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Chapter 3: Installing R under Windows
16
force a lot of computation even if all files are up to date.) The first four targets are the default
build if just make (or make all) is run.
Parallel make is not supported and likely to fail.
If you want to customize the installation by adding extra packages, replace make rinstaller
by something like
make rinstaller EXTRA_PKGS=’pkg1 pkg2 pkg3’
An alternative way to customize the installer starting with a binary distribution is to first
make an installation of R from the standard installer, then add packages and make other
customizations to that installation. Then (after having customized file MkRules, possibly via
MkRules.local, and having made R in the source tree) in src/gnuwin32/installer run
make myR IMAGEDIR=rootdir
where rootdir is the path to the root of the customized installation (in double quotes if it
contains spaces or backslashes).
Both methods create an executable with a standard name such as R-3.3.0-win.exe, so
please rename it to indicate that it is customized. If you intend to distribute a customized
installer please do check that license requirements are met – note that the installer will state
that the contents are distributed under GPL and this has a requirement for you to supply the
complete sources (including the R sources evenif you started with a binary distribution of R, and
also the sources of any extra packages (including their external software) which are included).
The defaults for the startup parameters may also be customized. For example
make myR IMAGEDIR=rootdir MDISDI=1
will create an installer that defaults to installing R to run in SDI mode. See src/
gnuwin32/installer/Makefile for the names and values that can be set.
The standard
CRAN
distribution of a 32/64-bit installer is made by first building 32-bit R
(just
make 32-bit
is needed), and then (in a separate directory) building 64-bit R with the macro HOME32 set in file
MkRules.local to the top-level directory of the 32-bit build. Then the make rinstaller step
copies the files that differ between architectures from the 32-bit build as it builds the installer
image.
3.1.10 Building the MSI installer
It is also possible to build an installer for use with Microsoft Installer. This is intended for use
by sysadmins doing automated installs, and is not recommended for casual use.
It makes use of the Windows Installer XML (WiX) toolkit version 3.5 (or perhaps later,
untested) available from http://wixtoolset.org/. Once WiX is installed, set the path to its
home directory in MkRules.local.
You need to have the files for a complete R build, including bitmap and Tcl/Tk support
and the manuals, as well as the recommended packages. There is no option in the installer
to customize startup options, so edit etc/Rconsole and etc/Rprofile.site to set these as
required. Then
cd installer
make msi
which will result in a file with a name like R-3.3.0-win32.msi. This can be double-clicked to be
installed, but those who needit willknow what to dowith it (usually by running msiexec /i with
additional options). Properties that users might want to set from the msiexec command line
include ‘ALLUSERS’, ‘INSTALLDIR’ (something like c:\Program Files\R\R-3.3.0) and ‘RMENU’
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Chapter 3: Installing R under Windows
17
(the path to the ‘R’ folder on the start menu) and ‘STARTDIR’ (the starting directory for R
shortcuts, defaulting to something like c:\Users\name\Documents\R).
The MSI installer can be built both from a 32-bit build of R (R-3.3.0-win32.msi) and from
a64-bit build of R (R-3.3.0-win64.msi, optionally including 32-bit files by setting the macro
HOME32, when the name is R-3.3.0-win.msi). Unlike the main installer, a 64-bit MSI installer
can only be run on 64-bit Windows.
Thanks to David del Campo (Dept of Statistics, University of Oxford) for suggesting WiX
and building a prototype installer.
3.1.11 64-bit Windows builds
To build a 64-bit version of R you need a 64-bit toolchain: the only one discussed here is based
on the work of the MinGW-w64 project (http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/,
but commercial compilers such as those from Intel and PGI could be used (and have been by R
redistributors).
Support for MinGW-w64 was developed in the R sources over the period 2008–10 and was
first released as part of R 2.11.0. The assistance of Yu Gong at a crucial step in porting R to
MinGW-w64 is gratefully acknowledged, as well as help from Kai Tietz, the lead developer of
the MinGW-w64 project.
Windows 64-bit is now completely integrated into the R and package build systems: a 64-bit
build is selected in file MkRules.local.
3.2 Testing an Installation
The Windows installer contains a set of test files used when building R.
The Rtools are not needed to run these tests. but more comprehensive analysis of errors
will be given if diff is in the path (and errorsAreFatal = FALSE is then not needed below).
