then position the cursor on the circle border 
and drag.
7.2 Volume Labels
Volume labels help to identify the type of the volumes you create. As you create each 
volume, it is given a default Auto label. The default labels are: U1, U2, U3, etc. The 
“U” stands for unknown, as distinguished from standard (Std) and background (B) 
volumes. The number indicates the sequence in which the volume was created. To 
change the volume type, double click the volume to open the Volume Properties 
dialog box.
Fig. 7-6. Volume Properties dialog box.
Quantity One User Guide
At the top of the Volume Properties dialog box is the current label for the selected 
volume. Volume Type lists the types of volumes: Unknown, Standard, and 
Background. The type of the current volume is indicated by the selected radio button. 
Choose a new type by clicking a different radio button. If you choose Standard as the 
new volume type, you must enter a concentration greater than zero in the 
Concentration field. 
If you change a volume’s type (e.g., change an unknown to a standard), any 
subsequent volumes of the original type will be renumbered. For example, if you 
create volumes U1 and U2, and then designate U1 as a background volume, U2 
will be renumbered U1.
7.2.a Editing Volume Labels
In the Volume Properties dialog box you can choose to give the selected volume a 
User label as well as modify the style of the Auto labels. 
Editing User Labels
To create or edit a User label for the selected volume, click Edit User Label to open 
the Text Overlay Properties dialog box. In the Text Overlay Properties dialog box 
you can change the, font, size, color, orientation, and background of the selected text. 
The text field displays the current volume label. To change the text of the label, type a 
new label in the text field. 
A change to the text of the label will not cause a renumbering of unedited volume 
labels. However, if you change the type for a particular volume, this will 
renumber the subsequent volumes without changing the text or style of the User 
If you want to remove the User label and return the Auto label for the selected 
volume, click Use Auto Label. Note that changes do not take effect until you click 
Done. So if you find you want to keep the User label, click Cancel instead.
Editing Auto Labels
To modify the style of  the Auto labels, click Edit Auto Labels. Like the Edit User 
Label tool, this opens the Text Overlays Properties dialog box. Use the options in 
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