mvc open pdf in browser : Some pdf image extract software control project winforms azure asp.net UWP Bio-Formats-4.4.93-part840

CHAPTER
FIVE
USING BIO-FORMATS WITH IMAGEJ AND
FIJI
The following sections explain the features of Bio-Formats and how to use it withinImageJ andFiji:
5.1 ImageJ
ImageJ
1
is an image processing and analysis applicationwrittenin Java,widely used in the life sciences fields,with an extensible
plugin infrastructure. You can use Bio-Formats as a plugin for ImageJ to read and write images in the formats it supports.
5.1.1 Installation
Downloadloci_tools.jar
2
and drop it into your ImageJ/plugins folder. Next time you run ImageJ, a new LOCI submenu with
several plugins will appear in the Plugins menu, including the Bio-Formats Importer and Bio-Formats Exporter.
5.1.2 Usage
The Bio-Formats Importerplugin can display image stacks in several ways:
• In a standard ImageJ window (including as a hyperstack)
• Using theLOCIDataBrowser
3
plugin (included)
• With Joachim Walter’sImage5D
4
plugin (if installed)
• With RainerHeintzmann’sView5D
5
plugin (if installed)
ImageJ v1.37andlater automatically(via HandleExtraFileTypes)calls the Bio-Formats logic,ifinstalled,as neededwhen afile is
opened withinImageJ—e.g.,whenusingFile/Openinsteadofexplicitlychoosing “Bio-Formats Importer”fromthePlugins/LOCI
menu.
For a more detailed description ofeach plugin,see theBio-Formatspage
6
of the Fiji wiki.
5.1.3 Upgrading
To upgrade, just overwrite the old loci_tools.jar with thelatest4.4version
7
. Step-by-step upgrade instructions for Windows are
availablehere.
Youmay want to download the latest version of ImageJ first, to take advantage ofnew features and bug-fixes.
1
http://rsb.info.nih.gov/ij/
2
http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/
3
http://loci.wisc.edu/software/data-browser
4
http://developer.imagej.net/plugins/image5d
5
http://www.nanoimaging.de/View5D
6
http://fiji.sc/Bio-Formats
7
http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/
24
Some pdf image extract - Select, copy, paste PDF images in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
how to extract text from pdf image file; extract images from pdf file
Some pdf image extract - VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Support PDF Image Extraction from a Page, a Region on a Page, and PDF Document
some pdf image extractor; extract image from pdf acrobat
As of the 4.0.0release, you can also upgrade the Bio-Formats plugindirectly fromImageJ. Select“Plugins>LOCI>Update LOCI
Plugins”fromthe ImageJ menu,then select whichrelease youwould liketo use. Youwill then need to restartImageJ tocomplete
the upgrade process.
5.1.4 Macros and plugins
Bio-Formatsis fullyscriptableina macro,and callablefromaplugin. To use inamacro,use theMacroRecordertorecord acall to
the Bio-Formats Importer with the desired options. You can also perform more targeted metadata queries using the Bio-Formats
macro extensions.
Here are some example ImageJ macros and plugins that use Bio-Formats to get you started:
basicMetadata.txt
8
-A macro that uses the Bio-Formats macro extensions to print the chosenfile’s basic dimensional parameters
to the Log.
planeTimings.txt
9
-A macro that uses the Bio-Formats macro extensions to print the chosenfile’s plane timings to the Log.
recursiveTiffConvert.txt
10
-A macrofor recursively converting files to TIFF using Bio-Formats.
bfOpenAsHyperstack.txt
11
-This macro from Wayne Rasband opens a file as a hyperstack using only the Bio-Formats macro
extensions (without calling the Bio-Formats Importer plugin).
zvi2HyperStack.txt12-ThismacrofromSebastienHuartreadsinaZVIfileusingBio-Formats,synthesizestheLUTusingemis-
sion wavelength metadata, and displays the result as a hyperstack.
dvSplitTimePoints.txt
13
-This macro from Sebastien Huart splits timepoints/channels on all DV files in a folder.
batchTiffConvert.txt
14
-This macro converts all files in a directory to TIFFusing the Bio-Formats macro extensions.
