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Appendix D. ChemiDoc XRS
Click OK to save and add the new custom application to the custom list. The new 
application is automatically selected as your application.
D.3 Step II. Position Gel
Click the Live/Focus button, and frames will be captured and displayed at about 10 
frames per second, depending on the speed of your computer.
You can use live mode to zoom, focus, and adjust the aperture on the camera, while 
positioning the sample within the area.
ChemiDoc XRS features a motorized zoom lens that can be controlled directly 
from the acquisition window using the Iris, Zoom, and Focus arrow buttons. 
Click on the Up/Down buttons while viewing your sample in the window to 
adjust the lens.
Fig.D-4. Live/Focus button and camera control buttons. 
You can also select the Show Alignment Grid checkbox to facilitate positioning.
After positioning your sample, you should check the Imaging Area dimensions 
under Options (see D.5, Options) to make sure that they conform to the size of 
the area you are focusing on. To determine the size of the area you are focusing 
on, you can place a ruler in the ChemiDoc XRS hood so that it is visible in the 
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Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract images from pdf files; extract image from pdf
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Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract image from pdf using; extract images pdf
Quantity One User Guide
D.4 Step III. Acquire Image
The ChemiDoc XRS control panel has several features for creating image exposures. 
You can take an automatic exposure based on the number of saturated pixels in the 
image, you can enter a specific exposure time, or you can take a series of exposures 
and select the best one.
“Exposure” refers to the integration of the image on the camera CCD over a 
period of time. The effect is analogous to exposing photographic film to light 
over a period of time.
Auto Expose
Use Auto Expose if you want to take a single exposure but are uncertain of the 
optimal exposure time.
If you know the approximate exposure time you want (
3 seconds), you can skip 
this step and go directly to Manual Expose.
Click on the Auto Expose button to cancel Live/Focus mode and begin an automatic 
exposure. The Auto Expose button will appear selected throughout the exposure.
During the auto exposure, the image is continuously integrated on the camera CCD 
until it reaches a certain percentage of saturated pixels. This percentage is set in the 
Options dialog box. (Default = 0.75 percent. See D.5, Options.)
Fig.D-5. Selecting Auto Expose.
Click on Auto Expose;
button appears selected
Can see Exposure Time
automatically changing
C# PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in
NET library to batch convert PDF files to jpg image files. High Turn multiple pages PDF into single jpg files respectively online. Support
some pdf image extract; how to extract images from pdf file
VB.NET PDF Convert to Jpeg SDK: Convert PDF to JPEG images in vb.
PDF to images, C#.NET PDF file & pages edit, C#.NET PDF pages extract, copy, paste, C# NET components to batch convert adobe PDF files to jpg image files.
extract text from image pdf file; extract color image from pdf in c#
Appendix D. ChemiDoc XRS
Once an image has reached the specified percentage of saturated pixels, it is captured 
and displayed in the video display window, Auto Expose is automatically deactivated, 
and the exposure time appears active in the Exposure Time field.
If you are having difficulty auto-exposing your sample, you can use Manual 
Expose to adjust your exposure time directly. Most non-chemiluminescent 
applications only require an exposure time of a few seconds, which can be 
quickly adjusted using Manual Expose.
Manual Expose
If you know the approximate exposure time you want, you can click on the Manual 
Expose button. Manual Expose is automatically activated after Auto Expose is 
Fig.D-6. Setting a manual exposure.
With Manual Expose activated, you can adjust the exposure time directly by changing 
the number of seconds in the Exposure Time field. Type in a number or use the arrow 
buttons next to the field.
When the specified exposure time is reached, the last captured image will be 
displayed in the ChemiDoc XRS image window. 
Manual Expose active;
button appears selected
Exposure Time field active;
adjust number of seconds
C# Image Convert: How to Convert Adobe PDF to Jpeg, Png, Bmp, &
String inputFilePath = @"C:\input.pdf"; String outputFilePath = @"C:\output.jpg"; // Convert PDF to jpg. C# sample code for PDF to jpg image conversion.
extract jpg pdf; extract images from pdf online
C# Image Convert: How to Convert Tiff Image to Jpeg, Png, Bmp, &
RasterEdge.XDoc.PDF.dll. String inputFilePath = @"C:\input.tif"; String outputFilePath = @"C:\output.jpg"; // Convert tiff to jpg.
how to extract pictures from pdf files; pdf image text extractor
Quantity One User Guide
Fig.D-7. Freezing the manual exposure.