Launch either Rgui or Rterm, preferably with --vanilla. Then run
Sys.setenv(LC_COLLATE = "C", LANGUAGE = "en")
library("tools")
testInstalledBasic("both")
testInstalledPackages(scope = "base", errorsAreFatal = FALSE)
testInstalledPackages(scope = "recommended", errorsAreFatal = FALSE)
runs the basic tests and then all the tests on the standard and recommended packages. These
tests can be run from anywhere: they write some of their results in the tests folder of the R
home directory (as given by R.home()), and hence may need to be run under the account used
to install R.
The results of example(md5sums) when testing tools will differ from the reference output as
some files are installed with Windows’ CRLF line endings.
C# PDF File & Page Process Library SDK for C#.net, ASP.NET, MVC
in Field Data. Field: Insert, Delete, Update Field. File Permissions. Password: Open Document. Edit Digital Signatures. Highlight Text. Add Text. Add Text Box. Drawing
delete text pdf document; online pdf editor to delete text
C# PDF metadata Library: add, remove, update PDF metadata in C#.
Evaluation library and components provide varieties of functionalities to edit and update PDF metadata in Remove and delete metadata from PDF file.
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4 Installing R under OS X
The front page of a
CRAN
site has a link ‘Download R for OS X’. Click on that, then download
the file R-3.3.0.pkg and install it. This runs on OS X 10.9 and later (Mavericks, Yosemite, El
Capitan, .. .).
Installers for R-patched and R-devel are usually available from https://r.research.att.
com.
For some older versions of the OS you can in principle (it is little tested) install R from the
sources.
It is important that if you use a binary installer package that your OS is fully updated: look
at ‘Updates’ from the ‘App Store’ to be sure. (If using XQuartz, check that is current.)
To install, just double-click on the icon of the file you downloaded. At the ‘Installation Type’
stage, note the option to ‘Customize’. This currently shows four components: everyone will
need the ‘R Framework’ component: the remaining components are optional. (The ‘Tcl/Tk’
component is needed to use package tcltk. The ‘Texinfo’ component is only needed by those
installing source packages.)
This is an Apple Installer package. If you encounter any problem during the installation,
please check the Installer log by clicking on the “Window” menu and item “Installer Log”. The
full output (select “Show All Log”) is useful for tracking down problems. Note the the installer
is clever enough to try to upgrade the last-installed version of the applicationwhere you installed
it (which may not be where you want this time . ..).
Various parts of the build require XQuartz to be installed: : see https://xquartz.
macosforge.org/. These include the tcltk package and the X11 device: attempting to use
these without XQuartz will remind you.
If youupdate your OS X version,you shouldre-install R (and perhaps XQuartz): the installer
tailors the installation to the current version of the OS.
For building R from source, see Section C.3 [OS X], page 56.
4.1 Running R under OS X
There are two ways to run R on OS X from a
CRAN
binary distribution.
There is a GUI console normally installed with the R icon in /Applications which you can
run by double-clicking (e.g. from Launchpad or Finder). (If you cannot find it there it was
possibly installed elsewhere so try searching for it in Spotlight.) This is usually referred to as
R.app to distinguish it from command-line R: its user manual is currently part of the OS X
FAQ at https://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html and can be viewed
from R.app’s ‘Help’ menu.
You can run command-line R and Rscript from a Terminal
1
so these can be typed as
commands like any other Unix-alike: see the next chapter of this manual. There are some small
differences which may surprise users of R on other platforms, notably the default location of
the personal library directory (under ~/Library/R, e.g. ~/Library/R/3.3/library), and that
warnings, messages and other output to stderr are highlighted in bold.
It has beenreported that running R.app under Yosemite may fail if no preferences are stored,
so if it fails when launched for the very first time, try it again (the first attempt will store some
preferences).
1
The installer as puts links to
R
and
Rscript
in
/usr/bin
(Mavericks,
Yosemite) or
/usr/local/bin (El Capitan and later).
If these are missing, you can run directly the versions
in /Library/Frameworks/R.framework/Resources/.
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Chapter 4: Installing R under OS X
19
Users of R.app need to be aware of the ‘App Nap’ feature (https://developer.apple.com/
library/mac/releasenotes/MacOSX/WhatsNewInOSX/Articles/MacOSX10_9.html) which
can cause R tasks to appear to run very slowly when not producing output in the console. Here
are ways to avoid it:
 Ensure that the console is completely visible (or at least the activity indicator at the top
right corner is visible).
