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Appendix C. ChemiDoc
C-3
Fig.C-2. ChemiDoc EQ acquisition window
The ChemiDoc EQ video display window will open in “live” mode, giving you a live 
video display of your sample. If no image is visible, make sure the camera is on, 
check the cable connections, make sure the iris on the camera is not closed, and make 
sure that the protective cap is off the camera lens. Also check to see that the 
transilluminator is on and working.
The control panel has been arranged from top to bottom to guide you through the 
acquisition procedure. There are six basic steps to acquiring an image using the 
ChemiDoc EQ:
1. Position and focus the gel or other object to be imaged.
2. Select Mode.
3. Acquire the image.
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Quantity One User Guide
C-4
4. Optimize the display.
5. Analysis.
6. Select the output.
C.2 Step I. Position Gel
The ChemiDoc EQ window will open in “live” mode, giving you a live video display 
of your sample.  In this mode, the Live/Focus button will appear selected, and frames 
will be captured and displayed at about 10 frames per second, depending on the speed 
of your computer.
You can use live mode to zoom, focus, and adjust the aperture on the camera, while 
positioning the sample within the area.
Note:
Newer versions of the ChemiDoc EQ feature a motorized zoom lens that can be 
controlled directly from the acquisition window using the Iris, Zoom, and Focus 
arrow buttons. Click on the Up/Down buttons while viewing your sample in the 
window to adjust the lens. These buttons will not be visible
if you are connected 
to older versions of the ChemiDoc EQ without the motorized zoom lens.
Fig.C-3. Live/Focus button and camera control buttons. 
You can also select the Show Alignment Grid checkbox to facilitate positioning.
Note:
After positioning your sample, you should check the Imaging Area dimensions 
under Options (see section C.9, Options) to make sure that they conform to the 
size of the area you are focusing on. To determine the size of the area you are 
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Appendix C. ChemiDoc
C-5
focusing on, you can place a ruler in the ChemiDoc EQ cabinet so that it is 
visible in the image.
C.3 Step II. Image Mode
The Image Mode option buttons change the type and scale of the data, as well as the 
behavior of the ChemiDoc EQ when acquiring an image.
UV
Select this mode for fluorescent samples. With this mode selected, the data will be 
measured in linear intensity units.
White Light
Select this mode for reflective and transmissive samples. With this mode selected, the 
data will be measured in uncalibrated optical density (uOD) units.
Chemi
This mode is designed for chemiluminescent samples. With this mode selected, the 
data is measured in linear intensity units; however, the data is inverted, so that 
samples will appear dark on a light background.
Also, Chemi mode changes the behavior of the Auto and Manual Expose functions, as 
described above.
C.4 Step III. Acquire Image
For many white light applications, you can skip this step and save and print images 
directly from Live/Focus mode.
For UV light, chemiluminescent applications, or faint samples, the ChemiDoc EQ 
control panel has several features for creating image exposures. You can take an 
automatic exposure based on the number of saturated pixels in the image, you can 
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in .NET class applications independently, without using other external third-party dependencies like Adobe Acrobat. Convert to PDF. Convert to Various Images.
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Quantity One User Guide
C-6
enter a specific exposure time, or you can take a series of exposures and select the 
best one.
Note:
“Exposure” refers to the integration of the image on the camera CCD over a 
period of time. The effect is analogous to exposing photographic film to light 
over a period of time.
Auto Expose
Use Auto Expose if you want to take a single exposure but are uncertain of the 
optimal exposure time.
Note:
If you know the approximate exposure time you want (
±
3 seconds), you can skip 
this step and go directly to Manual Expose.
Click on the Auto Expose button to cancel Live/Focus mode and begin an automatic 
exposure. The Auto Expose button will appear selected throughout the exposure.
During the auto exposure, the image is continuously integrated on the camera CCD 
until it reaches a certain percentage of saturated pixels. This percentage is set in the 
Options dialog box. (Default = 0.15 percent. See section C.9, Options.)
Fig.C-4. Selecting Auto Expose.
Once an image has reached the specified percentage of saturated pixels, it is captured 
and displayed in the video display window, Auto Expose is automatically deactivated, 
and the exposure time appears active in the Exposure Time field.
Click on Auto Expose;
button appears selected
Can see Exposure Time
automatically changing
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Appendix C. ChemiDoc
C-7
At this point, if you are in UV or White image mode, Manual Expose will be 
automatically activated. If you are in Chemi mode, the Freeze button will be 
automatically activated.
Note:
If you are having difficulty auto-exposing your sample, you can use Manual 
Expose to adjust your exposure time directly. Most non-chemi applications only 
require an exposure time of a few seconds, which can be quickly adjusted using 
Manual Expose.
Manual Expose
If you know the approximate exposure time you want, you can click on the Manual 
Expose button. In UV or White image mode, Manual Expose is automatically 
activated after Auto Expose is complete.
Fig.C-5. Setting a manual exposure.
With Manual Expose activated, you can adjust the exposure time directly by changing 
the number of seconds in the Exposure Time field. Type in a number or use the arrow 
buttons next to the field.
In UV or White image mode, when the specified exposure time is reached, the last 
captured image will be displayed in the ChemiDoc EQ image window. The camera 
will continue to integrate the image on the CCD, updating the display whenever the 
specified number of seconds is reached.
Manual Expose active;
button appears selected
Exposure Time field active;
adjust number of seconds
PDF to WORD Converter | Convert PDF to Word, Convert Word to PDF
No need for Adobe Acrobat and Microsoft Word; Has built-in wizard to guide your Open PDF to Word Convert first; Load PDF images from local folders in "File" in
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C# Excel - Excel Conversion & Rendering in C#.NET
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extract image from pdf in; extract image from pdf file
Quantity One User Guide
C-8
Once you are satisfied with the quality of the displayed image, click on the Freeze 
button to stop the exposure process. The last full exposure will be displayed in the 
image window.
