Batch Coordinator V 1.0.3
User Manual
Pdf image text extractor - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
how to extract images from pdf in acrobat; pdf image extractor online
Pdf image text extractor - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract image from pdf acrobat; how to extract images from pdf
© Bitplane 2009
1
Introduction
Batch Coordinator is easy to use software designed especially for effective image processing and analyses.
It simplifies and automates image processing and analysis by executing the specified and customized
commands on each image within a multiple image data set. 
By applying a specific Command Sequence to a large numbers of images, Batch Coordinator allows the
benefits of: 
 Significantly reducing multiple image analysis and processing time
 Increasing the reproducibility of repetitive procedures by decreasing risk of inconsistency 
 Facilitating comparison and evaluation of multiple data sets by standardized output 
 Improving and optimizing the overall system utilizations by reducing resource consumption
Increasing the  flexibility of the system and reusability by decoupling the software components
VB.NET TIFF: TIFF Text Extractor SDK; Extract Text Content from
Standalone VB.NET TIFF text extractor SDK that extracts can easily integrate this TIFF text extraction control SDK into VB.NET image application by
extract text from image pdf file; extract images from pdf file
VB.NET TIFF: TIFF to Text (TXT) Converter SDK; Convert TIFF to
developers to interpret and decode TIFF image file convert all TIFF page into one text file to provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
extract images from pdf c#; how to extract images from pdf files
Imaris Batch
1.1
Preface
Information in this book is subject to change without notice and does not represent a commitment on the part
of Bitplane AG. Bitplane AG is not liable for errors contained in this book or for incidental or consequential
damages in connection with the use of this software.
This document contains proprietary information protected by copyright. No part of this document may be
reproduced, translated, or transmitted without the expressed written permission of Bitplane AG, Zurich,
Switzerland.
For further questions or suggestions please visit our web site at: 
www.bitplane.com
or contact eusupport@bitplane.com
.
Bitplane AG
Badenerstrasse 682
8048 Zurich
Switzerland
© April 2009, Bitplane AG, Zurich.
All rights reserved. Printed in Switzerland.
Batch Coordinator User Manual V 1.0.3
VB.NET PowerPoint: Extract & Collect PPT Slide(s) Using VB Sample
demo code using RasterEdge VB.NET PowerPoint extractor library toolkit. provide powerful & profession imaging controls, PDF document, image to pdf files and
some pdf image extract; extract image from pdf in
VB.NET Word: Extract Word Pages, DOCX Page Extraction SDK
this VB.NET Word page extractor add-on can be also used to merge / split Word file, add / delete Word page, sort Word page order or insert image into Word page
extract image from pdf online; extract text from pdf image
© Bitplane 2009
1.2
Product Overview
Batch Coordinator collects commands that you might ordinarily issue in Imaris, into a single Batch Job and
execute them together, rather than  entering each command individually  and processing each image
separately. 
Batch Coordinator ensures that image analysis and processing is carried out in exactly the same way, every
time for every single image in a large data set.
The Imaris Batch work-flow has four stages:
1.To start batch processing, a Command Sequence is created from Imaris by running a command in the
usual way, interactively adjusting the parameters, and finally submitting it to the Batch Coordinator with the
Add to Batch button. 
2.The next step is to Select images for processing and analysis using Batch Coordinator. Images are placed
in the input file list via Add Files. Output file names and directories are automatically generated and placed
in the output file list. 
3.Thirdly, using Batch Coordinator, Run the Batch. This will execute the complete Command Sequence on
selected input files and collect the results in the output file list. 
4.Lastly, review the results, which can be modified images, Imaris Scene Files, or statistics files.
Batch
Coordinator
Features
The Batch Coordinator has the following features:
 Customize and standardize Command Sequence executed on each input file within a multi-image data set.
 Automatically generate a new directory and output file names for each Batch Job
 Pause, resume, cancel, and obtain the status for any submitted batch and/or any individual job 
 Manage Batch Job by adding or deleting commands and fine-tuning parameter values 
Launch external applications to inspect input / output data files (i.e. Imaris, or Excel)
 Runs on both Mac and Windows.
Command
Sequence
An Imaris Batch Command Sequence can include the following commands:
- Flip, rotate, convert, channel shift, etc.
- Crop, resample, add / delete/ swap channels and time points etc.
