mvc open pdf in browser : Extract images from pdf online Library SDK class asp.net .net azure ajax Bio-Formats-4.4.91-part818

CHAPTER
ONE
WHY JAVA?
From a practical perspective, Bio-Formats is written in Java because it is cross-platform and widely used, with a vast array of
libraries for handling common programming tasks. Java is one of the easiest languages from which to deploy cross-platform
software. In contrast to C++, which has a large numberof complex platformissues to consider,and Python,which leans heavily
on C and C++ for many of its components (e.g., NumPy and SciPy), Java code is compiled one time into platform-independent
byte code, which can be deployed as is toall supported platforms. And despite this enormous flexibility,Java manages to provide
time performance nearlyequal toC++, often betterin the case ofI/O operations (see furtherdiscussion on thecomparativespeed
of Java on the LOCI site
1
).
There are also historicalreasons associated withthefact that the project grew out of workon theVisADJavacomponentlibrary
2
.
Youcan read more about the origins ofBio-Formats on theLOCIBio-Formatshomepage
3
.
1
http://loci.wisc.edu/faq/isnt-java-too-slow
2
http://visad.ssec.wisc.edu
3
http://loci.wisc.edu/software/bio-formats
4
Extract images from pdf online - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract text from image pdf file; extract images from pdf files
Extract images from pdf online - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
extract image from pdf using; extract jpg pdf
CHAPTER
TWO
BIO-FORMATS METADATA PROCESSING
Pixels in microscopy are almost always very straightforward, stored on evenly spaced rectangular grids. It is the metadata (de-
tails about the acquisition, experiment, user, and other information) that can be complex. Using the OME data model enables
applications to support a single metadata format, rather than the multitude ofproprietary formats available today.
Every file format has a distinct set of metadata, stored differently. Bio-Formats processes and converts each format’s metadata
structures into a standard form called theOMEdatamodel
1
,according to theOME-XML
2
specification. We have defined an
open exchange formatcalledOME-TIFF
3
that stores its metadata as OME-XML. Anysoftware packagethatsupports OME-TIFF
is also compatible with the dozens of formats listed on the Bio-Formats page, because Bio-Formats can convert your files to
OME-TIFFformat.
To facilitate support of OME-XML, we have created alibraryinJava
4
forreadingand writingOME-XML
5
metadata.
There are three types of metadata in Bio-Formats, whichwe call core metadata,original metadata, and OME metadata.
1. Core metadata only includes things necessary to understand the basic structure of the pixels: image resolution; number
offocal planes, time points, channels, and other dimensional axes; byte order; dimension order; color arrangement (RGB,
indexed color orseparate channels); andthumbnail resolution.
2. Original metadata is information specific toa particular fileformat. These fields are key/value pairs intheoriginal format,
with no guarantee of cross-format naming consistency or compatibility. Nomenclature often differs between formats, as
each vendor is free to use their own terminology.
3. OME metadata is information from #1 and #2 converted by Bio-Formats into the OME data model. Performing this
conversion is the primary purpose of Bio-Formats. Bio-Formats uses its ability to convert proprietary metadata into
OME-XML as part of its integration with the OME and OMERO servers— essentially, they are able to populate their
databases in a structured way because Bio-Formats sorts the metadata into the proper places. This conversion is nowhere
near completeor bugfree,butwe are constantly working to improve it. We would greatlyappreciate any and all inputfrom
users concerning missing or improperly converted metadata fields.
1
http://genomebiology.com/2005/6/5/R47
2
http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/ome-xml
3
http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/ome-tiff
4
http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/ome-xml/java-library.html
5
http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/ome-xml
5
VB.NET PDF Text Extract Library: extract text content from PDF
Extract highlighted text out of PDF document. extraction control provides text extraction from PDF images and image Best VB.NET PDF text extraction SDK library
how to extract text from pdf image file; extract images from pdf c#
C# PDF Text Extract Library: extract text content from PDF file in
Free online source code for extracting text from Ability to extract highlighted text out of PDF control provides text extraction from PDF images and image
extract color image from pdf in c#; how to extract images from pdf in acrobat
CHAPTER
THREE
HELP
For help, see theBio-Formats
1
,FileFormats
2
andOME-XMLandOME-TIFF
3
sections of theOMEFAQ
4
foranswers to some
common questions. Pleasecontactus5 if you have any questions or problems with Bio-Formats. There is aguideforreporting
bugs here.