 In a Terminal, run
defaults write org.R-project.R NSAppSleepDisabled -bool YES
(see https: / / developer . apple . com / library / mac / releasenotes / MacOSX /
WhatsNewInOSX/Articles/MacOSX10_9.html).
Using the X11 device or the X11-based versions of View() and edit() for data frames and
matrices (the latter are the default for command-line R but not R.app) requires an X sub-system
to be installed: see Section C.3 [OS X], page 56. (As do the tcltk package and some third-party
packages.)
4.2 Uninstalling under OS X
Rfor OS X consists of two parts: the GUI (R.app) and the R framework. The un-installation
is as simple as removing those folders (e.g. by dragging them into the Trash). The typical
installation will install the GUI into the /Applications/R.app folder and the R framework into
the /Library/Frameworks/R.framework folder. The links to R and Rscript in /usr/bin or
/usr/local/bin should also be removed.
If you want to get rid of R more completely using a Terminal, simply run (use
/usr/local/bin as from El Capitan):
sudo rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \
/usr/bin/R /usr/bin/Rscript
The
installation
consists of four
Apple
packages:
org.r-project.R.x86_
64.fw.pkg,
org.r-project.R.x86_64.GUI.pkg,
org.r-project.x86_64.tcltk.x11
and org.r-project.x86_64.texinfo (not all of which need be installed). You can use
pkgutil --forget if you want the Apple Installer to forget about the package without deleting
its files (useful for the R framework when installing multiple R versions in parallel), or after
you have deleted the files.
Uninstalling the Tcl/Tk or Texinfo components (which are installed under /usr/local) is
not as simple. You can list the files they installed in a Terminal by
pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11
pkgutil --files org.r-project.x86_64.texinfo
These are paths relative to /, the root of the file system.
4.3 Multiple versions
The installer will remove any previous version of the R framework which it finds installed. This
can be avoided by using pkgutil --forget (see the previous section). However, note that
different versions are installed under /Library/Frameworks/R.framework/Versions as 3.2,
3.3 and so on, so it is not possible to have different ‘3.x.y’ versions installed for the same ‘x’.
Aversion of R can be run directly from the command-line as e.g.
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/bin/R
However, R.app will always run the ‘current’ version, that is the last installed version. A small
utility, Rswitch.app (available at https://r.research.att.com/#other), can be used to
change the ‘current’ version. This is of limited use as R.app is compiled against a particular
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size, images size reducing can help to reduce PDF file size effectively will also take up too much space, glyph file unreferenced can Delete unimportant contents
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version of R and will likely crash if switched to an earlier version. This may allow you to install
adevelopment version of R (de-selecting R.app) and then switch back to the release version.
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size, images size reducing can help to reduce PDF file size effectively will also take up too much space, glyph file unreferenced can Delete unimportant contents
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Allow users to add comments online in ASPX webpage. Able to change font size in PDF comment box. Able to save and print sticky notes in PDF file.
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21
5 Running R
How to start R and what command-line options are available is discussed in Section “Invoking
R” in An Introduction to R.
You should ensure that the shell has set adequate resource limits: R expects a stack size
of at least 8MB and to be able to open at least 256 file descriptors. (Any modern OS should
have default limits at least as large as these, but apparently NetBSD may not. Use the shell
command ulimit (sh/bash) or limit (csh/tcsh) to check.)
Rmakes use of a number of environment variables, the default values of many of which are
set in file R_HOME/etc/Renviron (there are none set by default on Windows and hence no such
file). These are set at configure time, and you would not normally want to change them – a
possible exception is R_PAPERSIZE (see Section B.3.1 [Setting paper size], page 47). The paper
size will be deduced from the ‘LC_PAPER’ locale category if it exists and R_PAPERSIZE is unset,
and this will normally produce the right choice from ‘a4’ and ‘letter’ on modern Unix-alikes
(but can always be overridden by setting R_PAPERSIZE).