- Change the data type, voxel size and time stamps
- Apply a Gaussian or Median filter
- Threshold Adjustment by baseline and background subtraction, threshold cut-off, connective baseline
- Contrast change by Linear Stretch, invert, gamma correction, normalize intensity
- Display Adjustment
- Spots and Surfaces analysis with detection, tracking and statistics
C# Word: How to Extract Text from C# Word in .NET Project
is the complete Visual C# sample code for extracting text from a to provide powerful & profession imaging controls, PDF document, image to pdf files and
extract images from pdf acrobat; extract jpeg from pdf
Imaris Batch
1.3
About this Manual
This User Manual describes all the features of the Batch Coordinator software. The manual provides a
description of all menu entries, display modes, functions and parameters. It is arranged into 14 Chapters as
follows: 
Chapter 1: Provides an introduction
to Batch Coordinator, describing its function and demonstrating its basic
capabilities and features. 
Chapter 2: Describes the installation
procedure, system requirements, licensing
options
and file formats. 
Chapter 3: Displays the Main
Screen
and gives an overview of the principal areas and toolbars. 
Chapter 4: Provides details of Batch
Job
creation
. It describes the principles of Command Sequence design,
explaining  the benefits of creating
Command
Sequence
using
Imaris
. An example
with screenshots,
describing how to create a Command Sequence and execute a Batch Job, is also included in this chapter. 
Chapter 5: Describes the File
Menu
. This section examines the techniques for saving and implementing
existing Command Sequences, as well as the options for submitting and executing a Batch Job on different
machines. 
Chapter 6: Contains information about the Edit
Menu
. It describes creation/deletion of a Batch as well as
addition/removal of Batch files. 
Chapter 7: Gives an overview of the Control
Menu
and explains how to execute a Batch Job. 
Chapter 8: Describes the Help
Menu
. It presents the commands for displaying documentation or other
information about Batch Coordinator. 
Chapter 9: Provides details of the Batch
Area
and summarizes the specific elements of Batch Jobs. 
Chapter 10: Discusses frequently used commands found in the Batch
Control
Toolbar
Chapter 11: Describes the Command/Parameter
Area
. It defines all the commands
recognized by Batch
Coordinator. In addition, it gives guidance on modifying parameter values
and emphasizes the importance of
ensuring correct parameter values. 
Chapter 12: Discusses control shortcuts in the Command/Parameter
Toolbar
used for managing commands
in the Command Parameter area. 
Chapter 13: Explains the unique features of the Spots
and
Surfaces
commands. 
Chapter 14: Describes the Output
Statistics
File
. It provides a screenshot example of managing statistical
files after executing a Batch Job with the Spots and Surfaces commands.
© Bitplane 2009
2
Getting Started
This chapter describes:
Installation
License
Starting
Batch
Coordinator
2.1
Installation
The software is delivered on a standard CD or downloaded from www.bitplane.com. The CD includes a
folder containing the necessary manuals, or the manuals can be downloaded.
Minimum hardware/software requirements are:
 Windows XP, Vista or higher
 Mac OS x10.40 or higher
 CD-ROM
 Network facilities for image import from the microscope
 512 MB RAM (> 1 GB recommended)
Bitplane also recommends:
 A database for storing images (e.g., Image Access) 
Installation
To install the software, please proceed as follows, or double-click the downloaded installer package:
Insert your Batch Coordinator CD-Rom in the computer.
 Follow the instructions on the screen.
 The installation is completed automatically.
2.2
Licensing Options
Batch Coordinator is designed as a high-throughput high-availability software that targets both individuals as
well as large institutes and corporations. The Batch Coordinator itself is free and open source (GPL)
software, but does not provide any data processing ability unless combined with a “Batch Agent” such as
Imaris Batch. Batch Coordinator provides the confidence of high-assurance trustworthy systems, in addition
to the benefit of low-cost software support and maintenance, plus guaranteed long-term support through
participation from a booming Imaris community. The Imaris community benefits from frequent updates, better
portability to different computer systems and the ability to directly contribute through software enhancements
and improvements.  Any software (from any software provider) can be designed to interface with Batch
Coordinator.  License  terms  for  any  such  software  “Batch  Agent” ”  are  set  by  that  software’s
owner(s)/publisher(s). Bitplane provides the ability to use many features from our flagship Imaris software
within  Batch Coordinator, in the form of a license for “Imaris Batch, Stand-Alone” or “Imaris Batch,
Imaris-Dependent”. This is one example of a Batch Agent, with commercial license options.
Stand
Alone
Imaris Batch, Stand-Alone
This licensing option allows Imaris Batch to be placed on a Mac or Windows computer system. Imaris does
not have to be present and this version of Imaris Batch does not use or depend on the licenses of Imaris.