For advanced users and developers, further information is available on thetroubleshootingpage.
3.1 Reporting a bug
3.1.1 Before filing a bug report
If you think you have found a bug in Bio-Formats, the first thing to do is update your version of Bio-Formats to the latest trunk
version. It is possible that the problem has already been addressed. For both Fiji and ImageJ users,select Update LOCI Plugins
underthe LOCI menu. Select Trunk Build.
Youcan alsodownload thelatest4.4versionofBio-Formats
6
.If youare not sure which versionyou need,select the TrunkBuild
underLOCI Tools complete bundle.
3.1.2 Sending a bug report
If you can stillreproduce the bug afterupdating tothe newest version of Bio-Formats,please send us a bug report. Toensure that
any inquiries you make are resolved promptly,please include the following information:
• Exact error message. Copy and paste any error messages into the text of your email. Alternatively, attach a screenshot of
the relevant windows.
• Version information. Indicate which release ofBio-Formats, which operating system, and which version ofJava you are
using.
• Non-working data. If possible, please send a non-working file. This helps us ensure that the problem is fixed for next
release andwill not reappear in later releases. We can provide youwith an FTPserver for uploading yourfile(s) if needed.
Notethatanydata provided is usedforinternal testingonly; we donotmake images publiclyavailableunless given explicit
permission to do so.
• Metadata and screenshots. If possible, include any additional information about your data. We are especially interested
in the expected dimensions (width, height, numberof channels, Z slices, and timepoints). Screenshots of the image being
successfully openedin other software are also useful.
• Format details. If you are requesting support for a new format, we ask that you send as much data as you have regarding
this format (sample files, specifications, vendor/manufacturer information, etc.). This helps us to better support the format
and ensures future versions of the format are also supported.
1
http://www.openmicroscopy.org/site/support/faq/bio-formats
2
http://www.openmicroscopy.org/site/support/faq/file-formats
3http://www.openmicroscopy.org/site/support/faq/ome-xml-and-ome-tiff
4http://www.openmicroscopy.org/site/support/faq
5http://www.openmicroscopy.org/site/community/mailing-lists
6http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/
6
C# HTML5 Viewer: Load, View, Convert, Annotate and Edit Raster
C#.NET RasterEdge HTML5 Viewer supports convert images to Tiff (.tif, .tiff) online, create PDF document from images. Raster Images Annotation.
extract image from pdf java; some pdf image extractor
VB.NET PDF- View PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
PDF to text, C#.NET convert PDF to images, C#.NET file & pages edit, C#.NET PDF pages extract, copy, paste C#.NET read barcodes from PDF, C#.NET OCR scan PDF.
extract images pdf acrobat; how to extract a picture from a pdf
Once you have gathered all the relevant information, send it as an e-mail to theOMEUsersmailinglist
7
.
Please be patient - it may be a few days until you receive a response, but we reply to every email inquiry we receive.
3.2 Troubleshooting
This page is aimed at anyone who is responsible for supporting Bio-Formats,but may also be useful for advanced users looking
to troubleshoot their ownproblems. Eventually,it might be best to move some of this to the FAQ or other documentation.
3.2.1 General tips
• Make sure to readtheFAQ
8
,particularly the “File Formats”,“Bio-Formats”, and “OME-XML & OME-TIFF” sections
• Ifthispage doesn’t help,it isworthquicklycheckingthefollowing placeswhere questions arecommonly askedand/orbugs
are reported:
– OMETrac
9
– FijiBugzilla(forImageJ/Fijiissues)
10
– ome-develmailinglist11 (searchable using google with ‘site:lists.openmicroscopy.org.uk’)
– ome-usersmailinglist12 (searchable using google with ‘site:lists.openmicroscopy.org.uk’)
– ImageJmailinglist(forImageJ/Fijiissues)
13
• Make sure to ask for a _specific_ error message or description of the unexpected behavior, if one is not provided (“it does
not work” is obviouslynot adequate).
• “My (12, 14, 16)-bit images look all black when I open them” is a common issue. In ImageJ/Fiji, this is almost always
fixable by checking the “Autoscale” option; with the command line tools, the “-autoscale -fast” options should work. The
problem is typically that the pixel values are very, very small relative to the maximum possible pixel value (4095, 16383,
and 65535,respectively), so when displayed the pixels are effectively black.