Various environment variables can be set to determine where R creates its per-session tem-
porary directory. The environment variables TMPDIR, TMP and TEMP are searched in turn and the
first one which is set and points to a writable area is used. If none do, the final default is /tmp
on Unix-alikes and the value of R_USER on Windows. The path should be an absolute path not
containing spaces (and it is best to avoid non-alphanumeric characters such as +).
Some Unix-alike systems are set up to remove files and directories periodically from /tmp,
for example by a cron job running tmpwatch. Set TMPDIR to another directory before starting
long-running jobs on such a system.
Note that TMPDIR will be used to execute configure scripts when installing packages, so if
/tmp has been mounted as ‘noexec’, TMPDIR needs to be set to a directory from which execution
is allowed.
22
6 Add-on packages
It is helpful to use the correct terminology. A package is loaded from a library by the function
library(). Thus a library is a directory containing installed packages; the main library is R_
HOME/library, but others can be used, for example by setting the environment variable R_LIBS
or using the R function .libPaths().
6.1 Default packages
The set of packages loaded on startup is by default
> getOption("defaultPackages")
[1] "datasets" "utils"
"grDevices" "graphics" "stats"
"methods"
(plus, of course, base) and this can be changed by setting the option in startup code (e.g. in
~/.Rprofile). It is initially set to the value of the environment variable R_DEFAULT_PACKAGES if
set (as a comma-separated list). Setting R_DEFAULT_PACKAGES=NULL ensures that only package
base is loaded.
Changing the set of default packages is normally used to reduce the set for speed when
scripting: in particular not using methods will reduce the start-up time by a factor of up to two
(and this is done by Rscript). But it can also be used to customize R, e.g. for class use.
6.2 Managing libraries
R packages are installed into libraries, which are directories in the file system containing a
subdirectory for each package installed there.
Rcomes with a single library, R_HOME/library which is the value of the R object ‘.Library’
containing the standard and recommended
1
packages. Both sites and users can create others
and make use of them (or not) in an R session. At the lowest level ‘.libPaths()’ can be used
to add paths to the collection of libraries or to report the current collection.
Rwill automatically make use of a site-specific library R_HOME/site-library if this exists (it
does not ina vanillaR installation). This location can be overriddenby setting
2
‘.Library.site’
in R_HOME/etc/Rprofile.site, or (not recommended) by setting the environment variable R_
LIBS_SITE. Like ‘.Library’, the site libraries are always included by ‘.libPaths()’.
Users can have one or more libraries, normally specified by the environment variable R_
LIBS_USER. This has a default value (to see it, use ‘Sys.getenv("R_LIBS_USER")’ within an R
session), but that is only used if the corresponding directory actually exists (which by default
it will not).
Both R_LIBS_USER and R_LIBS_SITE can specify multiple library paths, separated by colons
(semicolons on Windows).
6.3 Installing packages
Packages may be distributed in source form or compiled binary form. Installing source pack-
ages which contain C/C++/Fortran code requires that compilers and related tools be installed.
Binary packages are platform-specific and generally need no special tools to install, but see the
documentation for your platform for details.
Note that you may need to specify implicitly or explicitly the library to which the package
is to be installed. This is only an issue if you have more than one library, of course.
1
unless they were excluded in the build.
2
its binding is locked once the startup files have been read, so users cannot easily change it.
Chapter 6: Add-on packages
23
Ensure that the environment variable TMPDIR is either unset (and /tmp exists and canbe writ-
ten in and executed from) or is the absolute path to a valid temporary directory, not containing
spaces.
For most users it suffices to call ‘install.packages(pkgname)’ or its GUI equivalent if
the intention is to install a
CRAN
package and internet access is available.
3
On most systems
‘install.packages()’ will allow packages to be selected from a list box (typically with several
thousand items).
To install packages from source on a Unix-alike use in a terminal
R CMD INSTALL -l /path/to/library pkg1 pkg2 ...
The part ‘-l /path/to/library’ can be omitted, in which case the first library of a normal R
session is used (that shown by .libPaths()[1]).
There are a number of options available: use R CMD INSTALL --help to see the current list.
Alternatively, packages can be downloaded and installed from within R. First choose your
nearest
CRAN
mirror using chooseCRANmirror(). Then download and install packages pkg1
and pkg2 by
> install.packages(c("pkg1", "pkg2"))
The essential dependencies of the specified packages will also be fetched. Unless the library
is specified (argument lib) the first library in the library search path is used: if this is not
writable, R will ask the user (in an interactive session) if the default personal library should be
created, and if allowed to will install the packages there.