Imaris Batch Stand-Alone is available in the following configurations: 
- Stand-Alone up to 2 parallel jobs
- Stand-Alone up to 4 parallel jobs
- Stand-Alone up to 8 parallel jobs
- Stand-Alone up to 16 parallel jobs
- Stand-Alone up to 32 parallel jobs 
Imaris Batch
Imaris
Dependent
Imaris Batch, Imaris-Dependent
This licensing option allows Imaris Batch to be placed on a Mac or Windows computer system, but utilizes
licenses of Imaris and its modules as part of its operation. For example, if you want to perform a Batch Job
that requires tracking, and output the statistics from those tracks, this version of Batch Coordinator would use
the Imaris, Imaris MeasurementPro, and ImarisTrack licenses. The advantage of this option is that it is lower
cost than the Stand-Alone version. The Imaris-Dependent version of Batch Coordinator comes in two
configurations: 
- Imaris-Dependent – up to 2 parallel jobs
- Imaris-Dependent – up to 4 parallel jobs 
2.3
Starting Batch Coordinator
Starting
Batch
Coordinator
The Batch Coordinator Service is by default configured to launch automatically at system boot, and run
invisibly in the background, waiting to receive new commands or Batch Jobs to run.  At any time, the user
can launch the application called Batch Coordinator, which provides an interactive window to view and control
the work of the Batch Coordinator Service.  When using Imaris Batch to create a new Command Sequence,
the user normally runs the Batch Coordinator and Imaris at the same time.  The Batch Coordinator can be
started either before or after starting Imaris.
To open Batch Coordinator, double-click on the Batch Coordinator application icon, or click on the Batch
Coordinator icon in the main toolbar of Imaris. 
The software opens to the main screen.
After a user is finished creating a Command Sequence in Imaris, it is not necessary to have Imaris running
anymore while a batch is running within the Batch Coordinator.  If you close the Batch Coordinator window,
the Batch Coordinator Service continues to run in the background; the status and progress is merely hidden
from view when the window is closed.
Supported
Input Image 
File
Formats
Imaris Batch can read the following image file formats, i.e. it can read the image and the parameters.
 Andor: Multi-TIFF series (*.tif, *.tiff)
Applied Precision, Inc: DeltaVision (*.i3d, *.dv)
Biorad: MRC-600, MRC-1024 (*.pic)
BioVision: IPLab Mac (*.ipm)
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
Bitplane: Imaris 2.7 Classic/Old (*.ims)
Carl Zeiss: LSM 510 (*.lsm)
Carl Zeiss: LSM 410, LSM 310 (*.tif, *.tiff)
Carl Zeiss: Axiovision (*.zvi)
Image Cytometry Standard: ICS - used by Nikon, Huygens, and others (*.ics, *.ids)
Leica: TCS-NT (*.tif, *.tiff)
Leica: LCS (*.lei, *.raw, *.tif, *.tiff)
Leica: series (*.inf, *.info, *.tif, *.tiff)
Leica: Image File Format (*.lif)
Molecular Devices: Metamorph STK (series) (*.stk)
MRC - primarily electron density volumes as in cryo-EM (*.mrc, *.st, *.rec)
Nikon: ND2 (*.nd2)
Olympus: FluoView TIFF (*.tif, *.tiff)
Olympus: FluoView 1000 OIF (*.oif)
Olympus: FluoView 1000 OIB (*.oib)
Olympus: Cell^R 1.1/standard (*.tif, *.tiff)
© Bitplane 2009
OpenLab: LIFF (*.liff)
OpenLab: RAW (*.raw)
Open Microscopy Environment XML (*.ome)
Open Microscopy Environment TIF (*.tif, *.tiff)
Perkin Elmer: UltraView (*.tim, *.zpo)
Scanalytics: IPLab (*.ipl)
TILL Photonics: TILLvisION (*.rbinf)
Plus it can read generic TIFF series (or BMP series).
