41 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
C.  Algorithms That Allow Plots 
When creating a macro for an algorithm that supports data plots, unless that algorithm enables plots by default, 
you will need to select plots in the algorithm input parameters. 
Depending on the algorithm, once plots are enabled, you may also have to select details about the plots.  
To view your plot results, select the Plots icon on the Layer Attributes pane.  
A plot window will appear containing links to various plots available for viewing. 
Pdf text watermark remover - delete, remove text from PDF file in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Allow C# developers to use mature APIs to delete and remove text content from PDF document
delete text pdf file; delete text pdf
Pdf text watermark remover - VB.NET PDF delete text library: delete, remove text from PDF file in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
VB.NET Programming Guide to Delete Text from PDF File
how to erase text in pdf online; erase pdf text
42 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
Click a link to see that histogram.  The window appears for that plot.   
Icons in the histogram window: 
D.  Saving Macros 
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
An advanced PDF password remover component can help users unlock PDF file without password. Able to change password on adobe PDF document in C#.NET.
how to delete text from pdf with acrobat; delete text from pdf preview
43 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
Once you are finished fine-tuning your macro, you will want to save it and register it on eSlide Manager. 
Click Save Macro and enter a name for the macro. 
Click OK to save/register your macro. 
E.  Testing and Modifying Existing Macros 
Use the Test button to modify already existing macros. 
44 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
This loads the parameters window.  Use Run or Tune to test the algorithm and click Save Macro
Note:  Users from the same data group will be able to view each other’s macros.  If you choose to share macros with 
someone in your data group and need to edit an already existing macro, DO NOT replace the existing macro with the 
changes you have made.  Instead, save and create a new macro name.  If you are not from the same data group, you 
will not be able to view other users’ macros in eSlide Manager or ImageScope. 
7 – ImageScope Options
45 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
A.  General Tab 
To customize your ImageScope account, go to the Tools menu and select Options
Magnification 
 Initial Magnification – Specify the initial magnification for images as they are opened.  This can be a 
percentage from 1 to 100 or you can specify 0 to fit the entire digital slide in the main window display.  
 Maximum Magnification – Specifies how far you can zoom into the image.  Note that setting this value to 
greater than 100% does not increase the resolution of the image—you are simply enlarging the pixels of 
the existing image.  
 Magnifier Magnification – Specifies the ratio between the main window display and the magnifier 
window. For instance, if this value is set to 3, and you are viewing the main image at 50% zoom, then the 
magnifier window will display 150% zoom.  
 Use “X” magnification rather than “%” – Adjusts the Zoom slider from displaying magnification in 
percentages to displaying them as “2x,” 4x,” and so on. 
Default Gamma Files 
 Allows you to load specific gamma table files every time you start up ImageScope. This can be useful if you 
know you need to compensate for a particular monitor. 
 Select Automatically load default gamma file(s) check box.  Use the Browse button in the Default 
Gamma File Location text box to search for the file you want to use. 
 To protect the selected gamma table file from being modified, select Open as read-only check box. 
46 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
Analysis  
 To instruct ImageScope to always generate a markup image by default (this setting can be overridden 
when you actually perform the analysis), select the Generate Markup Images check box.  
B.  Navigation Tab 
The navigation options affect image panning and multiple image synchronization. 
Synchronization Options define the synchronization behavior of the Synchronization and Smart 
Synchronization
 Both Pan & Zoom – Synchronizes both panning and zooming.  
 Pan Only – Synchronizes panning only.   
 Zoom Only – Synchronizes zooming only.  
Panning  
 Scroll Speed – Specifies how fast the image scrolls when holding down the mouse button near the edge of 
an image.  
 Pan Speed – Specifies how fast the image pans when clicking and dragging the image.  
 Reverse panning direction (“Pathologist” mode) – Selecting this check box causes panning to move in 
reverse. With this option disabled, as you click and drag the image to the left, the image moves to the left. 
With this option enabled, as you click and drag to the left, the image moves to the right.  