Live Acquire
Live Acquire mode allows you to specify an interval over which a series of 
progressively longer exposures are taken. All exposures are then displayed on the 
screen, and you can choose the one with the best image.
Click on the Live Acquire button. A settings dialog box will open in which you can 
specify the total exposure time, starting exposure time, and number of exposures.
Fig.D-8. Live Acquire settings.
You should specify no more than 10 exposures in the Live Acquire Settings 
dialog, to avoid excessive build-up of image background in later exposures. The 
Click on Freeze to stop
the exposure process
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
Batch convert PDF documents from multiple image formats, including Jpg, Png, Bmp, Gif, Tiff, Bitmap, .NET Graphics, and REImage.
extract photos pdf; extract pictures from pdf
VB.NET PDF - Convert PDF with VB.NET WPF PDF Viewer
read PDF, VB.NET convert PDF to text, VB.NET extract PDF pages, VB PDF to image file formats with high quality, support converting PDF to PNG, JPG, BMP and
extract image from pdf acrobat; extract images from pdf acrobat
Appendix D. ChemiDoc XRS
fewer the exposures, the less background will be added to the image. See the 
Release Notes for additional instructions on reducing background in images 
captured using Live Acquire.
Select the Save Images checkbox if you want to automatically save each exposure as 
it is taken. 
Click on OK in the settings dialog to begin taking exposures. If you selected Save 
Images, a Save dialog box will open in which you can specify the base file name and 
location of the exposure files. When you click on Save, the exposures will be taken.
The specified number of exposures will be taken at equal intervals between the 
starting exposure time and total exposure time. When each exposure is complete, an 
image window containing that exposure will open in front of the ChemiDoc XRS 
Note that the first exposure will have the base file name (the default base file name is 
the computer user name and a time stamp). Each subsequent exposure will have a 
version number (v2, v3, v4, etc.) appended to the base file name. The highest version 
number will be the final exposure. If you did not elect to auto-save the exposures as 
they were created, then each image will be unsaved.
To stop the Live Acquire, click on the Freeze button.
Exposures captured before freezing will be displayed in image windows. 
Study the different images and select the best exposure(s) to keep.
D.4.a. Exposure Status
The Exposure Status bar shows the progress of your exposure. If your exposure time 
is greater than 1 second, the status bar display will give you a graphical representation 
of the remaining time before exposure is complete.
Illumination Flat Fielding
For UV or white light transilluminatoin applications, you should use the appropriate 
reference plate to ensure a uniform intensity in the image. This will compensate for 
normal variations in image pixel intensity that occur with a transilluminating light 
C# WPF PDF Viewer SDK to convert and export PDF document to other
C#.NET PDF file & pages edit, C#.NET PDF pages extract, copy, paste PDF to image file formats with high quality, support converting PDF to PNG, JPG, BMP and
pdf image extractor c#; some pdf image extractor
VB.NET Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images
Support create PDF from multiple image formats in VB.NET, including Jpg, Png, Bmp, Gif, Tiff, Bitmap, .NET Graphics, and REImage.
extract images from pdf file; extract pictures pdf
Quantity One User Guide
To enable this feature, select the Flat Fielding checkbox.
UV Illumination Flat Fielding: When you first select the Flat fielding checkbox, and 
then acquire an image using the UV transilluminator, you will be prompted to remove 
your sample and place the fluorescent reference plate on the ChemiDoc XRS sample 
stage and turn on the UV transilluminator (see the ChemiDoc XRS User Manual). 
Fig.D-9. Illumination flat fielding reminder 
A reference image of the plate will be acquired and saved on your computer hard 
drive. The reference image will be applied to the sample image to generate a flat field 
corrected exposure.