Fig.C-6. Freezing the manual exposure.
In Chemi mode, Manual Expose will expose an image over the specified exposure 
time and then stop automatically.
Note:
Freeze is automatically activated if you adjust any of the subsequent controls 
(e.g., Video Print, Image Mode, Display controls, etc.).
Live Acquire
Live Acquire mode allows you to specify an interval over which a series of 
progressively longer exposures are taken. All exposures are then displayed on the 
screen, and you can choose the one with the best image.
Click on the Live Acquire button. A settings dialog box will open in which you can 
specify the total exposure time, starting exposure time, and number of exposures.
Click on Freeze to stop
the exposure process
GIF to PDF Converter | Convert GIF to PDF, Convert PDF to GIF
and convert PDF files to GIF images with high quality. It can be functioned as an integrated component without the use of external applications & Adobe Acrobat
pdf image extractor; extract vector image from pdf
DICOM to PDF Converter | Convert DICOM to PDF, Convert PDF to
organized interface, allowing users to convert DICOM (DICOM) images to, from PDF documents with converters, users do not need to load Adobe Acrobat or any
how to extract images from pdf files; extract image from pdf c#
Appendix C. ChemiDoc
C-9
Fig.C-7. Live Acquire settings.
Note:
You should specify no more than 10 exposures in the Live Acquire Settings 
dialog, to avoid excessive build-up of image background in later exposures. The 
fewer the exposures, the less background will be added to the image. See the 
Release Notes for additional instructions on reducing background in images 
captured using Live Acquire.
Select the Save Images checkbox if you want to automatically save each exposure as 
it is taken. 
Click on OK in the settings dialog to begin taking exposures. If you selected Save 
Images, a Save dialog box will open in which you can specify the base file name and 
location of the exposure files. When you click on Save, the exposures will be taken.
The specified number of exposures will be taken at equal intervals between the 
starting exposure time and total exposure time. When each exposure is complete, an 
image window containing that exposure will open behind the ChemiDoc EQ window. 
When the full exposure time has lapsed, all the image windows will move in front of 
the ChemiDoc EQ window.
Note that the first exposure will have the base file name (the default base file name is 
the computer user name and a time stamp). Each subsequent exposure will have a 
version number (v2, v3, v4, etc.) appended to the base file name. The highest version 
number will be the final exposure. If you did not elect to auto-save the exposures as 
they were created, then each image will be unsaved.
Quantity One User Guide
C-10
To stop the Live Acquire, click on the Freeze button or adjust any of the subsequent 
controls (e.g., Video Print, Image Mode, Display controls, etc.).
Note:
Exposures captured before freezing will be displayed in image windows. 
Study the different images and select the best exposure(s) to keep. You can then 
proceed to the next step.
C.5 Step IV. Optimize Display
The Display controls are useful for quickly adjusting the appearance of your image 
for output to a video printer. Adjusting these controls will automatically freeze the 
video display and allow you to alter the image within the ChemiDoc EQ window.
Fig.C-8. Display controls.
These controls are similar to those in the Transform dialog box.
Note:
The Display controls will only change the appearance of the image. They will not 
change the underlying data.
High/Low Sliders
If Auto-scale doesn’t give you the appearance you want, you can use the High and 
Low sliders to redraw the image yourself. In white light mode and chemi mode, 
dragging the High slider handle to the left will make weak signals appear darker. In 
Appendix C. ChemiDoc
C-11
UV mode, dragging the High slider handle to the left will make weak signals appear 
brighter. Dragging the Low slider handle to the right will reduce background noise.
You can also type specific High and Low values in the text boxes next to the sliders. 
Clicking anywhere on the slider bars will move the sliders incrementally.
Gamma Slider
Some images may be more effectively visualized if their data are mapped to the 
computer screen in a nonlinear fashion. Adjusting the Gamma slider handle changes 
the light and dark contrast nonlinearly.
Highlight Saturated Pixels
When this box is checked, any saturated pixels in the image will appear highlighted in 
red in the scan window and in the pop-up image window. To view/hide saturated 
pixels in the pop-up image window, use the Image > Transform command.
Invert Display
This checkbox will switch light spots on a dark background to dark spots on a light 
background, and visa versa. This will only affect how the image is displayed on the 
screen, not the actual image data.
Auto-scale
Clicking on Auto-scale will adjust your displayed image automatically. The lightest 
part of the image will be set to the minimum intensity (e.g., white), and the darkest 
will be set to the maximum intensity (e.g., black). You can then “fine tune” the 
display using the High, Low, and Gamma sliders described below.
Reset
Reset will return the image to its original, unmodified appearance.
Quantity One User Guide
C-12
C.6 Step V. Analysis
The Analysis step of the ChemiDoc EQ acquisition window allows you to add 
annotations and analyze the newly acquired image.
Annotate
Clicking on Annotate will open a separate image window displaying the captured 
image. The default name for the image will include the date, time, and user (if 
known).
The Text Overlay toolbar will also pop up to allow you to annotate your image.
The image will not be saved until you select Save or Save As from the File menu.
Analyze
Clicking on Analyze will open a separate image window displaying the captured 
image. The default name for the image will include the date, time, and user (if 
known). 
You can then analyze the image using the other features in the main application. 
The image will not be saved until you select Save or Save As from the File menu.
C.7 Step VI. Select Output
The ChemiDoc EQ window has several output options.
Fig.C-9. Output options.
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