Read_Image
15
-A simple plugin that demonstrates how to use Bio-Formats to read files into ImageJ.
Mass_Importer
16
-A simple pluginthat demonstrates howtoopenallimagefiles in a directory usingBio-Formats,grouping files
with similar names to avoiding opening the same dataset more than once.
5.2 Fiji
Fiji
17
is an image processing package. It can be described as a distribution ofImageJ together with Java, Java 3D and a lot of
plugins organized into acoherentmenustructure
18
.Fiji compares to ImageJ as Ubuntu compares to Linux.
Fiji works with Bio-Formats out of the box, because it comes bundled with theBio-FormatsImageJplugins.
5.2.1 Upgrading
UpgradingBio-Formats within Fijiis as simple as invokingthe“Update Fiji”command fromtheHelp menu. Bydefault,Fiji even
automatically checks for updates every time it is launched, so you will always be notified when new versions of Bio-Formats (or
any otherbundled plugin) are available.
Fiji ships with the latest Bio-Formats stable release. Alternately, you canenablethe“Bio-Formatsdailybuilds”updatesite
19
to
receive the latest Bio-Formats bugfixes and updates.
For further details on Bio-Formats in Fiji,see theBio-FormatsFijiwikipage
20
.
8
https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/basicMetadata.txt
9
https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/planeTimings.txt
10
https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/recursiveTiffConvert.txt
11https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/bfOpenAsHyperstack.txt
12https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/zvi2HyperStack.txt
13https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/dvSplitTimePoints.txt
14
https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/macros/batchTiffConvert.txt
15https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/Read_Image.java
16
https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/loci-plugins/utils/Mass_Importer.java
17
http://fiji.sc/
18
http://fiji.sc/Plugins_Menu
19
http://fiji.sc/Bio-Formats#Daily_builds
20
http://fiji.sc/Bio-Formats
5.2. Fiji
25
VB.NET PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password
RasterEdge XDoc.PDF SDK provides some PDF security settings about password to help protect your PDF document in VB.NET project.
how to extract a picture from a pdf; pdf image text extractor
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view, annotate, create and convert PDF
Here explains some usages about HTML5 PDF Viewer annotation functionalities. C#.NET: Create PDF Online in ASP.NET. C#.NET: Edit PDF Image in ASP.NET.
extract images from pdf c#; extract images from pdf online
5.3 Bio-Formats features in ImageJ and Fiji
When you select Bio-Formats under the Plugin menu, you will see the following features:
• TheBio-Formats Importer is a pluginforloadingimages into ImageJ or Fiji. It canreadover 100proprietary life sciences
formats and standardizes their acquisition metadata into the commonOMEdatamodel. It will also extract and set basic
metadata values such asspatialcalibration
21
ifthey are available in the file.
• The Bio-Formats Exporter is a plugin for exporting data to disk. It can save to the openOME-TIFF
22
file format,as well
as several movie formats (e.g. QuickTime, AVI)and graphics formats (e.g. PNG, JPEG).
• The Bio-Formats Remote Importer is a plugin for importing data from a remote URL. It is likely to be less robust than
working with files on disk, so we recommend downloading your data to disk and using the regular Bio-Formats Importer
whenever possible.
• TheBio-FormatsWindowlessImporterisaversionoftheBio-Formats Importerpluginthatruns withthelastusedsettings
toavoid any additional dialogs beyondthe file chooser. Ifyoualways use the same import settings,youmay wish touse the
windowless importerto save time (Learn morehere).
• The Bio-Formats Macro Extensions plugin prints out the set of commands that can be used to create macro exten-
sions. The commands and the instructions for using them are printed to the ImageJ logwindow.