White Light Illumination Flat Fielding: When you first select the checkbox, and then 
acquire an image using the white light conversion screen or the white light 
transilluminator, you will be prompted to remove your sample, turn on the white light 
source, and collect an exposure of the white light screen/transilluminator (see the 
ChemiDoc XRS User Manual). A reference image of the screen/transilluminator will 
be acquired and saved on your computer hard drive. The reference image will be 
applied to the sample image to generate a flat field corrected exposure.
For subsequent UV or white light trans exposures, you will be prompted to either use 
the appropriate saved flat field image or acquire a new one.
Appendix D. ChemiDoc XRS
Fig.D-10. Using the saved reference image.
Flat fielding is unavailable for White EPI illumination and chemiluminescence 
D.5 Options
Click on the Options button to open the Options dialog box. Here you can specify 
certain settings for your ChemiDoc XRS system.
Quantity One User Guide
Fig.D-11. Available options in the 
ChemiDoc XRS
acquisition window.
Click on OK to implement any changes you make in this box.
D.5.a. Imaging Area
These fields are used to specify the size of your imaging area in centimeters, which in 
turn determines the size of the pixels in your image (i.e., resolution). When you adjust 
one imaging area dimension, the other dimension will change to maintain the aspect 
ratio of the camera lens.
Your imaging area settings must be correct if you want to do 1:1 printing. These 
are also important if you are comparing the size of objects (e.g., using the 
Volume Tools) between images.
D.5.b. Reminder
Show Light Warning - When this checkbox is selected, the software will warn you 
to turn off your transilluminator light when you exit the ChemiDoc XRS acquisition 
window or when your system is “idle” for more than 5 minutes.
Appendix D. ChemiDoc XRS
If you are performing experiments that are longer than 5 minutes (e.g., 
chemiluminescence), this should be deselected.
Show Filter Warning - When this checkbox is selected, the software will warn you 
to move the filter slider either to chemi or the UV/White position. 
D.5.c. Dark Subtraction
At the time of installation a reference dark image file was generated and saved to your 
hard drive.  The purpose of this file is to reduce dark current noise generated from the 
CCD.  Dark current noise is typical of all CCDs and is a result of the accumulation of 
charge in the absence of light 
The default time of the reference dark image is ten minutes.  The default reference file 
is optimized for ChemiDoc XRS applications.  If you select to change the reference 
dark image, ensure that the time of the reference dark image is of equal or greater 
duration than your typical sample image.  When the sample image time is longer than 
the reference dark image time the ability to detect very faint samples may be 
To reset the reference dark image time, select options in the ChemiDoc XRS 
acquisition window.  Select Reset Referenced.
Fig.D-12. Reset Reference Dark pop-up box
Enter the desired time in seconds.  Select OK.  You will be prompted to close and re-
open the acquisition window.  Place the lens cap on the camera and close the door of 
the hood (See ChemiDoc XRS instruction manual).  Select OK at the prompt and new 
reference dark images of the entered time interval will be taken for each of the 
possible combinations of camera gain and bin settings.  These will be retained as the 
reference dark images until the time is reset again.
Quantity One User Guide
D.5.d. Save Options
To automatically create a backup copy of any scan you create, select the Make 
Backup Copy checkbox.
With this checkbox selected, when you save a scan, a backup copy will be placed in 
the same directory as the scanned image. Backup images are identified by "Backup 
of" followed by the original image file name. 
Backup files are read only files. If you attempt to save a backup file, you will be 
promted to give it a new name. This protects the backup file and preserves it from 
any changes.
D.5.e. Auto-scale Transform
Auto-scale Transform after Acquisition allows the user the option of having the image 
automatically perform the Auto-Scale transform function upon completion of image 
acquisition. This eliminates the need to transform when the acquisition time was too 
short or the iris not opened enough.
To enable the auto-scale transform function, check the box labeled, Auto-Scale 
Transform after Acquisition in the Options dialog.
D.5.f. Auto Exposure Threshold
When you click on Auto Expose, the exposure time is determined by the percentage 
of saturated pixels you want in your image. This field allows you to specify that 
Typically, you will want less than 1 percent of the pixels in your image saturated. 
Consequently, the default value for this field is 0.75 percent.
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