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Chapter 12. Reports
12-17
WPGAMA
Weighted pair group method using arithmetic averages. This is also called Average 
Linkage.
WPGAMA is a special case of UPGAMA that favors the most recent member clusters 
in forming new clusters.
Centroid
Median
Centroid and Median are similar to UPGAMA and WPGAMA, respectively, but the 
distance formula contains an additional third term. Centroid and Median methods are 
not monatomic hierarchical clustering algorithms. In other words, the similarity value 
between cluster k and any other cluster may be greater than the similarity between 
cluster p and cluster q. This condition occurs if the centroids (or medians) of the 
different clusters have approximately the same distance as the distances between the 
samples that make up the cluster.
Ward's
This method attempts to minimize the information by describing a set of N samples 
using a fewer number of clusters.
d
ki
0.5 d
pi
0.5 d
qi
+
=
d
ki
n
p
n
-----
⎝ ⎠
⎛ ⎞
d
pi
n
q
n
-----
⎝ ⎠
⎛ ⎞
d
qi
n
p
n
q
( ⋅
)
n
2
d
pq
--------------------
+
=
d
ki
0.5 d
pi
0.5 d
qi
0.25 d
pq
+
=
d
ki
n
p
n
i
+
n n
i
+
----------------
d
pi
n
q
n
i
+
n n
i
+
----------------
d
qi
n
i
n n
i
+
-------------
d
pq
+
=
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Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
how to extract text from pdf image file; extract images from pdf files
Quantity One User Guide
12-18
Options
Click on the Options button in the Phylogenetic Tree window to open the Options 
dialog.
Fig. 12-13. Two forms of the Options dialog.
The box on the left has controls that are specific for the Neighbor Joining method. 
The box on the right is applicable to the other tree methods. Both boxes share certain 
features.
Each allows you to choose between aligning the tree to the right or proportionally 
aligning it. Right alignment uses a fixed branch length for displaying the distance 
between nodes; proportional alignment differs for Neighbor Joining and other tree 
modes.
With the Neighbor Joining method, proportional alignment shows branch length sizes 
proportional to the min/max values set in the Options dialog. Other methods plot the 
nodes at locations determined by their similarity values.
The Fit Tree in Window option scales the tree so that the entire tree will fit onto a 
single printed page. With this turned off, the entire tree will appear with the correct 
distances between nodes preserved, and the printed tree can be tiled across multiple 
sheets of paper.
The Neighbor Joining Options dialog, click on the Designate New Root button to 
designate a new root node (the node at the very top of the tree), enabling you to look 
at the relationships between lanes from a different perspective. This will highlight all 
the nodes in the tree. Click on the node that you want to serve as the new root and the 
Neighbor Joining Only
All Other Methods
VB.NET PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password
RasterEdge XDoc.PDF SDK provides some PDF security settings about password to help protect your PDF document in VB.NET project.
extract color image from pdf in c#; extract images from pdf acrobat
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view, annotate, create and convert PDF
Here explains some usages about HTML5 PDF Viewer annotation functionalities. C#.NET: Create PDF Online in ASP.NET. C#.NET: Edit PDF Image in ASP.NET.
extract photos from pdf; extract image from pdf online
Chapter 12. Reports
12-19
dendrogram will be recalculated. To return to the original tree, click on Restore 
Original Tree.
The Min. and Max. sliders are active only for proportionally aligned Neighbor 
Joining trees. Use them to adjust the minimum and maximum distances between 
nodes on branches to highlight specific regions of data. Distances below the Min. or 
above the Max. values will be collapsed to fit in the window.
For non-Neighbor Joining trees, use the Clusters option to define the number of 
clusters (0 to 18) in the tree. The separate clusters will be identified in the tree by 
letters.
12.5.c Similarity Matrix
The Similarity Matrix report compares the similarity of all the lanes to one another. 
If there are N lanes in the gel, then the similarity matrix is an N by N matrix that is 
computed using the Dice Coefficient as described in section 12.4, 1-D Analysis 
Report.
The matrix has the following properties:
The diagonal elements always have values of 100. This is because a lane is 
always 100 percent similar to itself.
The matrix is symmetrical (M
ij
= M
ji
).
Select Similarity Matrix from the Reports menu to open this report.
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
Able to change password on adobe PDF document in C#.NET. To help protect your PDF document in C# project, XDoc.PDF provides some PDF security settings.
extract image from pdf using; some pdf image extractor
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
Load PDF from existing documents and image in SQL server. creating toolkit, if you need to add some text and draw some graphics on created PDF document file
extract images from pdf file; pdf image extractor
Quantity One User Guide
12-20
Fig. 12-14. Similarity Matrix report.
The Similarity Matrix report is displayed in a standard report window (see 
section 12.1, Report Window).
12.6 Volume Analysis Report
The Volume Analysis Report displays volume data.
Select Volume Analysis Report from the Reports menu or Volume toolbar. The 
Volume Report Options dialog will open, in which you can specify the information 
that will appear in the report.
VB.NET PDF Annotate Library: Draw, edit PDF annotation, markups in
mark the source PDF file by adding some comments, notes on, which integrates advanced VB.NET PDF editing functions and VB.NET image annotating features
extract jpg pdf; extract images from pdf files without using copy and paste
VB.NET Image: How to Process & Edit Image Using VB.NET Image
Besides, if you want to apply some popular image effects to target image file, like image sharpening, image vintage effect creating, image color adjusting and
extract text from image pdf file; some pdf image extract
Chapter 12. Reports
12-21
When you click on OK, the report will be displayed in a standard report window (see 
section 12.1, Report Window).