• The Stack Slicer plugin is a helper plugin used by the Bio-Formats Importer. It can also be used to split a stack across
channels, focal planes or time points.
• The LOCI Plugins Configuration dialog is a useful way to configure the behavior of each file format. The Formats tab
lists supported file formats and toggles each format on or off, which is useful if your file is detected as the wrong format.
It also toggles whether each format bypasses the importer options dialog through the “Windowless” checkbox. You can
also configure any specific option for each format. The Libraries tab provides a list of available helper libraries used by
Bio-Formats.
• The LOCI Plugins Shortcut Window opens a small window with a quick-launch button foreach LOCI plugin. Dragging
and dropping files onto the shortcut window opens them quickly using the Bio-Formats Importer plugin.
• The Update LOCI Plugins command will check for LOCI Plugins updates. We recommend you update to the newest
Trunk build as soon as you think you may havediscoveredabug.
5.4 Installing Bio-Formats in ImageJ
(Since FIJIis essentially ImageJ with plugins like Bio-Formats already built in,people who install Fiji can skip this section.)
Once youdownload
23
andinstall ImageJ, youcan install the Bio-Formats plugin by going to the Bio-Formatsdownloadpage
24
.
For most end-users, we recommend downloading the loci_tools.jar complete bundle.
However, you must decide which version of it you want to install. There are three primary versions of Bio-Formats: the trunk
build, the daily builds, and the Stable Release. Whichversion you should download depends on your needs:
• The trunkbuildis automatically updated every time anychange is made to the source code on the main “trunk” branch in
Git, LOCI’s software versioncontrol system. This build has the latest bug fixes,but it is not well tested and may have also
introduced new bugs.
• The dailybuildis a compilationofthatday’s changes thatoccurs dailyaroundmidnight. It is not any bettertested than the
trunk build; but if you download it multiple times in a day,you can be sure you’ll get the same version each time.
• The stable release is thoroughlytested andhas documentationto match. The list of supported formats on the Bio-Formats
site corresponds to the most recent stable release. We do not add new formats to the list until a release containing support
for that format has been completed. The stable release is less likely to contain bugs.
The stable release is also more useful to programmers because they can link their software to a known, fixed version of Bio-
Formats. Bio-Formats’behavior won’t be changing “out from under them” as they continue developing theirown programs.
21
http://fiji.sc/SpatialCalibration
22
http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/ome-tiff
23
http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
24http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/
5.3. Bio-Formats features in ImageJ and Fiji
26
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
Able to change password on adobe PDF document in C#.NET. To help protect your PDF document in C# project, XDoc.PDF provides some PDF security settings.
extract images pdf acrobat; extract images from pdf
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
Load PDF from existing documents and image in SQL server. creating toolkit, if you need to add some text and draw some graphics on created PDF document file
extract vector image from pdf; extract pdf images
We often recommend that most people simply use the trunkbuildfor two reasons. First, trunk may contain bug-fixes or new
features you want anyway; secondly, you will have to reproduce any bug you encounter in Bio-Formats against the latest trunk
build before submitting a bug report. Rather than using the stable release until you find a bug that requires you to upgrade and
reproduce it, why not just use the trunk build to begin with?
Once you decide which version you need, go to the Bio-Formatsdownloadpage25 and save the appropriate loci_tools.jar to the
Plugins directory within ImageJ.
Figure 5.1: Plugin Directory forImageJ: Where in ImageJ’s file structure you should place the file once you downloaded it.
You may have to quit and restart ImageJ. Once you restart it, you will find Bio-Formats in the LOCI option under the Plugins
menu:
25
http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/
5.4. Installing Bio-Formats in ImageJ
27
VB.NET PDF Annotate Library: Draw, edit PDF annotation, markups in
mark the source PDF file by adding some comments, notes on, which integrates advanced VB.NET PDF editing functions and VB.NET image annotating features
extract color image from pdf in c#; extract images from pdf file
VB.NET Image: How to Process & Edit Image Using VB.NET Image
Besides, if you want to apply some popular image effects to target image file, like image sharpening, image vintage effect creating, image color adjusting and
extract text from pdf image; how to extract images from pdf file
Youare now ready to start using Bio-Formats.