• If the file is very, very small (4096 bytes) and any exception is generated when reading the file, then make sure it is not a
Mac OS X resource fork
14
.The ‘file’command should tell you:
$ file /path/to/suspicious-file
suspicious-file: AppleDouble encoded Macintosh file
3.2.2 Tips for ImageJ/Fiji
• The Bio-Formats version being used can be found by selecting “Help > About Plugins > LOCIPlugins”.
• “Howdo I make the options window go away?” is a common question. There are a few ways to do this:
– To disable the options window only forfiles in a specific format,select “Plugins > LOCI > LOCIPlugins Configura-
tion”,then pickthe format from the list and make sure the “Windowless” option is checked.
– To avoid the options window entirely, use the “Plugins > LOCI > Bio-Formats Windowless Importer” menu item to
import files.
– Open files by calling the Bio-Formats importer plugin froma macro.
7http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users/
8http://www.openmicroscopy.org/site/support/faq
9http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome
10
http://fiji.sc/cgi-bin/bugzilla/index.cgi
11
http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-devel
12
http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users
13
http://imagej.1557.n6.nabble.com/
14
http://en.wikipedia.org/wiki/Resource_fork#The_Macintosh_file_system
3.2. Troubleshooting
7
VB.NET PDF Page Extract Library: copy, paste, cut PDF pages in vb.
Use corresponding namespaces; using RasterEdge.Imaging.Basic; using RasterEdge.XDoc.PDF; VB.NET: Extract All Images from PDF Document.
extract photo from pdf; extract image from pdf acrobat
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view PDF document online in C#.NET
Form Process. Data: Read, Extract Field Data. Data: Auto Redact Text Content. Redact Images. Redact Pages. Annotation & Add Text Box. Drawing Markups. PDF Print.
extract images from pdf file; pdf image extractor
• A not uncommon cause of problems is that the user has multiple copies of loci_tools.jar in their ImageJ plugins folder, or
has a copy of loci_tools.jar and a copy of bio-formats.jar. It is often difficult to determine for sure that this is the problem
-the only error message that pretty much guarantees it is a “NoSuchMethodException”. If the user maintains that they
downloadedthelatestversion and whatever error message/oddbehaviorthey are seeing looks like itwas fixed already,then
it is worth suggesting that they remove all copies of loci_tools.jar and download a fresh version.
3.2.3 Tips for command line tools
• When run with no arguments, all of the command line tools will print information on usage.
• Whenrunwiththe‘-version’argument, ‘showinf’and ‘bfconvert’will displaytheversion ofBio-Formats that isbeing used
(version number, build date,and Git commit reference).
3.2.4 Tips by format
3I/Olympus Slidebook (.sld)
• Slidebook support is generally not great, despite a lot ofeffort. This is the one format for which it is recommended to just
export to OME-TIFF from the acquisition software and work with the exported files. Happily, there is free software from
3Iwhich can do the export post-acquisition:https://www.slidebook.com/reader.php
DICOM
• Health care or institutional regulations often prevent users from sending problematic files, so often we have to solve the
problem blind. In these cases, it is important to get the exact error message, and inform the user that fixing the problem
may be an iterative process (i.e. they might have to try a couple of trunk builds before we can finally fix the problem).
ZVI
• If the ZVIreader plugin is installed in ImageJ/Fiji, then it will be used instead of Bio-Formats to read ZVI files. To check
ifthis is the cause ofthe problem,make sure that the file opens correctly using“Plugins > LOCI >Bio-Formats Importer”;
ifthat works,then just remove ZVI_Reader.class from the plugins folder.
3.2. Troubleshooting
8
VB.NET PDF - Convert PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
NET read PDF, VB.NET convert PDF to text, VB.NET extract PDF pages, VB Able to set scaling value of converted images. VB.NET HTML5 PDF Viewer: Convert PDF Online.
how to extract images from pdf files; some pdf image extractor
VB.NET PDF - Create PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
PDF to text, C#.NET convert PDF to images, C#.NET file & pages edit, C#.NET PDF pages extract, copy, paste C#.NET read barcodes from PDF, C#.NET OCR scan PDF.
extract pictures pdf; how to extract text from pdf image file
CHAPTER
FOUR
BIO-FORMATS VERSIONS
Bio-Formats is updatedwhenevera newversion ofOMERO
1
is released. The versionnumber is three numbers separatedbydots;
e.g., 4.0.0. See theversionhistory fora list ofmajorchanges in each release.