Supported
Output
File
Formats
from
Imaris
Batch
Image Files
Bitplane: Imaris 5.5 (*.ims)
Bitplane: Imaris 3.0 (*.ims)
Bitplane: Imaris 2.7 Classic/Old (*.ims)
TIFF (series) (*.tif, *.tiff)
RGBA TIFF (series) (*.tif, *.tiff)
Image Cytometry Standard: ICS (*.ics, *.ids)
Olympus: Cell^R 1.1/standard (*.tif, *.tiff)
Open Microscopy Environment XML (*.ome)
Open Microscopy Environment TIF (*.tif, *.tiff)
BMP (series) (*.bmp)
Statistics
Files
 Comma Separated Values text files (*.csv)
 Excel XLS file (*.xls) 
 Excel XML file (*.xml)
Image
File
with
interactive
analysis
results
from
Spots/Surfaces
commands
Imaris Scene File (*.imx)
Imaris Batch
3
Main Screen
The main screen in Batch Coordinator provides the facility to build, submit and process Batch Jobs. The
main screen is divided into two areas and has two Toolbar buttons sections: 
Batch
Area
 Command/Parameter
Area
 Batch
Control
Toolbar
 Command
Toolbar
From this screen all of the batch components can be accessed, edited and managed. The menu bar at the
top of the window contains the entries: File
Edit
Control
and Help
.
Each Main screen component is documented in more detail in the following sections.
The figure below presents the Main screen for the  Batch Coordinator.
Batch
Area
The central area of the screen is the Batch Area. The Batch Area provides detailed specification of the batch.
It contains all the information of the batch: batch name, input and output files names, user name and batch
status information.   
Batch
Control
Toolbar
The Batch Control Toolbar contains shortcut buttons named New Batch, Delete Batch, Add Files, Remove
Files, Run, Stop, and Reset. These shortcuts represent the core tools available to the user. The same action
can be accessed via the  menus File
Edit
or Control
.
Command/Parameter
Area
In  the  Command/Parameter  Area,  for  the  selected  batch,  the  Command  Sequence  with  the
command-specific parameter values is displayed. 
Command
Toolbar
The Controls Toolbar lets you add or delete commands, or edit the Command Sequence arrangement. 
© Bitplane 2009
4
Batch Creation
A Batch consists of Command Sequence executed on the selected input files as a single command unit,
and the 
output files
, collected in a newly created image file and/or statistical files. The Command Sequence
contains the commands with the specified parameters values. A command describes the operation you want
to execute on an input dataset; and the specifications that a command uses to perform its action are called
parameters. Imaris Batch offers a variety of available commands for Batch processing, some most frequently
used ones for image processing (Gaussian filter, Threshold adjustment) and some more complex, like
Surface and Spot detection.
A Command Sequence can be created either using Imaris
or directly in Batch
Coordinator
4.1
Creating  Command Sequence using Imaris
A Command Sequence can be created from Imaris with the Add to Batch button 
. Imaris
commands that can be submitted to Batch are in the Image Processing menu and Edit menu. For the
Commands Surfaces
and
Spots
, the Imaris Creation Wizard for Spots 
or Surfaces 
must be used first
for selecting and adjusting parameters, and then switch to the Creation Tab
and use the 
Add to Batch
button 
to submit the command with all parameters to the Batch Coordinator. 
Use the following procedure to set up a Command Sequence in Imaris and submit it to the Batch
Coordinator.
Using following procedure, to set a Command Sequence in Imaris and submit it to the Batch Coordinator.
1. Open an image in Imaris.
2. Select the first command that will be applied to all images.
3. Adjust the command's parameters either in the Command's window or, for Spots and Surfaces, throughout
the Creation Wizard.The effect of modifying parameter values can be previewed within Imaris (on a single
image) as changes to the image and/or the Spots/Surfaces object are applied.
4. Submit  the  adjusted  command  to  Batch  Coordinator  by  clicking  on  the  
Add  to  Batch
button
Add to batch button
is available at the bottom of the command window. 
 For Spots and Surfaces select the Creation Tab and the Add to batch button is available at the bottom of
the  panel under the Creation Tab 
5. Repeat process for a series of command that you would like to be execute in Batch Coordinator. 
Note:
Bear in mind that in the Batch Coordinator commands are submitted in the Command Sequence by
the order they are entered in Imaris. For example, if the commands Flip and Rotate were added in that order
to the batch, the Flip action will be executed first and then the Rotate. So, before progressing to the next step
make sure the batch commands are ordered properly and all parameters are confirmed. You can also use
the command toolbar of Batch Coordinator to change the order of the commands after they have been
submitted.
6. The last step is selecting the command Save as command in Imaris and submitting the Save
command in
the Batch Command Sequence.
7. Open Batch Coordinator.
In the Batch Area, when commands are added to the Batch Coordinator, if no batch already exists (or no
existing batch is selected while adding the commands) a new batch will be created with User
name
and
Batch
Name
automatically assigned. The default Batch
Name
always matches the name of the first
submitted Imaris command. In the Command/Parameter Area the Command Sequence will contain the list of
Imaris selected commands. A Command Sequence always begins with the command called Open
. The last
Documents you may be interested
Documents you may be interested