5.5 Using Bio-Formats to load images into ImageJ
This section will explain how to use Bio-Formats to import files into ImageJ and how to use the settings on the Bio-Formats
Import Options screen.
5.5.1 Opening files
There are three ways you can open a file using Bio-Formats:
1. Select the Bio-Formats Importer underthe LOCIplugins menu.
2. Drag and drop it onto the LOCIPlugins Shortcut window.
3. Use the Open command in the File menu.
Unless you used the LOCI Plugins Configuration dialog to open the file type windowlessly, you know you used Bio-Formats to
open a file when you see a screen like this:
5.5. Using Bio-Formats to load images into ImageJ
28
C# PDF: C# Code to Process PDF Document Page Using C#.NET PDF
and manage those PDF files, especially when they are processing some PDF document files C# PDF: Add Image to PDF Page Using C#.NET, C# PDF: Extract Page(s
extract image from pdf; extract image from pdf java
C# Create PDF from images Library to convert Jpeg, png images to
It enables you to build a PDF file with one or Various image forms are supported which include Png, Jpeg, Bmp Some C# programming demos are illustrated below.
extract jpg from pdf; extract text from image pdf file
If you used the File >Open command and did not see the Bio-Formats ImportOptions screen,ImageJ/Fiji probably used another
plugin instead ofBio-Formats toopenthefile. If this happens and you wantto open afileusingBio-Formats, use oneof the other
twomethods instead.
5.5.2 Opening files windowlessly
When you open a file with Bio-Formats,the Import Options Screen automatically recalls the settings you last used to open a file
with that specific format (e.g. JPG, TIF, LSM,etc.). Ifyou always choose the same options whenever you open files in a specific
file format,you can save yourself time bybypassing the Bio-Formats ImportOptions screen. You can accomplish this two ways:
1. You can select the Bio-Formats Windowless Importer, located in the LOCI menu underImageJ’s Plugin menu. When you
select this option,Bio-Formats willimport the file usingthesamesettings youusedthe lasttime you imported a filewith the same
format.
2. If you invariably use the same settings when you open files in a specific format, you can always bypass the Import Options
Screen by changing the settings in the LOCI Plugins Configuration option, which is also located in the LOCI menu under
ImageJ’s Plugin menu.
Once you select this option, select the file format you are interestedin from the list on the left side of the screen. Check both the
EnabledandWindowless boxes. Once you do this,wheneveryou open a file using the Bio-Formats Windowless Importer,the
Bio-Formats Importer, or the drag-and-drop method described in the previous section, the file will always open the same way
using the last setting used.
Please note that if you want to change any of the import settings once you enable this windowless option, you will have to go
back to the LOCI Plugins Configuration screen, unselect the windowless option, open a file using the regular Bio-Formats
Importer, select your settings,and re-select the windowless option.
5.5.3 Group files with similar names
OneofthemostimportantfeaturesofBio-Formatsis tocombinemultiplefilesfromadatasetintoonecoherent,multi-dimensional
image.
To demonstrate how to use the Group files with similar names feature, you can use thedub26 data set available under LOCI’s
Sample Data27 page. Youwillnoticethatitisalargedataset:eachofthe85filesshowsthespecimenat33opticalsectionsalong
the z-plane at a specific time.