C.  Annotation Tab 
Default Annotation Colors 
 Click the colored box above the annotation layer for which you want to change the color.  Click OK.  
The Fixed Size Regions options on the Annotations tab set a fixed size for drawn annotations that is used when 
you hold the Control key down while you draw. These settings are also used to extract a region of fixed size and to 
zoom to a region of fixed size. 
 Width and Height – these values are used to define the size of rectangles or circles. For example, to 
always draw a square of 200 pixels by 200 pixels when you hold down the Control key while using the 
Rectangle tool, type 200 into the Width and Height boxes.  
 Length – This value is used for the ruler and arrow annotations.  
Annotation Settings 
 The Automatically Save Annotation Changes check box saves annotations and changes to 
annotations when you exit ImageScope without prompting for a confirmation. 
Note:  If this option is enabled, but you have also selected Don’t Save Recorded Tracks on the Tracking options tab, tracks will not be saved when 
you exit even though other annotations are. (See the next section for information on tracking options.) 
D.  Tracking Tab 
Tracker Settings 
 Automatically Start Tracking on Open – Select this check box to always begin recording when you open a 
digital slide. If a track already exists for the digital slide, opening the slide starts appending a track to the 
original track.  
 Don’t Save Recorded Tracks – Select this check box to disable saving the track with the digital slide.  
Track Map Settings 
 Automatically Display Track Map – Select this check box to enable track mapping by default. (This selects 
the Map check box on the Tracker tool.)  
 Minimum Resolution – This option specifies the minimum resolution of a view which is mapped. This 
defines the lowest resolution at which a region of the image may be considered to have been viewed.  
 Minimum Magnification – This option specifies the minimum magnification of a view which is mapped. 
This defines the lowest magnification at which a region of the image may be considered to have been 
viewed.  
 Region Granularity – The tracker divides the image into granules when deciding what part of the image is 
glass and what is tissue. By changing the granularity, you affect the glass/tissue distinction. Slide the 
control to the left to decrease the granule size and to the right to increase granule size. Smaller granules 
generally mean that less of the image will be classified as glass, while larger granules mean more if it will 
be classified as glass. You can see its effect if a tracking map is shown in the thumbnail as you move this 
slider.  
 White Sensitivity – The tracker shows your progress through tissue, not glass. This setting helps define 
what is tissue and what is glass. This slider adjusts the “whiteness” of detected glass. Dragging it to the left 
increases sensitivity, causing less of the slide to be classified as glass, and dragging it to the right decreases 
47 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
the sensitivity, causing more of the slide to be classified as glass. You can see its effect if a tracking map is 
shown in the thumbnail as you move this slider.  
E.  Performance Tab 
Performance Settings allow you to balance display speed with image quality.  These setting are provided because 
digital slides are usually too large to fit into memory all at once; therefore, some decisions have to be made about 
how ImageScope will act when swapping data in and out of memory from the disk. 
 Progressive Rendering – When enabled, ImageScope renders image views in low resolution first, and then 
increasingly improves the image (by de
pixilating it) as it reads more image data from the disk or retrieves 
it from a remote server. With this feature disabled, ImageScope does not render an image view until the 
entire view has been loaded into memory.  
 Prefetching – When enabled, ImageScope tries to anticipate your next view requests and loads those 
sections of the image into memory. By anticipating where you will move next in the image and loading 
that information into memory, ImageScope speeds up the image display.  
 Interpolating (3D images) – Display a weighted average of the two neighboring Z
stack
views for any 
given Z
level. 
 Pixel Smoothing – Uses a high fidelity (but slower) scaling routine.  
48 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
8 – Keyboard Quick Reference
49 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
50 
For questions please contact:  htrcdigpath@bsd.uchicago.edu  
http://htrc.uchicago.edu 
Disclaimer:  Printed copies are NOT the official document.  Please see the online PDF file for the most up-to-date version.  5/7/2014 9:47 AM
 
 
Documents you may be interested
Documents you may be interested