Chapter 7. Volume Tools
With the array selected, select the Array Ungroup command from the menu or 
toolbar. This command cannot be undone, and you will be prompted to confirm the 
The ungrouped array will appear deselected (i.e., displayed in blue). You can then 
move the cells individually, and perform all normal volume operations on the 
individual cells.
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8. Colony Counting
You can use Quantity One to automatically count the number of white, blue, or plaque 
colonies in a Petri dish.
For best results, when capturing the image of a Petri dish, the dish should fill the 
imaging window. Also, images with colonies should not have asymmetric pixels. 
(Asymmetric pixels can be generated by densitometers and the Reduce File Size 
command.) The colony counting function will not work properly on images with 
asymmetric pixels.
Select Colony Counting from the Analysis menu to open the Colony Counting 
Fig. 8-1. Colony Counting dialog.
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Quantity One User Guide
The dialog has been arranged from top to bottom to guide you through the procedure.
8.1 Defining the Counting Region
First, you must define the region you want to count in the Petri dish image.
Click on the Define Counting Region button in the dialog and position the cursor at 
the center of dish image. Drag the cursor outward. As you drag, a blue circle will 
expand on the image—this defines the border of the counting region.
Fig. 8-2. Defining a counting region.
If you make a mistake in defining the counting region, click on the Reset button at the 
bottom of the dialog to start over.
Position the blue border until it is just inside the interior edge of the Petri dish.
Drag cursor
out from
center to
define region 
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Chapter 8. Colony Counting
If the border disappears when you release the mouse button after dragging, check 
to make sure that the Show Data Area checkbox is checked. This checkbox is 
located at the bottom of the dialog.
If the circle is slightly off-center, you can reposition it by positioning the cursor on the 
center “target” of the circle. The cursor will change to a multidirectional arrow, and 
you can drag the entire circle.
To resize the counting region circle, position the cursor on the outer edge of the circle. 
The cursor will change to a bidirectional arrow and you can drag the border in or out.
8.2 Counting the Colonies
After you have positioned the circle, you are ready to detect colonies.
If you are counting plaques, click on the Plaque checkbox. (Because plaques appear 
as clear circles on a darker background, this checkbox must be selected for proper 
Before counting, you may want to adjust the Sensitivity and Averaging parameters 
described below.
When you are ready to count, click on the Count button.
The Sensitivity setting determines the minimum signal intensity in the image that will 
be counted as a colony. (This is based on the slope of the signal’s peak.) The higher 
the sensitivity, the more colonies will be detected.
If the sensitivity is set too high, background noise will be erroneously detected as 
colonies. If the setting is too low, real colonies may be missed.
The default sensitivity setting is 10.00. If the image has faint colonies (e.g., O.D. < 
0.05, counts < 2,000), you may want to increase this value to 20.00.
Quantity One User Guide
Averaging is designed to prevent random signal noise (such as salt or pepper) in the 
image from being detected as colonies. If the image is noisy, you should select the 
highest value that still results in good separation of colonies (default = 3).
A low averaging value may result in noise being detected as colonies. A high 
averaging value may result in two closely spaced colonies being counted as one.
8.3 Displaying the Results
When you click on Count, the number of detected colonies will appear in the Results 
section of the dialog in the White column.
Fig. 8-3. Example of a dish with white colonies.
The colonies will also appear marked as gold triangles on the image itself.
If the colonies are not marked on the image, make sure that the Mark White 
Colonies checkbox at the bottom of the dialog is checked.
A text box on the image will indicate how many colonies were detected on the image.
Chapter 8. Colony Counting
Doing a Recount
To recount using different parameters, change the Sensitivity and/or Averaging 
settings. This will erase the old count. Then click on Count again to recount.
Redrawing the counting region circle or clicking on the Reset button will also erase 
the count.
8.4 Making and Erasing Individual Colonies
If automatic colony detection has missed or erroneously detected some colonies, you 
can manually mark or unmark them directly on the image using the buttons under 
Fig. 8-4. Colony counting tools.
To mark a colony, click on the Make Colony button, then click on the spot on the 
image that you want to identify as a colony.
To unmark a colony, click on the Erase Colony button, then click on the colony on 
the image that you want to unmark.
The colony count will change accordingly.
Quantity One User Guide
8.5 Using the Histogram to Distinguish 
The histogram in the Colony Counting dialog is a graphical representation of the 
signal data in the image. You can use the histogram and associated sliders to reduce 
the number of incorrectly identified colonies and/or distinguish between white and 
blue colonies in the image.
Colonies Versus Background Noise
If there is a clear peak on the left end of the colony counting histogram, it is probably 
due to background intensity or noise in the image. (For information on subtracting 
background from entire images, see section 3.10, Whole-Image Background 
Subtraction; for information on filtering noise from images, see section 3.11, Filtering 
If background is being detected as colonies, you can use the histogram and the Cutoff 
slider to correct this.
Drag the Cutoff slider to the right until it is centered on the right edge of the 
background peak.
Fig. 8-5. Using the Cutoff slider.
The yellow portion of the bar beneath the histogram marks the range of image data 
has been designated as background noise, and is not being considered for colony 
counting purposes. The gold portion of the bar marks white colony data range.
Background peak
Cutoff mark
Chapter 8. Colony Counting
The colony count displayed in the dialog and on the image should decrease. On the 
image, you should also see the incorrectly identified colonies disappear as you drag 
the slider.
White and Blue Colonies
If you know you have white and blue colonies in the image, and there are two clear 
peaks on the histogram to the right of the background peak, you can use the histogram 
to distinguish between these types of colonies.
Fig. 8-6. Using the White/Blue slider.
Drag the White/Blue slider to the left until it is positioned between the two peaks. 
The white colony data range is indicated by gold on the bar beneath the histogram, 
and the blue colony data range is marked with blue.
As you drag the slider, the numbers of white and blue colonies will change in the 
dialog and in the text box on the image. Also on the image, you should see the marked 
white colonies (gold triangles) change to blue colonies (blue squares).
If the blue colonies are not marked on the image, check to make sure that the 
Mark Blue Colonies checkbox at the bottom of the dialog is checked.
White peak
Blue peak
division mark
Quantity One User Guide
8.6 Ignoring a Region of the Dish
If a particular region of your Petri dish is damaged and you do not want to consider 
the colonies (if any) that appear there in the final count, you can exclude that region 
of the dish from the calculations.
Click on the Ignore Region button, then position the cursor on one edge of the region 
you want to ignore. Drag the cursor on the image, defining the full region you want to 
Fig. 8-7. Marking a region to ignore.
As you drag, you will create a “pie slice” marked with red cross-hatching. Any 
colonies in this region will not be considered in the final count.
When you have defined the region, release the mouse button. If you want to change 
the size of the ignored region, position the cursor on the edge of the pie slice near the 
rim of the blue circle. The cursor will change to a bidirectional arrow, and you can 
drag the edge of the pie slice.
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