26http://www.loci.wisc.edu/sample-data/dub
27http://www.loci.wisc.edu/software/sample-data
5.5. Using Bio-Formats to load images into ImageJ
29
How to C#: Basic SDK Concept of XImage.Raster
VB.NET How-to, VB.NET PDF, VB.NET Word classes to convert, process, edit, and annotate image from local can load convert and save define some specified options
how to extract images from pdf; how to extract text from pdf image file
C#: How to Add HTML5 Document Viewer Control to Your Web Page
Note: some versions of Visual Studio use addCommand(new CommandAnnotation("image", new AnnoStyle _userCmdDemoPdf = new UserCommand("pdf"); _userCmdDemoPdf.addCSS
extract photos from pdf; extract image from pdf in
If you open just one file in ImageJ/Fiji using the Bio-Formats Importer, you will get an image incorporating three dimensions
(x,y, z). However, if you select Groupfiles withsimilar names from the Bio-Formats Import Options screen,you will be able
to create a 4-D image (x, y,z, and t) incorporating the 85 files.
After clicking OK, you will see a screen like this:
This screen allows you to select which files within the 85-file cluster to use to create that 4-D image. Some information will be
pre-populated in the fields. Unless you want to change the settings in that field, there is no need to change or delete it. If you
click OK at this point,you will load all 85 files.
However, you can specify which files you want to open by adjusting the “axis information”, the file “name contains,” or the
“pattern” sections. Even though there are three options, you only need to need to make changes to one of them. Since Bio-
Format’s precedence forprocessing data is from top to bottom, only the uppermostsection that you made changes towill beused.
If you change multiple boxes,anyinformation you enter into lower boxes will be ignored.
Toreturn to the example involvingthedubdata set,supposeyou want toopenthefirst image andonly everyfifthimage afterwards
(i.e. dub01, dub06,dub11 . . . dub81). This would give you 17 images. There are different ways to accomplish this:
You can use the Axis Settings only when your files are numbered in sequential order and you want to open only a subset of the
files that have similar names. Since the dub data set is numbered sequentially,you can use this feature.
Axis 1 number of images refers to the total number of images you want to open. Since you want to view 17 images, enter
17. Axis 1 axis firstimage specifies which image in the set you want to be the first. Since you want to start with dub01,enter1
in that box. You also want to view onlyevery fifth image, so enter 5 in the Axis 1 axis increment box.
The File name contains box should be used if all of the files that you want to open have common text. This is especially useful
when the files are notnumbered. Forexample,ifyou have “Image_Red.tif”,“Image_Green.tif”,and“Image_Blue.tif” you could
enter “Image_” in the box to group themall.
Tocontinuethe exampleinvolving thedubdataset,youcannot use thefilenamecontainsboxtoopenevery fifthimage. However,
if you only wanted to open dub10 thorough dub19,you could enter “dub1” in the file name contains box.
The patternbox can be used to do either of the options listed above or much more. This box can accept a single file name like
“dub01.pic.” It can also contain a pattern that use “<” and “>” to specify what numbers ortext the file names contain.
There are three basic forms to the “< >” blocks:
• Text enumeration - “Image_<Red,Green,Blue>.tif” is the pattern for Image_Red.tif, Image_Green.tif, Im-
age_Blue.tif. (Note that the orderyou in which you enter the file names is the order in which they will be loaded.)
• Numberrange - “dub<1-85>.pic” is the pattern for “dub1.pic”, “dub2.pic”,“dub3.pic” . . . “dub85.pic”.
• Number range with step - “dub<1-85:5>.pic” is the pattern for “dub1.pic”, “dub6.pic”, “dub11.pic”, “dub11.pic” . . .
“dub85.pic”.
It can also accept aJavaregularexpression
28
.
5.5.4 Autoscale
Autoscalehelps increasethebrightness and contrastofanimage by adjustingthe range oflight intensitywithin animage to match
the range of possible display values. Note that Autoscale does not change your data. It just changes how it is displayed.
