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Excision
10-3
cutter. Follow the directions on each panel then click Next to continue. If you find 
you made an error, or need to repeat a step for any reason, click Back.
Note:
Clicking Back requires you to re-perform any completed steps.
Focusing the Camera
If this is the first time calibrating the spot cutter, or you have replaced the camera, you 
need to focus the camera. Check the box labeled Perform Focus/Alignment step, then 
click Next.
If you do not need to focus the camera, clear the Perform Focus/Alignment step 
checkbox. You can also skip system calibration and go directly to plate alignment 
provided system calibration was performed earlier and is still valid.
Flat Field Calibration
In the Flat Field Calibration step, the spot cutter needs to create an image of the 
cutting stage. Make sure the cutting stage is clean and dry before proceeding.
Lens Calibration
In the Lens Calibration step, the spot cutter needs to create an image of the grid 
placed on the cutting stage. Place the calibration grid on the stage before proceeding.
System Position Calibration
This step requires the placement of pucks on the stage in a three-by-three grid. As the 
gel tip positions above each puck, it is necessary to center the puck beneath the tip. 
Once placed, click lower tip. This places the puck exactly where it needs to be. Once 
all pucks are placed properly, the camera takes an image of the pucks. 
Auto placement - If you have previously performed calibration, you can have the 
spot cutter automatically place the pucks for you. Simply place the pucks on the 
cutting stage. Check the box labelled Auto place pucks. When you click Next, the 
spot cutter takes an image of the pucks on the stage, then automatically moves the 
pucks to their proper positions. When the pucks are positioned, the spot cutter creates 
the system position image.
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pdf image text extractor; extract images from pdf files
Quantity One User Guide
10-4
10.1.b Calibrating the Plate and Wash Station Positions
The second part of the calibration wizard focuses on plate position and wash station 
position. Due to minor imperfections in the construction of the spot cutter, it is 
necessary to fine tune the position of the microtiter plate positions and the wash 
station.
Plate Position Calibration
To calibrate plate position, select a plate type from the list, place the plate in the right, 
rear plate position, and click Next. The spot cutter moves the tip to the location above 
the A1 well.
Fig. 10-3. Plate position for a 384 well plate
C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
PDF file. Ability to extract highlighted text out of PDF document. Supports text extraction from scanned PDF by using XDoc.PDF for .NET Pro. Image text extraction
extract image from pdf; extract color image from pdf in c#
VB.NET PDF Text Extract Library: extract text content from PDF
Extract and get partial and all text content from PDF file. Extract highlighted text out of PDF document. Image text extraction control provides text extraction
extract pictures pdf; extract jpg from pdf
Excision
10-5
The sliders allow you to adjust the tip by moving it along X and Y coordinates. Click 
Lower to lower the tip into the well. This gives you a clear idea of where the tip is in 
relation to the center of the well.
The tip height slider adjusts the height of the tip above the well when ejecting 
material into the well. This should be slightly above the lip.
After calibrating one type, you have the option to return to the plate selection panel to 
calibrate another type. If you anticipate using only one type of plate, you can skip 
calibrating the other types. If at a later time you find you need to use another plate 
type, you can return to this step without performing system calibration.
Wash Station Calibration
In the Wash Station Position step the tip moves to the location above the Wash 
station. If you are doing Membrane tip calibration, the tip moves to just above Wash 
Station #1. 
The sliders allow you to adjust the tip by moving it along X and Y coordinates. Click 
Lower to lower the tip. This gives you a clear idea of where the tip is in relation to the 
center of the wash station.
The tip height slider adjusts the height of the tip in relation to the wash station. The tip 
should be low enough to effectively wash the tip.
Calibration Summary
The Calibration summary describes all changes made during calibration. PDQuest 
generates a log that will be updated each time the spot cutter is calibrated. To view the 
log, click View Log.
Note:
If this is the first time calibrating the spot cutter, the log is unavailable.
Click Finish to close the wizard. You are now ready to cut spots using the EXQuest 
Spot Cutter.
C# PDF insert image Library: insert images into PDF in C#.net, ASP
Create high resolution PDF file without image quality losing in ASP.NET application. Add multiple images to multipage PDF document in .NET WinForms.
extract images pdf acrobat; how to extract images from pdf file
VB.NET PDF File Compress Library: Compress reduce PDF size in vb.
Reduce image resources: Since images are usually or large size, images size reducing can help to reduce PDF file size effectively.
extract image from pdf c#; extract pictures from pdf
Quantity One User Guide
10-6
10.2 Manual Excision
Manual Excision is used for basic spot cutting operations. If you want to excise entire 
lanes or create volumes to excise, use Lane/Volume Excision.
Before using this tool, make sure the spot cutter is connected, is switched on, and has 
warmed up, then select Manual Excision from the Excision menu. The software will 
connect with the spot cutter platform and camera, and the Manual Excision dialog 
box will open.
Fig. 10-4. Manual Excision
In the event that Quantity One cannot locate the spot cutter, a warning dialog box 
displays. Check your connections and click Retry. You also have the option of 
running Manual Excision in simulation mode.
Note:
See the spot cutter hardware manual for instructions on installing the platform, 
camera, and associated hardware and software.