The latest stable version ofBio-Formats is 4.4.9. For future development directions, see the4.52 and5.03 roadmaps.
4.1 Version history
4.1.1 4.4.9 (2013 Oct 16)
• Many bug fixes including improvements to support forND2 format
• Java 1.6 is now the minimumsupported version; Java 1.5 is no longer supported
4.1.2 4.4.8 (2013 May 2)
• No changes - release to keepversionnumbers in sync with OMERO
4.1.3 4.4.7 (2013 April 25)
• Many bug fixes to improve support for more than 20 formats
• Improved export to multi-file datasets
• Now uses slf4j for loggingratherthanusing log4j directly,enabling other logging implementations tobe used, for example
when Bio-Formats is used as a component in other software using a different logging system.
4.1.4 4.4.6 (2013 February 11)
• Many bug fixes
• Further documentation improvements
4.1.5 4.4.5 (2012 November 13)
• Restructured and improved documentation
• Many bug fixes, including:
– File grouping in many multi-file formats
– Maven build fixes
– ITKplugin fixes
1
http://www.openmicroscopy.org/site/support/omero4/
2
http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/query?group=status&component=Bio-Formats&milestone=OMERO-4.5
3
http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/query?group=status&component=Bio-Formats&milestone=OMERO-5.0
9
4.1.6 4.4.4 (2012 September 24)
• Many bug fixes
4.1.7 4.4.2 (2012 August 22)
• Security fix forOMERO plugins for ImageJ
4.1.8 4.4.1 (2012 July 20)
• Fix a bug that prevented BigTIFF files from being read
• Fix a bug that prevented PerkinElmer.flex files fromimporting into OMERO
4.1.9 4.4.0 (2012 July 13)
• Many,many bug fixes
• Addedsupport for:
– .nd2 files from Nikon Elements version 4
– PerkinElmer Operetta data
– MJPEG-compressedAVIs
– MicroManager datasets with multiple positions
– Zeiss CZI data
– IMOD data
4.1.10 4.3.3 (2011 October 18)
• Many bug fixes, including:
– Speed improvements to HCImage/SimplePCIand Zeiss ZVI files
– Reduce memory required by Leica LIFreader
– More accurately populate metadata forPrairie TIFF datasets
– Various fixes to improve the security ofthe OMERO plugin for ImageJ
– Better dimension detection for Bruker MRIdatasets
– Better thumbnail generation forhistology (SVS,NDPI) datasets
– Fix stage position parsing for Metamorph TIFF datasets
– Correctlypopulate the channel name for PerkinElmer Flex files
4.1.11 4.3.2 (2011 September 15)
• Many bug fixes, including:
– Better support for Volocity datasets that contain compressed data
– More accurate parsing ofICSmetadata
– More accurate parsing ofcellSens .vsi files
• Addedsupport for a few new formats
– .inr
– Canon DNG
4.1. Version history
10
– Hitachi S-4800
– Kodak .bip
– JPX
– Volocity Library Clipping (.acff)
– Bruker MRI
• Updated Zeiss LSM readerto parse application tags
• Various performance improvements, particularly for reading/writing TIFFs
• Updated OMERO ImageJ plugin to work with OMERO 4.3.x
4.1.12 4.3.1 (2011 July 8)
• Several bug fixes,including:
– Fixes for multi-position Deltavision files
– Fixes for MicroManager1.4 data
– Fixes for 12 and 14-bit JPEG-2000data
– Various fixes for reading Volocity.mvd2 datasets
• Added various options to the ‘showinf’ and ‘bfconvert’ command line tools
• Added better tests for OME-XML backwards compatibility
• Added the ability to roughly stitch tiles in a multi-position dataset
4.1.13 4.3.0 (2011 June 14)
• Many bug fixes, including:
– Many fixes for reading and writing sub-images
– Fixes for stage position parsing in the Zeiss formats
– File type detection fixes
• Updated JPEG-2000 reading and writing support to be more flexible
• Addedsupport for 9 new formats:
– InCell 3000
– Trestle
– Hamamatsu .ndpi
– Hamamatsu VMS
– SPIDER
– Volocity .mvd2
– Olympus SIS TIFF
– IMAGIC
– cellSens VSI
• Updated to2011-06 OME-XML schema
• Minorspeed improvements in manyformats