If you want to fetch a package and all those it depends on (in any way) that are not already
installed, use e.g.
> install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
install.packages can install a source package from a local .tar.gz file (or a URL to such
afile) by setting argument repos to NULL: this will be selected automatically if the name given
is a single .tar.gz file.
install.packages can look in several repositories, specified as a character vector by the
argument repos: these can include a
CRAN
mirror, Bioconductor, R-forge, rforge.net, local
archives, local files, . ..). Function setRepositories() can select amongst those repositories
that the R installation is aware of.
Naive users sometimes forget that as well as installing a package, they have to use library
to make its functionality available.
6.3.1 Windows
What install.packages does by default is different onUnix-alikes (except OSX) andWindows.
On Unix-alikes it consults the list of available source packages on
CRAN
(or other repository/ies),
downloads the latest version of the package sources, and installs them (via R CMD INSTALL). On
Windows it looks (by default) first at the list of binary versions of packages available for your
version of R and downloads the latest versions (if any). If no binary version is available or
the source version is newer, it will install the source versions of packages without compiled
C/C++/Fortran code, and offer to do so for those with, if make is available (and this can be
tuned by option "install.packages.compile.from.source").
On Windows install.packages can also install a binary package from a local zip file (or
the URL of such a file) by setting argument repos to NULL. Rgui.exe has a menu Packages
with a GUI interface to install.packages, update.packages and library.
Windows binary packages for R are distributed as a single binary containing either or both
architectures (32- and 64-bit).
3
If a proxy needs to be set, see ?download.file.
Chapter 6: Add-on packages
24
Afew of the binary packages need other software to be installed on your system: see for exam-
ple https://CRAN.R-project.org/bin/windows/contrib/3.2/@ReadMe. Packages using Gtk+
(Cairo (https://CRAN.R-project.org/package=Cairo), RGtk2 (https://CRAN.R-project.
org/package=RGtk2), cairoDevice (https://CRAN.R-project.org/package=cairoDevice)
and those that depend on them) need the bin directory of a bundled distribution of Gtk2 from
http://ftp.gnome.org/pub/gnome/binaries/win32/gtk+ or http://ftp.gnome.org/pub/
gnome/binaries/win64/gtk+ in the path: it should work to have both 32- and 64-bit Gtk+
bin directories in the path on a 64-bit version of R.
RCMD INSTALL works in Windows toinstall source packages. No additional tools are needed if
the package does not contain compiledcode, and install.packages(type="source") will work
for such packages (and for those with compiled code if the tools (see Appendix D [The Windows
toolset], page 67) are on the path, and the variables BINPREF and BINPREF64 are set properly;
see the discussion below). We have seen occasional permission problems after unpacking source
packages on some systems: these have been circumvented by setting the environment variable
R_INSTALL_TAR to ‘tar.exe’.
If you have only a source package that is known to work with current R and just want a
binary Windows build of it, you could make use of the building service offered at http://
win-builder.r-project.org/.
For almost all packages R CMD INSTALL will attempt to install both 32- and 64-bit builds of
apackage if run from a 32/64-bit install of R. It will report success if the installation of the
architecture of the running R succeeded, whether or not the other architecture was successfully
installed. The exceptions are packages with a non-empty configure.win script or which make
use of src/Makefile.win. If configure.win does something appropriate to both architectures
use
4
option --force-biarch: otherwise R CMD INSTALL --merge-multiarch can be applied to
asource tarball to merge separate 32- and 64-bit installs. (This can only be applied to a tarball,
and will only succeed if both installs succeed.)
If you have a package without compiled code and no Windows-specific help, you can zip
up an installation on another OS and install from that zip file on Windows. However, such a
package can be installed from the sources on Windows without any additional tools.
Packages with compiled code may need to have paths to the compilers set explicitly, and
there is provision to make use of a system-wide library of installed external software. The
compiler paths are set using the make variables BINPREF (and in some cases BINPREF64). The
library location is set using make variable LOCAL_SOFT, to give an equivalent of /usr/local
on a Unix-alike. All of these can be set in src/gnuwin/MkRules.local when R is built from
sources (see the comments in src/gnuwin/MkRules.dist), or in file
5
etc/i386/Makeconf or
etc/x64/Makeconf for an installed version of R. In the latter case only BINPREF is used, with
the 64 bit path used in etc/x64/Makeconf. The version used by
CRAN
can be installed as
described in Section 3.1 [Building from source], page 12.