C# PDF File Split Library: Split, seperate PDF into multiple files
Application. Best and professional adobe PDF file splitting SDK for Visual Studio .NET. outputOps); Divide PDF File into Two Using C#.
extract images from pdf c#; how to extract text from pdf image file
VB.NET PDF insert image library: insert images into PDF in vb.net
VB.NET code to add an image to the inputFilePath As String = Program.RootPath + "\\" 1.pdf" Dim doc New PDFDocument(inputFilePath) ' Get a text manager from
extract photos from pdf; some pdf image extract
Excision
10-7
The Manual Excision tool is designed to guide you through the spot cutting 
procedure. Click on the link for more information about each step.
Acquire Image. In this step, you capture an image of your gel or membrane 
using the spot cutter camera.
Specify the Cut Run Options. These options can be adjusted for each cut run.
Specify Cuts. In this step, you identify the spots in the image that you want to 
cut.
Performing the Cut Run. In this step, you perform the cut run. When the run is 
complete, you can acquire a confirmation image.
10.2.a Acquire the Image
Before acquiring an image, select the light option appropriate for your gel/membrane/
stain type:
White Trans (gels and PVDF membranes).
UV EPI (fluorescent gels).
Fig. 10-5. Acquire Image.
If UV light is selected, specify an exposure time in seconds in the field. Also, make 
sure that the UV lamp switch on the front of the cutter is on.
Note:
For Sypro Ruby stains, an exposure time of 20-30 seconds is recommended.
When you have selected a light option, click Acquire Image.
Note:
For UV exposures, there will be a 15-second delay while the lamps heat up 
before the exposure begins.
C# PDF File Compress Library: Compress reduce PDF size in C#.net
Reduce image resources: Since images are usually or large size, images size reducing can help to reduce PDF file size effectively.
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VB.NET PDF File Merge Library: Merge, append PDF files in vb.net
When you have downloaded the RasterEdge Image SDK for also provided you with detailed PDF processing demo Imaging.Demo directory with the file name RasterEdge
how to extract images from pdf files; extract images from pdf online
Quantity One User Guide
10-8
The camera will take a single image of the gel or membrane on the platform, then a 
background image to adjust for image background. When the exposure is complete, 
the image will appear in the window.
To adjust the brightness and contrast of the image, open the Transform 
window by clicking on the button to the right of the image window.
10.2.b Specify Options
Under specify Options, you can make changes to various settings.
Cut
On the Cut tab you can choose to make multiple cut when possible, select the specific 
cutting tip size and the type of material you are cutting.
Fig. 10-6. Cut options.
If you want to make multiple cuts, check the box labelled Make multiple cuts when 
possible. Then enter the maximum number of cuts per object.
Next, select the cutting tip size you are using. Quantity One uses this to determine 
when you have reached the maximum capacity for wells on the plate.
Finally, select the material you are cutting from the drop down list.
Excision
10-9
Plate
On the plate tab, select the plate type you are using for this cut run, then select the 
volume of each well. PDQuest uses this setting in conjunction with your cut settings 
to determine whether you will exceed the well capacity.
Fig. 10-7. Plate options.
Load order determines the order in which wells will be filled on the plate. 
Hydrate
To keep gels from drying out during long cut runs, you can have the EXQuest spot 
cutter automatically hydrate your gel(s) during the cut run. Check the hydrate box 
then enter the time, in minutes between hydration runs. 
Quantity One User Guide
10-10
Fig. 10-8. Hydrate option.
To determine the area you want to hydrate, click Define hydration area, then click and 
drag on the image to create a box. To redraw the hydration area, click and drag again.
Note:
You must define a hydration area for hydration to function.
Wash
When using the EXQuest with the gel tip, EXQuest will flush the tip after each cut is 
made. Enter the wash volume to flush through the cutter tip.
Fig. 10-9. Wash option.
Excision
10-11
If you are using the membrane tip, you cannot adjust the wash volume as the tip is 
washed in the three membrane wash stations. 
10.2.c Specify Cuts
In Specify Cuts, click Add/move cut then click on spots in the image to identify 
which spots to cut. To make multiple cuts of large spots (if selected on the Cut tab of 
the Specify Options section), click and drag over the spot in the image.
Fig. 10-10. Specify cuts.
Use the Zoom Box tool on the right of the Basic Excision Tool to magnify each spot. 
When clicking on spots in the image, select the Snap to Peak checkbox to 
automatically center the cut circle on the spot peak (calculated from the spot intensity 
in the image).
To remove a cut, click Remove cut and click on a cut selection in the image.
Run Info
The Run Info section contains information regarding the current cut run.
Cuts - indicates the total number of cuts in the run including multiple cuts.
Wells - indicates the number of wells to be used.
Plates - indicates the number of plates needed for the run.
Min. well volume - indicates the minimum well capacity to avoid overflow based on 
the number of multiple cuts selected and cutter tip size. If the well volume for your 
Quantity One User Guide
10-12
selected plate is less than the Min. well volume, then the overflow warning flashes 
and you will not be able to start a cut run.
Note:
Minimum well volume and the overflow warning only display if you are using 
the EXQuest Spot Cutter with a gel head.
10.2.d Performing the Cut Run
After you have identified all the cuts you want to make and selected the appropriate 
options, you are ready to begin the cut run.
Click the Begin/Resume button.
Plate Selection
The Plate selection dialog box lists all the plates available for the cut run. The table 
shows the plate name, barcode/ID, plate size (96 well, 384 well, 96 tube), wells 
available on the plate, and used wells. If this is a new cut run, the number of plates 
listed is determined by the number of wells required for the cut run. 
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