28
http://download.oracle.com/javase/1.5.0/docs/api/java/util/regex/Pattern.html
5.5. Using Bio-Formats to load images into ImageJ
30
Each pixel in an image has a numerical value ascribed to it to describe its intensity. The bit depth—the number of possible
values– depends on the number of bits used in the image. Eight bits, for example,gives 256 values to express intensity where 0
is completely black, 255 is completelywhite, and 1 through 254 display increasingly lighter shades ofgrey.
ImageJ can collect the intensity information about each pixel froman image orstack and create a histogram. (You can see it by
selecting Histogram under the Analyze menu.) Here is the histogram ofa one particular image:
Notice that the histogramheavily skews right. Even though there are 256 possible values,only 0 thorough 125 are being used.
Autoscaleadjuststheimageso thesmallestandlargest numberinthatimageorstack’shistogrambecomethedarkest andbrightest
settings. Forthis image,pixels with the intensity of 125 will be displayed in pure white. The other values willbe adjusted too to
help show contrast between values that were too insignificant to see before.
Here is one image Bio-Formats imported with and without using Autoscale:
5.5. Using Bio-Formats to load images into ImageJ
31
Autoscale readjusts the image based on the highest value in the entire data set. This means ifthe highest value in your dataset is
close to maximumdisplayvalue, Autoscale’s adjusting may be undetectable to the eye.
ImageJ/Fiji also has its own tools for adjusting the image, which are available by selecting Brightness/Contrast, which is under
the Adjust option in the Image menu.
5.6 Managing memory in ImageJ/Fiji using Bio-Formats
When dealing with a large stack of images,you may receive a warning like this:
This means theallottedmemory is less than whatBio-Formats needs toload allthe images. Ifyou have a verylarge dataset, you
mayhave to:
• View yourstack with Data Browser
• Crop the view area
• Open only a subset of images
• Use Virtual Stack
• Increase ImageJ/Fiji’s memory.
If your files contain JPEG or JPEG-2000 images, you may see this memory warning even if your file size is smaller than the
amount of allocated memory. This is becausecompressedimages like JPEG need to be decompressed into memory before being
displayed and require more memory than their file size suggests. If you are having this issue, try utilizing one of the memory
management tools below.
5.6. Managing memory in ImageJ/Fiji using Bio-Formats
32
5.6.1 View your stack with Data Browser
Data Browser is anotherpart of Bio-Formats that enables users to view large 3, 4, or5-D datasets by caching a subset of all the
images available. This enables users to viewa stack that is bigger than the computer’s memory.
You can select Data Browser as an option for View stack with, the leftmost, uppermost option in the Bio-Formats Import
Options screen.
Note that when you use Data Browser, other features like cropping and specifying range are not available. You can, however,
adjust the size of the image cache in the Data Browser after you open the files. You can read more about it on LOCI’sData
Browser page
29
.
5.6.2 Cropping the view area
Crop on Import is useful if your images are very large and you are only interested in one specific section of the stack you are
importing. If you select this feature, you willsee a screen where youcanenterthe height and width(in pixels)ofthe part ofimage
you want to see. Note that these measurements are fromthe top left corner of the image.
5.6.3 Opening only a subset of images
The SpecifyRangeforEachSeries option is usefulforviewing aportionofa dataset where all theplane images areencapsulated
into one file (e.g. the Zeiss LSM format). If your file has a large quantity of images, you can specify which channels, Z-planes,
and times you want toload.
5.6.4 Use Virtual Stack
Virtual Stack conserves memory by not loading specific images until necessary. Note that unlike Data Browser, Virtual Stack
does not contain a buffer and mayproduce choppy animations.
5.6.5 Increasing ImageJ/Fiji’s memory
Finally,youcanalsoincrease the amountofthe computermemorydevotedtoImageJ/Fijibyselecting Memory& Threads under
the Edit menu.
29
http://www.loci.wisc.edu/software/data-browser
5.6. Managing memory in ImageJ/Fiji using Bio-Formats
33
Documents you may be interested
Documents you may be interested