6.3.2 OS X
On OS X install.packages works as it does on other Unix-alike systems, but there are addi-
tional types starting with mac.binary (available for the
CRAN
distribution but not when com-
piling from source: mac.binary.mavericks for a ‘Mavericks’ build with "default" a synonym
for the appropriate variant) which can be passed to install.packages in order to download
and install binary packages from a suitable repository. These OS X binary package files have
the extension ‘.tgz’. The R.app GUI provides menus for installation of either binary or source
packages, from
CRAN
or local files.
4
for a small number of
CRAN
packages where this is known to be safe and is needed by the autobuilder this
is the default. Look at the source of tools:::.install_packages for the list. It can also be specified in the
package’s DESCRIPTION file.
5
or by adding it in a file such as etc/i386/Makevars.site, which does not exist by default.
Chapter 6: Add-on packages
25
On R builds using binary packages, the default is type both: this looks first at the list of
binary packages available for your version of R and installs the latest versions (if any). If no
binary version is available or the source version is newer, it will install the source versions of
packages without compiled C/C++/Fortran code and offer to do so for those with, if make is
available.
Note that most binary packages including compiled code are tied to a particular series (e.g.
R3.2.x or 3.3.x) of R.
Installing source packages which do not containcompiledcode shouldwork with noadditional
tools. For others you will need the ‘Command Line Tools’ for Xcode and compilers which match
those used to build R: see Section C.3 [OS X], page 56.
Package rJava (https://CRAN.R-project.org/package=rJava) and those which depend on
it need a Java runtime installed and several packages need X11 installed, including those using
Tk. See Section C.3 [OS X], page 56, and Section C.3.3 [Java (OS X)], page 58.
Tcl/Tk extensions BWidget and Tktable are part of the Tcl/Tk contained in the R installer.
These are required by a number of
CRAN
and Bioconductor packages.
Afew of the binary packages need other software to be installedonyour system. In particular
packages using Gtk+ (RGtk2 (https://CRAN.R-project.org/package=RGtk2), cairoDevice
(https://CRAN.R-project.org/package=cairoDevice) and those that depend on them) need
the GTK framework installed from https://r.research.att.com/libs/: the appropriate
version at the time of writing was https://r.research.att.com/libs/GTK_2.24.17-X11.pkg
The defaultcompilersspecifiedin/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf
depend on the version of OS X under which R was installed, and are appropriate for the latest
version of the ‘Command Line Tools’ for that version of OS X and the recommended version
of Fortran (see Section C.3 [OS X], page 56). The settings can be changed, either by editing
that file or in a file such as ~/.R/Makevars (see the next section). Entries which may need to
be changed include ‘CC’, ‘CXX’, ‘FC’, ‘F77’, ‘FLIBS’ and the corresponding flags, and perhaps
‘CXXCPP’, ‘DYLIB_LD’, ‘MAIN_LD’, ‘SHLIB_CXXLD’, ‘SHLIB_FCLD’ and ‘SHLIB_LD’.
So for example you could select clang for both C and C++ with extensive checking by having
in ~/.R/Makevars
CC=clang
CXX=clang++
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
6.3.3 Customizing package compilation
The R system and package-specific compilation flags can be overridden or added to by set-
ting the appropriate Make variables in the personal file HOME/.R/Makevars-R_PLATFORM (but
HOME/.R/Makevars.win or HOME/.R/Makevars.win64 on Windows), or if that does not exist,
HOME/.R/Makevars, where ‘R_PLATFORM’ is the platform for which R was built, as available in
the platform component of the R variable R.version. An alternative personal file can be
specified via the environment variable R_MAKEVARS_USER.
Package developers are encouraged to use this mechanism to enable a reasonable amount of
diagnostic messaging (“warnings”) when compiling, such as e.g. -Wall -pedantic for tools from
GCC, the Gnu Compiler Collection.
Note that this mechanism can also be used when it necessary to change the optimization
level for a particular package. For example
## for C code
CFLAGS=-g -O -mtune=native
## for C++ code
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