• Switchedversion control system fromSVN to Git
• Moved all Trac tickets into the OME Trac:http://trac.openmicroscopy.org.uk
• Improvements to testing frameworks
4.1. Version history
11
• Added Maven build system as an alternative to the existing Ant build system
• Added pre-compiled C++ bindings to the download page
4.1.14 4.2.2 (2010 December 6)
• Several bug fixes,notably:
– Metadata parsing fixes forZeiss LSM, Metamorph STK, and FV1000
– Prevented leaked file handles when exporting to TIFF/OME-TIFF
– Fixed how BufferedImages are converted to byte arrays
• Proper support forOME-XML XML annotations
• Added support for SCANCO Medical .aim files
• Minorimprovements toImageJ plugins
• Added support for reading JPEG-compressed AVI files
4.1.15 4.2.1 (2010 November 12)
• Many,many bug fixes
• Addedsupport for 7 new formats:
– CellWorX .pnl
– ECAT7
– VarianFDF
– Perkin ElmerDensitometer
– FEI TIFF
– Compix/SimplePCI TIFF
– Nikon Elements TIFF
• Updated Zeiss LSM metadata parsing, with generous assistance from Zeiss, FMI, and MPI-CBG
• Lots of work to ensure that converted OME-XML validates
• Improved file stitching functionality; non-numerical file patterns and limited regular expression-style patterns are now
supported
4.1.16 4.2.0 (2010 July 9)
• Fixed many, many bugs in all aspects of Bio-Formats
• Reworked ImageJ plugins to be more user- and developer-friendly
• Added many new unit tests
• Added support for approximately 25 new file formats,primarily in the SPM domain
• Rewrote underlying I/O infrastructure to be thread-safe and based on Java NIO
• Rewrote OME-XML parsing/generation layer; OME-XML 2010-06 is now supported
• Improved support for exporting large images
• Improved support for exporting tomultiple files
• Updated logging infrastructure to use slf4j and log4j
4.1. Version history
12
4.1.17 4.1.1 (2009 December 3)
• Fixed many bugs in popularfile format readers
4.1 (2009 October 21):
• Fixed many bugs in most file format readers
• Significantly improved confocal and HCSmetadata parsing
• Improved C++ bindings
• Eliminated references to Java AWT classes in core Bio-Formats packages
• Added support for reading Flex datasets frommultiple servers
• Improved OME-XML generation; generated OME-XML is now valid
• Added support for Olympus ScanR data
• Added OSGi information to JARs
• Added support for Amira Mesh files
• Added support for LI-FLIM files
• Added more informative exceptions
• Added support for various types of ICS lifetime data
• Added support for Nikon EZ-C1 TIFFs
• Added support for Maia Scientific MIAS data
4.1.18 4.0.1 (2009 June 1)
• Lots of bugfixes in most format readers and writers
• Added support for Analyze 7.1 files
• Added support for Nifti files
• Added support for Cellomics .c01 files
• Refactored ImageJ plugins
• Bio-Formats, the common package, and the ImageJ plugins now require Java 1.5
• Eliminated native library dependency for reading lossless JPEGs
• Changed license fromGPL v3or later to GPL v2or later
• Updated Olympus FV1000, Zeiss LSM, Zeiss ZVI and NikonND2 readers to parse ROI data
• Added option to ImageJ plugin for displaying ROIs parsed fromthe chosen dataset
• Fixed BufferedImage construction for signed data and unsigned int data
4.1.19 4.0.0 (2009 March 3)
• Improved OME data model population forOlympus FV1000,Nikon ND2, Metamorph STK, Leica LEI, Leica LIF, InCell
1000 and MicroManager
• Added TestNG tests for format writers
• Added option to ImageJ plugin to specify custom colors when customizing channels
• Added ability to upgrade the ImageJ plugin from within ImageJ
• Fixed bugs in Nikon ND2, Leica LIF,BioRad PIC, TIFF, PSD, and OME-TIFF
• Fixed bugs in Data Browser and Exporter plugins
• Added support for Axon Raw Format (ARF), courtesy of Johannes Schindelin
4.1. Version history
13
Documents you may be interested
Documents you may be interested