12.6.a Volume Report Options
Fig. 12-15. Volume Report Options dialog.
The volume report options are described below:
Name—The name that is automatically assigned to the volume based on its type 
(U=Unknown, Std=Standard, B=Background) and order in which it was created.
Type—Unknown, standard, or background.
Volume—Sum of the intensities of the pixels inside the volume boundary x area 
of a single pixel (in mm^2).
Adj. Vol.—Volume minus the background volume; if there is no background 
volume, this is simply the volume.
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
and manage those PDF files, especially when they are processing some PDF document files C# PDF: Add Image to PDF Page Using C#.NET, C# PDF: Extract Page(s
pdf image extractor online; extract jpg from pdf
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
It enables you to build a PDF file with one or Various image forms are supported which include Png, Jpeg, Bmp Some C# programming demos are illustrated below.
extract vector image from pdf; extract pictures pdf
Quantity One User Guide
12-22
% Volume—The volume expressed as a percentage of all the volumes in the 
image.
Concentration—The quantity as calculated from the standards and the 
regression method. If you have not defined standards, this is not calculated.
Area—The total area of the volume box you have drawn in mm^2.
Mean Value—The mean intensity of the pixels inside the volume boundary.
Std. Deviation—The standard deviation from the mean intensity.
Min. Value—The value of the lowest intensity pixel in the volume.
Max. Value—The value of the highest intensity pixel in the volume.
Density—The total intensity of all the pixels in the volume divided by the area of 
the volume.
Mean Background—The mean intensity of the pixels in the background 
volume.
Num. Pixels—The number of pixels inside the volume.
X location—The distance in mm from the left edge of the image to the center of 
the volume.
Y location—The distance in mm from the top edge of the image to the center of 
the volume.
Width—The width of the volume in mm.
Height—The height of the volume in mm.
Specify the preferred Background Subtraction Method (Global or Local).
Note:
If you select Global and have not defined a background volume, no background 
subtraction will be performed on the image.
The Image Display Options affect how the image is displayed and/or printed on the 
report.
You can choose whether to report on all volume objects (All objects) or only those 
objects you have selected (Selected objects)
Select the regression method for calculating the Volume Regression Curve. To 
display the curve, click on the Show Curve button.
How to C#: Basic SDK Concept of XImage.Raster
VB.NET How-to, VB.NET PDF, VB.NET Word classes to convert, process, edit, and annotate image from local can load convert and save define some specified options
extract image from pdf file; extract image from pdf acrobat
C#: How to Add HTML5 Document Viewer Control to Your Web Page
Note: some versions of Visual Studio use addCommand(new CommandAnnotation("image", new AnnoStyle _userCmdDemoPdf = new UserCommand("pdf"); _userCmdDemoPdf.addCSS
how to extract images from pdf files; how to extract images from pdf file
Chapter 12. Reports
12-23
Select the Font Size and Line Spacing settings to be used in the report by clicking on 
the button next to each field and selecting from the list of options.
Saving the Report Options
To save the report options, click on the Modify Report Settings button at the bottom 
of the dialog. In the pop-up dialog, enter a name for the report settings in the field.
To load or delete previously saved settings, click on the button next to the Settings to 
Load or Delete field and select from the list of saved settings. Then click on Load or 
Delete.
12.7 Volume Regression Curve
If you have defined at least two standard volumes on the image, you can display a 
regression curve for calculating the quantities of the unknowns.
Note:
Volumes that fall above the greatest standard value, or below the lowest standard 
value, cannot be guaranteed for accuracy.
Select Volume Regression Curve from the Reports menu.
Quantity One User Guide
12-24
Fig. 12-16. Volume Regression Curve window.
On the curve, each standard volume is marked by a red X and each unknown is 
marked by a blue triangle.
The X axis is the adjusted volume and the Y axis is the concentration, based on the 
standards you have marked on the image.
To display the numbers and names of the volumes, click on the Show Name 
checkbox.
Select the preferred regression method from the list of option buttons. The regression 
equation for the selected method is displayed in the lower left of the window.
Chapter 12. Reports
12-25
To print the curve, click on the Print button. To close the window, click on the OK 
button.
12.8 VNTR Report
The VNTR Report displays the calculated VNTR data (see section 11.2, Variable 
Number Tandem Repeats).
Select VNTR Report from the Reports menu. A pop-up box will ask if you want to 
display the gel image in the report.
Fig. 12-17. Example of a VNTR Report.
Quantity One User Guide
12-26
The report is displayed in a standard report window (see section 12.1, Report 
Window).
The report displays the molecular weight, the raw repeat number, and the rounded 
repeat number for each band in the gel image.
The raw repeat number is the number of repeats calculated using the information that 
you provided in the Tandem Repeat Calculation dialog, and is likely to include 
fractional values. The rounded repeat number is the raw repeat number rounded to the 
nearest whole number. 
An asterisk (*) will appear next to some of the rounded repeat numbers if you selected 
Test for Ambiguity and Flag with * in the Tandem Repeat Calculations dialog. The 
asterisk will appear next to numbers that vary from the raw repeat number by more 
than the selected ambiguity value.
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